ChemDraw教程合并版

*,第一部分,ChemDraw,简介,1,2,点位：移动鼠标直到鼠标的光标放到所要进行操作的位置，,如果选择的位置在图形结构中的键、原子、线等的上面，,一般出现黑方块，称之为,光标块,，,选择块,或,操作块,。,光标块,常用术语,3,单击：快速按下鼠标键,(,左或右键,),，然后快速抬起；,双击：快速操作两次单击；,拖动：由三部分动作组成,按下鼠标左键选择对象，,移动鼠标，将被选的对象移动到指定位置后抬起鼠标,；,选择：用鼠标的光标选中某种选择，使对象产生光标。选择对,象并不意味着动作，只是标记要操作的对象和点位；,4,“,键单击”：按下特殊的键和单击鼠标键同时进行。,如，“,Shift,单击”意思是按下”,Shift”,键和单击鼠标键；,“,键拖动”：按下特殊的键和鼠标键，移动鼠标。,如，“,Shift,拖动”意思是按下”,Shift”,键和拖动鼠标光标。,5,图形工具板,状态,/,信息栏,编辑区,滚动栏,菜单栏,工具栏,6,套索,实键,双键,虚键,切割键,切割楔键,黑体键,黑体楔键,空心楔键,波浪键,表格,长链,环丙烷环,环戊烷环,环庚烷环,环己烷椅式,环戊二烯环,蓬罩,橡皮,文本,笔,箭头,轨道,绘图元素,基元,化学符号,弧形,原子反应,模板,环丁烷环,环己烷环,环辛烷环,环己烷椅式,苯环,7,键工具,模板工具,箭头工具,轨道工具,画图工具,基元工具,符号工具,弧形工具,原子反应工具,8,模板工具,氨基酸模板工具,17,类,9,模板工具,芳香化合物模板工具,10,模板工具,双环模板工具,11,模板工具,生物模板工具,12,模板工具,玻璃仪器模板工具,(I),13,模板工具,玻璃仪器模板工具,(II),14,模板工具,构象异构体模板工具,15,模板工具,环戊二烯模板工具,16,模板工具,脂环模板工具,17,模板工具,DNA,模板工具,18,模板工具,官能团模板工具,19,模板工具,己糖模板工具,20,模板工具,苯环模板工具,21,模板工具,多面体模板工具,22,模板工具,RNA,模板工具,23,模板工具,特殊符号模板工具,立体中心模板工具,24,快捷键,命令,灰色表示命令未激活,小三角,表示,子菜单,省略号表示新对话框,25,文档设置,页面规划,26,页眉页脚,27,绘图,28,标题,29,原子标记,30,颜色,设置背景颜色,31,优选项,32,优选项,显示设置,错误警告,33,优选项,打开,/,存盘,默认路径,默认打开文件格式,默认存盘文件格式,34,国外化学刊物默认文档格式,35,打开文件,不同文件格式,36,文件格式介绍,1 CD Template(*.ctp, *.ctr),用于保存模板文档,2 ChemDraw (*.cdx),ChemDraw,原本格式，是一个公共标记,的文件格式，易被其它程序建立和解释,3 ChemDraw Steyl Sheet(*.cds),用于存储文件设置和其它物体,4 Connection Table(*.ct),一种实例格式，存储关于原子与元素、,系列编号、,X,和,Y,轴、键序、键类型等的连接和联系的列表。是,用于多类应用程序间互换信息的通用格式,37,5 DARC-F1 (*.fld)Questel DARC,系统中存储结构的原本文件,格式,7 ISIS Reaction(*.rxn),MDL,开发的格式，,用于存储元素反应信息,8 ISIS Sketch(*.skc),在,Windows,或,Macintosh,环境下，存储并传输,到另外的,ISIS,应用程序中,6 DARC-F1 Query(*.flq)Questel DARC,系统中存储查询的原本,文件格式,38,9 MDL MolFile (*.mol)MDL(,分子设计有限公司,) MolFile,文件,格式用于其它一些在,Windows,、,Macintosh,和,Unix,环境下的化学,数据库和绘画应用软件,11 Jcamp Spectra(*.jdx,，*,.dx),图谱文件格式，可读入紫外、,质谱、红外、核磁等数据文件,12 MSI ChemNote(*.msm),一种,ASCII,文本文件，可以用于像,ChemNote,一类的应用程序,10 Galactic Spectra(*.spc),银河图谱文件格式,39,13 SMD 4.2 (*.smd)ASCII,文本文件，一般用于检索化学文摘,数据库,14 Windows Metafile(*.wmf),图片文件格式，可以将,ChemDraw,图片传输到其它应用程序中，如,Word,。