肿瘤组织库的建立与管理PPT实用版课件

,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,Click to edit Master title style,Click to edit Master text styles,Second level,Third level,Fourth level,Fifth level,*,*,肿瘤组织库的建立与管理,肿瘤组织库的建立与管理,1,优选肿瘤组织库的建立与管理,优选肿瘤组织库的建立与管理,2,目录,建库理论基础,材料与方法,结果,讨论,致谢,目录,3,理论基础,一、建立组织库的三种模式,1.“,银行”模式,2.,临床试验模式,3.,前瞻性收集模式,理论基础一、建立组织库的三种模式,4,理论基础,“银行”模式的组织库按照一定的标准化运转程序（standard operating processeds, SOPs）规范人体组织的收集、加工和储存。,组织标本形式通常为低温冷冻组织或蜡块。,缺点不能提供新鲜的、未被冰冻的人体组织，亦不能提供某些有特殊加工需求的组织样本。不能满足研究者对组织块的个性化需求。,优点可向研究者提供大量的组织样本，并且这些组织均有相关的临床信息和流行病学信息。,理论基础“银行”模式的组织库按照一定的标准化运转程序（sta,5,理论基础,临床试验模式是”银行“模式的一个亚型，是由一个或多个临床试验收集的标本构成的标本库。,缺点其内组织标本的应用受限于伦理委员会的要求，无法被广泛的应用与其他临床研究。同样，组织的大小、采集及加工的方法也不能满足所有研究者的需求。,理论基础临床试验模式是”银行“模式的一个亚型，是由一个或多个,6,理论基础,前瞻性收集模式研究者指定需要的组织类型，同时也制定出所需的组织采集、处理及储存方法。,缺点没有现成的大量的组织标本以及临床资料，因为组织需要前瞻性的去收集。,优点研究者能获得他们需要的组织样本，能够满足其研究的个性化需求。,理论基础前瞻性收集模式研究者指定需要的组织类型，同时也制定出,7,理论基础,二、组织收集,尽量缩短和记录手术摘除或从手术室转移到标本库的时间间隔很重要,Spruessel,等人报道，组织离体后,30,分钟内称,80%,基因变化少于,2,个折叠,1,Maine,等人报道，前列腺组织离体,1,小时内仅有不到,1%,基因发生了变化,2,术后标本在体外保存,5,分钟和,60,分钟相比，其,mRNA,变化不明显,3,1.,Spruessel,A, Steinmann G, Jung M, Lee SA, Carr T, Fentz AJ, Spangenberg J, Zornig C, Juhl HH, David KA. Tissue ischemia time affects gene and protein expression patterns within minutes following surgical tumor excision.,Biotechniques.,2004;36(6):1030,1037.,2. Maine IP, Varambally S, Shen R, Chinnaiyan M, Rubin MA. Changes in differential gene expression because of warm ischemia time of radical prostatectomy specimens.,Am J Pathol.2002;161(5):1743,1748.,3. Huang J, Qi R, Quackenbush J, Dauway E, Lazaridis E, Yeatman T. Effecs of ischemia on gene expression.,J Surg Res.,2001;99:222,227.,理论基础二、组织收集1.Spruessel A, Stei,8,202下2000r/min离心20分钟。,4、轻轻吸取淡黄色上层血清（血浆）放入1.,优点研究者能获得他们需要的组织样本，能够满足其研究的个性化需求。