高通量基因测序产前筛查技术管理规范

高通量基因测序产前筛查技术管理规范（修改稿）孕期基于胎儿游离DNA 的检测（以下简称 NIPT 检测技术）是一种以高通量基因测序技术为平台，针对胎儿常见的 21 三体综合症， 18 三体综合症和 13三体综合症进行产前筛查技术.目前NIPT检测技术已经逐步成为临床产前筛查的技术之一。为规范高通量基因测序产前筛查技术临床应用和实验室检测工作特制定本规定。该规范主要包括开展高通量基因测序产前筛查技术的组织管理，临床技术流程，实验室检测要求以及质量控制等内容。为去报该技术能准确，科学的开展，所有临床开展高通量测序技术服务的医疗机构、检测实验室、标本转运机构均应按照本规范的相关要求开展工作。其他符合临床应用的针对胎儿游离DNA 检测产前筛查技术也应该参考本规范的相关规定。第一部分基本要求与组织管理一、基本要求（一）机构要求1 开展临床高通量测序产前筛查技术服务的机构应具备省级卫生计生行政部门审批许可的产前诊断机构取得开展产前诊断技术的（母婴保健技术服务执业许可证） .2开展高通量测序产前筛查捡测工作的实验室（包括第三方检测实验室）均需具备通过省级技术审核的临床基因扩增检验实验室资质：相关工作开展符合医疗机构临床实验室管理办法的规定（二）设备试剂要求在具备细胞遗传学实验诊断设备的基础上，同时具备开展NIPT 相应的主要设备，包括高通量基因测序仪DNA提取相关设备，PCR仪，设 备的种类，数量与实际开展的项目与检测标本的数量相匹配 设备配 置参照本规范有关高通量基因测序实验室基本设备要求部分开展高通量基因测序产前筛查的产前诊断机构和检验所需严格按照 医疗器 城监督管理条例和医疗器械注册管理办法使用国家食品药品管理总局 （CFDA） 获批注册的设备和试剂开展高通量基因测序产前筛查工作（三）人员要求开展 NIPT 的医疗机构应当具备与实际检测工作相适应的专业技术人员团队。 其中包括具备从事产前诊断技术资质的副高职称以上的临床医师 2 名以上 ,具备临床检验资质的中级职称以上的实验室技术人员 2 名以上NIPT 实验窒技术人员应当接受过临床基因扩增检验技术培训井合格: 所有人员均应当接受省级卫生计生行政部门组织的产前诊断和产前筛查技术培训， 从事产前诊断人员需取得省卫生行政部门颁发的 母婴保健技术考核合格证 （产前诊断 ） 从事产前筛查人员需取得省级卫生计生行政部门颁发的培训合格证书（四） 开展高通量测序产前筛查的医疗机构及检测实验窒要自觉维护孕妇权利，尊重孕产妇知情同意权和选择权 ,保护孕妇隐私要全面，客观宣教高通量基因测序产前筛查的适用人群， 优缺点及可供选择的产前筛查与诊断方案等, 取得孕产妇或其法定代理人同意后方可开展 重要事项及文件需经过本单位伦理委员会讨论通过 严禁发布虚假医疗广告和信息，严禁夸大项目诊疗效果误导孕产妇（五）严禁任何机构采用技术手段进行非医学需要的胎儿性别鉴定。二、组织管理（一）国家卫生计生委负责全国产前筛查工作的组织领导 .负责组织制定及更新高通量测序产前筛查技术管理规范及质量控制方案， 委托有关单位定期组织开展质量评估工作（二） 省级卫生计生行政部门负责全省产前筛查工作的组织管理， 构建产前筛查网络,对产前筛查技术相关人员开展培训。对符合资质开展商通量测序产前筛查的医疗机构检测实验室进行监督和质量评估井将有关报表定期上报国家卫生计生委。（三）开展NIPT 的医疗机构在各地卫生计生行政部门的指导下，开展健康教育。