,WMF,文件格式含有中,ChemDraw,的结构信息，可被,ChemDraw,早期版本编辑,40,一、反应方程式,41,选择,点位,拖动,定位,单击,单击,定位,单击生成双键,拖动生成双键,一、反应方程式,42,双击生成文本框,输入字母,按,Ctrl,键,拖动复制,一、反应方程式,43,一、反应方程式,定位,单击生成一单键,再定位,连续单击生成三单键,定位,双击后输入,OH,44,一、反应方程式,用套索或蓬罩进行部分选择,45,一、反应方程式,按,Ctrl,键,拖动复制,生成独立的两个分子,46,一、反应方程式,选择反应箭头,在两个分子中单击,生成一反应箭头,47,一、反应方程式,箭头上方建立文本框,输入反应条件,48,一、反应方程式,选择电荷,定位,添加负电荷,49,一、反应方程式,选择居中,分子下方建立文本框,50,一、反应方程式,依次输入文本信息,51,一、反应方程式,选择阴影框,将反应方程式全部罩上,52,二、绘制中间体结构,53,二、绘制中间体结构,选择环己烷以建立六员环模型,选择橡皮，擦去六员环一部,54,二、绘制中间体结构,选择单键定位,连续单击生成新的单键,单击单键中央，生成双键,55,二、绘制中间体结构,在原子上定位建立标记,56,二、绘制中间体结构,选择笔工具,在曲线菜单中,选择箭头位于末端,57,二、绘制中间体结构,定位拖动鼠标左键,定位单击生成曲线箭,按,Esc,键退出绘制模式,58,单击箭头,二、绘制中间体结构,用小手形光标移动,造另一虚线,59,小手形光标,选中虚线柄,二、绘制中间体结构,拖动改变,虚线箭形状,按,Esc,键,60,三、复杂环结构,61,三、复杂环结构,选择环己烷；,并添加第一个环,添加第二个环,62,三、复杂环结构,橡皮擦去多余部分,63,三、复杂环结构,选择键工具；单击生成新的单双键,64,三、复杂环结构,在原子上定位建立标记,65,四、,Fischer,葡萄糖结构图,66,四、,Fischer,葡萄糖结构图,选择键工具；连续单击生成五连键,67,四、,Fischer,葡萄糖结构图,建立与五连键垂直的水平键,68,四、,Fischer,葡萄糖结构图,在原子上定位建立标记,69,五、透视图形,70,五、透视图形,选择环己烷,旋转环己烷,在原子上定位建立标记,旋转指示箭头,71,五、透视图形,添加垂直键,按,Alt,键，任意键长,72,五、透视图形,选择套索工具，阴影右下脚按,Shift,键,向上按动，,垂直压缩,50,73,五、透视图形,在原子上定位建立标记,74,五、透视图形,选择黑体楔键,单击下部两侧键的中央,75,五、透视图形,选择黑体键,单击底键的中央,76,六、,Newman,结构,77,六、,Newman,结构,选择键工具；,连续单击生成三键对称结构,按,Ctrl,键,拖动复制,78,六、,Newman,结构,选择键工具；按住,Alt,键，连接两个结构,79,六、,Newman,结构,选择轨道工具,定位中心原子；按住,Alt,键，,按下鼠标键，向外按动建立轨道,80,六、,Newman,结构,部分选择,上面分结构,右上脚双击旋转柄，对话框中输入,180,单击旋转,81,六、,Newman,结构,从,Object,菜单选择,Bring to Front,命令,82,六、,Newman,结构,后面结构移至前面,按,Esc,键,添加阴影框,83,七、立体化学,84,七、立体化学,85,七、立体化学,86,七、立体化学,87,七、立体化学,88,七、立体化学,89,七、立体化学,90,七、立体化学,91,虚键,实键,楔键,虚楔键,3.1,键工具,92,实键,(Solid