生物医学数据库检索方法与技巧讲义课件

Click to edit Master title style,Click to edit Master text styles,Second level,Third level,Fourth level,Fifth level,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,北京大学医学图书馆信息咨询部,liucy,PubMed生物医学数据库检索方法与技巧,PubMed生物医学数据库检索方法与技巧,1,主要内容,PubMed,概况,PubMed,数据来源,PubMed,检索机制,PubMed,检索运算符,PubMed,检索方法,结果的显示、打印、保存,其他辅助功能,主要内容PubMed概况,2,1.,PubMed,概况,创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心,(NCBI),1997,年,6,月开始向全球开放,特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。,1. PubMed概况创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国,3,2.,PubMed,数据来源,MEDLINE,：,pubmed-indexed for medline,In Process Citations,：每天收录，尚未经规范处理的数据。,pubmed-in process,Publisher-Supplied Citations,：由出版商提供的电子文献，每条记录标有,PubMed-as supplied by Publisher,。,2. PubMed数据来源MEDLINE：,4,3. PubMed,检索机制,自动转换匹配功能,(Automatic Term Mapping),3. PubMed检索机制自动转换匹配功能,5,对于输入的检索词，,PubMed,先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：,MeSH,表 期刊刊名表 短语表 作者索引,如果在以上,4,个表中都找不到相匹配的词，,PubMed,将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是,AND,逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是,AND,逻辑关系。,3.1,自动转换匹配功能,对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配,6,人重组三叶因子,（,human recombinant trefoil factor,）,(humans,MeSH Terms,OR,humans,All Fields,OR,human,All Fields,),AND,recombinant,All Fields,AND,(trefoil factor,Supplementary Concept,OR,trefoil factor,All Fields,),人重组三叶因子（human recombinant tref,7,4. PubMed,检索运算符,逻辑运算符,4. PubMed检索运算符逻辑运算符,8,逻辑运算符,逻辑,“,与,”,运算,AND,：,检索式写成,A,and,B,，,表示文献中同时包含检索词,A,和检索词,B,的文献才是命中文献。,AIDS,and,therapy,逻辑,“,或,”,运算,OR,：,检索式写成,A,or,B,，,表示包含检索词,A,的文献或者包含检索词,B,的文献或者同时包含检索词,A,和,B,的文献为命中文献。,AIDS,or,Acquired Immunodeficiency Syndrome,逻辑,“,非,”,运算,NOT,：,检索式写成,A,not,B,，,表示包含检索词,A,同时不包含检索词,B,的文献为命中文献。,Hepatitis,not,Animal,逻辑运算符逻辑“与”运算AND：,9,IP,地址：,http:/pubmed.gov,PubMed,网址,PubMed 网址,10,基本检索,高级检索,主题检索,临床咨询,基本检索高级检索主题检索临床咨询,11,5. PubMed,检索方法,5.1,基本检索,5.2,高级检索,5.3,主题检索,5.4,临床咨询,5. PubMed检索方法5.1 基本检索,12,5.1,基本检索,默认检索字段为主题、作者、期刊,5.1 基本检索默认检索字段为主题、作者、期刊,13,关键词、词,(,词组,),或短语：, 输入任意关键词：,liver cancer,、,Lung cancer,；, 带有双引号,”,”,作为短语检索：,”,cancer therapy,”,；, 带有连接号,”,-,”,作为一个词组检索：,interleukin-6,。,限制检索字段：如,liver cancerti,作者：,Smith J,、,仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如：,Smithau,2002,年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索,如：,Joshua Lederberg,5.1,基本检索,关键词、词(词组)或短语：5.1 基本检索,14,期刊刊名：,可用期刊全称：,GENE THERAPYTA,；,可用期刊简称：,JAMATA,；,(,The Journal of the American Medical Association),复杂表达式：,liver cancer,AND,therapy,带有摘要文献的检索 ：,liver cancer,AND hasabstract,5.1,基本检索,期刊刊名：5.1 基本检索,15,分析该检索课题，包含两个方面：,肝癌：,liver cancer,；,酒精：,alcohol,两个主题之间的逻辑关系是,AND,，即,liver cancer,AND,alcohol,基本检索举例：肝癌和酒精的关系,分析该检索课题，包含两个方面： 基本检索举例：肝癌和酒精的关,16,基本检索举例：肝癌和酒精的关系,输入：,liver cancer,AND,alcohol,基本检索举例：肝癌和酒精的关系输入：liver cancer,17,“,肝癌和酒精的关系,”,的基本检索结果,“肝癌和酒精的关系”的基本检索结果,18,5.2,高级检索,高级检索,5.2 高级检索高级检索,19,5.2,高级检索,5.2 高级检索,20,分析该检索课题，包含两个方面：,作者为：马大龙（,ma dl,）；,作者单位为：,北京大学（,peking university,）。