筛查前咨询和知情同意书签署标本采样，检测，报告发放及检测后追踪,咨询 ,产前诊断及结局随访， 信息统计上报等工作 定期将通过 NIPT 进行 21 三体综合征， 18三体综合征， 13三体综合征产前筛查的工作量及筛查结果，包括筛查捡出事，假阳性率，阳性预测值和检出病例数， 发生的假阴性病例数等数据信息上报省级卫生行政部门（四）产前诊断机构可按照有关规定和规范独立开展NIPT 检测工作也可和具有由卫生行政管理部门审批资质的临床检验医疗机构（以下简称检验所） 建立合作检测关系 双方应签丁协议明确双方的责任和义务,并向省级卫生计生行政部门备案具体要求如下：1产前诊断机构负责临床医疗行为包括NIPT 筛查方案的确定、 病例检测申请（包括检测前咨询，署知情同意书和样本采集） 依具检测实验室提供的检测结果出具产前筛查临床报告并审核发放， 检测后临床处理（包括报告签署，报告解读， 捡测后咨询以及产前诊断），妊娠结局的随访工作，医疗风险管理等2医学检验所负责提供有效准确的检测技术，包括捡铡技术平台的建设、技术人员的培训，技术支持开展室内质量控制和室间评价，提供检测结果报告、按规定保存相关标本信息以及文当资科等 确保医疗信息安全， 井接受国家卫生计生委临味检验中心的质量检测和监督检查并对检测结果负责第二部分临床技术及质量控制一、适用的目标疾病根据目前技术发展水平，高通量基因测序产前筛查技术运用的目标疾病为三种常见胎儿染色体非整倍体异常即 2l 三体综合征 18三体综合征 13 三体综合征二、筛查时限高通量基因测序产前筛查可在孕 l2+0 周后进行为遵循在孕周满 28 周前完成产前筛查和诊断的原则 ,建议筛查的时限通常为12+0-22+5 周三、临床应用指证高通量测序产前椎查作为一种高精度的产前筛查方法， 适用于需精确评估三种常见胎儿染色体疾病风险的孕妇,但对于部分孕妇人群存在慎用或不适用的情况，具体为（一）慎用人群指该孕妇人群接受高通量测序产前筛查所获得的效率从伦理上较一般适用人群有一定的降低，或检出效率尚不明确,检测结果的判读不确定性增加 , 以及与现行卫生政策有不一致的情形,这些情形包括:1 .早中孕期产前筛查高风险孕妇 ,2 .预产期年龄达到或超过35 岁的高龄孕妇3。重度肥胖（体重指数BMI40 ）孕妇4 .通过体外受精胚胎移植（以下简称IVF-ET ）方式受孕的孕妇5 .双胎及多胎妊的孕妇6。医生认为可能影响筛查准确性的其他情形（三）不适用人群指该孕妇人群从伦理上存在的严重干扰高通量测序产前筛查准确性的因素， 其检测的假阳性率及假阴性率均较前两类人群有大幅度上升，因此不适于进行高通量测序产前筛查。这些情形包括:1 .核对孕周后筛查时孕周小于12+0 周2 .有染色体异常胎儿分娩史,夫妇一方有明确染色体异常的孕妇3 。孕妇 1 年内接受果异体输血、移植手术、异体细胞治疗或免疫治疗等4。胎儿影像学检查怀疑胎儿有微缺失重复综合症或其他染色体异常可能的5 .各种基因遗传疾病的高风险孕妇人群6 .已知孕期合并恶性肿瘤的孕妇7 .医生认为明显影响筛查准确性的其他情形四、检测前咨询及知情同意（一 ） 凡自愿进行此项检测的孕妇，或符合慎用人群标准但在充分知情同意的前提下仍自愿要求进行此项检测的孕妇,医师应当对孕妇本人及其家属详细告知该检测的目标病种、目的、意义、准确率、风险和局限性，以及检测的种类、费用和技术流程，并签署知情同意书及正确填写申请单。（二） 产前诊断机构只对已签署知情同意书， 同意参加该检测的孕妇进行检测（三） 林场医师在孕妇签署知情同意书时应当告知被检测者以下要点（知情同意书模版见附件1） ：1 。对存在产前诊断指征的孕妇建议其优先选择介入性产前诊断.2。告知该检测能检出的目标疾病种类。3 .告知该检测能够达到的检出率、假阳性率，强调该检测结果不能视为产前诊断， 高风险结果必须行介入性产前诊断确诊： 以及低风险结果具有假阴性的可能性。4 .告知该检测有失败的风险，可能会要求重新采血。5。根据知情同意书内容告知该检测的局限性。6 .根据知情同意书内容告知影响该检测的因素。7 .医生对病例个案认为应该说明的相关问题。