3图解：如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,如何在,NCBI,上找到,HNF-4,基因第,4,个外显子的序列,事实上，在,NCBI,有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子，当然还有,UTR,区域。今天只介绍一种。通过,Blast,是一种办法，但不够直观，需要判断的条件要多一些，经验也需要多一些。如果条件允许的话，我们可以借助其它一些专门的软件,让事情变得容易。,准备工作,首先介绍,NCBI,的其中一个软件，,Splign,http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/splign,（点击,online,，在线运行）,Splign -,通过,mRNA,或,EST,序列与所在的基因组序列比对，用于单个基因结构图（外显子内含子）显示,用户每次只能提交一个基因序列。,进入,Genbank,页面,http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/,或直接进入,NCBI,主页,http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/,Gene,HNF-4,查询结果,选择,mouse,的,HNF4,基因作为今天的例子,Mus musculus,小家鼠,Hnf4a,点击这里,基因名会随着版本的升级而变化，当然，以前使用过的基因名也会保留着。而基因名会对应一个,GeneID,，无论名字如何改变，,GeneID,是唯一的。,以下几张都是结果页面,肝细胞核因子,4,Gene,mRNA,Protein,从图中看出这个基因有,10,个外显子,在,HNF-4,基因的,RefSeq,区域，我们将可以看到这个基因的参考序列，有,mRNA,和编码蛋白质序列。这个区域不一定每个基因都有。,NM_,开头的序列都是,mRNA,序列。,这里是,HNF4,基因所在的基因组序列,好像有多个基因组可选。其实它们是不同的人测出的。可以多点几个看看,接下来我们进入,Splign,的,online,界面（见前），你可以通过,mRNA,和基因组的,Accession,或是它们,Fasta,格式的序列进行对比，要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择，一般常用的生物都在。,这里你可以输入,mRNA,的,accession,或,Fasta,全序列,直接在这里选一个基因组（,Mus musculus,）,Align,开始比对,结果一目了然，,10,个外显子，而且还显示,mRNA,以及对应的基因组比对的序列，并且还可以知道某个外显子在,mRNA,序列上的区域。就连,UTR,区的序列也知道了。,