,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,分析该检索课题，包含两个方面： 高级检索举例：北京大学医学部,21,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,输入：,ma dl,输入：,peking university,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献输入：ma,22,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,23,5.3,主题检索,根据,medline,数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。,点击,MeSH Database,打开主题检索界面,5.3 主题检索根据medline数据主题标引的规范性，利用,24,高级检索,主题检索,基本检索,高级检索主题检索基本检索,25,5.3,主题检索,5.3 主题检索,26,主题检索举例：,长春新碱,（,Vincristine,）,治疗白血病（,leukemia,）的文献,分析该检索课题，有,2,个概念：长春新碱（,Vincristine,） 、白血病,（,leukemia,）：,对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词,“,治疗应用（,therapeutic use,）,”,；,对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词,“,药物疗法（,drug therapy,）,”,。,同时这两个概念之间是,AND,的关系。,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血,27,主题检索举例：,长春新碱,（,Vincristine,）治疗白血病（,leukemia,）的文献,第,1,步：检索长春新碱,/,治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血,28,主题检索举例：,长春新碱,（,Vincristine,）治疗白血病（,leukemia,）的文献,第,1,步：检索长春新碱,/,治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血,29,主题检索举例：,长春新碱,（,Vincristine,）治疗白血病（,leukemia,）的文献,第,1,步：检索长春新碱,/,治疗应用,副主题词,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血,30,主题检索举例：,长春新碱,（,Vincristine,）治疗白血病（,leukemia,）的文献,第,1,步：检索长春新碱,/,治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血,31,主题检索举例：,长春新碱,（,Vincristine,）治疗白血病（,leukemia,）的文献,第,1,步：检索长春新碱,/,治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血,32,主题检索举例：,长春新碱,（,Vincristine,）治疗白血病（,leukemia,）的文献,第,2,步：检索白血病,/,药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血,33,主题检索举例：,长春新碱,（,Vincristine,）治疗白血病（,leukemia,）的文献,第,2,步：检索白血病,/,药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血,34,主题检索举例：,长春新碱,（,Vincristine,）治疗白血病（,leukemia,）的文献,第,2,步：检索白血病,/,药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血,35,主题检索举例：,长春新碱,（,Vincristine,）治疗白血病（,leukemia,）的文献,第,2,步：检索白血病,/,药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血,36,主题检索举例：,长春新碱,（,Vincristine,）治疗白血病（,leukemia,）的文献,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血,37,5.4,临床咨询和系统评价,可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；,也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。,5.4 临床咨询和系统评价可以使用户方便快捷地检索到有关临床,38,5.4,临床咨询和系统评价,临床咨询,系统评价,检索医学遗传学研究方面的文献,5.4 临床咨询和系统评价临床咨询系统评价检索医学遗传学研究,39,生物医学数据库检索方法与技巧讲义课件,40,6.,结果的显示、打印、保存,显示,保存、打印,6. 结果的显示、打印、保存显示,41,6.1,结果的显示,显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下,4,种：,（,1,）,Summary,：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、,PMID,、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。,（,2,）,Abstract,：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。