Bond),双键,(Double Bond),虚键,(Dashed Bond),切割键,(Hashed Bond),切割楔键,(Hashed WedgedBond),黑体键,(Bold Bond),黑体楔键,(Bold WedgedBond),空心楔键,(Hollow WedgedBond),波浪键,(Wavy Bond),93,双键,(Double Bond),异构键,(Tautometic Bond),双抉键,(Double Either Bond),三键,(Triple Bond),双黑体键,(Double Bold Bond),芳香族键,(Aromatic Bond),配键,(Dative Bond),94,Polytoxin(,海葵毒素,),95,更改页面设置,96,改为“横向”,97,更改文档设置,98,点击”,Drawing”,99,选择固定长度,100,改为”,0.6”,101,3.2,环工具,环丁烷,(Cyclobutane Ring),环己烷,(Cyclohexane Ring),环辛烷,(Cyclooctane Ring),环己烷椅式,1(Cyclohexane Chair Ring),苯环,(Benzene Ring),102,环丙烷,(Cyclopropane Ring),环戊烷,(Cyclopentane Ring),环庚烷,(Cycloheptane Ring),环己烷椅式,2(Cyclohexane Chair Ring),环戊二烯,(Cyclopentadiene Ring),103,选择六员环,六员环光标,按住,Ctrl,键，不定域共轭环光标,104,3.3,无 环链工具,无环链工具,无环链光标,按住拖动,105,定位,按住拖动,106,定位，单击,输入键的个数,107,108,先画一半结构；按,Ctrl,键复制,109,点击水平翻转,110,点击垂直翻转,111,橡皮擦去,多余部分,靠近原结构,112,全部选择,113,结合,114,前后顺序错误,前后顺序正确,115,双击,选择后键,116,置后,选择单键,117,Echonomycin(,海胆霉菌素,),D-Ser,L-MeVal,L-Ala,L-Ala,L-MeVal,D-Ser,118,文本,原子标记,4.1,文本,119,使用快捷键输入文本和原子标记,更改快捷键设置,120,字号柄,文本框,按动字号柄，文本框宽度发生变化,121,改变说明文本的字体、字号和字形,说明文本菜单,122,文本字体,123,文本字形,下标,下标,公式,124,文本字号,125,文本行间距,126,127,4.2,原子符号的标记,使用文本工具,建立原子标记框,使用键工具,建立原子标记框,定位,单击,定位,双击,128,使用快捷键输入文本和原子标记,更改快捷键设置,129,标记同位素,选择上标,130,标记电荷,选择上标,131,重复原子标记,选中,自动原子标记,132,重复原子标记,(,快捷方式,),标记原子,新键定位,三击,133,原子标记的调整,原子标记,调整菜单,134,原子标记的调整,Alt + Enter,左对齐,右对齐,135,原子标记自动调整,136,左对齐,右对齐,137,138,5.1,轨道工具,s,-,轨道,单瓣型轨道,d,-,轨道,dz,2,-,轨道,139,s,-,轨道,杂化轨道,p,-,轨道,140,s,-,轨道的绘制,定位原子,选择轨道,点击或,向外按动,141,单瓣型,轨道的绘制,定位原子,点击或,向外按动,选择轨道,142,p-,轨道及杂化轨道的绘制,定位原子,点击或,向外按动,选择轨道,143,5.2,化学符号,环正、负电荷,一般正、负电荷,阴、阳离子,自由基,H-,划,孤对电子,H-,点,144,H-,划：表示沿,Z,轴向平面里进入的氢,H-,点：表示沿,Z,轴向平面外伸出的氢,定位,单击,145,孤对电子,定位,单击,146,电荷符号,定位,单击,