专业书籍读后感（王艳辉）

系统生物学：哲学基础读后感贵阳一中新世界国际学校 生物组 王艳辉系统生物学：哲学基础是由荷兰的布杰德（Boogerd，F.C.）等著作，孙之荣等译著的。Fred CBoogerd是荷兰阿姆斯特丹自由大学分子细胞生理学系的助理教授。他于1979年获得化学硕士学位（优等毕业生），1984年在阿姆斯特丹自由大学获得博士学位。他在荷兰的Leiden大学和Delft科技大学做了几年博士后工作，随后在丹麦哥本哈根的丹麦技术大学进行游学访问。他对生理学，特别是对去硝酸盐化、锰氧化、煤的脱硫、固氮作用、琥珀酸盐转运以及铵吸收作用中的微生物过程很感兴趣。近来，他对系统生物学及其哲学，特别是有关生物学中的还原论、涌现现象、解释和机制等问题产生了浓厚的兴趣。系统生物学：哲学基础（Systems Biology：Philosophical Foundations）是现已出版的第一本有关系统生物学哲学基础的著作，该书的内容涉及哲学基础、方法论、模型和组织形式等诸多内容，既有对生物学实际问题的研究，也有对哲学领域艰深内容的讨论。这本书以一个全新的视角来讲述系统生物学，即通过讨论构成系统生物学的哲学基础来理解系统生物学的内涵和本质。对系统生物学的科学哲学进行深入的开放式讨论，详细阐明那些涉及系统生物学基础的各种哲学问题，以及是什么使得它与分子生物学如此之不同。书中最值得回味的就是关于分子生物学哲学体系的阐述：生物化学和分子生物学分别在20世纪30年代和50年代兴起，并在20世纪下半叶取得了惊人的成果，研究者们几乎毫无疑义地认为还原论方法构成了这些学科的基础。研究单个（大）分子（或其集合）是一项充满回报的工作。这种占统治地位的方法学认为：各部分组成整体，并由此决定了整体的性质，所以通过分解系统，并研究系统各部分的性质就能理解整个系统。这种还原论的思维模式提供了强大的研究方法、用于指导知识获取的认识论式的清晰原则、评判论文和基金申请书质量的有效策略，以及协调一致的世界观。这些策略和在它们指导下所取得的成就是如此显著，以至于进一步的哲学探讨似乎已经没有必要。我们应当站在那个时代的视角上来看待这些问题。有人曾经提出，对生物体或者只是活细胞进行哪怕最轻微的分解，也基本上去除了其与生命相关的所有性质（现在我们知道这是由于干扰了能量代谢和信息交流，耗尽了酶和辅酶，或者依赖于生物体几乎所有成分的任何物质）。因此，只从分子层面上研究显然无法帮助我们理解生命。但是，那种只关注完整生物体的整体论哲学也有其局限性。不对生物体进行分解，我们只能从表象模型的层面上描述实验数据或观察其行为，这些数据或模型的组分（例如生长速率）缺乏物理物质的实体对象。因此，即便在明确定义的实验条件下，行为与组分之间并不存在特异的依赖关系。例如，细胞的能量状态对其生长速率的依赖关系。在经验观察的基础上，一个表象模型会用某种方式描述这种依赖关系。依据物理学的哲学基础，我们应该能对此描述进行证实或证伪。譬如根据我们现在已知的分子生物学和系统生物学知识，当一种分解代谢酶被激活时，我们期望这种“依赖关系”是正相关的，而当核糖体被激活以加速生长时，我们期望它是负相关的。然而对于整体论者，他们的研究方法无法知道究竟是哪一个被激活了。因此，模型被证伪，“非分子生物学”（如果这真是一门科学的话）获得了些许“无法预测的科学”的名声。总之，作者在书中开展了许多富有启发和成果性的讨论，引导我思考系统生物学哲学的核心概念。这些对于系统生物学的学习和研究都是非常有益的。