pubmed生物学数据库实用教案

2022-4-201教学内容：6.1 Pubmed简介6.2 通过(tnggu)PubMed可检索到的信息6.3 PubMed检索界面的结构6.4 PubMed的检索6.5 检索结果显示及下载6.6 My NCBI第1页/共74页第一页，共75页。2022-4-20226.1 PubMed简介(jin ji)PubMed(手工检索手工检索) (联机检索、光盘联机检索、光盘(un pn)检检索索) (网络检索网络检索)特点：信息资源丰富、质量高、更新及时、特点：信息资源丰富、质量高、更新及时、检索方式灵活多样、链接功能强大、使用免检索方式灵活多样、链接功能强大、使用免费等。费等。第2页/共74页第二页，共75页。2022-4-2036.2 通过(tnggu)PubMed可检索信息 Medline 6.2.2 PreMedline 6.2.3 出版商提供的书目信息 6.2.4 NCBI其它(qt)数据库的相关记录第3页/共74页第三页，共75页。2022-4-204 6.2.1 MEDLINE：美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库。收录1966年以来(yli)70多个国家近4800种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。每条记录均带有PubMed-Indexed for MEDLINE标志。第4页/共74页第四页，共75页。2022-4-205 6.2.2 PreMedline 未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个前期临时库，可检索。 “PubMed计划”：出版商在期刊出版之前或同时，将期刊论文题录提供给PubMed，每天NLM把最新记录加入到PreMedline库。 工作人员一周(y zhu)内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。 带有PubMed-in Process标志。第5页/共74页第五页，共75页。2022-4-206 6.2.3 出版商提供的书目(shm)信息： 出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做PubMed-as supplied by publisher的标记(bioj)。 出版商提供的记录若有全文，PubMed则建立了与此期刊节点的链接，可免费或交一定的费用直接联机获取原文 。第6页/共74页第六页，共75页。2022-4-207图1第7页/共74页第七页，共75页。2022-4-208 6.2.4 NCBI其它(qt)数据库的相关记录：PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系，通过Medline记录链接获取(huq)相关的基因库记录，也可以通过基因库记录链接获取(huq)相关的Medline记录。第8页/共74页第八页，共75页。2022-4-209PubMed与其它(qt)数据库的关系第9页/共74页第九页，共75页。2022-4-2010NCBI数据库数据库第10页/共74页第十页，共75页。2022-4-2011All Database跨库检索(jin su)第11页/共74页第十一页，共75页。2022-4-2012Pre-MedlineMedlineNew DataCollectProcess检索检索(jin su)第12页/共74页第十二页，共75页。2022-4-2013PUBMED进入(jnr)方式 或用搜索引擎搜“PubMed”地址(dzh)。第13页/共74页第十三页，共75页。2022-4-20146.3 PubMed检索界面(jimin)的结构基本检索区相关数据库链接(lin ji)、 检索提问框检索提示(tsh)区对各项检索功能的简单描述Entrez简介、 PubMed服务、特有检索、相关资源辅助检索区个性化检索区第14页/共74页第十四页，共75页。2022-4-2015Overview-介绍PubMed的覆盖范围和刊物信息。New/Noteworthy-关于PubMed系统更新和未来发展。Journal Databases-通过标题，关键词，标题缩写，或者ISSN号，在PubMed和其他(qt)Entrez数据库中检索期刊标题，还可以查看提供全文的刊物的列表。MeSH Databases-浏览MeSH表并选词检索。Citation Matcher-通过输入文献的线索查找某一特定文章，特定一期内容，或者整个刊物的内容。Clinical Queries-为临床医生准备，关注于四个领域：疗法，诊断，病因，和预后。My NCBI-为注册用户（免费注册）提供的检索策略存储空间，可以生成检索历史信息，并及时更新。