《代谢组学概述》PPT课件

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,代谢组学概述,目录,3,样品预处理与提取,4,代谢物检测技术,汇报内容,5,数据处理方法,6,研究计划,2,研究对象,1,背景、概念和意义,背景,概念,意义,对,基因、,mRNA,、蛋白质,的,研究催生了基因组学、转录组学、蛋白质组学。,这些组学,描述的内容是可能发生的事件，受到诸多环境、饮食,、年龄,等因素的影响，,且,会有平衡和反馈机制，这些可能的事件并不一定发生,。,传统毒理学实验耗时,、难以进行,高通量研究,，毒性终点单一、,难以确定毒性作用机制,，多研究致死效应，难以研究低浓度暴露的影响与长期效应。,小分子的产生和代谢才是这一系列事件的最终,结果,；,其它,组学所起的改变会在代谢层面,放大,，更灵敏；,代谢物,结构与功能清楚，数量少，更,容易,解释其机理变化。,研究背景与意义,优势,代谢组,代谢组学,环境,代谢组学,利用代谢组学技术探讨生物有机体与生态环境之间相互作用的一门学科，着重于研究生物体应对环境影响因素的代谢变化,。,研究生物体系受外部刺激所产生的所有代谢产物变化的科学，反映的是外界刺激或遗传修饰的细胞或组织的代谢应答变化,。,一个细胞、组织、器官或者一个生物体中在某一特定状态下的所有内源性小分子代谢产物的集合,，,如氨基酸、糖、有机酸、脂肪酸、核苷、核苷酸等,。,研究背景与意义,基本概念,只有第,4,层次才是真正意义上的代谢组学研究。目前，代谢组学的最终目标还是不可完成的任务。,研究背景与意义,相关分类,定性并半定量分析,生物样品中,全部代谢物,研究背景与意义,应用,毒物与细胞或组织相互作用,内源性,代谢,物质比例、浓度变化,轻微时,，与,体液,交换,组成进行代谢调控,应用,现代,分析手段定性和定量研究内源性代谢产物,分析生物体内在毒物作用前后代谢产物图谱的变化,识别毒物靶标、剂量关系、毒性作用机制,和,生物标志物,剧烈时,，,动态平衡,彻底,丧失，体液中出现毒性生物标志物,研究背景与意义,原理,研究流程,研究流程,模式识别和统计分析，如,PCA,、,PLS-DA,、,OPLS-DA,等。,解析与机体生理病理有关的生化过程。,应用较多,研究流程,实验对象,血、尿、唾液、眼泪、精液、羊水、脑脊液以及各种腺体的分泌液,(,胆汁、胰液、肠液,),心、肝、脾、肺、肾、肌肉、骨骼、脊髓、脑组织,动植物细胞、酵母细胞、细菌、真菌、病毒个体,血液被认为是最具研究价值的一种体液，含有多种代谢物，能够较为全面反映生物体的代谢状况,。,尿液与肾有着密切联系，同时机体代谢、疾病等情况，也会造成尿液中化学组成的改变。肝,是进行代谢的主要场所,。,因此,血、尿、肝组织的整合分析在,代谢组学,研究中发挥着重要作用。,粪便等,研究流程,样本来源,研究流程,样品预处理与提取,除了,核磁共振,NMR,和普通的,GC/MS,、,LC/MS,之外，用于代谢组学的分析技术还有气相色谱,-,飞行时间质谱、超高效液相色谱,-,飞行时间质谱、傅里叶变换质谱、傅立叶离子回旋共振,-,质谱和毛细管电泳,-,质谱联用等。由于代谢产物和生物体系的复杂性，至今为止，尚无一种能满足所有要求的代谢组学分析技术 。只有通过组合不同的分析技术才能够比较全面准确地,测定代谢组内容,。,方法,优点,缺点,NMR,样品处理简单、无损伤性、测试手段丰富、定性与定量分析、无偏向性、分析快速,灵敏度低,GC/MS,高分辨率、高灵敏度、重复性好、具备完整的数据库、分析成本较低,需衍生化、选择性分析、定量不够准,LC/MS,高灵敏度、动态范围宽、样品处理简单、分析成本较低,破坏性、选择性分析、定量不够准、基质干扰、无数据库,常用的代谢组学分析技术比较,研究流程,检测技术,提高,NMR,灵敏度,分析注意事项,GC/MS,衍生化,主要衍生化试剂是硅烷化试剂,MSTFA,和,BSTFA,，,三甲基氯硅烷,可,用作衍生化催化剂,，常溶于吡啶中,使用超高磁场强度的核磁共振波谱仪、使用冷冻到,4.5 K,的探针、使用二维核磁技术、用,CPMG,（,CarrPurcellMeiboomGill,）自旋回波序列消除蛋白质类大分子物质的干扰,研究流程,检测技术,导出,归一化,标度化,研究流程,数据预处理,PCA,应用最广泛，其将复杂的数据降到一个低维空间，以分类图的形式显示出来，能够获得研究对象的可视化总览，而不受其他人为因素的影响。,为了在差异较为细小时获得更为准确的结果，偏最小二乘法,-,判别分析,PLS-DA,根据样本间的预设分类标准来统计与建模。,OPLS-DA,是先采用滤噪技术正交信号校正来滤掉由与实验目的不相关的因素所引起的代谢变化再进行,PLS-DA,。还需要验证模型的有效性和显著性。,研究流程,多元数据分析,SIMCA-P (Umetrics AB, Ume, Sweden),分析的结果以得分图表示样本的分离聚合情况，以载荷图表示样本之间分类的差异变量,。,将载荷图与得分图对应起来看，就可以发现在与样本分类聚集相应的方向上，那些离原点越远的变量（相应的权重系数也越大），对分类的贡献越大。将这些变量所对应的谱峰与代谢物数据库进行比较确定它是什么代谢物，进而推断机制，并有可能找到生物标志物。,研究流程,多元数据分析,数据库名,网址,说明,KEGG,http:/www.genome.jp/kegg/ligand.html,关于代谢调节和通路的数据库,HMDB,http:/www.hmdb.ca,人体低分子质量代谢物数据库,MetaCyc,http:/metacyc.org,关于代谢物的数据库，包括超过,150,种生物体中的各种代谢途径,LipidSearch,http:/www.lipidsearch.jp,http:/www.metabolome.jp,脂类代谢物数据库,Metcore,人类信号表达、调控以及代谢物的生物通路数据库,UMBBD,http:/umbbd.msi.umn.edu,微生物生物催化反应和生物降解通路,文献中常用的代谢物数据库,代谢组学研究的目的之一就是了解各种小分子在生物体内的生物功能、代谢途径与网络。目前代谢组学研究尚未有功能完备的数据库,。,研究流程,结果解释,谢 谢,敬请各位老师批评指正！,