附表：有效信息位点列表

.无创产前亲子鉴定遗传咨询报告一 检测结论检测结果支持“韩梅梅”胎儿DNA样品与“李磊”提供的DNA样品之间符合孟德尔遗传定律，即DNA样品的提供双方符合生物学亲子关系。待测样品的累计父权指数（CPI）为5.51E+82，亲权概率为99.99。在本报告中，胎儿DNA样品为检测对象，男方提供的为待测样品。二 样品信息检案号：PPT2017070581委托人：韩梅梅检测对象样品：血液待测样品类型：血液受理日期：2017年6月29日检测日期：2017年7月11日本报告属于实验室科研检测报告，仅对本次送检样本负责，不作为司法鉴定用途。三 检测方法本检测方法使用高通量测序技术，对孕妇外周血中的游离DNA进行测序和分析，筛选出胎儿特异的SNP位点（在本检测中称为信息位点）并与待测样品的测序结果进行比对，检验两个样品是否符合孟德尔遗传定律。具体方法如下：1. 在高速离心机中分离血液，获得血浆；2. 提取血浆和待测样品中的DNA；3. 采用高通量测序和液相杂交捕获技术对样品进行测序；4. 使用超级计算平台对测序结果进行分析；5. 如果胎儿浓度达到要求，出具报告；如果胎儿浓度过低，需要重新抽取孕妇外周血。四 检测结果1. 待测样品SNP分型清晰，无污染，符合质控标准；图1. 待测样品SNP分型图。蓝色和红色用于标识不同的染色体。2. 从检测对象中分析筛选出379个信息位点，符合质控标准；3. 与待测样品SNP分型结果比对后，信息位点中有1个位点不符合孟德尔遗传定律，错配率为0.2639%；4. 所有信息位点在22条常染色体上的分布情况，绿色为符合孟德尔遗传定律的信息位点，红色为不符合孟德尔遗传定律的信息位点；图2. 所有检测位点在染色体上的分布。最外圈为染色体，内侧三个圈为待测样品，母本样品和胎儿样品的SNP分布，灰色为非信息位点，绿色为符合孟德尔遗传定律的信息位点；红色为不符合孟德尔遗传定律的信息位点。左下图为待测样品不符合亲子关系的对照示意图；右下为待测样品符合亲子关系的对照示意图。五 检测原理科学研究发现在孕妇的外周血中可以检测到来自胎儿的游离DNA片段。通过抽取孕妇的静脉血，分离得到血浆后，可以采用基因检测的方法对血浆中的胎儿DNA进行检测分析，目前已经成功应用于产前的唐氏筛查，准确率大于99%。本检测方法就是以孕妇外周血中的胎儿游离DNA为检测对象，与待测样品DNA进行比对，实现无创的产前亲子鉴定。六 常见问题1. 怀孕多久可以接受检测？建议孕周7周以上。一般来说外周血中的胎儿浓度会随着孕周的增加而升高，虽然孕5周就有可能检测到胎儿DNA，但此时胎儿浓度较低，个体差异造成的波动较大，需要重新送样的风险较大。2. 因为胎儿浓度不足需要重新送样的概率有多大？ 孕周满7周的情况下，大概有1%左右的样品因为胎儿浓度不足需要重新送样。目前学术界对胎儿浓度的影响因素并没有很清晰的认知。除了孕周以外，孕妇以及胎儿的疾病或生理状况都会影响胎儿浓度，而孕妇肥胖或抽血前剧烈运动也会影响外周血中的胎儿浓度。3. 如果因为胎儿浓度不足要重新送样，会在什么时候告知客户？ 胎儿浓度评估需要在完成所有的实验，在对测序结果进行分析之后才能进行，所以只能在接近报告日期的时候才能最终判别样品中的胎儿浓度是否达到质控标准。4. 什么叫SNP位点？ SNP是单核苷酸多态性的英文首字母缩写。人类基因组由30亿对碱基组成，其中的绝大部分碱基位点在不同个体之间是没有差别的，但有一部分碱基在不同人之间存在差异，这些在人群中具有多态性的位点就被称为SNP位点，它们是很好的遗传标记物，已广泛应用于群体遗传、药物基因组以及法医物证领域。5. 什么叫信息位点？ 孕妇血浆游离DNA是孕妇和胎儿DNA的混合物，其中约有90%的片段属于孕妇，10%来自胎儿。本检测对游离DNA混合物进行基因检测，通过前沿的高通量测序和生物信息学分析来识别并筛选胎儿特异的SNP位点，这些位点就叫信息位点。6. 为什么符合亲子关系的样品还会有不符合孟德尔遗传定律的位点？ 高通量测序技术大约有0.3%左右的错误率，在测序数据量很大的情况下，会不可避免地出现一些测序错误。此外，在遗传的过程中也存在一定比例的基因突变，所以符合亲子关系的样品不一定100%的信息位点都符合孟德尔遗传定律。这两个原因引起的错配率与不符合亲子关系样品之间的错配率差距非常明显（参考图2），不会干扰结果的准确性。7. 无创亲子鉴定和传统亲子鉴定有什么区别？ 无创亲子鉴定以孕妇外周血的游离DNA为检测对象，是一个母体和胎儿的DNA混合物，而且DNA总量很低，胎儿浓度只有10%左右，检测的技术难度很大。传统的亲子鉴定是在孩子出生后，或在产前通过羊水穿刺或绒毛取样的方法获得孩子的样品，纯度高，检测难度小。无创亲子鉴定是以SNP位点作为遗传标记，位点数量多，每个SNP位点一般为两态；传统亲子鉴定是以STR作为遗传标记，位点个数在20个左右，每个STR位点多态性较高。