医学遗传学》第六章多基因遗传病ppt课件

第六章第六章 多基因遗传病多基因遗传病医学遗传学第六章多基因遗传病1第六章 多基因遗传病医学遗传学第六章多基因遗传病1数量性状的多基因遗传数量性状的多基因遗传医学遗传学第六章多基因遗传病2数量性状的多基因遗传医学遗传学第六章多基因遗传病2Minorgene:微效基因微效基因Majorgene:主效基因主效基因Additiveeffect:累积效应累积效应Polygenicinheritance:多基因遗传多基因遗传Multifactorialinheritance:多因子遗传多因子遗传多因子遗传多因子遗传Multifactorial traitsarethosewhichresultfromaninteractionbetweenmultiple genesand oftenmultipleenvironmentalfactors.医学遗传学第六章多基因遗传病3Minor gene:微效基因Additive effe复杂性复杂性(状状)疾病（疾病（complexdisease):人类的许多常见病、先天畸形、恶性肿瘤等是由人类的许多常见病、先天畸形、恶性肿瘤等是由许多对基因控制的。这些基因协同作用，即通过所谓许多对基因控制的。这些基因协同作用，即通过所谓的累加效应（的累加效应（additiveeffect），再受一定的环境因素），再受一定的环境因素作用作用,遗传因素和环境因素相互作用，最终形成明显遗传因素和环境因素相互作用，最终形成明显的表现型的表现型(即产生某些性状、疾病或畸形即产生某些性状、疾病或畸形)。这类疾病。这类疾病也称为复杂性状疾病（也称为复杂性状疾病（complexdisease）。）。遗传易感性（多对基因的累加效应）环境因素遗传易感性（多对基因的累加效应）环境因素随机因素复杂性状疾病随机因素复杂性状疾病医学遗传学第六章多基因遗传病4复杂性(状)疾病（complex disease):医学遗传diabetes hypertension schizophrenia Intelligence cleft palate neural tube defects ObesityMost common diseasesComplex Traits医学遗传学第六章多基因遗传病5diabetes hypertension schizoph质量性状质量性状Qualitativetrait:genetictraitswhicharepresentorabsent.Onehasthetraitornot.医学遗传学第六章多基因遗传病6质量性状Qualitative trait:genetic数量性状数量性状Qualitativetrait.Quantitativetrait:genetictraitswhicharemeasurablecharacteristics.医学遗传学第六章多基因遗传病7数量性状Qualitative trait.Quantita数量性状分布数量性状分布质量性状分布质量性状分布数量性状与质量性状数量性状与质量性状 变异呈不连续分布的性状称为质量性状变异呈不连续分布的性状称为质量性状(qualitative trait)，常表现出，常表现出 2 3 个峰。个峰。变异连续分布的性状称为数量性状变异连续分布的性状称为数量性状(quantitative trait)，常表现出单峰（常态分布）。例如人身高的分布，常表现出单峰（常态分布）。例如人身高的分布，血压的分布。血压的分布。医学遗传学第六章多基因遗传病8数量性状分布质量性状分布数量性状与质量性状医学遗传学第六章控制数量性状的多基因特点：控制数量性状的多基因特点：共显性、微效基因、累积效应共显性、微效基因、累积效应。虽然数量性状由多基因控制，但每一对基因的遗传仍符合孟德尔分离虽然数量性状由多基因控制，但每一对基因的遗传仍符合孟德尔分离和自由组合规律。和自由组合规律。1 6 15 20 15 6 1P P AABBCC X aabbccF1F1 AaBbCc AaBbCc X AaBbCc ABC aBC AbC ABc abC Abc aBc abcABCaBCAbCABcabCAbcaBcabcF1：一种基因型，一种表现型。F2：64种基因型，7种表现型。