Order Documents-购买原文（大约$5/篇）。NLM Gateway-连接到NLM集成数据库系统，可对MEDLINE/PubMed, OLDMEDLINE, LOCATORplus, MEDLINEplus, DIRLINE, AIDS Meetings, Health Services Research Meetings, Space Life Sciences Meetings, and HSRProj等NLM数据库进行检索。 Consumer Health-提供与MEDLINEplus的链接，是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。Clinical Alerts-迅速公布由NIH资助的，会显著影响发病率和死亡率的临床研究结果。Clinical Trials-对公众提供临床科研的当前信息。PubMed Central-可免费提供全文的生命科学文献。服 务 ( f w ) 功 能第15页/共74页第十五页，共75页。2022-4-20166.4 PubMed的检索(jin su) 6.4.1 基本检索 PubMed检索辅助工具 Limits （限定功能） Preview/Index（预览/索引(suyn)） History（检索史） Clipboard（剪贴板或文件夹） Details（明细栏） 主题词/副主题词检索 6.4.4 其他检索一框五键第16页/共74页第十六页，共75页。2022-4-20176.4.1 基本(jbn)检索一. 词语检索*二. 期刊(qkn)检索三. 作者检索四. 截词检索第17页/共74页第十七页，共75页。2022-4-2018第18页/共74页第十八页，共75页。2022-4-2019例：检索幽门(yumn)螺旋杆菌（helicobacter pylori)致胃癌(gastric cancer)的文献。基本检索的优点：提高查全率，涵盖最新文献。第19页/共74页第十九页，共75页。2022-4-2020强制(qingzh)短语检索PubMed首先将键入的检索词（如： diabetes mellitus ）视为合理的短语在短语索引中进行查找，并自动(zdng)把两个词分开以“逻辑与”组配检索。如不希望系统将两词分开：增加了关系不大的文献（如“gastric cancer” ）分开后意义有变化（如 “single cell” ）用“”进行强制词组检索。如 “single cell”、 “gastric cancer ” 。 注意：强制短语检索时，PubMed将不执行自动(zdng)词语匹配功能。 第20页/共74页第二十页，共75页。2022-4-2021PubMed的基本(jbn)检索二. 期刊检索在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol boil cell，键入刊物的ISSN(国际标准(u j bio zhn)出版物代码）进行检索，如1059-1524。Cell transplantation ta第21页/共74页第二十一页，共75页。2022-4-2022PubMed的基本(jbn)检索三. 作者检索 在检索框内按照“姓+名缩写”的格式(不用(byng)标点) 键入作者姓名，如“Smith j”，系统会自动查找“Smith JH”，“Smith JW”等作者姓名形式的文献。 如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加au，如“smith j”au 第22页/共74页第二十二页，共75页。2022-4-2023PubMed的基本(jbn)检索四. 截词检索截词符“*”、“？”截词功能可扩充检索词以检出更多的相关文献。如：bacter*，可以检出bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage等词。PubMed一次最多可以检索出600个词形变异词。若超过600个如tox*，将显示警告信息，提醒增加词根(cgn)长度。第23页/共74页第二十三页，共75页。2022-4-2024提示信息第24页/共74页第二十四页，共75页。2022-4-20256.4.2 PubMed检索(jin su)辅助工具略将以浏览器的网页收藏功能保存该策略。略将以浏览器的网页收藏功能保存该策略。第25页/共74页第二十五页，共75页。2022-4-2026例：检索幽门螺旋杆菌（helicobacter pylori)致胃癌(gastric cancer)的文献(wnxin)。优点：提高查全率，涵盖最新文献(wnxin)。存储(cn ch)检索策略 点击后可用浏览器的书签功能（bookmark)保存该策略。第26页/共74页第二十六页，共75页。2022-4-2027第27页/共74页第二十七页，共75页。