猪BMP4基因转录体结构的生物信息学分析

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单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,NCBI的AceView推测人BMP4基因总共有够构成11种mRNAsAapr07Kapr07图1。包括 9种剪辑变体和2种未剪辑变体的转录本。,图1,包括AceView 未注释TV-3,人总共有12种转录体。其中,b(TV-1)、d(TV-2)、TV-3、a、c等主要转录体多在正常组织高表达,其它的常见于肿瘤组织。不同转录体主要是由不同启动子转录、选择性剪接及内含子滞留等因素造成的,转录体间的差异主要表现在5端。,人类BMP4 mRNA 中的5种主体 mRNA TV-1、TV-2、TV-3、TV-a、TV-c编码408个AA的完整蛋白质,TV-e可能编码一种BMP4蛋白质异构体,但至今未得到实验证实。因此,我们推测选择性剪接主要影响BMP4主体mRNA的稳定性及翻译效率。对这几种主要转录体进行分析,发现选择性剪接位点主要有4处图2。,图2,对猪BMP4基因各转录体及相应的启动子结构进行分析。发现各转录体的5长度变化范围较大198-1160bp,影响翻译效率的二级结构复杂性茎环数、稳定性能量、Kozak信号强弱、框前ORF和框内uATGs数目和结构等都有较大差异表1。,表1,另外,还发现一些转录体5UTR区存在内部核糖体进入位点IRES和15-LOX-DICE等 motif(TV-1、TV-3s、TV-3x两种基本都有,TV-2、TV-3、TV-c、TV-e只有IRES,TV-a两种都无)。,根据有关研究,IRES是某些真核细胞基因翻译起始的一种重要机制正向调控pattern,很多含IRES的基因与细胞生长、增值、凋亡及血管生长有关。,15-LOX-DICE元件是许多真核生物UTR区的一种重要顺式负调控元件,它可以与hnRNP结合,调节mRNA的稳定性和翻译过程。因此,各种BMP4转录体可能具有不同的生物学效应。,对启动子序列进行比较分析附表2,观察到猪和人BMP4基因P1的近端序列相似性高,而P2和P3的近端序列的相似性较低,与已有的关于哺乳动物BMP4启动子保守性特征的结论相符合。另外,对电子克隆的猪BMP4 TV-x可能的启动子区域定名为P4进行预测,发现TV-x 5侧翼区有强烈的启动子活性,该启动子在哺乳动物种间保守性与P1的相似。,表2,使用时,直接删除本页!,精品课件,你值得拥有,!,精品课件,你值得拥有,!,使用时,直接删除本页!,精品课件,你值得拥有,!,精品课件,你值得拥有,!,谢谢,
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