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R语言及Bioconductor生物信息学应用 一本已经面世的R红宝书 R语言在生物信息学中的应用 R语言在生物信息学中的应用 本书的编写在国内国际都是一个创新 本书特色 从实际课题出发 提出解决这个问题的思路 结合用到的原理或基础知识 但更偏重整个解决问题的框架和流程 选用一种简单易学但功能强大的语言 把讲解延伸到具体程序代码 让读者100 经历整个课题研究过程 最大的创新点是 实际课题直接来自已发表的SCI文章 全部都是真枪实弹 不杜撰所谓 实际应用 国内外尚未见到与SCI文章紧密结合的生物信息书籍 本书是多名R领域专家 全部都是一线科研工作者 通过互联网联手写作 在前期网上调研的基础上 尽量在本书内突出大多数人普遍关心而又难找相关资料的问题 所见即所得 学到的知识可以通过简单编程 仅仅代码拷贝粘贴 加以实现 印象深刻 学了不会忘 提出三板斧学习法 让无基础的人也能编程 本书作者通过QQ群直接面向读者答疑 并且共享了大量的参考资料和习题答案 使用正版书籍的读者都可以入群享受最好的服务 不在书中罗列基础知识凑字数 也不使用光盘 既能减轻读者负担 又能保护环境 欢迎大家直接购买 天津科技翻译出版社本书定价58元 群内读者预定50元 包快递费 团购5本以上45元 包快递费 50本40元 包快递费 如果大学指定为教材 我可以提供更多材料 长期合作 打造精品课程 支付方式 支付宝 支付宝账号 pibobo 何静留言 姓名 R语言书 册数定书后 请将邮寄地址 一定要邮编 和电话发以上电子邮件电子邮件题目是买R语言书 内容就是姓名 邮寄地址 电话 邮寄地址必须保证详细 而且有人签收 详细目录 第一章R基础知识41 1什么是R41 1 1R语言的起源41 1 2R语言的特点51 1 3R语言的主要用途71 1 4R语言的应用现状和发展趋势101 2R的下载与安装121 2 1主程序的下载与安装121 2 2扩展包的下载与安装141 2 3R语言的集成开发环境161 2 4R主程序和扩展包的管理与升级191 3R语言快速入门211 3 1从哪里入手开始学习R211 3 2三板斧搞定R语言211 3 3一个例子来说明三板斧221 4一些简单的语法知识231 4 1什么是编程231 4 2变量231 4 3函数241 4 4综合案例251 5本章源代码详解及小结251 5 1例1 1251 5 2例1 2261 5 3例1 3271 5 4例1 4281 5 5小结30参考文献 31 详细目录 第二章生物信息学基础知识42 1中心法则 生物信息流42 1 1生物大分子42 1 2中心法则72 1 3基因组 转录组和蛋白质组82 1 4非编码RNA和microRNA92 2测序与序列分析102 2 1DNA测序技术102 2 2第二代测序技术的应用领域122 2 3序列分析132 2 4序列比对和相似性搜索142 2 5分子进化和系统发生树152 3基因表达分析172 3 1基因表达的检测方法172 3 2基因表达数据分析182 3 3基因表达差异的显著性分析192 3 4基因本体论分析202 3 5通路分析222 4注释 统计与可视化222 4 1注释与ID映射232 4 2统计与可视化23参考文献 24 详细目录 第三章R在生物信息学中的简单应用23 1一个序列分析课题23 1 1课题背景23 1 2研究目的与实验设计23 1 3数据获取与处理流程33 2用R包 非bioconductor 实现课题43 2 1定义全部函数 例3 1 43 2 2课题实现133 2 3源代码详解与小结163 3用R包 bioconductor 实现课题一213 3 1重新设计数据处理流程和全部函数 例3 2 213 3 2课题实现253 3 3源代码详解与小结263 4用R包 bioconductor 实现课题二263 41重新设计数据处理流程和全部函数 例3 3 263 4 2课题实现353 4 3源代码详解与小结35 详细目录 第四章Bioconductor简介14 1什么是Bioconductor24 1 1Bioconductor的起源24 1 2Bioconductor主要特点24 2Bioconductor包的分类介绍54 2 1三大板块分类介绍54 2 2软件包的进一步介绍64 2 3按照应用领域分类94 3从R到Bioconductor的跨越 Biostrings BiomaRt以及AnnotationDbi包124 3 1应用Biostrings处理生物序列134 3 2应用BiomaRt获取实验数据与注释信息214 3 3应用AnnotationDbi生成注释包27参考文献 32 详细目录 第五章Bioconductor分析基因芯片数据5 1快速入门25 2基因芯片基础知识35 2 1探针组35 2 2主要的芯片文件格式45 3基因芯片数据预处理55 3 1数据输入65 3 2质量控制75 3 3背景校正 标准化和汇总175 3 4预处理的一体化算法205 4基因芯片数据分析245 4 1选取差异表达基因245 4 2注释275 4 3统计分析及可视化285 5芯片处理实际课题一395 5 1课题背景395 5 2数据集与预处理405 5 3R程序与代码讲解415 6芯片处理实际课题二425 6 1课题背景425 6 2数据集与处理过程435 6 3R程序与代码讲解435 7芯片处理实际课题三445 7 1课题背景445 7 2数据集与处理过程455 7 3R程序与代码讲解46参考文献 48 详细目录 第六章Bioconductor分析RNA seq数据46 1示例课题介绍46 1 1课题背景46 1 2数据集和处理过程46 2高通量测序基础知识56 2 1高通量测序原理56 2 2测序的质量分数96 2 3高通量测序文件格式126 3RNA seq技术的特点166 3 1RNA seq对芯片的优势166 3 2RNA seq存在的问题176 4RNA seq数据预处理186 4 1质量控制186 4 2读段清理226 4 3转录组组装256 4 4转录组定量和标准化256 4 5线性相关系数276 5RNA seq数据分析286 5 1基因表达差异的显著性分析286 5 2RNA seq数据的其它分析31参考文献 31 详细目录 第七章R的高级语法与如何创建R包7 1R的高级语法27 1 1数据类型及相互转换27 1 2向量运算67 1 3函数87 1 4循环与条件97 1 5输入输出117 1 6对象和类127 2创建及发布自己的R Bioconductor包147 2 1在Windows下创建和发布R包147 2 2在Linux下创建和发布包257 3R包结构267 3 1R的源代码包277 3 2R的二进制包28参考文献 29附录A进一步学习的资源附录BR常用函数附录CR的内存管理和帮助系统