内参基因选择相关软件

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,内参基因选择相关软件,GeNorm,程序,BestKeeper,程序,NormFinder,程序,获得最稳定的内参基因,相关软件,GeNorm,程序是,Jo Vandesompele,于,2002,年编写的专门用,qPCR,方法选择内参基因的程序。,geNorm,程序,核心原理,是：不同实验条件或不同组织细胞中，,2,个理想看家基因表达水平的比值在所有样本中应当一致，表达水平比值变异度的增加意味着看家基因表达稳定性的下降。该程序将某一看家基因与其他看家基因表达水平的两两比值经对数变换后，计算其平均标准差作为基因表达稳定度的平均值,M,。对所有候选看家基因的表达稳定度进行排序，看家基因的,M,值越小，表示该看家基因的表达越稳定。,GeNorm,程序可以用于筛选任何组细胞的任意数量内参基因，选择出,2,个以上，而不是传统地使用单一内参基因，有利于系统偏差的校正，得到更可靠的相对定量结果。另外,geNorm,程序可以利用对标准化因子进行差异分析确定所需看家基因的最适数目。,参考文献：,Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by,geometric averaging of multiple internal control genes,，,2002,，,Genome,Biology,GeNorm,例如：,GeNorm,计算公式,参考文献：,Determination of stable housekeeping genes, differentially regulated target genes and sample integrity: BestKeeperExcel-based tool using,pair-wise correlations,，,2004,，,Biotechnology Letters,BestKeeper,BestKeeper,是,Michael,等,(2004),编写的针对内参基因和目标基因进行选择的程序。,BestKeeper,软件可以比较,100,个样品中,10,个内参基因和,10,个目标基因的表达水平。具体操作是把原始数据输入,BestKeeper,软件的,Excel,表格中，内参基因和目标基因进行单独分析。,BestKeeper,程序在每个基因之间产生配对的相关系数和,BestKeeper,指数（每个候选基因,Ct,值的几何平均数），根据其值的大小进行比较。其优点是不但可以分析内参基因的稳定性，而且可以比较目标基因的表达水平。,参考文献：,Normalization of Real-Time Quantitative Reverse Transcription-PCR Data: A Model-Based Variance Estimation Approach to Identify Genes Suited for Normalization, Applied to Bladder and Colon Cancer Data Sets,，,2004,，,cancer research,NormFinder,NormFinder,程序是用于选择合适内参基因的工具，由,Claus,等,2004,年编写其运行原理与,geNorm,程序类似，产生基因表达稳定值,然后根据稳定值排序，最终将表达稳定值最小的基因作为最稳定的基因。其缺点是只能选择一适的内参基因作标准。而,geNorm,程序通过基因配对的形式,筛选出最不稳定基因，然后将剩下基因重新排序重新配对进行筛选，最终选出适当数目的合适基因。,