147,化学符号,的旋转,选择,旋转,旋转角度,148,6.1,箭头,箭头工具,149,普通箭头,粗体箭头,虚箭头,上半箭头,下半箭头,双头箭头,150,空心箭头,全头曲箭头,半头曲箭头,平衡箭头,后开口空心箭头,151,箭头的绘制,定位,按动,152,箭头的选择,两个编辑块,153,箭头的选择,旋转按钮,154,用箭头指示电荷的转移,155,用箭头指示键角及键长,156,甲,苯,的,溴,化,157,6.2,绘图元素及基元,圆基元工具,椭圆基元工具,基本方框,图形工具,基本线形,图形工具,158,括号工具,短键工具,159,灰圆工具,(,上,),和空心圆工具,(,下,),建立的分子结构,160,线工具绘制的,交叉线是相交的,实键工具绘制的,交叉线是不相交的,161,6.3,弧形工具,90,、,120,、,180,、,270,弧,162,90,弧,163,旋转指示,旋转角度,164,缩放指示,缩放比例,165,6.4,笔工具,笔工具按钮,166,1,定位、单击并按动,2,二次定位、单击并按动,3,三次定位、单击并按动,167,4,鼠标右键，选择是否箭头位于末端,5,选择箭头位于末端,6,取消箭头位于末端,168,笔工具处于编辑状态,笔工具选中编辑部位,169,按动控制柄末端，改变曲线角度,按动控制柄中央，改变曲线长短,170,用笔工具绘制的反应曲线,171,7.1,使用快捷键标记原子,7.1.1,标记最后被绘制的原子,(,方法,1),绘制键,按快捷键,C,172,7.1.2,定位快捷标记原子,(,方法,2),173,7.1.3,选择工具快捷变换原子,(,方法,3),174,7.1.4,标记被选结构中的原子,(,方法,4),175,7.1.5,运用默认快捷键,(,方法,5),1) Enter,键：打开原子标记文本框,2) Space,键：删除原子标记,3) /,键：当指向定位原子时，显示原子属性对话框,4) =,键：显示列举俗名对话框,5) .,键：增加一个连接点,176,7.1.6,快捷键效果,(,方法,6),177,俗名式,7.2,俗名的使用,普通式,178,俗名列表对话框,179,定义俗名,1),建立一个结构，其中含有将定义为俗名的官能团；,2),选择该官能团，其中必须有一个原子，它的一些键被选择，,而其余的键没被选择，用于表示官能团的连接键；,可定义俗名,不可定义俗名,连接键,无连接键,180,3),从,Structure,菜单中，选择,Define Nickname,出现,Define,Nickname,对话框；,4),给俗名输入一个简短的名称；,5),单击,OK,按钮，俗名被定义，即可用此俗名标记原子。,181,定义俗名,输入俗名,182,注意,1),如果定义的俗名符号与元素符号相同，将被警告元素符号,被俗名符号取代；,2),要恢复元素的定义，从,File,菜单中选择,List,俗名，可删除俗名,定义。,183,查看俗名,1),从,File,菜单中，选择,List Nicknames,，出现俗名列表对话框；,184,2),使用快捷键,=,，前提是编辑区必须有一个未被选择的键。,光标移至单键末端,选择俗名,确定,185,7.3,多中心结构,多中心键,多中心键,中心原子,多中心节点,多中心节点,二茂铁,186,187,警示标志的去除与添加,警示标志,显示,(,去除,),警示,188,分别添加多中心节点,189,选择实键工具，在上下两个,中心节点画出上下两根单键,在其中一根单键上标记,Fe,190,另一根键与,Fe,没有连接,选择键的末端，拉动与,Fe,连接,调整对齐,191,键的前后次序错误,键的前后次序正确,192,结构展开,7.4,结构展开与调整,193,展开标记,结构调整,194,结构的符号形式,结构展开,结构调整,195,结构调整,196,7.5,检查化学结构信息,结构分析,197,分析结果窗口,分子式,精确质量,分子量,质谱分析,元素分析,结果粘贴,两位小数,质谱图,198,结果粘贴,199,化合物命名,将结构转化成名称,200,将名称转