医学遗传学第六章多基因遗传病9控制数量性状的多基因特点：1 6 15 20 QuantitativeTrait医学遗传学第六章多基因遗传病10Quantitative Trait医学遗传学第六章多基因HumanEyeColor医学遗传学第六章多基因遗传病11Human Eye Color医学遗传学第六章多基因遗传病130140150160170180190200Height(cm)8070605040302010VariabilityGaussiandistributionGaussiandistributionthebell-shapedcurvethebell-shapedcurveQuantitativeTraitQualitativetraitQuantitativetrait医学遗传学第六章多基因遗传病12130 140 150 160 在多基因遗传病中，若干作用微小但有在多基因遗传病中，若干作用微小但有累加作用的易感基因使个体具有得病的遗传累加作用的易感基因使个体具有得病的遗传因素，这种由遗传素质决定一个个体的多基因素，这种由遗传素质决定一个个体的多基因遗传病的风险称为因遗传病的风险称为易感性易感性(susceptibility)。一个个体由遗传素质和环境条件共同作一个个体由遗传素质和环境条件共同作用所决定得多基因遗传病的风险则称为用所决定得多基因遗传病的风险则称为易患易患性性(liability)。阈值学说与复杂性疾病的发生阈值学说与复杂性疾病的发生医学遗传学第六章多基因遗传病13 在多基因遗传病中，若干作用微小但有累加作用的Belowthethresholdthetraitisnotexpressed.Individualsabovethethresholdhavethedisease.The threshold model for multifactorial traits医学遗传学第六章多基因遗传病14Below the threshold the trait 易患性的变异在人群中也呈正态分布，易患性的变异在人群中也呈正态分布，大部分个体的易患性接近平均值，当一个大部分个体的易患性接近平均值，当一个个体的易患性高达一定的限度后即会得病，个体的易患性高达一定的限度后即会得病，这由易患性所导致的多基因遗传病的发病这由易患性所导致的多基因遗传病的发病限度称为限度称为阈值阈值(threshold)。一个群体的易患性平均值可以从该群一个群体的易患性平均值可以从该群体的发病率作出估计，阈值与均数相距越体的发病率作出估计，阈值与均数相距越远，其阈值就越高，发病率就越低。反之远，其阈值就越高，发病率就越低。反之亦然。亦然。医学遗传学第六章多基因遗传病15 易患性的变异在人群中也呈正态分布，大部分个体复杂性疾病的再发风险估计复杂性疾病的再发风险估计主要因素：主要因素：群体发病率和遗传度群体发病率和遗传度(heritability)遗传度遗传度的含义是多基因累加效应在的含义是多基因累加效应在复杂性疾病发生中的作用大小。复杂性疾病发生中的作用大小。通常通常用百分比表示。用百分比表示。医学遗传学第六章多基因遗传病16复杂性疾病的再发风险估计医学遗传学第六章多基因遗传病16对遗传度的说明对遗传度的说明1.是一个统计学概念，针对群体而不是用于是一个统计学概念，针对群体而不是用于个体。个体。2.相对特定的群体而言，如果遗传变异更改，相对特定的群体而言，如果遗传变异更改，或者环境变异更改，所得的遗传度自然也或者环境变异更改，所得的遗传度自然也随之更改。随之更改。3.遗传度的估算仅适合于没有遗传异质遗传度的估算仅适合于没有遗传异质性，性，也没有主基因效应的疾病。也没有主基因效应的疾病。医学遗传学第六章多基因遗传病17对遗传度的说明医学遗传学第六章多基因遗传病17医学遗传学第六章多基因遗传病18医学遗传学第六章多基因遗传病18发病风险估计发病风险估计Edward公式：公式：f=pf：患者一级亲属的发病率患者一级亲属的发病率p：人群发病率人群发病率多数多基因病的群体发病率为多数多基因病的群体发病率为0.1%1%，遗传率为，遗传率为70%80%。如果群体发病。如果群体发病率过高或过低，则以上公式要进行校正。率过高或过低，则以上公式要进行校正。医学遗传学第六章多基因遗传病19发病风险估计医学遗传学第六章多基因遗传病19例：例：我国人群中，唇裂我国人群中，唇裂+腭裂的患病率腭裂的患病率为为0.17%，其遗传度为，其遗传度为76%，患者，患者一级亲属的发病率：一级亲属的发病率：f=p=0.00174%医学遗传学第六章多基因遗传病20例：我国人群中，唇裂+腭裂的患病率医学遗传学第六章多基因遗一般群体发病率、一般群体发病率、遗传率与患者一级遗传率与患者一级亲属发病关系图解亲属发病关系图解原发性高血压的群体发病率约为6，遗传率为62，从图中可查出一级亲属的再发风险率为16。如按Edward公式计算则为24.5。医学遗传学第六章多基因遗传病21一般群体发病率、遗传率与患者一级亲属发病关系图解原发性高血压一个家庭中患病人数越多时，意味着再一个家庭中患病人数越多时，意味着再发风险越高。发风险越高。1.累积效应累积效应 医学遗传学第六章多基因遗传病22 一个家庭中患病人数越多时，意味着再发风险越高2.