细菌的分类及命名-课件

细菌的分类及命名一、一、细菌的分类地位细菌的分类地位二、二、细菌的命名细菌的命名三、三、细菌分类鉴定的标准细菌分类鉴定的标准四、四、细菌的分类体系细菌的分类体系五、五、细菌的鉴定细菌的鉴定一、细菌分类学一、细菌分类学对细菌进行对细菌进行分类，分类，命名与鉴定命名与鉴定的的 一门学科。一门学科。任务：任务：在全面了解在全面了解细菌生物学特征细菌生物学特征的基础上，的基础上，研究它们的研究它们的种类种类，探索其，探索其起源起源，演化演化以以及与及与其他类群之间的亲缘关系其他类群之间的亲缘关系，进而提，进而提出能反映出能反映自然发展的分类系自然发展的分类系统，并将细统，并将细菌加菌加以分门别类以分门别类。精品资料你怎么称呼老师？你怎么称呼老师？如果老师最后没有总结一节课的重点的难点，你如果老师最后没有总结一节课的重点的难点，你是否会认为老师的教学方法需要改进？是否会认为老师的教学方法需要改进？你所经历的课堂，是讲座式还是讨论式？你所经历的课堂，是讲座式还是讨论式？教师的教鞭教师的教鞭“不怕太阳晒，也不怕那风雨狂，只怕先生骂我不怕太阳晒，也不怕那风雨狂，只怕先生骂我笨，没有学问无颜见爹娘笨，没有学问无颜见爹娘”“太阳当空照，花儿对我笑，小鸟说早早早太阳当空照，花儿对我笑，小鸟说早早早”细菌分类学细菌分类学包括分类，命名和鉴定包括分类，命名和鉴定1、细菌分类：、细菌分类：根据细菌各自的特征，并根据细菌各自的特征，并按照按照亲缘关系亲缘关系分类，以不同等级分类，以不同等级编排系编排系统统。分类有两种：。分类有两种：细菌的生理生化分类法细菌的生理生化分类法，包括有传，包括有传统分类法和数值分类法。统分类法和数值分类法。细菌核酸、蛋白质结构的同源程度细菌核酸、蛋白质结构的同源程度进行分类法进行分类法，称种系分类或自然分类。，称种系分类或自然分类。2、细菌命名、细菌命名：在分类基础上，给每种：在分类基础上，给每种细菌一个细菌一个科学名称科学名称，便于交流并保证所，便于交流并保证所有的科研工作者给予同样名称。有的科研工作者给予同样名称。3、细菌鉴定：、细菌鉴定：将未知细菌按分类原则，将未知细菌按分类原则，确定细菌的分类地位确定细菌的分类地位。二、细菌的分类地位1 1、过去属于植物界，、过去属于植物界，现在划为：现在划为：原核生物原核生物n在兽医微生物中，古细菌不占重要在兽医微生物中，古细菌不占重要地位地位古菌古菌细菌细菌2、细菌还包括、细菌还包括n衣原体、立克次氏体、霉形体、衣原体、立克次氏体、霉形体、螺旋体、放线菌等螺旋体、放线菌等对动物和人对动物和人具有致病作用具有致病作用n蓝细菌、紫色光合细菌等蓝细菌、紫色光合细菌等n n界界 Kingdom(拉：拉：Regnum)n n 门门 Phylum(拉：拉：Phylum)n n 纲纲 Class (拉：拉：Classis)n n 目目 Order(拉：拉：Ordo)n n 科科 Family(拉：拉：Familia)n n 属属 Genus（拉：（拉：Genus）n n 种种 Species（拉：（拉：Species）3、细菌的分类单元、细菌的分类单元 细菌的分类单元与动植物一样，依次为细菌的分类单元与动植物一样，依次为科及科以上的划分在细菌不太完善，且随科及科以上的划分在细菌不太完善，且随着研究的深入科属的划分会发生变动着研究的深入科属的划分会发生变动1、属属（genus）性性状状相相近近、关关系系密密切切的的若若干干菌菌种种组组成成一一个个菌菌属属，与与其其他他属属有有明明显显差异。差异。2、种种（species）是是细细菌菌学学分分类类的的最最基基本本单单元元，生生物物学学性性状状基基本本相相同同的的细细菌菌群群体体归成一个菌种归成一个菌种。3、菌菌株株（strain）是是不不同同来来源源的的某某一一种种细菌的纯培养物。