影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件

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APR,中国科学院分子影像重点实验室,2017年8月13日,国家对癌症的重视,2015年9月,国家卫计委、发改委等16个部门联合印,发中国癌症防治三年行动计划(2015-2017年),国家卫生计生委疾病预防控制局,全国爱国卫生运动委员会办公室,4项定量指标:,重点地区、癌症,你:爸丙,和早诊率达到50%,关于印发中国癌症防治三年行动计划(20152017年)的通知,肿瘤登记覆盖全,国30%以上人口,省、自治区、直辖市及新生产速设兵团卫生计生委(卫生同)、发展改苹委、教育厅,科技厅(变、同)、工业和信息化主管部门、民政厅(屉)、财政厅(局)、人力,念癌症防治核心知,障厅(同),环境保护厅(同)、农业(农钦、农村经济)厅(卖、局),新闻出版广电,同、安全生产监督管理局、食品药品监督管理局、知识产权同、中医药管理局:,识知晓率达60%,为积极做好痉症防治工作,尽快迟制我国痉症上升势头,保护和增进人民群众身体偿康,促逆经,可实(x计们不上却x成人吸烟率下降,落实各项策和保障捐,保证计划目标如期实现,3%,附件:中国瘗症防治三年行动计划(20152017年)docx,随着时代的进步和科技的发展,信息技术成了现代教学的一个重要工具,改变了千百年来,教师以粉笔、教鞭做教学工具的陈旧教学模式,取而代之的是以鼠标与键盘为手段的新教学模式。减轻了教师的教学劳动强度、拓宽了学生的视野、增添了学生的学习兴趣、增加了学生知识掌握量。同时也缩小了城乡教师的差距。让农村学生坐在教室里就能听到名师的讲课。但是这些技术在偏远的农村却出现了“瓶颈”,制约了网络信息在教学中的进一步应用。那么怎样才能将这朵技术之花,盛开在农村课堂教学之中呢?下面我就农村网络技术培训中出现的种种问题及解决方法与业内同行们商榷。,1.农村学生家长对网络信息技术的认识不足,由于应试教育和实用主义的思想在农村家长的心理根深蒂固。有的家长见到老师后反映,现在中考、高考学生的学习压力本来就很大,再学那么多没有的东西多浪费时间呀。小学生,主要是学着写写字、算算数、画画什么的实用能力。用电脑上课了,老师这连字都不写了,学生能跟着写字呢?针对这个问题,我组织的家长会,给家长上了一节以网络技术为载体的书法课,课件用的是北京的一位书法家的作品。家长们看后,感到这的确是一种好的教学方法。学校不但要用网络上课,而且要上好信息技术课。,2.老龄教师接受网络信息技术能力差,难以灵活运用网络信息技术,课堂上经常看到这样的现象,一边是现代信息技术的高端配置,一边是老师那呕心沥血用粉笔、教鞭给学生灌输那些简单得不能再简单的书本知识。可学生听的很少。我跟老师谈了几次运用网络技术的好处。老师的回答让我感到很意外,我们连开机关机都不会,怎么让我上网呢?是啊!这些老师,他们都五十多岁了,在农村教学三十多年,用惯了传统的教学模式,怎么才能让他们运用先进的教学设备,我要想尽办法让他们用上信息网络技术。于是我让年轻教师和年长的教师结成对子,老教师把丰富的教学经验传授给年轻教师,年轻教师教会老教师信息技术。经过一年多的努力现在所有的老师都熟练的运用信息技术教学了。,3.信息技术在农村教学中的应用还应该解决各科知识渗透的问题,在培训中,我明白了信息技术在教育中的应用,要求教师必须提高知识的专业性。而且清楚地认识到随着以计算机为核心的信息技术在教育中的广泛应用,教师不是像以前那样,单凭一张嘴、一支粉笔、一块黑板即可进行教学,而是综合应用多种媒体技术,利用多媒体和网络,以及利用幻灯、投影、录音、录像等电教设施开展教学。所以这种教学必然要打破传统的传授式的教学模式,而构建出适应信息社会的新型教学模式来。我深深地体会到了信息技术与各学科的密切联系,信息技术今后将成为教师教学和学生学习的重要工具。在新课程改革的形势下,未来教育应溶入先进的教学理念与最新的信息技术,致力于信息技术在课堂上的有效应用,提高课堂教学效果,冲击着传统教学模式。学生通过掌握计算机的基本操作,让学生利用各种渠道收集数据,并对所收集的数据进行整理、分析。充分发挥学生自主探究、合作学习的能力,通过对所收集的数据加以综合分析达到学习的目的,使学生可以更好地利用信息技术提高学习水平,4.使用信息技术教学也不能完全地放弃传统教学。传统教学方式在我国已经形成了几千年,很多的优秀人才是在这种教育方式培养出来的。教师与学生的距离近,情感丰富,对于知识的掌握、能力的提高有很多的帮助。我们因地制宜地解决了很多信息技术和传统教学结合的鲜活的案例,在集体讨论和辅导老师的点拨下,我们进一步理解了信息技术对现代教学产生的重大意义,掌握了信息技术和传统教学的优化方法。不但丰富了我们的教学基本理论知识,而且对我们今后的教学活动有很大帮助,可以将这些知识运用到教学实践中,对所任教的学科进行教学规划设计,梳理教学思路,加深对教材的理解,课堂教学毕竟是人与人的活动。再先进的教学方法也只能是一种工具。能够把信息技术教学和传统意义上的教学方法结合起来才是一种科学的教学手段。,5.由于地域因素影响了农村网络信息技术的发展,有时候还受到农村学校设备的落后和线路老化问题。学校电脑配置低、网速慢、电脑多, 有时候三十多台电脑同时上网,经常会出现死机卡机现象,影响了老师对信息技运用的热情。这种情况要随着技术的不断提高而得到解决。网络故障极为普遍故障种类也十分繁杂。如果把网络故障的常见故障进行归类查找那么无疑能够迅速而准确的查找故障根源解决网络故障。下面主要就网络常见故障的分类诊断进行了阐述。