,DNA分子稳定性较mRNA好，在80环境中保存5年，DNA完整性良好5,方法二RTPCR扩增actin、HHPRT管家基因，分析扩增产物的含量，产物含量相对较少或无产物可判断为不可用样本。,Am J Pathol.,10、弃去上清液保留底部沉淀，血清、血浆及淋巴细胞分装完毕后贴好二维标签。,8、按1:5的比例向淋巴细胞中加入PBS液，混匀洗涤，室温1000r/min离心10min。,缺点不能提供新鲜的、未被冰冻的人体组织，亦不能提供某些有特殊加工需求的组织样本。,同样，组织的大小、采集及加工的方法也不能满足所有研究者的需求。,通过DNA电泳判断组织标本的基因组是否完整。,5ml离心管中，每管200l，共12管（血清6管，血浆6管），做好标记。,HIV感染患者不列为采集对象。,前瞻性收集模式研究者指定需要的组织类型，同时也制定出所需的组织采集、处理及储存方法。,202下2000r/min离心20分钟。,不能满足研究者对组织块的个性化需求。,5mlPBS液吹打洗涤，置入标记好的1.,2004;36(6):10301037.,理论基础,三、组织储存,北京大学季加孚等研究发现手术后1 h内取材的组织经过3年低温保存，90以上的标本仍有清晰的28S和18S RNA条带，提示RNA完整性较好4,DNA分子稳定性较mRNA好，在80环境中保存5年，DNA完整性良好5,4.,季加孚北京大学临床肿瘤学院肿瘤标本库的建设,J,北京大学学报：医学版，,2005,，,37(3),：,329,330,5.,张佳年， 于颖彦， 计骏,.,等,.,低温冻存时间对肿瘤组织生物大分子的影响,J.,诊断学理论与实践,2009,，,V01,8,，,No1,202下2000r/min离心20分钟。理论基础三、组织,9,材料与方法,肿瘤组织库库房，放置液氮罐、冰箱、冰柜等冷冻设备，用于存放标本；分子生物室（中心实验室）用于提取血清、血浆、分离淋巴细胞。,库房设备液氮罐1个（YDS30，沈阳新光）， 80立式超低温保存箱2台（DW86L628，青岛海尔），420冰柜1台（BCD130Eb，青岛海尔）；联想电脑、条码扫描器、条码打印机1套（BPIP300，德国BRADY）等。,材料与方法肿瘤组织库库房，放置液氮罐、冰箱、冰柜等冷冻设备，,10,库房,库房,11,生物样本库资源信息管理系统,生物样本库资源信息管理系统,12,主要设备,BRADY,条码打印机,液氮罐,海尔,-80,冰箱,主要设备BRADY条码打印机液氮罐海尔-80冰箱,13,患者入院后行生物安全性检查。检测,HIV,以及嗜肝病毒,HBV,及,HCV,感染情况。,HIV,感染患者不列为采集对象。,HBV,及,HCV,感染者需在标本上明确注明。,尊重患者的知情权和隐私权，在向患者及家属介绍标本采集和使用目的，获得患者自愿签署知情同意书后，方可安排标本采集和数据录入。,患者入院后行生物安全性检查。检测HIV以及嗜肝病毒HBV及H,14,组织采集,手术结束后，标本离体30分钟内完成，在临床肿瘤专家的指导下，在不影响病理诊断取材需要的前提下，采集组织样本。,1）标本取材部位肿瘤组织、癌旁组织（癌组织旁1cm）和正常组织（癌组织旁5cm及以外或最远处）。,2）过程使用数码相机拍摄标本外观后，将标本切成小块（直径0.50.5cm，厚度0.5cm），为减少处理时间，标本不应切得太小，然后放入无菌冻存管内，做好标记，记录标本采集的时间及标本的类型。每例病人样本保存35份冻存管标本。每份组织重量原则不低于2g。,3）标本冻存管标记后直接冻存于液氮中，后转移至80冰箱中。标本运送过程中，将其置于冰中保存。,组织采集手术结束后，标本离体30分钟内完成，在临床肿瘤专家的,15,202下2000r/min离心20分钟。,组织标本形式通常为低温冷冻组织或蜡块。,生物样本库资源信息管理系统,每例病人样本保存35份冻存管标本。,产物含量相对较少或无产物，可判断为不可使用标本。,季加孚北京大学临床肿瘤学院肿瘤标本库的建设J北京大学学报：医学版，2005，37(3)：329330,6、15ml离心管内先加入3ml淋巴细胞分离液，后加入6ml稀释样品，注意加入样品要缓慢进行，不要冲破液面，影响离心效果。