病情严重程度与发病风险病情严重程度与发病风险多基因病中基因的累加效应还表多基因病中基因的累加效应还表现在病情的程度上。因为病情严重的现在病情的程度上。因为病情严重的患者必定带有更多的易感基因，其父患者必定带有更多的易感基因，其父母也会带有较多的易感基因使易患性母也会带有较多的易感基因使易患性更接近阈值更接近阈值。医学遗传学第六章多基因遗传病242.病情严重程度与发病风险医学遗传学第六章多基因遗传病2一侧唇裂患者一侧唇裂患者一侧唇裂患者一侧唇裂患者+腭裂腭裂同胞再发风险同胞再发风险4.21%两侧唇裂患者两侧唇裂患者+腭裂腭裂同胞再发风险同胞再发风险5.74%同胞再发风险同胞再发风险2.46%医学遗传学第六章多基因遗传病25一侧唇裂患者一侧唇裂患者 同胞再发风险4.21%两3.性别与发病风险性别与发病风险 某种多基因遗传病的发病存在两性某种多基因遗传病的发病存在两性差异时差异时,表明不同性别的发病阈值是不同表明不同性别的发病阈值是不同的。群体发病率较低即阈值较高那个性的。群体发病率较低即阈值较高那个性别的个体患病，则患者亲属的发病风险别的个体患病，则患者亲属的发病风险较高。较高。医学遗传学第六章多基因遗传病263.性别与发病风险 某种多基因遗传病的发有性别差异域值的分布图有性别差异域值的分布图域值域值医学遗传学第六章多基因遗传病27有性别差异域值的分布图域值医学遗传学第六章多基因遗传病274.亲缘关系与发病风险亲缘关系与发病风险 多基因遗传病有家族聚集倾向，患多基因遗传病有家族聚集倾向，患者亲属发病率高于群体发病率，但亲属者亲属发病率高于群体发病率，但亲属发病率随着与先证者的亲缘关系级数递发病率随着与先证者的亲缘关系级数递增而剧减，向着群体发病率靠扰。增而剧减，向着群体发病率靠扰。医学遗传学第六章多基因遗传病284.亲缘关系与发病风险 多基因遗传病有家族聚集亲缘关系与精神分裂症患病风险亲缘关系与精神分裂症患病风险医学遗传学第六章多基因遗传病29亲缘关系与精神分裂症患病风险医学遗传学第六章多基因遗传病2o多基因遗传、易感性、易患性、阈值、遗传度的概念。o多基因遗传病的遗传度的估算方法。o质量性状与数量性状的特点。o影响多基因遗传病再发风险的因素。医学遗传学第六章多基因遗传病30多基因遗传、易感性、易患性、阈值、遗传度的概念。医学遗传学疾病的基因组学医学遗传学第六章多基因遗传病31疾病的基因组学医学遗传学第六章多基因遗传病31遗传标志（genetic markers）o遗传标记必须满足的二点特性：多态性与位遗传标记必须满足的二点特性：多态性与位置已知。置已知。oSNP:大于1%，causative SNPs,functional SNPs医学遗传学第六章多基因遗传病32遗传标志（genetic markers）遗传标记必须满足的医学遗传学第六章多基因遗传病33医学遗传学第六章多基因遗传病33遗传标志（genetic markers）o遗传标记必须满足的二点特性：多态性与位遗传标记必须满足的二点特性：多态性与位置已知。置已知。oSNP:大于1%，causative SNPs,functional SNPsoSTR：微卫星标记，如微卫星标记，如(XX)n，(XXX)n，(XXXX)n；其中最常用的为其中最常用的为(CA)n。医学遗传学第六章多基因遗传病34遗传标志（genetic markers）遗传标记必须满足的recombinationoThe formation of new combination of linked genes by crossing over(breakage and rejoining)between their loci.医学遗传学第六章多基因遗传病35recombinationThe formation of 遗传重组医学遗传学第六章多基因遗传病36遗传重组医学遗传学第六章多基因遗传病36重组值的计算医学遗传学第六章多基因遗传病37重组值的计算医学遗传学第六章多基因遗传病37连锁（linkage）位于同一条染色体上的基因或者遗传标记，它们在减数分裂产生配子的时候，如果倾向于把处在同样染色体上的等位基因共分离到同一个配子中去，这时基因或遗传标记之间的关系称为连锁。问题：什么是紧密连锁？强连锁？不连锁？医学遗传学第六章多基因遗传病38连锁（linkage）位于同一条染色医学遗传学第六章多基因遗传病39医学遗传学第六章多基因遗传病39Linkage Disequilibrium(LD)oThe preferential occurrence of a disease gene is associated with specific alleles of linked markers.o LD is the non-random association between alleles at two loci.oThe extent of LD is typically measured by D.