细菌的纯培养物。三、细菌的命名1、细菌的命名依据细菌的命名依据“国际细菌命名法规国际细菌命名法规”(The(The International Code of Nomenclature of Bacteria)International Code of Nomenclature of Bacteria)n n学名用拉丁文，遵循学名用拉丁文，遵循“双名法双名法”。n n每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分组成组成如：如：如：如：产气荚膜梭菌产气荚膜梭菌（Clostridium Clostridium perfringensperfringens）n n属名在前，字首属名在前，字首属名在前，字首属名在前，字首字母要大写字母要大写字母要大写字母要大写，其余小写其余小写其余小写其余小写n n整个属名及种名在出版物中应整个属名及种名在出版物中应整个属名及种名在出版物中应整个属名及种名在出版物中应排成斜体排成斜体排成斜体排成斜体n n中文译名，种名在前，属名在后中文译名，种名在前，属名在后中文译名，种名在前，属名在后中文译名，种名在前，属名在后2、分类学文献中的细菌拉丁文学名，属分类学文献中的细菌拉丁文学名，属名和种名之后，往往还要加上首次定名和种名之后，往往还要加上首次定名人（加括号）、名人（加括号）、现名定名人和现名现名定名人和现名定名年份定名年份，这些均用，这些均用正体排字。正体排字。n n一般兽医学及医学微生物学文献中，一般兽医学及医学微生物学文献中，属名和种名之后的部分均予省略属名和种名之后的部分均予省略。n n如：如：Escherichia colin n例如例如n n大肠埃希菌的学名全名是大肠埃希菌的学名全名是：Escherichia coli(Migula)Castellani et Chalmers l919 指的是指的是Migula于于1895年命名此菌为年命名此菌为Bacillu coli，Castellani及及Chalmers于于1919年改为现名。年改为现名。n n金黄色葡萄球菌的学名为金黄色葡萄球菌的学名为：Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus Rosenbach 1884Rosenbach 1884属名葡萄球菌属名葡萄球菌种名金黄色种名金黄色命名人的姓命名人的姓命名年份命名年份金黄色葡萄球菌的学名为金黄色葡萄球菌的学名为Peptostreptococcus foetidus Peptostreptococcus foetidus（Veillon Veillon）SmithSmith属名消化链球菌属名消化链球菌种名恶臭种名恶臭原命名者原命名者改名者恶臭消化链球菌的学名恶臭消化链球菌的学名恶臭消化链球菌是由恶臭消化链球菌是由 Veillon 首先发现和定名的，首先发现和定名的，后后 Smith 重新定为现名。重新定为现名。3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规则读念则读念 4、属名重复出现时，拉丁文可缩写，用属名重复出现时，拉丁文可缩写，用第一个字母，为避免混肴，也可用第一个字母，为避免混肴，也可用2个个字母。大肠杆菌字母。大肠杆菌(E.coli)5、只确定属名、未确定种名的某一株细菌，只确定属名、未确定种名的某一株细菌，其拉丁文学名可在其拉丁文学名可在属名之后加属名之后加sp(正体字正体字)；如果；如果同属未定种名的若干菌株同属未定种名的若干菌株，则用，则用spp(species 的缩写，的缩写，sp.表示单数，表示单数，spp.