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Example of codeml analysis Beginning guide Codeml 是 PAML软件包下的一个程序 ， 在估算蛋白编码序列 同义替换和非同义替换速率以及检测序列是否经受正选择 方面受到广泛的使用 。 在本节中 ， 我将简单描述一个例子来分析编码序列氨基酸 位点是否存在正选择作用 。 简单流程 以下步骤仅仅是针对于想初步了解 codeml使用的 朋友设计 . 且以 linux下 codeml的运行为例 . 1. PAML软件包的安装 2. 必需文件的准备 3. 程序的运行与结果解释 PAML 的安装 软件下载： http:/abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html #download 最新 PamlX 或 Paml4.7. 以 Paml4.7 为例， （ PamlX具有图形界面，不详述） 下载后解压 .至目标文件夹 . 文件的准备 1.序列比对文件准备 要求： 采用的是基于密码子的比对（核酸序列先翻译， 后比对）； 核酸序列要保证是 3的倍数； 序列中不能出现纯数字、不能出现特殊符号（ - 可 以）； 不能有额外的空格、换行符等等； 可用 bioedit 将编码序列翻译后再进行比对，然后保 存成 phylip格式， paml可以认识 phylip格式。 文件的准备 2.树文件准备 要求： 任何可以正确描述序列文件中各序列文件的 tree 都可以 . 如果没有可借鉴使用的树，可以用序列文件中序 列用 Mrbayes,Phyml， PAUP 等软件建树 . 先建立 无根树。 PhyML 产生的树格式可以被 PAML识别， PAUP产 的树可能由于格式复杂，可能不被识 别，可用 figtree软件转保存成 NeWick格式 codeml程序运行 将序列比对文件和树文件同时拷到 /paml.4.7/bin 文件夹下 . 或者确保： codeml 程序文件 codeml.ctl 配置文件 ， 比对好的 XXX.phy、 序列文件 XXX.tree 树文件 四个文件处于同一文件夹中 . codeml程序运行 控制文件 codeml.ctl参数设置： codeml程序运行 seqfile = 序列比对文件 treefile = 树文件 outfile = 输出文件 （任意命名，建议 txt后缀便于打开） seqtype = 1 clock = 0 （使用无根树需设置为 0，具体参见说明书） model =0 Nsites = 0 7 8 （ 0，为单一参数模型。 7,8 为相似模型，均允许局部替换率可以变化，二者有 一个参数差异，其二者结果将用于 LRST检验以保证结果的可靠性。 其余参数不是很重要，不作改变。具体参见英文说明书 . codeml程序运行 客户端打开文件目录 输入： codeml 按 enter键 ，程序即开始运行 静待结果。产生 11个其它文件 codeml程序运行 找到 outfile的输出文件，即主要结果输出文 件，打开。 当前查看结果方式： A考虑序列整体的 dN/dS，请查看 Model 0 中 结果。 codeml程序运行 Your target codeml程序运行 B考虑单个氨基酸是的 dN/dS, 要先比较 Model7和 Model8 的 Lnl值，以确定那一个模型更适合序列，然后再选择该模 型的结果。 方法与公式 LRT = 2dl = abs(2 X (Lnl7-Lnl8) （ abs=绝对值） Step1:打开输出文件，找到 Model7, 和 Model8两个 lnL值相减， 取绝对值，乘以 2 举例： 2*|-5031.979846-（ -5014.578562） |=35 (小数点 后影响不大 ) Step2：终端打开 PAML附带的 Chi2程序，分别输入自由度和 刚才得到的数 . 自由度直接取 1(因为 M7,M8一个参数差异 ). 在程序端输入： chi2 1 35 即出现： df = 1 prob = 0.025347319 = 2.535e-02 得到的 p小于 0.05则 M8结果可靠，可以查看 M8结果了。 值在这里 codeml程序运行 PAML采用 NEB和 BEB 分析检测显著性，但是作者推荐参考 BEB的结 果。 M8的正选择位点，带有 *号的即是通 过检验的且结果显著的正选择位点。 位 置 信 息 参考资料： http:/abacus.gene.ucl.ac.uk/software/pamlDOC.pdf http:/linxiao.name/archives/150 http:/www.fish-
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