2022-4-20286.4.2 PubMed检索(jin su)辅助工具第28页/共74页第二十八页，共75页。2022-4-2029All Field（字段选择）：Publication Types（出版物类型选择）：Languages（语种选择）：Ages（年龄组选择）：Gender（性别选择）：男性(nnxng)、女性Human or Animal（人或动物实验选择）Subsets（子集）：13个子集Entrez Date（日期）：8个时间段Limits第29页/共74页第二十九页，共75页。2022-4-2030字段限定(xindng)(有29个字段可供选择)字段限定(xindng)第30页/共74页第三十页，共75页。2022-4-2031出版物类型及年龄(ninlng)限定出版物类型(lixng)限定(有49种选择)年龄组限定(xindng)(共有13个年龄段)第31页/共74页第三十一页，共75页。2022-4-2032文献(wnxin)语种限定(共57个语种限定)检索子集(z j)限定(3种期刊子集(z j)、8种主题子集(z j)、3种数据库子集(z j)）语种(y zhn)与子集限定第32页/共74页第三十二页，共75页。2022-4-2033文摘与全文(qun wn)限定出版(chbn)时间及收入数据库时间限定（有11种选择）人与动物实验(shyn)选择性别限定时间、性别、文摘等的限定第33页/共74页第三十三页，共75页。2022-4-2034例：查找有关学龄前儿童(r tng)糖尿病的英文RCT文献。 diabetes mellitus Randomized Controlled Trial English preschool child 第34页/共74页第三十四页，共75页。2022-4-2035第35页/共74页第三十五页，共75页。2022-4-2036第36页/共74页第三十六页，共75页。2022-4-2037第37页/共74页第三十七页，共75页。2022-4-2038第38页/共74页第三十八页，共75页。2022-4-20396.4.2 PubMed检索(jin su)辅助工具符进行检索。符进行检索。第39页/共74页第三十九页，共75页。2022-4-2040检索(jin su)式检索结果(ji gu)条数检索(jin su)式序号检索提问输入框选择逻辑算符第40页/共74页第四十页，共75页。2022-4-2041第41页/共74页第四十一页，共75页。2022-4-20426.4.2 PubMed检索(jin su)辅助工具索策略。索策略。最多存贮检索式数为最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间个，检索式的存贮时间为为1小时。小时。第42页/共74页第四十二页，共75页。2022-4-2043第43页/共74页第四十三页，共75页。2022-4-2044失。失。6.4.2 PubMed检索(jin su)辅助工具第44页/共74页第四十四页，共75页。2022-4-2045使用(shyng)方法： 在检索结果界面点击记录左侧的复选框，该文献序号将变成绿色。再点“sent to”后选“ Clipboard”。第45页/共74页第四十五页，共75页。2022-4-2046 主题词主题词/副主题词检索副主题词检索(jin su)第46页/共74页第四十六页，共75页。2022-4-2047第47页/共74页第四十七页，共75页。2022-4-2048主题词及其解释(jish)、沿革副主题词选择(xunz)扩展(kuzhn)下位主题词主要主题词限定入口词列表第48页/共74页第四十八页，共75页。2022-4-2049第49页/共74页第四十九页，共75页。2022-4-2050第50页/共74页第五十页，共75页。2022-4-2051此界面供检查(jinch)检索词或用布尔逻辑增加检索词第51页/共74页第五十一页，共75页。2022-4-2052 microbiology (MI) 与器官、动物和高等植物以及疾病主题词组配, 说明与其有关的微生物学方面的研究, 对寄生虫方面的研究则用“寄生虫学”。 微生物学的下位词包括：病毒学。 virology (VI) 用于器官、动物和高等植物以及疾病的病毒学研究。细菌、立克次体、真菌等用“微生物学”，对寄生虫方面的研究用“寄生虫学”。 标引要求(yoqi)使用最专指的副主题词。副主题词在应用范围上相互独立。第52页/共74页第五十二页，共75页。2022-4-2053正确的检索(jin su)策略优点：1）与课题(kt)要求相吻合，提高查准率。2）在精力与时间允许范围内。第53页/共74页第五十三页，共75页。2022-4-20546.4.4 其他(qt)检索服务第54页/共74页第五十四页，共75页。