表表示复数示复数)，n n如如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种，表示微球菌属的一个种，n nMicrococcus spp.表示微球菌属的一些种。表示微球菌属的一些种。6、如果是新种、如果是新种，在新种的拉丁文学名之，在新种的拉丁文学名之后还要加上后还要加上“sp.nov。”，nov是是novel的缩写。的缩写。n n例如例如Lawsonia intracellularis genNov.sp.Nov.，译为：胞内劳森菌，译为：胞内劳森菌，新属新种。新属新种。7、亚种用亚种用subsp.(正体字正体字)表示，这是表示，这是subspecies的缩写，的缩写，n n例如例如Pasteurella multocida subspseptica，中译名为多杀性巴氏杆菌败，中译名为多杀性巴氏杆菌败血亚种。血亚种。四、细菌分类鉴定的标准1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是其表型其表型(phenotype)特征特征 这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有应用价值。应用价值。形态形态染色染色培养培养细胞壁结构细胞壁结构生理生化生理生化抗原特性抗原特性2、目目前前微微生生物物学学界界普普遍遍考考虑虑的的分分类类依依据据是是细细菌菌的的种种系系发发生生关关系系(phylogenetic relationship)，即即分分析析其其基基因因特特征征从从而而确定分类地位。确定分类地位。n n研究细菌的种系发生关系主要研究细菌的种系发生关系主要采用三种采用三种方法：方法：n n1）测定测定DNA碱基碱基(G+C)moln n2）核酸分子杂交核酸分子杂交n n3）16SrRNA寡核苷酸编目寡核苷酸编目1）DNA碱基碱基G+C%比例的测定比例的测定u亲缘关系相近的种比也相近，亲缘关系相近的种比也相近，比差别大亲缘关系必然远比差别大亲缘关系必然远（G+C）%=100%A+T+G+CG+C简称简称GC比比u种内差距种内差距2.54.0,种间种间5%,属间属间差距差距10%2）核酸分子杂交法）核酸分子杂交法DNA-DNA DNA-rRNA rRNA-rRNA 方法方法:u待测菌株待测菌株dsDNA-ssDNA u参照菌株，同位素标记的参照菌株，同位素标记的ssDNA检测杂合检测杂合DNA的放射性强度的放射性强度，参照菌株自，参照菌株自身为身为DNA复性的放射性强度复性的放射性强度100%uDNA-DNA杂交同源性性杂交同源性性 60%为同种为同种 70%同一亚种同一亚种 2060%为同一属为同一属3）rRNA寡核苷酸编目分析寡核苷酸编目分析urRNA是细胞中的是细胞中的“活化石活化石”原核生物：原核生物：23s、16s、5s 真核生物：真核生物：28s、18s、5.8s u16s或或18s用作系统分类用作系统分类：（提出三域：（提出三域学说）学说）u生理功能重要又恒定、含量高易提取、生理功能重要又恒定、含量高易提取、核苷酸序列保守、分子质量适中、信息核苷酸序列保守、分子质量适中、信息量大易于分析量大易于分析五、细菌的分类体系五、细菌的分类体系五、细菌的分类体系五、细菌的分类体系 细菌分类体系主要是细菌分类体系主要是细菌分类体系主要是细菌分类体系主要是“伯吉氏系统细菌学手册伯吉氏系统细菌学手册伯吉氏系统细菌学手册伯吉氏系统细菌学手册”，HoltHolt（美国）编共（美国）编共（美国）编共（美国）编共4 4卷。及卷。及卷。及卷。及“伯吉氏细菌鉴定手伯吉氏细菌鉴定手伯吉氏细菌鉴定手伯吉氏细菌鉴定手册册册册”n n国际系统与进化微生物学杂志国际系统与进化微生物学杂志国际系统与进化微生物学杂志国际系统与进化微生物学杂志是细菌分类命名世界是细菌分类命名世界是细菌分类命名世界是细菌分类命名世界公认权威为期刊。