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开题报告,指导老师：谭钟扬教授学生：吴晓龙2013,研究课题：简单重复序列在疱疹病毒基因组中的分布及其对基因组进化的影响,报告内容,简单重复序列介绍研究内容已完成的工作下一步展望,一、简单重复序列,4,SSRs,5,简单重复序列(SimpleSequenceRepeats，SSRs)也称微卫星序列(Microsatellites)或短串联重复序列(ShortTandemRepeats，STRs)，是由1-6个碱基对组成的串联重复DNA片段。SSRs在真核和原核生物的基因组中分布广泛、数量丰富,并具有较高的突变频率。如:(A)n、(ACG)n、(ATCG)n、(ACCCTT)n,ImportantcharacteristicsofSSRs,6,SSRs的突变机制,SSRs普遍存在于基因序列中，且曾经一度被认为是基因中“junk”，不具有生物功能。然而，随着近几十年的研究发现，简单重复序列在序列中的分布不是随机的，且有重要的生物功能。同时发现许多神经方面的疾病的发生与简单重复序列的突变有关，但对于简单重复序列的在序列中的突变机制，研究者们还不是很清楚。在最近几十年中，随着对简单重复序列认识的不断的深入，研究者提出了下列多种主要的用于揭示SSRs突变机制的假设：1、滑动突变机制;2、重组机制；3、不对等交换机制；3、逆转录机制；。在这四种突变理论中，滑动突变理论被认为是简单重复序列突变的最主要的机制。,7,Replicationslippage,EllegrenH.2004.Microsatellites:simplesequenceswithcomplexevolution.NATREVGENET.5:435-445.,8,Recombination,Gemayel,R.,Vinces,M.,Legendre,M.,Verstrepen,J.2010.VariableTandemRepeatsAccelerateEvolutionofCodingandRegulatorySequences.Annu.Rev.Genet.44:44577.,ThedistributionofSSRsinagene,10,ThefunctionofSSRs,Li,Y.,Korol,A.B.,Fahima,T.,Nevo,E.2004.MicrosatellitesWithinGenes:Structure,Function,andEvolution.Mol.Biol.Evol.21,9911007.,11,TherelationshipbetweenSSRsandhumandisease,12,SSRs作用,常用的一种分子标记。在多数情况下，微卫星标记没有任何表型效应，因而不存在对个体的有害或次级效应。遗传图谱构建。微卫星标记还可应用于疾病的基因诊断、性别控制、保护遗传学等方面。相信随着人们对微卫星标记认识的不断深入与完善，它必将成为遗传育种研究领域的一种强有力的工具,发挥其独特的优势。,一、背景介绍及选材,形态学特征,G：genome或core，是一条线状双链DNA。C：capsid，衣壳是病毒粒的主要支架结构和抗原成分，有保护核酸等作用。T：tegument，内膜是出现在疱疹病毒衣壳和包膜之间无特定形态的蛋白质。E：envelope，核心壳外还被一层含蛋白质或糖蛋白的类脂双层膜覆盖着，这层膜称为包膜。包膜中的类脂来自宿主细胞膜。与该病毒的宿主专一性和侵入等功能有关。,基因组,基因组大小：125295kbp.G+C含量：3275%.因为基因组中存在很多重复序列（正向重复、反向重复，存在于基因组的末端或中间），因而有很多不同的基因组结构。,在疱疹病毒科里，大约有40个编码蛋白的基因是保守的，他们存在6个基因区。这6个保守的基因区在不同的亚科中有不同的顺序和方向。保守的基因一般编码：capsidproteins,componentsoftheDNAreplicationandpackagingmachinery,nucleotidemodifyingenzymes,membraneproteinstegumentproteins,andtoalesserextentcontrolproteins,
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