Bioedit操作指南

Click to edit Master title style,Click to edit Master text styles,Second level,Third level,Fourth level,Fifth level,*,Biedit,软件的应用介绍：,DNA,序列基本操作,目的,：纯菌种,16S rRNA,利用,Sanger,方法双端测序，然后检查测序质量，将双端测序的序列拼接成一条完整的序列,利用这个长序列去与数据库比对，判断这个序列最可能是从哪个微生物来的。,具体操作过程,：以一个纯菌种的,16S rRNA,测序为例，练习序列拼接（,assembly).,用,Sanger,方法，从两端测序，引物为,27F,和,1492R,。,正向引物27F测得的序列,反向引物1492R测得的序列,拼接,(assembly),Overlap,Contig,第一步,：,Sanger,测序下机文件为,.abi,文件，可以用,Bioedit,打开查看测序质量。峰型好的碱基质量较好，把质量好的碱基部分提取出来，存成,fasta,文件。,具体操作流程,：,File-Open-,找到文件,Sanger_Seq27f.abi,。出现两个界面，根据测序峰确定高质量测序区段；然后双击另一个界面的文件名字，即出现一个新的编辑框。,将质量差的碱基区域去掉，然后另存为一个,.fasta,文件,存成,seq27F.fas,。另一个文件存为,seq1492R.fas.,Biedit,软件的应用介绍：,DNA,序列基本操作,Biedit,软件的应用介绍：,DNA,序列基本操作,第二步,：将,27F,和,1492R,测得的序列都整理成质量好的,.fasta,文件后，将这两个文件拼接成一个长的,contig,。,操作如下,：,file-new alignment-file-import-sequence alignment file-,同时选择,Seq27F.fas,和,seq1492R.fas-file-save as 27F+1492R.fas-file-open 27F+1492R.fas-,点击选择两个文件名,-accessory applications-CAP assembly contig program-run application-enter-,随即产生了,contig,序列，,delete,原始的序列（,seq27F.fas,和,Seq1492R.fas),给,contig,命名，另存为,Seq27F+1492R_contig.fas,。,第三部,：将,contig,序列拷贝到,NCBI Blast,中去比对，,看与数据库中哪些序列最相近。,RDP,平台简单介绍：分类,目的,：利用,RDP,平台中的分类功能，对测定的高通量测序数据进行系统进化分类。,得到微生物群落的组成信息：门、纲、目、科、属、种。,具体操作过程,：,RDP pipeline Classifier test drive,Select your file to upload,Submit for Classification,(Sample file name:Seq100),