克氏原螯虾遗传多样性

克氏原螯虾克氏原螯虾8个野生群体个野生群体遗传多样性及遗传分化的遗传多样性及遗传分化的SSR分析分析答辩人答辩人答辩人答辩人:邓邓邓邓 伟伟伟伟专专专专 业业业业:水族科学与技术水族科学与技术水族科学与技术水族科学与技术导导导导 师师师师:高泽霞高泽霞高泽霞高泽霞 Outline前前 言言材料与方法材料与方法结果与分析结果与分析讨讨 论论致致 谢谢12345一、前言一、前言 克氏原螯虾克氏原螯虾(Procambarus clarkia)，味道鲜美，味道鲜美，营养丰富，近年来已成为池营养丰富，近年来已成为池塘养殖的特种经济水产品之一。随着分布塘养殖的特种经济水产品之一。随着分布地域及养殖规模的逐步扩大，在基因水平地域及养殖规模的逐步扩大，在基因水平上研究克氏原螯虾野生群体的遗传变异及上研究克氏原螯虾野生群体的遗传变异及群体间的遗传关系对防止群体退化，保持群体间的遗传关系对防止群体退化，保持高效、高效、稳定生产十分必要。稳定生产十分必要。一、前言一、前言 本本研研究究使使用用微微卫卫星星标标记记对对洞洞庭庭湖湖(DT)(DT)、鄱鄱阳阳湖湖(PY)(PY)、嘉嘉兴兴(JX)(JX)、无无锡锡(WX)(WX)、简简阳阳(JY)(JY)、宁宁乡乡(NX)(NX)、忠忠县县(ZX)(ZX)和和沅沅江江(YJ)(YJ)这这8 8个个克克氏氏原原螯螯虾虾野野生生群群体体的的遗遗传传多多样样性性状状况况及及遗遗传传结结构构进进行行研研究究分分析析，为为有有效效开开展展克克氏氏原原螯螯虾虾种种质质资资源源的的调调查查和和遗遗传传育育种种研研究提供一定的理论依据。究提供一定的理论依据。二、材料与方法二、材料与方法技技术术路路线线样品采集样品采集DNA提取提取引物优化引物优化GenBank引物筛选引物筛选聚丙烯酰胺凝胶电泳聚丙烯酰胺凝胶电泳群体遗传多样性和遗群体遗传多样性和遗传结构分析传结构分析二、材料与方法二、材料与方法使用使用POPGENE32软件件对有效等位基因数、有效等位基因数、杂合度、合度、遗传相似度、相似度、遗传距离等指距离等指标进行行计算与分析。算与分析。LittleProgram软件件计算多算多态信息含量信息含量(PIC)，利用公式，利用公式计算基因流算基因流(Nm)。使用使用MEGA 4.0软件用非加件用非加权配配对算算术平均平均法法对8个克氏原螯个克氏原螯虾群体群体进行聚行聚类分析。分析。三、结果与分析三、结果与分析引物引物PCLG-15位点在嘉位点在嘉兴群体个体中的基因型群体个体中的基因型检测 引物引物PCLG-29位点在嘉兴群体个体中的基因型检测位点在嘉兴群体个体中的基因型检测 三、结果与分析三、结果与分析群体Mean NaMean NeMean PICMean HoMean HeDT10.41675.89370.78490.70560.8172PY6.50003.72730.64610.57950.6949JY7.66675.16640.71490.66110.7615WX9.16675.69610.75900.64330.7949JY7.00003.92600.64700.59500.6928ZX6.33333.53110.64100.56460.6876NX7.83334.22070.67700.55690.7296YJ7.66674.48060.68900.58560.73428个克氏原螯虾野生群体在个克氏原螯虾野生群体在12个微卫星位点基本信息个微卫星位点基本信息三、结果与分析三、结果与分析 平平均均期期望望杂合合度度值为0.7391，平平均均多多态信信息息含含量量为0.6949，说明明这8个个野野生生群群体体具具有有较高高遗传多多样性性，8个个群群体体的的遗传多多样性性从从高高到到低低依依次次为：洞洞庭庭湖湖群群体体，无无锡群群体体，嘉嘉兴群群体体，沅沅江江群群体体，宁宁乡群群体体，鄱阳湖群体，鄱阳湖群体，简阳群体，忠阳群体，忠县群体。群体。三、结果与分析三、结果与分析群体DTPYJXWXJYZXNXYJDT0.71240.64680.66100.57490.57750.77690.6439PY0.33910.67720.64640.48040.52050.71150.6035JX0.43570.38980.68660.52560.48250.62780.6458WX0.41410.43630.37610.53210.55690.54930.5483JY0.55350.73320.64320.63090.58160.55260.5185ZX0.54900.65300.72880.58540.54190.54110.4845NX0.25250.34040.46560.59910.59320.61410.7822YJ0.44010.50500.43730.60100.65690.72470.24578个克氏原鳌虾群体间遗传相似度和遗传距离个克氏原鳌虾群体间遗传相似度和遗传距离遗传相似度遗传相似度(对角线上对角线上)和遗传距离和遗传距离(对角线下对角线下)三、结果与分析三、结果与分析 群群体体间遗传相相似似度度在在0.4804-0.7822，遗传距距离离在在0.2457-0.7332，鄱鄱阳阳湖湖群群体体与与简阳阳群群体体的的遗传相相似似度度最最小小，遗传距距离离最最大大，说明明这两两个个群群体体间遗传变异异程程度度最最高高，亲缘关关系系较远；宁宁乡群群体体与与沅沅江江群群体体的的遗传相相似似度度最最大大，遗传距距离离最最小小，说明明这两两个个群群体体间遗传变异程度最低，异程度最低，亲缘关系关系较近。