无创亲子鉴定采用前沿的高通量测序技术（也称为二代测序），而传统亲子鉴定采用相对传统的一代测序技术。8. 无创亲子鉴定的准确率高吗？无创亲子鉴定的准确率在99%以上。参考文献 1.Lo, Y.M.D., et al., Presence of fetal DNA in maternal plasma and serum. The Lancet, 1997. 350(9076): p. 485-487. 2.Norton, M.E., et al., Cell-free DNA analysis for noninvasive examination of trisomy. N Engl J Med, 2015. 372(17): p. 1589-97. 3.Nicolaides, K.H., et al., Validation of targeted sequencing of single-nucleotide polymorphisms for non-invasive prenatal detection of aneuploidy of chromosomes 13, 18, 21, X, and Y. Prenat Diagn, 2013. 33(6): p. 575-9. 4.Sparks, A.B., et al., Noninvasive prenatal detection and selective analysis of cell-free DNA obtained from maternal blood: evaluation for trisomy 21 and trisomy 18. Am J Obstet Gynecol, 2012. 206(4): p. 319.e1-9. 5.Guo, X., et al., A noninvasive test to determine paternity in pregnancy. N Engl J Med, 2012. 366(18): p. 1743-5. 6.Ryan, A., et al., Informatics-based, highly accurate, noninvasive prenatal paternity testing. Genetics in medicine, 2013. 15(6): p. 473-477. 7. Borsting, C. and N. Morling, Next generation sequencing and its applications in forensic genetics. 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Forensic Science International: Genetics, 2014. 13: p. 128-133.16 / 16.附表：有效信息位点列表检测位点编号染色体父本基因型母本基因型胎儿基因型是否错配23chr1T|TC|CC|T-34chr1C|CG|GC|G-35chr1T|TC|CC|T-42chr1G|AA|AG|A-45chr1C|CA|AA|C-48chr1A|AG|GG|A-62chr1A|AG|GG|A-67chr1A|AG|GG|A-74chr1C|TC|CC|T-81chr1C|CT|TC|T-85chr1G|AA|AG|A-96chr1G|GA|AG|A-100chr1G|GA|AA|G-103chr1A|AC|CC|A-116chr1C|TC|CC|T-145chr1T|GT|TT|G-148chr1C|TC|CC|T-151chr1G|CG|GG|C-183chr1C|AA|AC|A-184chr1T|CC|CT|C-195chr1T|CC|CT|C-197chr1T|GG|GT|G-205chr1G|GA|AG|A-252chr1C|AC|CC|A-260chr1T|TG|GG|T-268chr1A|AG|GG|A-294chr1G|AG|GG|A-299chr1C|CG|GG|C-329chr1A|GA|AA|G-399chr2G|GC|CG|C-410chr2G|GA|AG|A-420chr2C|AC|CC|A-440chr2A|AG|GG|A-456chr2C|TC|CC|T-458chr2T|CT|TT|C-460chr2A|AG|GA|G-492chr2G|AG|GG|A-497chr2T|TC|CT|C-508chr2A|GA|AA|G-514chr2G|AA|AG|A-516chr2G|GA|AA|G-521chr2G|CC|CG|C-524chr2T|CC|CT|C-534chr2G|AG|GG|A-535chr2A|GA|AA|G-561chr2C|TC|CC|T-588chr2G|AG|GG|A-595chr2A|CA|AA|C-607chr2G|TT|TG|T-638chr