医学遗传学第六章多基因遗传病40Linkage Disequilibrium(LD)The 连锁不平衡医学遗传学第六章多基因遗传病41 连锁不平衡医学遗传学第六章多单倍型（haplotype）单倍型：同一条染色体上紧密相连的两个或两个以上多态单倍型：同一条染色体上紧密相连的两个或两个以上多态 位点的状态的组合。位点的状态的组合。PhenotypeBlack eye GATATTCGTACGGA-TBrown eye GATGTTCGTACTGAATBlack eye GATATTCGTACGGA-TBlue eye GATATTCGTACGGAATBrown eye GATGTTCGTACTGAATBrown eye GATGTTCGTACTGAATHaplotypesAG-2/6GTA 3/6AGA 1/6SNPSNPSNP医学遗传学第六章多基因遗传病42单倍型（haplotype）单倍型：同一条染色体上紧密相连的重组热点划分成的单倍型块（重组热点划分成的单倍型块（haplotype block）医学遗传学第六章多基因遗传病43重组热点划分成的单倍型块（haplotype block）医在单倍型块中选取标志性位点（在单倍型块中选取标志性位点（tagSNP）医学遗传学第六章多基因遗传病44在单倍型块中选取标志性位点（tagSNP）医学遗传学第六章基本概念oallele,allele frequency,genotype,phenotypeogenetic makersorecombinationolinkageolinkage disequilibrium(LD),D,linkage mapohaplotype医学遗传学第六章多基因遗传病45基本概念allele,allele frequency,o疾病对象收集疾病对象收集o家系收集家系收集o如何从疾病入手如何从疾病入手o疾病家系分析疾病家系分析医学遗传学第六章多基因遗传病46疾病对象收集医学遗传学第六章多基因遗传病46疾病对象收集疾病对象包括：疾病对象包括：疾病家系疾病家系同胞对同胞对散发患者，三口之家散发患者，三口之家设立对照（隔离群体，随机群体）设立对照（隔离群体，随机群体）医学遗传学第六章多基因遗传病47疾病对象收集疾病对象包括：医学遗传学第六章多基因遗传病47家系收集o3 34 4代以上代以上o有多个患者有多个患者o疾病确诊疾病确诊(客观标准客观标准)o该疾病的外显率要高该疾病的外显率要高(外显不全？外显不全？延迟显性？延迟显性？)o注意收集其他理化指标注意收集其他理化指标医学遗传学第六章多基因遗传病48家系收集34代以上医学遗传学第六章多基因遗传病48医学遗传学第六章多基因遗传病49医学遗传学第六章多基因遗传病49医学遗传学第六章多基因遗传病50医学遗传学第六章多基因遗传病50医学遗传学第六章多基因遗传病51医学遗传学第六章多基因遗传病51医学遗传学第六章多基因遗传病52医学遗传学第六章多基因遗传病52如何从疾病入手1.诊断患者异常诊断患者异常 a.患者的生化异常患者的生化异常 代谢异常代谢异常,酶异常蛋白异常酶异常蛋白异常 b.患者的形态学特征异常患者的形态学特征异常 短指短指/趾趾 c.患者的行为学特征异常患者的行为学特征异常 唐氏综合征患者智力低下唐氏综合征患者智力低下2.从临床异常从临床异常-蛋白异常蛋白异常-基因异常基因异常医学遗传学第六章多基因遗传病53如何从疾病入手诊断患者异常医学遗传学第六章多基因遗传病53医学遗传学第六章多基因遗传病54医学遗传学第六章多基因遗传病54 医学遗传学第六章多基因遗传病55 医学遗传学第六章多基因遗传病55医学遗传学第六章多基因遗传病56医学遗传学第六章多基因遗传病56Linkage Analysis(Study)Linkage studies typically use families with multiple affected individuals ideally including three or more generations to identify genetic regions that are more likely to be inherited with a disease or biological response than would be expected by random chance.医学遗传学第六章多基因遗传病57Linkage Analysis(Study)Linkag连锁分析o利用连锁的原理研究致病基因与参考位点（利用连锁的原理研究致病基因与参考位点（marker）的关系，）的关系，通常采用家系分析的方法来估计两个基因的重组率，进行基因通常采用家系分析的方法来估计两个基因的重组率，进行基因定位。