化成结构,201,1,HNMR,预测,1,HNMR,位移,202,1,HNMR,预测结果,203,预测结果,204,13,CNMR,预测,13,CNMR,位移,205,13,CNMR,预测结果,206,部分预测结果,207,绘制完结构后，,在,ChemF,网站查找相关信息,208,该化合物的,相关数据,209,该化合物的,其它相关数据,210,该化合物的,供应商查询,211,两个查询结果,212,化合物名称,化合物其它名称,213,索取详细资料,214,详细资料展示,215,216,由结构查询,ACX,数据库编号,217,编号显示,218,浏览,ChemS,219,220,浏览,CambridgeS,221,222,浏览,ChemOffice SDK,数据库,223,224,ChemOffice SDK,主页菜单,225,ChemDraw,控件窗口,226,227,有机合成电子刊物,http:/www.orgsyn.org,228,开始检索,229,接受协议,230,检索界面,231,检索条件,1,画出检索条件,2,反应结果列表,3,检索,232,检索结果,检索到,76,个结果，显示,1-5,反应摘要,233,文献全文,本文所在期刊的,卷号及页码,操作过程,注意事项,234,本文被其它论文引用,参考文献,本文所用化合物,及其,CA,登记号,235,9.1,利用键工具建立模型,9.2,利用,Replacement Text,建立模型,9.3,检查结构能量,9.4 ChemDraw,和,Chem3D,信息转换,9.5,分子轨道,(HOMO,及,LUMO),236,9.1,利用键工具建立模型,Chem3D,起始界面,237,9.1,利用键工具建立模型,Chem3D,起始界面,238,选择,轨迹球,单键,双键,三键,虚键,文本,橡皮,239,显示设置,240,显示设置属性,线状模型,棒状模型,球棍模型,圆柱键模型,比例模型,带状模型,241,选择,【,单键,】,工具，在模型窗口向右按动,圆柱键模型,242,线状模型,243,棒状模型,244,球棍模型,245,比例模型,246,带状模型常用于生物分子,247,选择,【,轨迹球,】,工具，使分子模型,在模型窗口沿,X,、,Y,轴旋转,X,、,Y,轴旋转指示,248,选择,【,轨迹球,】,工具并按“,Alt”,键，,使分子模型在模型窗口沿,Z,轴旋转,Z,轴旋转指示,249,模型结构信息,光标位于原子上，,自动显示原子信息,250,光标位于键上，,自动显示键信息,模型结构信息,251,模型的进一步信息,252,模型的键长数据,253,模型的键长和键角数据,254,乙烯模型中的双键信息,255,键级改动,256,显示氢及孤对电子,257,不显示氢及孤对电子的环己烷,原子名称及序数,258,选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号,259,利用,【,键,】,工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应,【,整理结构,】,260,环己烷的椅式构象,261,9.2,利用,Replacement Text,建立模型,使用,【,文本,】,工具输入结构式,262,按,【Enter】,自动转化为模型,263,括号表示支链,264,265,整理结构,266,简单优化,267,4-,甲基,-2-,戊醇模型,268,建立,1,，,2-,双甲基环戊烷模型,269,270,整理结构,271,建立,Ibuprofen(,布洛芬,),模型,272,273,建立十肽菌素模型,274,275,建立十二丙氨酸醇分子模型,276,277,改变显示方式,278,设为线状模型,279,280,设为带状模型,281,a,-,螺旋模型,282,使用子结构建立模型,283,子结构模型库,284,选择所需的子结构，然后复制,285,粘贴复制结果,286,在子结构上进行编辑,287,9.3,检查结构能量,288,模型旋转,对位交叉,289,总能量计算,290,空间位阻能：,0.977kcal/mol,计算结果,291,模型的二面角数据,292,数据与模型对应,293,显示原子符号及序号,294,按动旋转,数据相应改变,295,对位重叠,296,空间位阻能：,3.906kcal/mol,计算结果,297,9.4 