利用SeqMan进行序列拼接

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,2014/3/28,#,利用,SeqMan,进行序列拼接,简介,DNAStar,是,分子生物实验室常用的序列分析软件。该软件由,EditSeq,，,MegAlign,，,GeneQuest,，,MapDraw,，,PrimerSelect,，,Protean,，,SeqMan,七,个模块组成，功能主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（,PCR,引物，测序引物，探针）。,SeqMan,SeqMan,主要用于多序列的拼接，可以将成千上万的序列（最多可以支持,64000,多序列）装配成,contigs,，同时在拼接前，可以修整质量差的序列以及清除自动测序的序列结果中的污染序列或载体序列。,seqman,还提供完善的编辑和输出功能。,Step1:,打开,Seqman,软件,点击,Add sequences,查找并选中要拼接的序列,点击,Add,按钮填加,填加完后点击,done,注：最好用测序的图谱,（,*.abi),尽量不要直接用测序得到的序列,(.seq),Step2:,加入你要拼接的序列,Step3:,进行序列拼接,点击,Assemble,按钮,1,2,点击,拼接好的,contig1,Step3:,进行序列拼接,Alignment of contig1,窗口中点击 左三角显示序列的测序图谱,测序准确的峰形图,峰形规则，一般在序列的中部，如下图所,示,测序不准确的峰形图,峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位于序列两端，如下图所示,Step4:,查找拼接错误,点击菜单,contig,-,strategy,view,可以观察,序列,拼接的宏观图,1,勾,选,Conflicts,，可以看见测序序列中有冲突的地方,标尺下面的条带，显示了序列的数量和覆盖程度。条带的颜色和厚度代表覆盖序列的数量。中间的蓝线表示只有一条链被测序的区域。出现于,contig,两边的细红线表示这个区域只测过一次序。,点击菜单,Edit,-,find conflict,或,Find Next,查找接接中 出现的错误,还可,用,左下,角的快捷按钮,查找错误,的拼接,Step5,：修改,拼接错误,两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差,处理：直接将该处修改为正确的碱基,错误拼接的类型,Step5,：修改,拼接错误,2.,两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差,处理：重新测序或用新的合适引物重新测定,错误拼接的类型,Step5,：修改,拼接错误,3.,两条序列的测序结果不一致并明显两条测序质量都好,处理：测序过程出现问题，重新测定,错误拼接的类型,类型,3,Step6:,导出拼接的序列,可选择合适的格式，导出拼接好的序列,1,2,3,通过以上几步我们就能很快将几个测序,片段进行,拼接，大家可以拿着自己的序列试试,!,当然,如果两个测序片段的拼接片段太短,可能利用,默认的参数不能完成拼接，大家可以试 着修改一下拼接参数试试,!,如,降低,Match size,及,Minimum Match Percentage,的值,!,SeqMan,进阶,手工及自动去除末端,消除,载体或污染的序列,网络比对下载同源相似序列,手动修改序列末端,SeqMan,根据,trace,数据的质量和载体序列在装配之前可以自动地进行末端修整。,然而,有时候修改的程度难以掌握，,下面,我们将用手工的方法找回修整过的末端。,手动修改,为了区分修整过和没有修整过的数据，我们给修整过的数据加一个有颜色的背景。选择菜单,Project,Parameters,Editing,Color,打开下面的对话框。确定,use consensus match color,和,use other color,已被选中。,手动修改,修整完毕后,Alignment View,中在序列的左边会有一个黑色的垂直棒，右边有一个小的黑三角形。,要找回修整去掉的序列末端，只需把垂直棒向序列的两端拖动即可，以前修整去掉的序列有明亮的黄色背景。,Pre-Assembly Options,操作及序列装配,在,拼接前面，可以将所要拼接的片段中清除载体和污染序列，优化装配顺序，设定片段末端和标记重复序列,去除载体序列,去除载体序列,去除载体序列,seqman,在拼接前，,有,-,点击,Unassembled Sequences,窗口的右上角的,“options“,按钮选择相应功能。默认设定,Trim sequence ends,，,scan for vector,，,optimize sequence assembly order.,。,去除载体序列,单击,Scan,All,按钮，将出现一个,report,窗口,。,现在载体栏显示：载体名字前都有一个检测通过的标志，说明,Janus,载体在全部,14,序列中都已经检测到了。,单击,assemble,按钮,，进行序列拼接。,查看末端修整和载体序列去除,细节,报告,选择,Project,菜单的,Trim Report,打开,Trim report,窗口。,查看修整序列,前后,的跟踪数据,右键选择,6,号样本，,然后,Show,Original Trace Data,打开,Trace,：,Sample 6.abi,窗口,从,5,末端起变淡的部分是载体序列，将不会用于序列装配，故被清除。,垂直的黑棒出现于修整和未修整的序列之间，根据需要拖动垂直黑棒，可以调整用于装配的序列末端。,自定义载体序列,点击,Vector Catalog,选项,自定义实验室常用的载,体序列,1,、扫描载体插入位点上下,500bp,2,、多克隆位点位置及兼容位点,网络同源序列的下载和比对,选定你的,Contig,序列，点击,Net Search,里的,BLAST Selection,网络同源序列的下载和比对,网络同源序列的下载和比对,谢谢！,