微生物的分类和鉴定

,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,第十一章 微生物的分类和鉴定,微生物横跨整个生物界的四个界，,有十几万个种。,所谓,分类,，是指对大量的微生物进行逐一的观察、分析与描述的基础上，按照它们的,个体形态,、,培养特征,、,生理生化特性,和,细胞化学组份,等一系列性状的异同和主次，并根据它们的亲缘关系和应用的方便，加以分门别类。,所谓,鉴定,，是对某一具体的微生物的性状进行细致的观察和测试，参照一定的，用对比的方法来确定该微生物的分类地位。,第一节 通用分类单元,一、分类单元,界,门,纲,目,科,属,种,二、种,（,species,）,微生物的,种,（,species,，,又译,物种,）是一个基本分类单元，它是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内的其他物种有着明显差异的一大群菌株的总称。,在微生物中，一个种只能用该种内的一个,典型菌株,（,模式种,）当作它的具体代表。,三、种以下的分类单元,亚种,（,subspecies，subsp.，ssp.,）,变种,（,variety，var.,）,型,（,form,）,类群,（,group,）,菌株,（,strain,）,（,一,）,亚种,（,subspecies，subsp.，ssp.,）,是种的进一步细分单元，一般指其某一明显而稳定的特征与模式种不同的种。,（,二,）,变种,（,variety，var.,）,变种是亚种的同义词，因易引起混乱，故国际细菌命名法规（1975）已规定它在命名法中,没有地位,，且,不主张使用,。,在亚种以下的,“,型,”,（,form）,曾用于表示细菌菌株，但目前已废除。目前尚在使用的是以,“,型,”,作后缀使用，例如生物变异型（,biovar）、,形态变异型（,morphovar）、,化学型（,chemoform）,等。,（,三,）,型,（,form,）,是一个在分类上没有地位的普通名词，它可非正式地指定一组具有某些共同性状的生物。,（,四,）,类群,（,group,）,菌株又称品系（在病毒中则称毒株或株），表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒子）繁殖而成的纯种群体及其一切后代。,从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。,（,五,）,菌株,（,strain,）,第二节 微生物的命名,每一种微生物都有一个自己的名字，名字有,俗名,（,mon name,）,和,学名,（,scientific name）,两种。,俗名,（,mon name,）,指普通的、通俗的、地区性的名字，具有简明和大众化的优点，但往往涵义不够确切，易于重复，使用范围局限。,俗名,学名,结核杆菌,结核分枝杆菌,（,Mycobacterium tuberculosis,）,绿脓杆菌,铜绿假单胞菌,（,Pseudomonas aeruginosa,）,金葡菌,金黄色葡萄球菌,（,Staphylococcus aureus,）,红色面包霉,粗糙脉孢菌,（,Neurospora crassa,）,白念菌,白色假丝酵母,（,Candidaalbicans,）,学名,（,scientific name）,指一个菌种的科学名称，它是按照国际细菌命名法规命名的、国际学术界公认并通用的正式名字。,一、双名法,（binominal nomenclature）,双名法指一个物种的学名由前面一个,属名,（,generic name）,和后面一个,种名加词,（,specific epithet）,两部分组成。,属名的词首须大写，,种名加词的字首须小写（包括由人名或地名等专用名词衍生的）。,若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用,sp,来表示。