近。三、结果与分析三、结果与分析8个克氏原鳌虾群体个克氏原鳌虾群体Neis聚类图聚类图 三、结果与分析三、结果与分析 8个群体聚个群体聚类后可分后可分为3组：洞庭湖群体、鄱阳湖群体、宁洞庭湖群体、鄱阳湖群体、宁乡群体和沅群体和沅江群体聚江群体聚类为一一组嘉嘉兴群体和无群体和无锡群体聚群体聚类为一一组简阳群体和忠阳群体和忠县群体聚群体聚类为一一组 三、结果与分析三、结果与分析群体DTPYJXWXJYZXNXYJDT2.7476 2.8699 3.3795 1.8266 1.8579 4.1850 2.5309PY0.08342.2510 2.1260 1.1241 1.2184 2.3326 1.6434JX0.0801 0.10003.0313 1.4540 1.3215 2.14762.2811WX0.0689 0.1052 0.07621.5732 1.6641 1.8259 1.8347JY0.1204 0.1819 0.1467 0.13711.4107 1.4197 1.3291ZX0.11860.1703 0.1591 0.1306 0.15051.3878 1.2332NX0.0564 0.0968 0.1043 0.1204 0.1497 0.15263.5224YJ0.0899 0.1320 0.09880.11990.1583 0.1686 0.06638个克氏原鳌虾群体间基因流与种群分化指数个克氏原鳌虾群体间基因流与种群分化指数基因流值基因流值(Nm)(对角线上对角线上)与种群分化指数与种群分化指数Fst(对角线下对角线下)三、结果与分析三、结果与分析各群体各群体间基因流基因流值在在1.1241-4.1850，种群分，种群分化指数在化指数在0.0564-0.18198个群体个群体间的基因流的基因流值Nm 1，基因流水平，基因流水平较高高各个群体各个群体间的种群分化指数的种群分化指数Fst 0.05，群体，群体之之间都存在都存在中度分化中度分化洞庭湖群体和宁洞庭湖群体和宁乡群体群体间的的Nm 4，存在广，存在广泛的基因流，群体泛的基因流，群体间是是随机交配随机交配的群体的群体简阳群体和鄱阳湖群体阳群体和鄱阳湖群体间的种群分化指数的种群分化指数Fst 0.15，两群体，两群体间为高度分化高度分化四、讨论四、讨论洞庭湖群体的遗传多样性最高，洞庭湖群体的遗传多样性最高，可能与当地可能与当地种种质资源丰富质资源丰富，自然群体越大，基因流的机会越，自然群体越大，基因流的机会越多，基因丢失的速率越慢，遗传多样性就越高。多，基因丢失的速率越慢，遗传多样性就越高。忠县群体的遗传多样性最低。可能由于忠县群忠县群体的遗传多样性最低。可能由于忠县群体与其它群体缺乏交流，体与其它群体缺乏交流，有效群体较小有效群体较小及及瓶颈瓶颈效应效应等因素的存在使得该群体遗传多样性水平等因素的存在使得该群体遗传多样性水平最低。最低。四、讨论四、讨论 洞庭湖群体与鄱阳湖群体，宁洞庭湖群体与鄱阳湖群体，宁乡群体与群体与沅江群体沅江群体亲缘关系分关系分别较近，可能与两地近，可能与两地频繁引繁引进克氏原螯克氏原螯虾开展养殖有关开展养殖有关 鄱阳湖群体和鄱阳湖群体和简阳群体之阳群体之间的的亲缘关系关系较远，两地相隔的地理距离，两地相隔的地理距离较远，群体之，群体之间的基因交流的基因交流较少少四、讨论四、讨论克克氏氏原原鳌虾被被引引入入中中国国南南京京后后，便便开开始始向向周周边地地区区迁迁移移和和扩散散，无无锡群群体体和和嘉嘉兴群群体体都都受受到到人人为引引种种的的影影响响，2个个群群体体间的的亲缘关关系系较近近。简阳阳群群体体和和忠忠县群群体体的的地地理理距距离离不不远，人人为因因素素的的介介入入使使这2个个群群体体之之间存存在在频繁繁的的遗传物物质交交流，两群体有着流，两群体有着较近的近的亲缘关系。关系。感感谢高高泽霞老霞老师在在实验操作，操作，论文修改完善中的文修改完善中的悉心指悉心指导!感感谢王王卫民老民老师提供了良好的提供了良好的实验平台平台!感感谢李李艳和和师姐在姐在样品采集、数据品采集、数据处理中的悉心理中的悉心指指导和帮助！和帮助！敬请老师批评指正！敬请老师批评指正！谢谢！谢谢！