,第一个常规问题是关于电缆的问题。有些计算机的HABER上连接有多台电脑在不小心有物品挤压或是推搡的过程中可能会损害网络的插口。网络插口处的灯是否是亮的然后再检查计算机与插口之间的电缆是否有断开或是破裂的痕迹,还要看看计算机电缆两边的接口是否松动。如果有适当的一点行动就可以使计算机恢复到上网的状态。一般情况下端口故障是某一个或者几个端口损坏。所以在排除了端口所连计算机的故障后,可以通过更换所连端口来判断其是否损坏。遇到此类故障可以在电源关闭后,用酒精棉球清洗端口。如果端口确实被损坏那就只能更换端口了。,第二个常规问题是有时候在网管进行网络配置和检查的时候会发生断网。可以尝试着用其他的计算机去连接到办公室线路检查是否可以建立链路。如果大家都不可以,说明计算机主机端口可能被网管关闭所以计算机才无法连接。还要检测下端口配置以确保端口可用且已按正确的 VLAN 进行配置。这样的问题只能与网管取得联系请他打开端口并保持配置正常。,网络信息技术是一种先进的教学过程,和别的新生事物一样,它真正得走入课堂不是一帆风顺的,它要与传统的教学模式进行磨合,并与之融合,形成一套真的服务于课堂教学的科学的方式,同时也需要教学设备的更新和教育工作者的努力。对于信息技术教学活动,我们是永远走在路上的追求者。,1.问题的提出,在天津大学编写的无机化学教材中,对于分子轨道理论(The Molecular Orbital Method)的基本概念做了如下描述:在分子中任何电子可看成在其所有核和其余电子所构成的势场运动,描述分子中单个电子运动状态的波函数被称为分子轨道;分子轨道可由原子轨道线性组合而成;n个原子轨道线形组合成n个分子轨道;每一分子轨道有一相应能量,分子的总能量等于被电子占据的分子轨道能量的总和;分子轨道同原子轨道一样,容纳电子时也遵循能量最低原理,Pauli原理,Hund规则。该教材将原子轨道组合成分子轨道用图1来描述,该描述中用“+”和“-”表示不同组合方式,分别形成成键轨道和反键轨道。对于这种描述,学生往往不能理解,会提出各种各样的问题。其实,“组合”这个词在这里解释为“原子轨道的叠加”,其中有一半分子轨道分别由正负符号相同的两个原子轨道叠加而成,两核间电子的概率密度增大,其能量较原来的原子轨道能量低,有利于成键,称为成键分子轨道(bonding molecular orbital),如、轨道。另一半分子轨道分别由正负符号不同的两个原子轨道叠加而成,两核间电子的概率密度很小,其能量较原来的原子轨道能量高,不利于成键,被称为反键分子轨道(antibonding molecular orbital),如*、*轨道。把能量等于原子轨道能量的分子轨道称为非键分子轨道(non-bonding molecular orbital)。,2.案例教学,2.1成键轨道、反键轨道和非键轨道,为了对分子轨道理论的基本概念有更好的理解,在课堂教学中通过举例1阐述一些基本概念。,烯丙基正离子、自由基和负离子,其原子轨道通过不同的组合方式,所形成的成键轨道、反键轨道和非键轨道也不相同,可如图2表示。烯丙基正离子只在成键轨道上有成对电子,而烯丙基自由基在非键轨道上还有一个单电子,烯丙基负离子在非键轨道上还有成对电子。从图2可以看出,形成分子轨道后,其键能大小依次为:烯丙基正离子?烯丙基自由基?烯丙基负离子,也就是说这三者之中,烯丙基正离子能量最低,最活泼,最容易给出电子参与反应。将深奥的分子轨道理论用这种简单明了的示意图解释,同学们听了很容易理解,对其他类似问题也会用这种办法进行分析。,2.2最高占有分子轨道、最低未占有分子轨道和前线轨道,在分子轨道中,可能含有几个成键轨道,是不是都会参与成键呢?其实在分子轨道理论中还有一种前线轨道理论的概念。在电子占有的分子轨道中,能量最高的分子轨道叫做最高占有分子轨道最高占有分子轨道(Highest Occupied Molecular Orbital,HOMO);在电子未占有的分子轨道中,能量最低的分子轨道叫做最低未占有分子轨道(Lowest Unoccupied Molecular Orbital,LUMO)。把分子轨道中最高占有分子轨道和最低未占有分子轨道统称为前线轨道(Frontier Molecular Orbital)。处在前线轨道中的电子就像原子轨道中的价电子一样是化学反应中最活泼的电子,是化学反应的核心。换句话说,只有前线轨道才可能参与成键。,1,3-丁二烯分子中的四个p轨道线性组合成四个分子轨道,其能级分布和电子填充如图3所示。从图3可以看出,处于成键轨道中的HOMO轨道上的电子是最活泼的电子,容易给出电子,形成化学键。,为了更形象地展示前线轨道HOMO和LUMO,采用高斯(Gaussian)软件模拟计算了一种缓蚀剂分子二乙基二硫代氨基甲酸钠(DDTC)的分子结构,含有碳硫双键2。图4为DDTC的分子结构、HOMO和LUMO。从HOMO图上可以看出,电子云在碳硫双键上重叠,两个硫原子上的电子云密度最大,碳硫双键上硫原子最可能给出电子参与成键。通过量化计算将分子轨道中的活性位点直观地表现出来,同学们能实实在在地感受到分子轨道理论解释化学活性问题带来的便利性。,为了进一步直观显示DDTC在铜表面的吸附情况,采用SIESTA软件对其吸附过程进行模拟。图5为DDTC在铜表面的平衡吸附模型。从图5可以看出,DDTC在铜表面的吸附正是通过DDTC上的两个硫原子与铜原子成键完成的。因为硫原子上有未成键的孤电子对,而铜原子的d轨道上有空轨道,满足了形成配位键的基本条件,所以DDTC能牢固地吸附在铜表面。,咪唑啉分子是另一类非常有效的金属缓蚀剂。我们采用Materials Studio软件计算了2-十一烷基-N-羧甲基-N-羟乙基咪唑啉(UHCI)的HOMO和LUMO(图6),并模拟了在水溶液中其在铁表面的吸附模型(图7)。