,生物样本库资源信息管理系统,5cm），为减少处理时间，标本不应切得太小，然后放入无菌冻存管内，做好标记，记录标本采集的时间及标本的类型。,10、弃去上清液保留底部沉淀，血清、血浆及淋巴细胞分装完毕后贴好二维标签。,5、新鲜抗凝血（含2%EDTA抗凝）去血浆后，按照1:1比例加入PBS液混匀。,前瞻性收集模式研究者指定需要的组织类型，同时也制定出所需的组织采集、处理及储存方法。,2004;36(6):10301037.,8、按1:5的比例向淋巴细胞中加入PBS液，混匀洗涤，室温1000r/min离心10min。,缺点没有现成的大量的组织标本以及临床资料，因为组织需要前瞻性的去收集。,2002;161(5):17431748.,Maine等人报道，前列腺组织离体1小时内仅有不到1%基因发生了变化2,不能满足研究者对组织块的个性化需求。,2002;161(5):17431748.,Tissue ischemia time affects gene and protein expression patterns within minutes following surgical tumor excision.,术前血指临床诊断明确，患者未经任何治疗，即放疗、化疗及免疫治疗等，已接受上述治疗的患者样本需详细注明。,术后血指接受手术后2周，患者未接受任何放疗、化疗或免疫治疗等。,202下2000r/min离心20分钟。术前血指临床诊断,16,1,、取血液标本，每例采集,10ml,（不少于,5ml,），约,10ml,全血平均分装于红帽管（不含抗凝剂，,1,管）和紫帽管（含,2%EDTA,抗凝剂，,2,管）中。,2,、红帽管用于分离血清，室温放置,30,分钟后离心；紫帽管用于分离血浆及淋巴细胞。,3,、,1500r/min,离心,10,分钟，此时悬液分层，上层淡黄色为血清（红帽管）或血浆（紫帽管），底层为红细胞，紫帽管中中层呈灰白色的为外周血淋巴细胞。,4,、轻轻吸取淡黄色上层血清（血浆）放入,1.5ml,离心管中，每管,200l,，共,12,管（血清,6,管，血浆,6,管），做好标记。,5,、新鲜抗凝血（含,2%EDTA,抗凝）去血浆后，按照,1:1,比例加入,PBS,液混匀。,6,、,15ml,离心管内先加入,3ml,淋巴细胞分离液，后加入,6ml,稀释样品，注意加入样品要缓慢进行，不要冲破液面，影响离心效果。,202,下,2000r/min,离心,20,分钟。,7,、离心后血样分四层，将移液管插入液面，轻吸灰白色的淋巴细胞层，放入另一,15ml,离心管中，注意吸取过程中避免吸入分层液和血浆。,8,、按,1:5,的比例向淋巴细胞中加入,PBS,液，混匀洗涤，室温,1000r/min,离心,10min,。,9,、弃去上清液保留底部沉淀，适用,1.5mlPBS,液吹打洗涤，置入标记好的,1.5ml,细胞冻存管中，高速离心机,500r/min,离心,5,分钟。,10,、弃去上清液保留底部沉淀，血清、血浆及淋巴细胞分装完毕后贴好二维标签。,1、取血液标本，每例采集10ml（不少于5ml），约10ml,17,质量控制,样本DNA完整性检测,方法一提取样本基因组DNA，检测OD260/OD280值。进行0.7%琼脂糖凝胶电泳。通过DNA电泳判断组织标本的基因组是否完整。无基因组DNA或DNA出现明显降解为不可用样本。,方法二通过PCR选择扩增管家基因，如GAPD、HHPRT、actin，分析扩增产物的含量。产物含量相对较少或无产物，可判断为不可使用标本。,质量控制样本DNA完整性检测,18,质量控制,样本RNA完整性检测,方法二RTPCR扩增actin、HHPRT管家基因，分析扩增产物的含量，产物含量相对较少或无产物可判断为不可用样本。,方法三Northern Blot检测actin、HHPRT管家基因，无印记者列为不可使用样本。,质量控制样本RNA完整性检测,19,蛋白质完整性检测,蛋白质完整性通过Western Blot进行检测，检查标本样本中actin的蛋白表达量变化，通过分析印记条带，判断蛋白量是否有变化，无条带或条带变弱者为发生组织降解样本。