ChemDraw,和,Chem3D,信息转换,ChemDraw,中,画出的分子结构,复制粘贴到,Chem3D,中,298,Chem3D,中,画出的分子模型,复制粘贴到,ChemDraw,中,299,9.5,分子轨道,(HOMO,及,LUMO),300,显示轨道时必须选择,301,选择分子轨道,302,选择,HOMO,轨道,HOMO,轨道显示,303,乙烯分子的,HOMO,轨道,304,选择,LUMO,轨道,LUMO,轨道显示,305,乙烯分子的,LUMO,轨道,306,10.1,数据库检索,10.2,反应查询,10.3,表单的制作,10.4,数据库连接,10.5,建立自己的数据库,10.6,制作子表单,307,10.1,数据库检索,打开数据库文件,308,双击编辑,309,From ChemFinder,310,选择,【,子结构,】,311,选择,【,类似,】,312,选择,【,查找,】,313,查找结果：数据库中,285,条记录，含有苯环子结构,及类似物结构的记录,132,条，此为第一条,314,转为列表形式,315,或在“,View”,菜单中使用“,Data Table”,命令的,子命令“,In Separate Window”,316,数 据 库 进 行 排 序,317,使用文本进行检索,318,输入检索条件，,分子式,C,6,N,2,319,开始检索,320,检索结果,321,输入检索条件，,分子名称,benz,322,检索结果,323,324,使用数字进行检索,输入检索条件，,分子量在,90-100,325,检索结果,326,混合检索,327,328,10.2,反应查询,329,330,反应查询窗口,331,输入查询条件,332,333,产物查询,334,标记反应中心,335,标记反应符号,336,回到检索窗口,337,338,339,反应过程查询,340,341,342,限制性反应过程查询,必须大写,343,344,345,10.3,表单制作,(,选择,)Selection,(,数据框,)DataBox,(,边框,)Frame,(,数据边框,)Framed Boxed,(,文本,)Text,(,图片,)Picture,(,按钮,)Button,(,子表,)Subform,(,栅格,)Grid,346,起始界面,347,348,同样方法建立多个数据框,349,数据框标记,350,保存为,tut3.cfw,351,10.4,数据库连接,352,结构数据来源,353,打开数据库,354,选择要连接的数据库,355,CS_DEMO,数据中的数据类型,356,结构数据连接,357,结构数据连接显示,358,名称数据来源,359,名称数据连接结果,360,分子式数据来源,361,分子式数据连接结果,362,文件保存为,tut4a.cfw,363,10.5,建立自己的数据库,先建立表单，命名为,mydb.cfw,364,结构数据来源中,选择创立数据库,365,要创立的数据库的名称,366,创立的数据库,的数据类型,367,建立沸点字段,368,建立字段,369,字段名称,字段数据类型,370,字段建立完毕,371,字段的分配,372,输入数据,自动产生,373,10.6,制作子表单,建立子表单,374,子表单名称,375,子表单数据来源,376,子表单数据类型,377,子表单数据性质,378,子表单数据未连接,379,子表单与主表单的连接,380,子表单数据显示,381,美国化学学会,(America Chemical Society),382,美国化学学会,(America Chemical Society),383,384,385,386,387,388,389,390,