公认权威为期刊。公认权威为期刊。公认权威为期刊。n n国际公认的菌种保藏权威机构是国际公认的菌种保藏权威机构是国际公认的菌种保藏权威机构是国际公认的菌种保藏权威机构是“美国典型培养物美国典型培养物美国典型培养物美国典型培养物保藏中心保藏中心保藏中心保藏中心(ATCC)(ATCC)”以及以及以及以及“德国微生物及细胞保藏德国微生物及细胞保藏德国微生物及细胞保藏德国微生物及细胞保藏中心中心中心中心(DSM)(DSM)”等。我国兽医微生物菌（毒）种由等。我国兽医微生物菌（毒）种由等。我国兽医微生物菌（毒）种由等。我国兽医微生物菌（毒）种由中中中中国兽药检察所鉴定保存国兽药检察所鉴定保存国兽药检察所鉴定保存国兽药检察所鉴定保存。五、细菌的鉴定五、细菌的鉴定 纯培养细菌纯培养细菌才能进行鉴定。才能进行鉴定。DNA分子水分子水平的鉴定主要限于专业实验室；平的鉴定主要限于专业实验室；常规细菌鉴定沿用表型特征检测方法；常规细菌鉴定沿用表型特征检测方法；有成套检测指标的快速诊断试剂盒有成套检测指标的快速诊断试剂盒 商品化的细菌鉴定试剂盒有商品化的细菌鉴定试剂盒有Enteotube系统、系统、API系统、系统、Vitek系统等。系统等。有条件的单位可用有条件的单位可用PCR技术检测鉴定技术检测鉴定n n1、分类方法、分类方法n n数值分类法数值分类法：根据细菌的各种性状的数值根据细菌的各种性状的数值分析，借助计算机，将拟分类的细菌按其分析，借助计算机，将拟分类的细菌按其性状的相似程度归类定位。性状的相似程度归类定位。n n在进行数值分类时在进行数值分类时n n需要选择需要选择分类单位分类单位（菌株、种或属）（菌株、种或属）将将性状编码性状编码按公式计算出相似度（按公式计算出相似度（S矩阵）矩阵）进行系统聚类进行系统聚类画出相似矩阵图画出相似矩阵图最后最后转绘树状普（转绘树状普（dendrogam）n n计算相似度的公式为：计算相似度的公式为：n nS%=NS/（NS+ND）其中其中S为相似度，为相似度，NS为相似性状，为相似性状，ND为相异性状。为相异性状。n n此法应用时所选性状必须要多，越多准确此法应用时所选性状必须要多，越多准确性越高，至少高达性越高，至少高达100个，否则易误判。个，否则易误判。n n2、常见动物致病菌的鉴定已形成固定、常见动物致病菌的鉴定已形成固定的程序。的程序。革兰氏阳性细菌革兰氏阳性细菌革兰氏阳性细菌革兰氏阳性细菌革兰氏阴性细菌革兰氏阴性细菌革兰氏阴性细菌革兰氏阴性细菌革兰氏阳性细菌球菌球菌杆菌杆菌丝状或树枝状丝状或树枝状葡萄球菌葡萄球菌链球菌链球菌粪肠球菌粪肠球菌微球菌微球菌MZN染色阴性染色阴性MZN染色阳性染色阳性牛放线菌牛放线菌粘性放线菌粘性放线菌星形奴卡菌星形奴卡菌刚果嗜皮菌刚果嗜皮菌产芽胞产芽胞无芽胞无芽胞抗酸染色阳性抗酸染色阳性抗酸染色阴性抗酸染色阴性梭菌梭菌芽胞杆菌芽胞杆菌炭疽杆菌炭疽杆菌分支杆菌分支杆菌牛分支杆菌和禽分支杆菌牛分支杆菌和禽分支杆菌鼠麻风杆菌鼠麻风杆菌副结核分支菌副结核分支菌棒状杆菌棒状杆菌化脓放线菌化脓放线菌马红球菌马红球菌产单核李氏杆菌产单核李氏杆菌猪丹毒杆菌猪丹毒杆菌革兰氏阴性细菌球菌球菌/球杆菌球杆菌杆菌杆菌MZN染色阴性染色阴性MZN染色阴性染色阴性弧状杆菌弧状杆菌中等大小杆菌中等大小杆菌螺旋状菌螺旋状菌丝状菌丝状菌弯曲菌弯曲菌弧菌弧菌耐瑟菌耐瑟菌生摩拉菌生摩拉菌不动杆菌不动杆菌肠杆菌科肠杆菌科假单胞菌假单胞菌波氏杆菌波氏杆菌放线杆菌放线杆菌嗜血杆菌嗜血杆菌巴氏杆菌巴氏杆菌拟杆菌拟杆菌钩端螺旋体钩端螺旋体蛇形螺旋体蛇形螺旋体密螺旋体密螺旋体疏螺旋体疏螺旋体坏死杆菌坏死杆菌布氏杆菌属布氏杆菌属鹦鹉热衣原体鹦鹉热衣原体