从HOMO图上可以看出,电子云在羧甲基上的重叠密度很大,羧基上的氧原子最可能给出电子参与成键。从图7可以看出,由于UHCI通过羧基上的氧原子牢固地吸附在铁表面,将水分子与铁表面隔开,从而保护铁免于腐蚀。,这两个例子通过分子轨道理论很好地解释了成键分子中的活性位点,以及如何与金属成键,直观、易懂,学生更容易理解。通过分子轨道理论的举例教学,不但将微观的分子结构立体地展现出来,而且很好地阐述了不同物质间的化学相互作用本质。这种教学方式有利于学生理解深奥难懂的概念及理论,从而提高学生的学习兴趣。,3.小结,通过举例教学,将分子轨道理论中一些比较抽象难懂的概念以示意图、模拟图的形式展示出来,有利于学生理解和掌握。这将在原子轨道理论、晶体结构等物质结构理论中进一步丰富举例教学的内容,提高学生学习兴趣。,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用31、别人笑我太疯癫,我,1,影像组学及其在肿瘤研,究与临床中的应用,田捷PhD,Fellow of eEE. sPle IAMBE. AMMBE. APR,中国科学院分子影像重点实验室,2017年8月13日,影像组学及其在肿瘤研,2,国家对癌症的重视,2015年9月,国家卫计委、发改委等16个部门联合印,发中国癌症防治三年行动计划(2015-2017年),国家卫生计生委疾病预防控制局,全国爱国卫生运动委员会办公室,4项定量指标:,重点地区、癌症,你:爸丙,和早诊率达到50%,关于印发中国癌症防治三年行动计划(20152017年)的通知,肿瘤登记覆盖全,国30%以上人口,省、自治区、直辖市及新生产速设兵团卫生计生委(卫生同)、发展改苹委、教育厅,科技厅(变、同)、工业和信息化主管部门、民政厅(屉)、财政厅(局)、人力,念癌症防治核心知,障厅(同),环境保护厅(同)、农业(农钦、农村经济)厅(卖、局),新闻出版广电,同、安全生产监督管理局、食品药品监督管理局、知识产权同、中医药管理局:,识知晓率达60%,为积极做好痉症防治工作,尽快迟制我国痉症上升势头,保护和增进人民群众身体偿康,促逆经,可实(x计们不上却x成人吸烟率下降,落实各项策和保障捐,保证计划目标如期实现,3%,附件:中国瘗症防治三年行动计划(20152017年)docx,国家对癌症的重视,3,癌症诊疗的挑战(1/2,N=1,950,388,IME,Updated May 12, 2014,Liver and IntrahepaticBile Duct -Lung and Bronchus,HQM下o,-+Pancreas,-Stomach,40,CANCERI,2013年4月1日时代杂志封面,Data from National Cancer Institute of NIH (2014),我们已经得到,大量肿瘤基因经过五十年的努力,癌症的五年,数据,但癌症仍生存期并没有得到明显的提高,然无法被治愈,癌症诊疗的挑战(1/2,4,癌症诊疗的挑战(2/2),肿瘤5m才能被诊断|时空异质性影响治疗,缺乏早期诊断手段缺乏定量评估方法,JOURNAL d MED,癌症的五年生存率,没有实质性提高,N Engl J. Med. 2010,N. Engl J. Med. 2012,363(146,缺乏早期定量方法,366.883-92,影像组学,癌症诊疗的挑战(2/2),5,缺乏早期诊断手段,发生,发展,凋亡,免疫系统,肿瘤微环境导致,可排除:微小癌分子和癌细胞,1kg左,右肿瘤,正基因,开始,前癌,发生出现转死,常异常,增殖,癌症病状移,520年,13年,基因诊断早期诊断,常规影像,肿瘤异质性,PET,CT,MR,超声,不确定性高,无法诊断5mm以下肿瘤,Gerlinger et al. N Eng/ J Med 366, 883-92(2012),ichard et al. Clin Oncol 22, 277-285 (2004),改白武汉大学周强教授5,缺乏早期诊断手段,6,缺乏定量评估手段,The NEW ENGLAND,JouRnAL of MEDICINE,英国癌症研究中心,伦敦研究所,Charles Swanton,MD,Gerlinger et al. N Engl,Med366,883-92(2012),时被引用2368次,肿瘤基因组的时空异质性限制了靶向治疗的效果,我们缺乏有效的手段去全面定量评估肿瘤异质性,缺乏定量评估手段,7,机遇影像组学为精准医疗提供早期定量手段,利用海量影像和基因病理信息全面定量肿瘤异质性,结构影像,解剖结构,功能影像,郾物理组织层次,量化,癌L微环境,像匚代谢层次叫症,组,分子影像学蛋自质层次究定量,异质性,转录学层次,基因病理,匚基因层次,Virendra Kumar et al, Magnetic Resonance Imaging, 2012, 30: 1234.(55 557,Philippe Lambin, European Journal of Cancer201248:441446(被引100次,机遇影像组学为精准医疗提供早期定量手段,8,影像组学流程,影像数据,高维特征,诊疗决策,推广应用,结构影像|特征,强度,提高疾病,预测肿瘤分型合作早诊率,提取,形状7算法,优化,功能影像,肿瘤分期,提高病人,心理,生存期,分子影像,生存期,减轻患者,小波,医疗负担,基因病理,缓解医院,其它,诊疗方案,就诊压力,影像组学利用大数据挖掘技术定量肿瘤异质,性,实现精准诊疗决策,提高病人生存期,影像组学流程,9,影像组学定位(1/2),免疫系统,肿瘤微环境导致,可排除!