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单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,实验五 进化树分析,实验目的,1.,理解系统发育分析的基本原理,2.,学会使用,MEGA5.1,软件包构建系统发育树。,实验原理,系统发生树（英文：,Phylogenetic,tree,）又称为演化树（,evolutionary tree,），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支,分类方法,。（,cladogram,）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的,演化时间,）。,MEGA5,可以识别,fasta,格式文件,将,17-RNASE1.fasta.txt,重命名为,17-RNASE1.fasta,选择打开方式为,MEGA5,，打开,17-RNASE1.fasta,，自动跳出序列窗口,用,ClustalW,做多序列联配,ClustalW,参数设置,多序列联配后结果,以,.meg,格式保存结果,回到,MEGA,主窗口,打开所保存的文件（,.meg,）,点击按钮打开文件窗口,显示保守位点 显示变异位点,回到,MEGA,主窗口构建进化树,当前打开的文件,选择邻接法建树,选择,Bootstrap,检验,作业,1.,使用,MEGA5.05,软件包构建蛋白质进化树的具体使用顺序，并写出具体步骤。,2.,以下面的序列为材料构建系统进化树，并将进化树抓图。,附序列：,花生,SAMDC,蛋白质进化树分析，见,SAMDC,ms.txt,文档。,
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