,例如，,Bacillus,sp,例,1,：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌）,Escherichia coli,（,Migula,）,Castellani et Chalmers 1919,例,2,：枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌）,Bacillus subtilis,（,Ehrenberg,）,Cohn 1872,例,1,：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种,Bacillus thuringiensis,（subsp）,galleria,例,2,：椭圆酿酒酵母（或酿酒酵母椭圆变种）,Saccharomyces cerevisiae,（var）,ellipsoideus,第三节,微生物在生物界的地位,一、生物的界级分类学说,（一）二界系统；,1753 Linne,：植物界、动物界,（二）三界系统；,1866 Haeckel:,（一）加上原生生物界,（三）四界系统；,1938 Copeland:,（一）加上原始生物界、菌界,（四）,五界系统,；,1969 Whittaker:,（一）加上原核生物界、原生生物界、真菌界,（五）六界系统；,1949 Jahn,、,1977,王大耜：（四）加上病毒界,（六）三总界五界系统；,1979,陈世骧：非细胞总界、原核总界、真核总界,二、三域学说及其发展,三域学说(,Three Domains Theory)：,1977年,C.R.Woese,提出三域学说：（真）细菌域、古细菌域和真核生物域。,依据：生物的,16S,和,18S rRNA,的寡核苷酸测序，并比较其同源性水平，而提出各个界级分类新系统。,第四节 各大类微生物的分类系统纲要,一、细菌的分类,1.细菌分类的依据,（1）形态特征,在显微镜下观察的个体形态特征,在各种培养基上表现的的群体形态特征,（2）生理生化特性,（3）生态特征,（4）血清学反应,美国宾夕法尼亚大学的,细菌学教授伯杰（,D.Bergey，1860-1937）,2.伯杰氏鉴定细菌学手册,（,Bergeys Manual of Determinative Bacteriology）,1957年第七版后，由于越来越广泛地吸收了国际上细菌分类学家参加编写（如1974年第八版，撰稿人多达130多位，涉及15个国家；现行版本撰稿人多达300多人，涉及近20个国家），所以它的近代版本反映了出版年代细菌分类学的最新成果，因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面分类的权威地位。,伯杰氏系统细菌学手册,（,Bergeys Manual of Systematic Bacteriology）,伯杰氏手册是目前进行,细菌分类、鉴定,的最重要依据，其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法。,（20世纪80年代末期）,新版手册分4卷：,第一卷：,一般医学和工业方面重要的,革兰氏阴性细菌,。,第二卷：,放线菌以外的,革兰氏阳性细菌,。,第三卷：,古细菌、蓝细菌及其他革兰氏阴性细菌。,第四卷：,放线菌。,伯杰氏鉴定细菌学手册,（,Bergeys Manual of Systematic Bacteriology）,第八版（,1974,）有中文版，把细菌分十九个部分。,二、真菌的分类系统纲要,（1）菌物与真菌的关系：,（,2,）真菌界及其有代表性的分类系统,1950年,Martin,的4纲分类系统,19,8,3年,Ainsworth,的分类系统,Martin,是根据真菌营养体的形态特征和繁殖方式的不同将之分为4个纲。,藻状菌纲：,菌丝体,无,分隔，或者不形成真正的菌丝体。,子囊菌纲：,菌丝体,有,分隔，有性阶段形成子囊孢子。,担子菌纲：,菌丝体,有,分隔，有性阶段形成担孢子。,半知菌纲：,菌丝体,有,分隔，未发现有性阶段。,Ainsworth,从,1966,年起，就把真菌界分为两大门（,粘菌门,和,真菌门,），并把真菌门再分成五个亚门。目前，该系统已为各国广大真菌分类学者所普遍采用，影响较大。,Ainsworth（ed.7,1983）,第五节 微生物的鉴定,微生物鉴定的技术水平有三个不同水平,一、经典分类鉴定方法,(一)形态特征：包括个体形态和群体形态(即培养特征),(二)生理生化特性：,包括,营养要求、代谢产物、产酶特性等,（三）血清学反应,二、现代分类鉴定方法,（一）微生物遗传型的鉴定,1、,DNA,碱基比例的测定,2、,核酸分子杂交法,3、16,SrRNA,寡核苷酸编目分析,（二）细胞化学成分的鉴定,三、数值分类法,菌种鉴定工作的步骤：,1、获得该微生物的纯培养物,2、测定一系列必要的鉴定指标,3、查找权威性的菌种鉴定手册,