定位。o常用最大似然法（常用最大似然法（Maximumlikelihood）分析，用连锁）分析，用连锁分数（分数（LOD score）表示）表示n其值为两位点呈连锁的机率与不呈连锁的机率比的对数值。其值为两位点呈连锁的机率与不呈连锁的机率比的对数值。n大于大于1，提示有连锁关系；，提示有连锁关系；n大于大于3，连锁相对于不连锁的可能性为一千倍；，连锁相对于不连锁的可能性为一千倍；n小于小于2，否定连锁；，否定连锁；n介于介于2 和和 1 之间时，需增大样本量。之间时，需增大样本量。医学遗传学第六章多基因遗传病58连锁分析利用连锁的原理研究致病基因与参考位点（marker）连锁分析的流程图连锁分析的流程图搜集家系材料搜集家系材料明确疾病的诊断明确疾病的诊断采集采集DNA样品样品分析遗传模式和标记的基因型分析遗传模式和标记的基因型疾病基因染色体定位疾病基因染色体定位定位区域致病基因的鉴定（突变检测）和克隆定位区域致病基因的鉴定（突变检测）和克隆医学遗传学第六章多基因遗传病59连锁分析的流程图搜集家系材料明确疾病的诊断采集DNA样品分析Co-segregationofdiseaselocusanddiseasephenotype医学遗传学第六章多基因遗传病60Co-segregation of disease locu87654321Sample+in-lane std.AllelicLadder160 bp200 bpWhatareShortTandemRepeats?FlFl4 bp(tetranucleotide)医学遗传学第六章多基因遗传病6187654321Sample+Allelic160 bp2医学遗传学第六章多基因遗传病62医学遗传学第六章多基因遗传病62医学遗传学第六章多基因遗传病63医学遗传学第六章多基因遗传病63医学遗传学第六章多基因遗传病64医学遗传学第六章多基因遗传病64Linkage Analysis MethodsoLinkage PackagenMLINK,LODSCORE 进行两点法的连锁分析进行两点法的连锁分析o所需基本文件所需基本文件n家系家系*.Pedn参数参数*.Par:外显率、拟表型率、疾病基因等外显率、拟表型率、疾病基因等位基因频率、误诊率、遗传模式位基因频率、误诊率、遗传模式nMakeped.exe医学遗传学第六章多基因遗传病65Linkage Analysis MethodsLinkag医学遗传学第六章多基因遗传病66医学遗传学第六章多基因遗传病66 L I F S/G V L SL I F S V L SAffectedNormal137143137143医学遗传学第六章多基因遗传病67 L I F S/G几个研究实例oA A1 1型短指症型短指症 IHH IHH基因基因o乳腺癌基因乳腺癌基因 BRCA1,2 BRCA1,2医学遗传学第六章多基因遗传病68几个研究实例A1型短指症 IHH基因医学遗传学第六某一A-型短指/趾家系医学遗传学第六章多基因遗传病69某一A-型短指/趾家系医学遗传学第六章多基因遗传病69医学遗传学第六章多基因遗传病70医学遗传学第六章多基因遗传病70家系I/II/III中IHH基因的突变情况医学遗传学第六章多基因遗传病71家系I/II/III中IHH基因的突变情况医学遗传学第六章乳腺癌基因BRCA1,2o100kb长的长的BRCA1基因由基因由21个外显子组成位于个外显子组成位于17号染号染色体长臂色体长臂D17S1321和和D17S1325中间中间,这个基因这个基因被认为是肿瘤抑制基因，作被认为是肿瘤抑制基因，作用是调节细胞生长和分化，用是调节细胞生长和分化，它的分离是研究形成癌的危它的分离是研究形成癌的危险因素的重要线索，不仅乳险因素的重要线索，不仅乳腺癌和卵巢癌，还有结肠癌腺癌和卵巢癌，还有结肠癌和前列腺癌均与该基因有关。和前列腺癌均与该基因有关。oBRCA2基因位于基因位于13号染色号染色体，它若发生突变，妇女一体，它若发生突变，妇女一生中有生中有80%的发病可能性。的发病可能性。医学遗传学第六章多基因遗传病72乳腺癌基因BRCA1,2100kb长的BRCA1基因由2中国在遗传病研究中的优势与不足中国在遗传病研究中的优势与不足人口众多人口众多（意味着疾病人数也很多）（意味着疾病人数也很多）有很多便于遗传分析的大的家系有很多便于遗传分析的大的家系但但国内部分临床医生缺乏对疾病进行分子遗传研国内部分临床医生缺乏对疾病进行分子遗传研究的热情与了解究的热情与了解医学遗传学第六章多基因遗传病73中国在遗传病研究中的优势与不足人口众多（意味着疾病人数也很