（四）对未接受中孕期血清学筛查而直接进行高通量基因测序产前筛查与诊断的孕妇，应当在孕期进行胎儿神经管缺陷风险等的评估。五、检测申请单的填写（一）医师在填写申请单市应当询问孕产史、孕周、胎数和已进行的其他产前检测、产前筛查或产前诊断的结果,以及询问是否进行过细胞治疗、异体输血或是否为肿瘤患者等情况（ 申请单参考格式见附件8 ） 。（二）医师应当协助孕妇准确填写检测申请单上的内容，包括：孕妇姓名、出生日期、采血时体重、孕妇通讯地址和/或联系电话、末次日期、筛查孕周、早孕或中孕期血清学筛查结果等。六、临床标本的采集及转运（一 ）采用唯一编号对采血管进行编号。建议采血管采用条形码作为编号标示，该编号应当与知情同意书和送检单上的编号一致。（二 ）按照无菌操作要求，采取孕妇静脉血：样本处理按试剂盒说明书要求进行。（三 ）标本的贮存和运输1 。使用常规EDTA 抗凝采血管采集的样本应在28条件下保存及运输， 全血离体后 8 小时内完成血浆分离， 或按试剂说明书的要求开展工作 .2。使用常温运输采血管采集的样本应在采血后常温保存及运输，并在全血离体后 96 小时内完成血浆分离，或按试剂说明书的要求开展工作。3 。 已分离的血浆标本应在-20或以下的温度中长期保存,保存过程中避免反复冻融。4.标本的运送应符合相应的生物安全要求。七、临床检测报告的审核发放（一） 自抽取孕妇外周血至出具临床检测报告的周期不应当超过10个工作日， 其中发出因检测失败需再次采样的通知不应当长于 5 个工作日。（二） 临床检测报告需经由 1 名具备产前诊断临床资质的副高级以上职称医务人员审核并签发（报告参考格式见附件3）.（三） 临床检测报告应当以开展技术服务的医疗机构名义出具， 以书面报告形式告知受检者， 医务人员应当通知受检者或其家属获取该报告的地点和时间。（四）临床检测报告应当包括以下信息：1 .孕妇的姓名、年龄、孕周、末次月经时间。2 .样本编号、样本状态、采样日期和报告日期。3 。检测项目、检测方法。4 .每一种目标疾病的检测值，正常参考范围 .5。以目标疾病的低风险或高风险作为结果报告。6 。检测者、审核者.7 .其他相关提示.（五） 对于高风险结果的孕妇， 产前诊断机构应当尽快通过电话或短信息等方式专门通知， 建议该孕妇进行后续产前诊断， 并做好追踪随访。该项工作需有书面记录并保存。八、检测后咨询及高风险病例的处置（一）对于结果为低风险的孕妇，应当提示此检测并非最终诊断,不排除漏检的可能，且不能排除其他染色体疾病.（六） 对于结果为高风险的孕妇,应当建议其进行后续介入性产前诊断：不应当仅根据检测高风险的结果做终止妊娠的建议和处理.（七） 提供检测的产前诊断机构应当负责高风险病例的后续临床咨询和产前诊断,临床咨询率应达100，产前诊断率应达95%以上。（八） 如果存在胎儿影像学检查异常， 无论该检测结果是低风险还是高风险，都应当对其进行专业的遗传咨询及后续相应诊断服务。（五）对于检测结果中除21、 18、 13 三体综合征风险信息之外的异常发现 ,临床医生应综合考虑孕妇利益个人意愿，异常的具体情形以及伦理原则进行咨询和妥善处置,井做好书面记录。九、妊娠结局随访（一） 产前诊断机构应当对所有检测高风险对象进行妊娠结局 （包括后期流产、 引产， 早产或足月分娩） 的追踪随访， 随访率应达100，失访率宜小于10&,（二）产前诊断机构对于检查低风险对象妊娠结局的随访率应大于90，随访时限应为胎儿出生后12 周内（建议有条件的产前诊断机构随访至产后1 年）。（三）随访内容包括：妊娠结局,胎儿或新生儿是否为 21 三体综合征 18 三体综合征 13 三体综合征患儿以及其他临床诊断和 /或遗传学诊断（建议有条件的产前诊断机构对后期自发流产、死胎、致死性的早产胎儿可开展遗传学诊断，作为妊娠结局随访的一部分内容） .