Chapter1introduction

Introduction toChemoinformatics Chapter 1.Introduction The Domain of Chemistry A Chemists Fundamental Questions The Scope of Chemoinformatics Learning in Chemoinformatics Major Tasks History of Chemoinformatics About the Course The Domain of ChemistryChemistry deals with compounds,their properties and their transformations.化学是研究物质的性质、组成、结构、变化和应用的科学 Chemoinformatics is the application of informatics methods to solve chemical problems.Inductive learning(归纳式学习）A Chemists Fundamental QuestionsQuantitative Structure-Property/Activity Relationships（定量结构-性质/活性关系QSPR/QSAR）1.The design of a reaction or sequence of reactions to make a structure from available starting materialsStructure elucidation（结构解析）2.3.The Scope of Chemoinformatics The use of information technology and management has become a critical part of the drug discovery process.Chemoinformotics is the mixing of those information resources to transform data into information and information into knowledge for the intended purpose of making better decisions faster in the area of drug lead identification and organization.K.Brown,Annual Reports in Medicinal Chemistry,1998,33,375-384Chemoinformatics-A new name for an old problem.M.Hann,R.Green,Current Opinion in Chemical Biology 1999,3,379-383“Chem(o)informatics is a generic term that encompasses the design,creation,organization,management,retrieval（检索）,analysis,dissemination（传 播）,visualization,and use of chemical information.G.Paris(August 1999 Meeting of the American Chemical Society)In this sense,we are rather attached to the broad definition ofChemoinformatics:The application of informatics methods to solve chemical problems.The cooperation of bioinformatics and chemoinformaticsBioinformatics and Chemoinformatics Data:any observation provides data,which could be the result of a physical measurement,a yes/no answer to whether a reaction occurs or not,or the determination of a biological activity.Information:if data are Put into context with other data,we call the result information.The measurement of the biological activity of a compound gains in value if we also know the molecular structure of that compound.Knowledge:obtaining knowledge needs some level of abstraction.Many pieces of information are ordered in the framework of a model;rules are derived from a sequence of observations;predictions can be made by analogy.Illustrates this hierarchy in going from data through Information to knowledgeMajor TasksRepresentation of the objectsDataLearningHistory of ChemoinformaticsStructure DatabasesQuantitative Structure-Activity RelationshipMolecular ModelingStructure ElucidationChemical Reactions and Synthesis Design关于本课程绪论绪论化合物的计算机表示化合物的计算机表示美国美国“化学文摘化学文摘”CA（Chemical Abstracts）检索方法检索方法数据库和数据资源数据库和数据资源 分子模型分子模型化化方法和软件方法和软件常用的数据处理方法介绍及实现常用的数据处理方法介绍及实现化合物的命名、专业英语和化学办公软件化合物的命名、专业英语和化学办公软件应用应用上机实习上机实习主要参考书目：化学信息学讲义，自编。化学信息学导论，缪强编著，高等教育出版社，北京，2001 化学信息学是以化学、化工、计算机与信息技术为基础的新的交叉学科，本书是我国高等学校化学化工及其相关专业“化学信息”入门课程的教材。全书分10章三部分，第一部分是化学化工信息资源的检索与利用；第二部分介绍化学数据信息的处理方法；第三部分是化学知识的计算机推演和计算机实验方法。本书可作为高等校化学化工专业的“化学信息学”课程的入门教材。书中附有一些软件应用说明、示例、重要的科学与技术信息源和化学、化工网站地址，因而也可以作为相关领域科研工作人员的参考和应用工具书。化学信息学教程，梁逸曾等译，化学工业出版社 本书系统介绍了化学信息学的各个研究方向，深入浅出地评述了化学信息学各领域的现状和今后的发展动向。本书重点阐述了化学分子结构及反应的表征，数据类型与数据库，检索方法，数据分析方法，以及化学信息学在结构解析，反应模拟，合成与药物设计方面的应用。同时还介绍了常用计算机软件与因特网资源。适用于化学系高年级本科生和研究生教材，同时了也可为从事化学和药学的科研人员提供参考。化学信息学，邵学广、蔡文生编著，科学出版社，北京，2001本书为科学版研究生教学丛书之一。本书介绍了计算机与计算机网络的一些基础知识以及如何利用Internet上的化学资源，并对化学信息学在化学、生物化学领域中的应用进行了详细论述。主要内容有计算机与Internet基础、联机文献检索、网络图书与网络杂志、数据库资源、化学信息资源查询、化学信息的计算机管理与应用、化学信息的计算机模拟、多元校正与因子分析、人工神经网络、遗传算法和模拟退火算法、小波分析、免疫算法等。本书可供化学、化工、生物化学、药物化学以及相关专业的广大科技工作者和高等院校师生参阅。化学信息学，陈明旦编著，化学工业出版社 本书以化学信息资源检索和化学结构信息可视化为重点，强调现代数据库检索技术的使用，全面地介绍了化学信息与数据库检索的基础知识、常用文摘数据库、常用全文数据库、常用电子期刊、特种信息资源、常用化学事实数据库及文献数据的管理等内容。另外，本书重点介绍了化学结构的表示和可视化、分子模型的构建及著名的分子图形软件的使用。为了教学的需要，本书也介绍了重要的印刷类化学文献信息。本书内容新颖，实用性强，适用面广，可作为高等院校有关专业的本科生、研究生教材，也可作为科学研究工作者、专业技术人员和图书情报工作者了解掌握信息检索与管理的学习参考。Internet上的化学化工资源，李晓霞、郭力，北京，科学出版社，2000 本书为计算机化学化工丛书之一。由于Internet化学化工资源具有分布广、数量巨大、高度动态的特点，如何充分利用Internet化学化工资源依然是一项具有挑战性的工作。本书面向对Internet化学化工资源感兴趣的广大读者，除介绍获取Internet化学化工资源的通用方法搜索引擎，重点介绍专门帮助获取Internet化学化工资源的资源导航系统以及近来出现的集中提供综合性化学化工信息服务的虚拟社区。作为本书的主要内容，系统介绍了Internet上与化学化工有关的数据库、软件、期刊、图书、会议信息、讨论组和新闻组、新闻、专利、公司及网上贸易、学会及组织、教育等资源。本书可作为科研、教育、工业等部门对Internet上的化学化工资源感兴趣的广大读者的参考书。蔡志勇编著,化学化工及相关网络信息资源，国防工业出版社，北京，2004杨新玲主编，Internet上的农药信息资源，化学工业出版社，北京，2004余向春编著,化学文献及查阅方法，第三版，科学出版社，北京，2003王荣民编著,化学化工信息及网络资源的检索与利用，化学工业出版社，北京，2003 李梦龙等编著，Internet与化学信息导论，化学工业出版社，北京，2001袁中直、肖信、陈学艺编著，化学化工信息资源检索和利用，江苏科学技术出版社，南京，2001沈勇、张大经、郑康成编著，现代化学信息基础教程，中山大学出版社，广州，2000俞庆森、商志才、杨敏编著，Internet上的化学信息资源，化学工业出版社，北京，2000胡立江、尤宏、郑志成编著，网络与化学，北京，科学出版社，2000