2C|AC|CC|A-649chr2G|TG|GG|T-686chr2C|CG|GC|G-699chr2A|GA|AA|G-702chr2C|TC|CC|T-736chr3T|CT|TT|C-762chr3C|CT|TT|C-772chr3C|CG|GG|C-777chr3C|CA|AC|A-784chr3C|CT|TT|C-786chr3C|CT|TT|C-802chr3A|GA|AA|G-805chr3C|AC|CC|A-816chr3G|GA|AG|A-902chr3A|AG|GG|A-907chr3G|GA|AG|A-926chr3T|CT|TT|C-940chr3G|AA|AG|A-948chr3A|AC|CA|C-957chr3G|GA|AA|G-970chr3G|GA|AA|G-983chr4T|CT|TT|C-991chr4G|AA|AG|A-1004chr4T|TC|CT|C-1013chr4G|AG|GG|A-1065chr4G|TG|GG|T-1068chr4A|GG|GA|G-1069chr4G|GC|CC|G-1075chr4C|TC|CC|T-1107chr4T|CC|CT|C-1124chr4A|GG|GA|G-1136chr4C|CG|GC|G-1148chr4C|GC|CC|G-1149chr4G|AG|GG|A-1164chr4G|TT|TG|T-1187chr4G|CC|CG|C-1189chr4G|CC|CG|C-1202chr4C|CT|TC|T-1227chr4C|TT|TC|T-1229chr4G|AA|AG|A-1232chr4C|TC|CC|T-1253chr5T|AT|TT|A-1269chr5G|AG|GG|A-1286chr5C|CT|TT|C-1294chr5C|TC|CC|T-1300chr5C|TC|CC|T-1332chr5G|AG|GG|A-1355chr5A|AG|GG|A-1401chr5G|GA|AA|G-1406chr5C|CT|TT|C-1409chr5G|AA|AG|A-1495chr5G|GA|AA|G-1506chr5C|CT|TC|T-1509chr6T|CT|TT|C-1529chr6C|TC|CC|T-1537chr6T|AA|AT|A-1546chr6G|AA|AG|A-1566chr6C|AA|AC|A-1568chr6A|AC|CA|C-1607chr6G|GA|AG|A-1651chr6T|CT|TT|C-1672chr6G|AG|GG|A-1674chr6T|TC|CT|C-1678chr6A|AG|GA|G-1682chr6A|GA|AA|G-1689chr6G|GA|AG|A-1692chr6A|GA|AA|G-1717chr6C|CA|AA|C-1723chr6C|CA|AA|C-1732chr6G|GA|AG|A-1766chr6C|AA|AC|A-1797chr6C|TT|TC|T-1798chr6C|CA|AC|A-1826chr6C|CA|AA|C-1838chr7C|AC|CC|A-1847chr7G|TG|GG|T-1868chr7T|CC|CT|C-1891chr7C|TC|CC|T-1976chr7T|CT|TT|C-1984chr7C|TC|CC|T-1999chr7C|CG|GG|C-2016chr7T|AA|AT|A-2028chr7G|CC|CG|C-2030chr7G|GA|AG|A-2034chr7A|TT|TA|T-2036chr7G|CG|GG|C-2052chr7A|GG|GA|G-2054chr7C|CA|AA|C-2057chr7C|CG|GC|G-2060chr7T|CT|TT|C-2092chr8G|AA|AG|A-2101chr8C|CT|TC|T-2108chr8C|TT|TC|T-2116chr8A|CC|CA|C-2130chr8G|GA|AA|G-2133chr8A|AG|GA|G-2139chr8A|AG|GG|A-2145chr8C|TC|CC|T-2167chr8A|AG|GG|A-2199chr8G|AG|GG|A-2239chr9C|TT|TC|T-2242chr9G|AG|GG|A-2246chr9T|CC|CT|C-2287chr9G|AG|GG|A-2290chr9C|TT|TC|T-2298chr9C|TC|CC|T-2316chr9T|AT|TT|A-2328chr9T|TC|CT|C-2345chr9G|AA|AG|A-2359chr9G|GC|CG|C-2387chr9C|CT|TT|C-2393chr9G|GA|AG|A-2416chr9G|AA|AG|A-2467chr9T|CT|TT|C-2469chr9A|GG|GA|G-2484chr10A|AG|GG|A-2490chr10A|GG|GA|G-2492chr10G|AA