2022-4-2055一. Clinical Queries临床(ln chun)咨询Clinical queries具备特殊的过滤器装置，帮助临床医生更快捷获取与临床关系密切的PubMed数据：如有关疾病的病因学、预后、诊断、预防以及治疗等方面的信息，以及获取系统综述、医学遗传方面文献(wnxin)。能滤除部分不相关或相关性差的文献(wnxin)。第55页/共74页第五十五页，共75页。2022-4-2056第56页/共74页第五十六页，共75页。2022-4-20571）Search by Clinical Study Category search）第57页/共74页第五十七页，共75页。2022-4-2058第58页/共74页第五十八页，共75页。2022-4-20593）Medical Genetics Searches 全部诊断鉴别诊断临床记录管理遗传咨询分子(fnz)遗传学遗传学试验第59页/共74页第五十九页，共75页。2022-4-2060二. Citation Matcher单篇(dn pin)/多篇引文匹配器第60页/共74页第六十页，共75页。2022-4-2061第61页/共74页第六十一页，共75页。2022-4-2062三. Journal Database：期刊(qkn)浏览器第62页/共74页第六十二页，共75页。2022-4-2063第63页/共74页第六十三页，共75页。2022-4-20646.5 检索结果(ji gu)的处理6 . 5 . 1 显 示 检 索 结 果 ( j i gu)(Display)：PubMed可用6种不同的格式显示检索结果(ji gu)，默认Summary格式。可通过Display下拉菜单选择其它显示方式：Brief，Abstract，Citation，等，可以根据需要进行选择。 点击Show键，可选择每屏显示记录的条数。 点击Sort键，可以对检索结果(ji gu)进行排序。第64页/共74页第六十四页，共75页。2022-4-2065每页显示的记录(jl)条数排序(pi x)第65页/共74页第六十五页，共75页。2022-4-2066显示(xinsh)格式选择第66页/共74页第六十六页，共75页。2022-4-2067各种显示方式的主要(zhyo)内容Summary作者姓名、文章题目、出处、记录状态、语种、出版物类型(lixng)、PMID。Brief作者姓名、文章题目的前30个字母、PMIDAbstract出处、记录状态、文章题目、作者姓名、作者单位、文摘、出版物类型(lixng)、缩写、注释、PMID等。Citation出处、记录状态、文章题目、作者姓名、作者单位、文摘、出版物类型(lixng)、缩写、注释、MeSH、化学物质名称、SI数据库索取号、基金号、PMID等。MEDLINE所有记录字段都是以两个字目格式显示，应用该格式保存套录记录可以用文献管理者软件保存。第67页/共74页第六十七页，共75页。2022-4-2068各种( zhn)显示方式的主要内容（Abstract Syntax Notation One）指文献整个(zhngg)的结构格式，显示相关蛋白质或核苷酸的相关文献。XML/SGM，用可扩展标识语言格式显示。Text这种显示格式不包括侧目条和工具栏的信息。Protein links可显示链接到蛋白质数据库相关蛋白质的超链。Nucleotide links可显示链接到核苷酸数据库相关基因的超链。Structure links可显示链接到结构数据库中相关结构的超链。Genome links链接到相关基因组。第68页/共74页第六十八页，共75页。2022-4-20696.5.2 检索结果(ji gu)的保存第69页/共74页第六十九页，共75页。2022-4-20706.6 My NCBI 如果想持续收到你感兴趣内容的最新更新情况，可以(ky)使用y NCBI来保存检索策略并设定-mail的自动更新投递 相当于“定题检索”第70页/共74页第七十页，共75页。2022-4-2071第71页/共74页第七十一页，共75页。2022-4-2072第72页/共74页第七十二页，共75页。2022-4-2073END！n回顾：n1. 可检信息(xnx)（新、全）n2. 检索:n词语自动匹配转换n辅助检索工具n主题词/副主题词检索n临床咨询n3. 结果显示与保存第73页/共74页第七十三页，共75页。2022-4-2074感谢您的观看(gunkn)！第74页/共74页第七十四页，共75页。NoImage内容(nirng)总结2021/11/13。MeSH Databases-浏览MeSH表并选词检索。点击“Save Search”，检索策略将以浏览器的网页收藏功能保存该策略。Subsets（子集）：13个子集。字段限定(有29个字段可供选择)。出版时间及收入数据库时间限定（有11种选择）。点击Clear History按钮可以清除History中的检索策略。便于(biny)用户将检索选中记录的暂时保存，方便用户集中打印、下载或索取原文第七十五页，共75页。