十标本与资料信息的保存高通量基因测序产前筛查与诊断工作相关资料，包括检测送检单、 知情同意书以及相关的数据信息均应当在产前诊断机构或承担标本高通量测序工作的实验室保存3 年以上,剩余血浆样本应保存至产后 2 年以上。第三部分 高通量测序产前筛查实验室设置及运行标准一、 实验室设计与管理要求（一）高通量基因测序实验室总体设置及运行标准应符合临床机构实验室管理规范（卫医发 2006 73号）的要求。（二） 高通量基因测序产前筛查实验室设计标准、工作基本原则及注意事项应符合医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法 （卫办医政发【 2010】 10 号）及其附件医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则的相关要求.（三） 如需建立本地化存储数据库， 应当独立规划一个数据存储的机房,严格按照存储设备的要求、条件进行建设。（四） 实验室的安全工作制度或安全标准操作程序， 所有操作符合 实验室生物安全通用要求（GB19489 2008）。（五）开展 NIPT 临床检测项目的实验室应使用经 CFDA 批准的检测设备和体外诊断试剂盒，以保证检测质量。（六） 检测实验室应该做好仪器设备维护及保养， 建立仪器设备标签管理、档案管理，按设备要求定期进行计量校准及维护管理。（七） 实验室应当至少配备通过省级临床基因扩增实验室技术人员上岗培训并获得了培训合格证书的人员 2 人， 以及其他适当数量的实验室检测人员， 所有人员均需接受实验室内部住址的高通量测序培训并通过考核.实验室应针对人员管理制定文件化程序，并保留相关记录。（八）高通量基因测序实验室应当建立针对胎儿游离DNA 检测产前筛查的完整质量文件体系,包括质量手册，程序文件以及标准操作程序（SOP）文件体系，以保证检测各环节的标准、有序进行，确保检 测结果的真实性、准确性和可重复性。（九 ） 高通量基因测序产前筛查实验室的质量评价1。质控品的使用管理高通量基因测序产前筛查实验应半汉阴性质控品、 阳性质控品及空白对照。若无适用于高通量测序产前筛查检测的第三方商业化阴阳性质控品，各实验室可在遵循法律法规的要求前提下，通过以下途径获得 :1）使用试剂盒自带的阴阳性质控品。2）使用罹患 21 三体综合征、 18三体综合征、 13三体综合征患者的血浆,可作为阳性质控品.3）使用本实验室已通过核型验证的阳性样本作为阳性质控品。4）非孕期女性的血浆可作为阴性质控品。2.室内质量控制实验室应当对检测中可能存在不确定性或产生偏差与错误的环节进行有计划的监督和内部质量控制 .1）一般室内质量控制要求通常情况下在检测中一次检测至少添加 1 个阳性质控、 1 个阴性质控或 1 个空白对照质控与常规标本同时检测，并设定质控标准 ,保留质控记录。2）定期针对检验质量的内部评价检测实验室应有计划地采用留样复测、 相同样本的人员比对、 不同方法相同样本比对、设备期间核查等方式定期对检测系统的稳定性、仪器设备、新进人员等环境进行内部质控.3。室间质量评价开展高通量基因测序产前筛查检测的实验室， 应每年参加由卫生部临检中心组织的室间质量评价活动， 室间质量评估结果不合格的应当分析原因 ,并采取相应的预防/纠正措施。第四部分 高通量测序产前筛查实验室工作流程及质量控制要求一、 标本的接收与拒收标准检测实验室应制定本实验室的样本接受和拒收标准， 可对不符合检测要求的样本拒绝接受， 并将拒收原因书面反馈给临床科室， 具体拒收标准包括:（一）样本采集或运输不当的样本，如抗凝剂使用不正确、严重溶血或有血凝块、采血管破裂及开盖、样本标示不清。（二）没有按照规定保存及运输的样本.（三）影响检测结果的重要信息不完善。二、血浆分离血浆分离操作应在标本制备区按照 SOP 进行操作并符合说明书要求。 