|AG|A-2497chr10G|AG|GG|A-2502chr10C|TT|TC|T-2505chr10A|AA|AG|A错配2532chr10A|GG|GA|G-2573chr10T|CT|TT|C-2607chr10T|CT|TT|C-2624chr10C|CT|TT|C-2643chr10A|CA|AA|C-2654chr10A|GA|AA|G-2714chr10A|GA|AA|G-2751chr11C|TC|CC|T-2769chr11C|CG|GC|G-2774chr11C|AC|CC|A-2795chr11G|GA|AA|G-2796chr11T|AA|AT|A-2813chr11T|GT|TT|G-2819chr11C|AC|CC|A-2820chr11G|GA|AG|A-2834chr11T|CC|CT|C-2847chr11T|CT|TT|C-2855chr11A|AG|GA|G-2874chr11A|AG|GA|G-2918chr11G|GA|AG|A-2932chr11G|GA|AG|A-2939chr11A|AG|GA|G-3001chr11C|TT|TC|T-3004chr11A|AG|GA|G-3006chr11A|AG|GA|G-3019chr11C|TC|CC|T-3026chr11G|GA|AA|G-3045chr11G|AG|GG|A-3053chr11G|AA|AG|A-3057chr11C|GC|CC|G-3069chr12C|TT|TC|T-3071chr12C|CT|TC|T-3077chr12T|CC|CT|C-3080chr12A|CC|CA|C-3081chr12G|GA|AG|A-3097chr12G|GA|AG|A-3100chr12G|GA|AG|A-3153chr12T|TC|CC|T-3177chr12G|AA|AG|A-3194chr12A|GG|GA|G-3250chr12T|CT|TT|C-3265chr12T|GG|GT|G-3324chr13T|TA|AT|A-3387chr13A|AG|GA|G-3395chr13C|TC|CC|T-3404chr13G|GA|AG|A-3405chr13A|TT|TA|T-3407chr13C|CT|TC|T-3430chr13T|GT|TT|G-3444chr13T|TC|CT|C-3445chr13A|GG|GA|G-3471chr13G|AG|GG|A-3485chr14T|CT|TT|C-3493chr14A|CC|CA|C-3495chr14G|GA|AG|A-3497chr14G|GC|CC|G-3516chr14T|TC|CC|T-3520chr14G|AA|AG|A-3537chr14T|CT|TT|C-3550chr14C|GC|CC|G-3555chr14C|CT|TC|T-3563chr14A|AG|GA|G-3566chr14G|GA|AG|A-3598chr14C|CA|AC|A-3606chr14T|TC|CT|C-3632chr14C|TT|TC|T-3655chr15G|GA|AA|G-3675chr15C|CT|TT|C-3720chr15G|CC|CG|C-3721chr15T|TC|CC|T-3762chr15G|AA|AG|A-3764chr15C|TT|TC|T-3774chr15C|CT|TT|C-3793chr15G|GA|AA|G-3811chr15T|CT|TT|C-3822chr15G|AG|GG|A-3830chr15A|AG|GA|G-3838chr15T|GG|GT|G-3878chr16G|AG|GG|A-3901chr16A|AG|GG|A-3912chr16G|GA|AG|A-3917chr16C|CT|TC|T-3925chr16C|CA|AA|C-3969chr16C|CT|TC|T-3971chr16G|AG|GG|A-3994chr16C|CG|GC|G-4010chr16C|TC|CC|T-4022chr16T|GT|TT|G-4026chr16T|GT|TT|G-4040chr16A|GG|GA|G-4046chr16T|CT|TT|C-4061chr17C|CT|TT|C-4069chr17A|GA|AA|G-4090chr17A|AG|GG|A-4158chr17T|TC|CC|T-4186chr17T|TC|CC|T-4198chr17G|AA|AG|A-4205chr17T|GG|GT|G-4227chr17G|GC|CG|C-4228chr17T|TC|CC|T-4268chr18T|CT|TT|C-4280chr18C|TT|TC|T-4286chr18G|AG|GG|A-4302chr18G|GA|AA|G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