细菌全基因组测序.ppt

基因组测序和组装流程 生物信息学分析流程图 基因功能注释 基因注释主要基于蛋白序列比对 将基因的序列与各数据库进行比对 得到对应的功能注释信息 注释的蛋白库为 KEGG COG SwissProt TrEMBL NR B 6KEGG代谢通路二级分类图 B 9KEGG代谢通路二级分类图 B 6COG功能分类图 B 9COG功能分类图 B 6GC含量 GCskew COG注释基因组分布图 B 9GC含量 GCskew COG注释基因组分布图 基因家族 genefamily 和基因簇 genecluster 分析 基因组中来源相同 结构和功能相关的基因聚集在一起形成基因家族 基因家族的各个成员紧密成簇排列成大段的串联重复单位 分布在某一条染色体的特殊区域 测序数据的解读与分析 解读策略木质素基质是非常巨大的非均性高分子 会受到细胞外酶或试剂的作用 木质素不含有可水解的化学键 这就意味着木质素降解所参与的酶必须具有氧化性 木质素具有立体结构不规整性 与许多其他天然高分子相比 木质素降解要求更具非特异性的作用 木质素降解过程中涉及到的细胞外酶主要有 木质素过氧化物酶 LiP 和锰过氧化物酶 MnP 以及漆酶 Lac 此外 一些附属酶参与过氧化氢的产生 乙二醛氧化酶 glyoxaloxidase 缩写作GLOX 和芳基醇氧化酶 arylalcoholoxidase 缩写作AAO 属于这类酶 解读策略木质素降解过程涉及到的其他酶 对木质素模型化合物作用的相关酶 木质素单体化合物降解相关酶 运用测序数据构思文章 对羟苯基结构 10 愈创木基结构 70 紫丁香基结构 20 木质素主体结构的连接方式 O 4型连接 木质素降解有关主要的酶和它们催化的主要反应 增加个性化信息分析对B 6 B 7 B 8 B 9这4株菌的数据进行分析 寻找与木质素降解相关基因 用CAZY数据库对这4株菌的代谢途径进行注释 寻找纤维素 半纤维素降解家族基因 对4株菌的亲缘关系进行分析 确定菌株之间的相互关系 通过对4株菌进行进化分析 判定是否为古菌或新的菌种 论文构思 创新性系统性热点 高关注度 下一步的实验安排 对已注释出的基因进行验证 未注释出功能的基因鉴定 挖掘新基因 其他方面的应用研究 应用NMR FTIR UV 14C标记的木质素降解机理方面的研究 农药残留物以及其他一些难降解有机物的降解 重金属有机物化合物的降解 一个物种基因组计划的完成 就意味着这一物种学科和产业发展的新开端 向仲怀院士 谢谢