普通 EDTA 管应从采血时起8 小时内完成血浆分离， 专用血浆保存管从采血时起96 小时内完成血浆分离。 本操作环节需双人复核。三、血浆 DNA 的提取血浆DNA提取应在标本制备区按照SOP进行操作并符合说明书要求， DNA 抽提完成后浓度及体积应符合试剂说明书的要求，否则应重新提取DNA ，如二次提取仍不符合质量标准，应与临床进行沟通以决定后续处理.每 3 个月应安排空白对照实验以检测实验室环境条件并记录结果。四、 文库构建与质量评估无PCR过程的文库流程和上机文库质量评估应在标本制备区按照 SOP 进行标准化操作。文库荧光定量检测浓度应符合试剂说明书的要求，阴性质控品无扩增。荧光定量PCR 检测显示溶解曲线峰图单一，无杂峰。五、 高通量基因测序与数据分析高通量基因测序应在扩增产物分析区按照SOP进行标准化操作。扩增产物分析区温湿度要求应符合设备说明书的要求。 每个样本有效数据量、 每个样本唯一比对序列数目均应符合试剂说明书的要求。 数据分析严格按照生产厂商产品说明书的具体要求进行。六、 数据分析与结果判断（一）分析质控合格的样本按照生产厂商产品说明书进行实验室结果判断 ,分质控不合格的样本需重提 DNA 进行二次实验。（二）若最终结果根据Z值进行判读，则Z值A3,报告阳性结果：Z值W3,报告阴性结果。非依据Z值判断的平台按照生产厂商产品说明书的具体要求制定，如存在灰区样本需重提DNA 进行二次实验。（三）进行二次实验的样本如仍不符合数据分析或结果判断的质量要求，则与临床科室沟通以确定后续处理。（四）生物信息分析质控要求实验室应通过拟定关键质控指标建立参考标准 ,用以监控临床样本的数据质量，包括GC 含量、有效数据量、 GC 含量的变异系数等指标。样本检测的以上指标应均符合试剂说明书的要求。七、 实验室报告发放与异常结果的处置（一） 阴性结果可按照报告规范出具实验室检测结果报告与相应解释.（二）针对21 三体综合征、 18 三体综合征、 13 三体综合征的阳性结果按照报告规范出具实验室检测结果报告与相应解释.（三）检测失败由于技术局限性,高通量测序检测会存在一定比列的检测失败，对于检测失败的样本,应发检测失败报告，并由产前诊断机构负责对孕妇做好解释并进行下一步处理.样本检测失败的类型包括：1 .两次采血检测均未达到检测技术设定的质控标准;2。两次采血提取的血浆总游离核酸浓度低不通过质控标准：3。 两次采血胎儿浓度低（ 即在孕妇外周血中胎儿的DNA 含量 ）不满足质控标准。（四）检测发现的其他异常结果处理实验结果为除21、 18、 13号染色体三体以外的其他染色体异常、多条染色体异常、 母体染色体结构异常等其他异常结果时， 实验室出具 21、 18、 13 号染色体阴性报告，同时因与临床充分沟通。产前诊断机构孕妇具体情况重新采血或直接产前诊断.以上沟通需有书面记录备案。八、测序数据的存储与安全实验室应制定措施确保基因测序数据的安全性问题与病人隐私。测序数据进行本地化存储并设置数据备份服务器， 原始数据保存3 年以上，数据存储介质与互联网无物理连接.九、 实验室在标本检测过程中， 应实时记录检测过程中从事操作活动的人员、涉及的关键仪器及试剂信息。可参考附4.第五部分 高通量测序产前筛查的综合质量要求一、检出率要求21 三体综合征检出率应不低于 99%， 18 三体综合征检出率应不低于 85， 13 三体综合征检出率应不低于 65%。二、假阳性率要求21、 18、 13 三体综合征的复合假阳性率应不高于 0.5%。三、阳性预测值要求21、 18、 13 三体综合征的复合阳性预测值应不低于 50%。四、实验失败率控制要求1。由于凝血、溶血、 DNA 质量控制不合格、胎儿 DNA 含量低等样本原因照成的实验失败率不超过1。2.由于其它原因导致的检测失败的无报告率不超过1%