癌旁肺组织基因表达谱与肺鳞癌进展的相关性研究课件

,单击此处编辑母版标题样式,癌旁肺组织基因表达谱与肺鳞癌进展的相关性研究,慢性炎症与肿瘤,癌旁组织广泛存在炎症反应。,炎症反应诱发局部,DNA,损伤，诱导,EMT,，诱导血管生成。,慢性炎症与肝癌，胃癌，结直肠癌，肺癌的发生具有重要关系。,癌旁组织与某些肿瘤的预后相关,肝癌癌旁组织的基因表达谱肝癌预后相关（,Budhu et al.,，,2006,）。,肺腺癌癌旁组织中,15,个细胞因子的表达谱与肺腺癌转移相关（,Seike et al.,，,2007,）。,研究背景,样本,15,例非癌症病人外周肺组织。,60,例原发性肺鳞癌病人癌旁肺组织。,技术手段,Agilent 444k,基因表达谱芯片分析。,基于表达谱的基因网络分析。,现有,Pathway,的,GSEA,分析。,研究目的：,探索癌旁肺组织与肺鳞癌发生发展的关系,实验方案：,样本,15,例非癌症病人外周肺组织。,60,例原发性肺鳞癌病人癌旁肺组织。,技术手段,Agilent 444k,基因表达谱芯片分析。,基于表达谱的基因网络分析。,现有,Pathway,的,GSEA,分析。,研究目的：,探索癌旁肺组织与肺鳞癌发生发展的关系,实验方案：,癌旁肺组织与非癌症病人肺组织基因表达谱差异分析,肺鳞癌癌旁组织中基因共表达网络分析,针对,Pathway,的,GSEA,分析,实验结果,癌旁肺组织与非癌症病人肺组织基因表达谱差异分析,经过非配对,T,检验，校正,P,值为,610,-5,，得到,2595,个差异探针。,聚类分析,实验结果,肺鳞癌癌旁组织中基因共表达网络分析,表达数据预处理,标准化。,同一个基因选取表达均值最大的探针。,选取在,60,例肺鳞癌癌旁组织中表达变异最大的前,2000,个基因进行网络分析。,“,WGCNA,”分析,根据拓扑结构建立基因之间的,Sub network,。,Scan free network,。,实验结果,13 modules:13 sub networks,参数设定,实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析,基因网络概况,实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析,各基因网络与临床表形的相关性,实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析,Module pink,结构信息,87 genes,实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析,Module pink,基因功能分析,Pvalue,NameID,Name,6.52E-10,4510,Focal adhesion,1.27E-09,4512,ECM-receptor interaction,4.30E-09,1430,Cell Communication,0.000814,4610,Complement and coagulation cascades,0.001941,5222,Small cell lung cancer,0.002173,5219,Bladder cancer,0.0022,4350,TGF-beta signaling pathway,0.009586,5218,Melanoma,KEGG pathways,GO terms,Pvalue,GOType,GODescription,3.64E-38,Component,extracellular region,8.13E-21,Component,proteinaceous extracellular matrix,5.70E-15,Function,extracellular matrix structural constituent,8.13E-14,Component,extracellular space,4.18E-12,Component,collagen,3.18E-07,Process,skeletal system development,3.68E-07,Function,growth factor activity,8.34E-07,Component,microfibril,8.34E-07,Function,nucleotide diphosphatase activity,9.99E-07,Component,basement membrane,实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析,根据基因表达谱建立 的基因网络显示与淋巴结转移、临床分期相关。,直接考察现有的基因,Pathway,与淋巴结转移的关系，是否仍有类似的结果？,实验结果,针对,Pathway,的,GSEA,分析,淋巴结转移,KEGG,：,ECM-receptor interaction,bioCarta;,CXCR4 Signaling Pathway,实验结果：针对,Pathway,的,GSEA,分析,KEGG,：,ECM-receptor interaction,bioCarta;,CXCR4 Signaling Pathway,与淋巴结转移显著相关的信号通路,实验结果：针对,Pathway,的,GSEA,分析,小结,肺鳞癌癌旁肺组织中基因表达谱与肺癌症病人肺组织相比，发生了明显的改变。,肺鳞癌癌旁肺组织中，血管生成因子、细胞因子、免疫分子的基因表达谱与淋巴结转移以及,TNM,分期具有显著相关性。,利用癌旁组织作为研究材料，有助于进一步探索肿瘤发生发展的分子机理。,