DNAman使用方法

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,DNAMAN 使用方法,1,将待分析序列装入Channel,2以不同形式显示序列,3DNA序列的限制性酶切位点分析,4DNA序列比对分析,5序列同源性分析,6.PCR引物设计,7质粒模式图绘制,DNAMAN 使用方法,DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：,第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有九个常用主菜单，,第二栏为工具栏：,第三栏为浏览器栏：,在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。,以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。,1将待分析序列装入Channel,（）通过File/Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。,（）通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，和要分析的片段等参数。,2 以不同形式显示序列,通过Sequence/Display Sequence命令打开对话框，如图所示：,根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：,Sequence&Composition：显示序列和成分,Reverse Complement Sequence：显示待分析序列的反向互补序列,Reverse Sequence：显示待分析序列的反向序列,Complement Sequence：显示待分析序列的互补序列,Double Stranded Sequence：显示待分析序列的双链序列,RNA Sequence：显示待分析序列的对应RNA序列,3DNA序列的限制性酶切位点分析,将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，如下所示,：,按扭，出现下列对话框：,参数说明如下,：,Results 分析结果显示,其中包括：,Show summary：显示概要，Show sites on sequence：在结果中显示酶切位点,Draw restriction map：显示限制性酶切图，Draw restriction pattern：显示限制性酶切模式图,Ignore enzymes with more than：忽略大于某设定值的酶切位点,Ignore enzymes with less than：忽略小于某设定值的酶切位点,Target DNA：目标DNA特性,Circular：环型DNA，dam/dcm methylation：dam/dcm甲基化,all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。,选择所需的项目，然后按提示操作点击 按扭，出现下列对话框：,Enzyme：,代表,enzyme data file,，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，,restrict.enz,和,dnamane.enz,，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中,restrict.enz,数据文件包含,180,种限制酶，,dnamane.enz,数据文件包含,2524,种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如,puc18 multiple cloning sites,），然后点击,按钮出现下列对话框：,按钮出现下列对话框：,输入要保存酶列表的文件名，点击 按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。,Cutter 酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端，其中包括，Blunt（平头末端），5Overhang（5突出粘性末端）,3Overhang(3突出粘性末端)，系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击 按钮执行操作。,4,DNA序列比对分析（Dot Matrix Comparision）,要,比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision（点矩阵比较）通过Sequense/Dot matrix comparision命令打开比对界面，如下图：,点击对比界面左上角的 按钮，出现下列对话框,：,4,DNA,序列比对分析（,Dot Matrix Comparision,）,参数说明如下：,Sequence type 序列类型,Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在Channel中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File选择框上点击即可。通过Length选择参加比对的序列片段。,Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上,Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；,Annotations 是否显示注释,4DNA序列比对分析（Dot Matrix Comparision）,Comparision 比对参数，其中Window代表Window size（单位比对长度），Mismatch代表Mismatch size（单位比对长度中许可的错配值），要快速比对，需将此项设为0。Both stran代表双链比对，选择此项，是指用Sequence 2中的的正链和负链分别和Sequence 1 比较，Sequence 2链与Sequence 1 正链比较结果用黑色点表示，与 负链比对结果用红色点表示。,Plot box：点阵图表显示参数,Position：起点坐标，Width：宽度值，Height：高度值，Frame size：边框线粗度值，Dot size：点粗度值，Gridline：虚线框数。,参数设定好后，点击按钮 执行操作,。,5序列同源性分析,（1）两序列同源性分析,通过Sequence/Two Sequence Alignment命令打开对话框，如下所示：,参数说明如下：,Alignment method：比对方法，通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对)，当选择快速比对时，设置较小的k-tuple值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple值（,DNA序列：k-tuple值可选范围2-6；蛋白质序列：k-tuple值可选范围1-3,）,5序列同源性分析,（2）多序列同源性分析,通过打开Sequence/Multiple Sequence Alignment命令打开对话框，如下所示：,参数说明如下：,File：,从文件中选择参加比对的序列,Folder：,从文件夹中选择参加比对的序列,Channel：,从,channel,中选择参加比对的序列,Dbase：,从数据库中选择参加比对的序列,Remove：,清除选择的序列,Clear：,清除全部序列,点击 按钮，出现对话框：,（2）多序列同源性分析,如果在前一对话框选择的是,Fast alignment,则在此对话框中选择,Quick alignment,否则选择,Dynamic alignment,即可。其它参数不必改变，点击对话框中间的,使其它参数取原始默认值,。,点击 按钮，出现下列对话框：,（2）多序列同源性分析,点击对话框中间的 ，然后点击 执行操作。结果如下所示：,（2）多序列同源性分析,点击左上角 按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。点击 按钮下的 按钮，出现下列选择项,：,（2）多序列同源性分析,可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree/homology tree命令）。,显示蛋白质二级结构：（Protein Secondary Structure命令），,绘制限制性酶切图：（Restriction Analysis命令）等。,同源关系图举例如下：（Tree/Homology Tree命令）,（2）多序列同源性分析,6.PCR,引物设计,首先，将目标DNA片段装入Channel,并激活Channel。点击主菜单栏中的Primer主菜单，出现下拉菜单，如下所示：,点击Design PCR Primers for DNA命令，出现下列对话框：,6.PCR引物设计,Primer locations on target:引物定位,Product size:扩增目的片段大小,Sense primer:正向引物选择区,Antisense primer:反向引物选择区,Primer:引物特性 包括Length:引物长度，Tm值,GC含量等参数；,Reject primer:引物过滤（将符合引物过滤条件的引物过滤掉）,3dimer:可形成3端自我互补的碱基数,Hairpin stem:可形成发卡颈环结构的碱基数,PolyN:多聚碱基,3Uique:3端严格配对碱基数,Primer-Primer:含义未知,All matches:引物互补配对百分数,Consentrations:浓度设定,Product for hybridyzat:PCR产物用于Southern Blot 探针杂交,6.PCR引物设计,点击 按钮，出现下列对话框：,选择选项，点击 按钮，出现:,7,画质粒模式图,我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。DNAMAN 提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。通过Restriction/Draw map 命令打开质粒绘图界面,：,7,画质粒模式图,将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成“I”时，单击鼠标左键，出现如下菜单：,Position:当前位置,Add Site:添加酶切位点,Add Element:添加要素,Add Text:添加文字,Insert Fragment:插入片断,Copy Fragment:复制片断,Cut Fragment:剪切片断,Remove Fragment:清除片断,Frame Thickness:边框线粗细调节,点击 Add Site 选项，出现如下对话框：,7,画质粒模式图,Type:要素类型（共有三种类型，鼠标点击即可切换）,（c）olor/Pattern:填充色（共有16种颜色供选择）,Name:要素名称,Start/End/Size:要素起点/终点/粗细度,点击Add Text选项，出现如下对话框：,参数说明如下：,Name:要添加的酶切位点的名称(例如,HindIII,),Position:位置（以碱基数表示）,点击 Add Element选项，出现如下对话框,：,7,画质粒模式图,输入要添加的文字，点击Font 按钮设置字体和格式，选择,Horizontal(水平显示)或Vertical,