,6.1 结果的显示显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常,42,（,3,）,MEDLINE,：以,MEDLINE,数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括,PMID,、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、,MeSH,、文献,ID,、出版状态等。,6.1,结果的显示,（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示,43,6.1,结果的显示,6.1 结果的显示,44,保存记录,在,“,send to,”,下拉菜单中选择,“,File,”,，可完成将记录保存为文件。,选择,“,E-mail,”,，则可将结果发送至邮箱。,在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而,“,Clipboard,”,页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。,6.2,检索结果的保存,保存记录6.2 检索结果的保存,45,6.2,检索结果的保存,6.2 检索结果的保存,46,7,其他辅助功能,7.1,检索策略的存储和调用,7.2,全文链接,7.3,相关文献链接,7 其他辅助功能7.1 检索策略的存储和调用,47,7.1,检索策略的存储和调用,使用,My NCBI(Cubby),首先要登记注册,保存检索策略,定期浏览新的检索结果,7.1 检索策略的存储和调用使用My NCBI(Cubby),48,7.2,全文链接,-,摘要格式显示,7.2 全文链接-摘要格式显示,49,7.2,全文链接,-,打开单篇详细页面,7.2 全文链接-打开单篇详细页面,50,7.3,相关文献链接,7.3 相关文献链接,51,7.3,相关文献链接,7.3 相关文献链接,52,检索练习,眼结核（,Ocular Tuberculosis,）引起失明（,Blindness,）的文献,年代限定,1999,2008,年,检索有关“医院水净化（,Water Purification,）管理”方面的,综述文献,检索练习眼结核（Ocular Tuberculosis ）引,53,Questions?,Thanks!,电话：,82801292-608,liucy,Questions?,54,1,、想要体面生活，又觉得打拼辛苦；想要健康身体，又无法坚持运动。人最失败的，莫过于对自己不负责任，连答应自己的事都办不到，又何必抱怨这个世界都和你作对？人生的道理很简单，你想要什么，就去付出足够的努力。,2,、时间是最公平的，活一天就拥有,24,小时，差别只是珍惜。你若不相信努力和时光，时光一定第一个辜负你。有梦想就立刻行动，因为现在过的每一天，都是余生中最年轻的一天。,3,、无论正在经历什么，都请不要轻言放弃，因为从来没有一种坚持会被辜负。谁的人生不是荆棘前行，生活从来不会一蹴而就，也不会永远安稳，只要努力，就能做独一无二平凡可贵的自己。,4,、努力本就是年轻人应有的状态，是件充实且美好的事，可一旦有了表演的成分，就会显得廉价，努力，不该是为了朋友圈多获得几个赞，不该是每次长篇赘述后的自我感动，它是一件平凡而自然而然的事，最佳的努力不过是：但行好事，莫问前程。愿努力，成就更好的你！,5,、付出努力却没能实现的梦想，爱了很久却没能在一起的人，活得用力却平淡寂寞的青春，遗憾是每一次小的挫折，它磨去最初柔软的心智、让我们懂得累积时间的力量；那些孤独沉寂的时光，让我们学会守候内心的平和与坚定。那些脆弱的不完美，都会在努力和坚持下，改变模样。,6,、人生中总会有一段艰难的路，需要自己独自走完，没人帮助，没人陪伴，不必畏惧，昂头走过去就是了，经历所有的挫折与磨难，你会发现，自己远比想象中要强大得多。多走弯路，才会找到捷径，经历也是人生，修炼一颗强大的内心，做更好的自己！,7,、“一定要成功”这种内在的推动力是我们生命中最神奇最有趣的东西。一个人要做成大事，绝不能缺少这种力量，因为这种力量能够驱动人不停地提高自己的能力。一个人只有先在心里肯定自己，相信自己，才能成就自己！,8,、人生的旅途中，最清晰的脚印，往往印在最泥泞的路上，所以，别畏惧暂时的困顿，即使无人鼓掌，也要全情投入，优雅坚持。真正改变命运的，并不是等来的机遇，而是我们的态度。,9,、这世上没有所谓的天才，也没有不劳而获的回报，你所看到的每个光鲜人物，其背后都付出了令人震惊的努力。请相信，你的潜力还远远没有爆发出来，不要给自己的人生设限，你自以为的极限，只是别人的起点。写给渴望突破瓶颈、实现快速跨越的你。,10,、生活中，有人给予帮助，那是幸运，没人给予帮助，那是命运。我们要学会在幸运青睐自己的时候学会感恩，在命运磨练自己的时候学会坚韧。这既是对自己的尊重，也是对自己的负责。,11,、失败不可怕，可怕的是从来没有努力过，还怡然自得地安慰自己，连一点点的懊悔都被麻木所掩盖下去。不能怕，没什么比自己背叛自己更可怕。,12,、跌倒了，一定要爬起来。不爬起来，别人会看不起你，你自己也会失去机会。在人前微笑，在人后落泪，可这是每个人都要学会的成长。,13,、要相信，这个世界上永远能够依靠的只有你自己。所以，管别人怎么看，坚持自己的坚持，直到坚持不下去为止。,14,、也许你想要的未来在别人眼里不值一提，也许你已经很努力了可还是有人不满意，也许你的理想离你的距离从来没有拉近过,.,但请你继续向前走，因为别人看不到你的努力，你却始终看得见自己。,15,、所有的辉煌和伟大，一定伴随着挫折和跌倒；所有的风光背后，一定都是一串串揉和着泪水和汗水的脚印。,16,、成功的反义词不是失败，而是从未行动。有一天你总会明白，遗憾比失败更让你难以面对。,17,、没有一件事情可以一下子把你打垮，也不会有一件事情可以让你一步登天，慢慢走，慢慢看，生命是一个慢慢累积的过程。,18,、努力也许不等于成功，可是那段追逐梦想的努力，会让你找到一个更好的自己，一个沉默努力充实安静的自己。,19,、你相信梦想，梦想才会相信你。有一种落差是，你配不上自己的野心，也辜负了所受的苦难。,20,、生活不会按你想要的方式进行，它会给你一段时间，让你孤独、迷茫又沉默忧郁。但如果靠这段时间跟自己独处，多看一本书，去做可以做的事，放下过去的人，等你度过低潮，那些独处的时光必定能照亮你的路，也是这些不堪陪你成熟。所以，现在没那么糟，看似生活对你的亏欠，其实都是祝愿。,1、想要体面生活，又觉得打拼辛苦；想要健康身体，又无法坚,55,生物医学数据库检索方法与技巧讲义课件,56,