,蛋白质完整性检测,20,结果,自,2010,年,7,月建库以来共收集保存了各类肿瘤（胃癌、结肠癌、直肠癌、甲状腺癌、胃肠道间质瘤等）患者的组织标本,1333,例，胃癌患者,424,例，直肠癌,267,例，结肠癌,246,例，甲状腺肿瘤,254,例，胃肠道间质瘤,45,例，其他类型肿瘤,97,例。,标本总量,11919,份，其中包括肿瘤组织,1170,份，肿瘤旁组织,900,份，正常组织,1113,份，血清,3923,份，血浆,3931,份，淋巴细胞,843,份，粪便,39,份。,已向外省提供,60,份患者血淋巴细胞样本，用于,DNA,相关研究，效果良好。,结果自2010年7月建库以来共收集保存了各类肿瘤（胃癌、结肠,21,手术结束后，标本离体30分钟内完成，在临床肿瘤专家的指导下，在不影响病理诊断取材需要的前提下，采集组织样本。,不能满足研究者对组织块的个性化需求。,优点研究者能获得他们需要的组织样本，能够满足其研究的个性化需求。,手术结束后，标本离体30分钟内完成，在临床肿瘤专家的指导下，在不影响病理诊断取材需要的前提下，采集组织样本。,低温冻存时间对肿瘤组织生物大分子的影响J.,HIV感染患者不列为采集对象。,北京大学季加孚等研究发现手术后1 h内取材的组织经过3年低温保存，90以上的标本仍有清晰的28S和18S RNA条带，提示RNA完整性较好4,生物样本库资源信息管理系统,5ml离心管中，每管200l，共12管（血清6管，血浆6管），做好标记。,HIV感染患者不列为采集对象。,10、弃去上清液保留底部沉淀，血清、血浆及淋巴细胞分装完毕后贴好二维标签。,Am J Pathol.,5mlPBS液吹打洗涤，置入标记好的1.,5ml离心管中，每管200l，共12管（血清6管，血浆6管），做好标记。,DNA分子稳定性较mRNA好，在80环境中保存5年，DNA完整性良好5,前瞻性收集模式研究者指定需要的组织类型，同时也制定出所需的组织采集、处理及储存方法。,8、按1:5的比例向淋巴细胞中加入PBS液，混匀洗涤，室温1000r/min离心10min。,1、取血液标本，每例采集10ml（不少于5ml），约10ml全血平均分装于红帽管（不含抗凝剂，1管）和紫帽管（含2%EDTA抗凝剂，2管）中。,北京大学季加孚等研究发现手术后1 h内取材的组织经过3年低温保存，90以上的标本仍有清晰的28S和18S RNA条带，提示RNA完整性较好4,HBV及HCV感染者需在标本上明确注明。,低温冻存时间对肿瘤组织生物大分子的影响J.,HBV及HCV感染者需在标本上明确注明。,方法三Northern Blot检测actin、HHPRT管家基因，无印记者列为不可使用样本。,优点研究者能获得他们需要的组织样本，能够满足其研究的个性化需求。,诊断学理论与实践 2009，V018，No1,产物含量相对较少或无产物，可判断为不可使用标本。,优点研究者能获得他们需要的组织样本，能够满足其研究的个性化需求。,无基因组DNA或DNA出现明显降解为不可用样本。,术前血指临床诊断明确，患者未经任何治疗，即放疗、化疗及免疫治疗等，已接受上述治疗的患者样本需详细注明。,6、15ml离心管内先加入3ml淋巴细胞分离液，后加入6ml稀释样品，注意加入样品要缓慢进行，不要冲破液面，影响离心效果。,2、红帽管用于分离血清，室温放置30分钟后离心；,4、轻轻吸取淡黄色上层血清（血浆）放入1.,HIV感染患者不列为采集对象。,DNA分子稳定性较mRNA好，在80环境中保存5年，DNA完整性良好5,蛋白质完整性通过Western Blot进行检测，检查标本样本中actin的蛋白表达量变化，通过分析印记条带，判断蛋白量是否有变化，无条带或条带变弱者为发生组织降解样本。,优选肿瘤组织库的建立与管理,检测HIV以及嗜肝病毒HBV及HCV感染情况。,缺点不能提供新鲜的、未被冰冻的人体组织，亦不能提供某些有特殊加工需求的组织样本。,6、15ml离心管内先加入3ml淋巴细胞分离液，后加入6ml稀释样品，注意加入样品要缓慢进行，不要冲破液面，影响离心效果。,手术结束后，标本离体30分钟内完成，在临床肿瘤专家的指导下，,22,