微小癌分子和癌细胞,1kg左,右肿瘤,正基因,开始,前癌,出现转,常异常,增殖,病变,癌症病状移,基因诊断影像组学,常规影像,肿瘤异质性基因+影像+病理,PET,CT,MR,超声,不确定性高早期诊断,精准医学无法诊断5mm以下肿瘤,Gerlinger et al. N Eng/J Med 366, 883-92(2012),Richard et al. J Clin Oncol 22, 277-285 (2004),改自武汉大学周强教授9,影像组学定位(1/2),10,影像组学定位(22),Earth,Precision,Medicine,2011年美国基因组学与,2015年1月份美国总统,生物医学界的智库发表,奥巴马宣布了“精准医,了迈向精准医学:建,疗计划”( Precision,立生物医学与疾病新分,edicine Initiative),探,类学的知识网络,索个体精准诊疗方法,影像组学通过全面评价肿瘤的异质性,可,以使医学诊疗更精准,Aerts et al. Nature Communications, 2014. 5: 4006,影像组学定位(22),11,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,12,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,13,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,14,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,15,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,16,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,17,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,18,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,19,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,20,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,21,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,22,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,23,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,24,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,25,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,26,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,27,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,28,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,29,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,30,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,31,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,32,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,33,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,34,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,35,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,36,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,37,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,38,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,39,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,40,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,41,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,42,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,43,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,44,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,45,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,46,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,47,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,48,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,49,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,50,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,51,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,52,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,53,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,54,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,55,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,56,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,57,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,58,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,59,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,60,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,61,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,62,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,63,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,64,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,65,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,66,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,67,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,68,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,69,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,70,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,71,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,72,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,73,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,74,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,75,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,76,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,77,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,78,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,79,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,80,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,81,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,82,影像组学及其在肿瘤研究与临床中的应用课件,83,56,、书不仅是生活,而且是现在、过去和未来文化生活的源泉。,库法耶夫,57,、生命不可能有两次,但许多人连一次也不善于度过。,吕凯特,58,、问渠哪得清如许,为有源头活水来。,朱熹,59,、我的努力求学没有得到别的好处,只不过是愈来愈发觉自己的无知。,笛卡儿,60,、生活的道路一旦选定,就要勇敢地走到底,决不回头。,左,拉,56、书不仅是生活,而且是现在、过去和未来文化生活的源泉。,84,
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