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单击鼠标编辑标题文的格式,单击鼠标编辑大纲正文格式,第二个大纲级,第三个大纲级,第四个大纲级,第五个大纲级,第六个大纲级,第七个大纲级,第八个大纲级,第九个大纲级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,SSR,标记,崔朝宇,SSR,标记的简介及原理,SSR,标记的步骤及分析,SSR,标记引物设计,SSR,标记,1,2,3,SSR,（,simple sequence repeat,）,SSR,标记,简单重复序列（,Simple Sequence Repeat,，,SSR,），,指的是基因组中由,1-6,个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段,DNA,，,广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在,200 bp,以下,SSR,标记是一种通过直接分析遗传物质的多态性来鉴别生物内在的核苷酸排布及其外在状态表现规律的技术,SSR,标记的简介,SSR,分子标记的分子学基础,微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核,DNA,中。在植物中通过对拟南芥、玉米、水稻、小麦等的研究表明微卫星在植物中也很丰富，均匀分布于整个植物基因组中，但不同植物中微卫星出现的频率变化是非常大的,常见的二核苷酸重复单位：,（,AC)n,、（,GA)n,、（,AT)n,常见的三核苷酸重复单位：,（,AAG)n,、（,AAT)n,SSR,分子标记的分子学基础,微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。如果能够将这些变异揭示出来，就能发现不同的,SSR,在不同的种甚至不同个体间的多态性，基于这一想法，人们发展了,SSR,标记,SSR,分子标记原理,根据两端序列的保守性，设计引物；进行,PCR,，电泳分离，染色显带以检测、分析微卫星序列多态性；并确定基因排布序列及表型，最终达到成功鉴定的目的。,简而言之，,就是通过对样本,DNA,多态性的分析，从而来得到样本,DNA,序列以及在遗传性状上的调控和差异。,SSR,标记原理示意图,SSR,分子标记的优势,SSR,在真核生物基因组中分布广,多态性丰富,其产物进行测序胶电泳分离时单碱基分辨率高、遗传信息量大,SSR,通常为显性标记，呈孟德尔式遗传,具有很好的稳定性和多态性,DNA,用量少,技术要求低，成本低廉,PCR,扩增的可重复性高,SSR,分子标记的劣势,开发和合成新的,SSR,引物投入高、难度大,现有的,SSR,标记数量有限，不能标记所有的功能基因,SSR,多态性的检测和应用很大程度上依赖,PCR,扩增的效果,SSR,座位突变率高，对变异反应非常敏感等等。,SSR,分子标记的步骤,第一步,：,DNA,提取：,第二步,：,PCR :,PCR,体系（,15,微升）：,45,纳克模板,DNA,2.25,微摩尔,/,升引物,11.5,毫摩尔,/,升 氯化镁,各,625,微摩尔,/,升,4,种,dNTP,10X PCR,缓冲液,1.5U Taq DNA,聚合酶,PCR,反应程序 ： 变性,94,摄氏度,3min,30,次循环：,94,摄氏度,25s,，,50-60,摄氏度,25s,，,72,摄氏度,45s,最后,72,摄氏度延伸,10min,SSR,分子标记的步骤,第三步,：扩增产物电泳分离：一般用聚丙烯凝胶电泳或者特殊的琼脂糖凝胶检测扩增产物,第四步,：染色：,一，银染,A,，银染液的配制：,固定液,(100mL,冰乙酸加水稀释至,1000mL),；,染色液,(2gAgNO,3,、,1,5mL37,甲醛，加水稀释至,1000mL),；,显色液,(30gNa,2,CO,3,、,1,5mL37,甲醛、,0,2mLNa,2,S,2,0,3,，,加水稀释至,1000mL),终止液,(10,冰乙酸,),。,SSR,分子标记的步骤,B,，银染法操作：固定,30min,去离子水洗涤,5-10min,染色,3Omin,去离子水洗涤,2,次,(,每次不超过,30S),显色至所要程度终止显影。,二，溴化乙锭,(EB),染色：,将,EB,贮液,(10mgmL,-1,),用双蒸水稀释至,0,5gmL,-1,，,EB,染色操作：将电泳后的凝胶放人染色液中,30min,，染色后的凝胶放人蒸馏水中清洗,5min,，再将凝胶放人紫外凝胶成像仪观测结果。,SSR,分子标记的步骤,第五步,：,结果分析,微卫星分子标记对,18,份山羊草基因型的扩增结果,引物,设计,二,三,一,从有关数据库（,GenBank, EMBL DDBJ,等）或文章中查询,使用近缘种的引物,构建基因组文库,筛选,SSR,位点,SSR,分子标记,引物设计,构建基因组文库,筛选,SSR,位点,5,锚定,PCR,分离,SSR,标记,K,可以跟任何核苷酸配对，,V,不能与,A,配对，,R,不能与,G,配对，其他核苷酸均可与它们配对。这样，,VRVRV,五个碱基一起构成了一个封闭碱基群。在,PCR,过程中，由于,VRVRV,不能与,GA,配对，该引物与模板,DNA,结合的时候，就不会在,(GA)n,重复区滑动，只会结合在如图,1,所示的位置上，以保证,SSR,位点的长度多态性不会丢失。,Thank you !,谢谢,观赏,WPS,Office,Make Presentation much more fun,WPS官方微博,kingsoftwps,
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