确定化学结构微机检索系统

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,确定化学结构微机检索系统,陈维明 孙传涛 朱翠娣 徐衍波,中科院上海有机化学研究所信息中心,化学信息和化学结构检索,重要性：,分类：,特点：,化学物质信息（名称、分子式、结构）中只有化学结构与化学物质一一对应。,根据结构中是否带有,R,基团，可以分成确定化学结构和族性化学结构两类。,化学结构是一种图形信息，不可能象文字信息一样直接检索。非文字信息的检索通常需要索引检索和匹配两步完成。,化学结构的计算机表示,环系识别,歧义表示的规范,结构索引,结构匹配,关系数据库模型,化学信息和化学结构检索,化学结构表述,线性代码表示：,Wisswiser,Line Notation,用一组文字和符号代表特定的结构片段，以文字串表示化学结构。,可以在片段层次上直接检索,无法实现对任意化学结构的检索和比较,无法在原子级别上对化学结构信息进行加工,连接表表示：,CAS，MDL,Mol,，,大多数系统,按照图论描述化学结构信息,可在原子级别上对化学结构信息进行任意加工,化学结构信息的连接表表示,连接表的图论定义,S ,和,S,其中,N,：,原子,B*：,键和连接,B,：,键,：连接关系,系统使用,GCT,连接表，支持,MDL,Mol,连接表,Node,Sentence,Bond,Group,Substance,Fragment Link,Fragment,Structure Name,specified,fragment,undetermined fragment,atom,superatom,undetermined,substituent,delocalized,electron,tautomer,repeating,unit,nodal stereo set,ring system,undetermined group,undetermined bond,specified,bond,specified,link,undetermined link,bonding,alternative,bonding,point,linking,alternative,linking,point,2,D,data,3,D,data,delocalized,charge,bond stereo,Axial stereo,CmpForm,CmpForm,环系和最小环最小集识别,环系统是化合物的重要结构特征，,SSSR,与画法无关，可以作为结构索引,无需事先环系识别，同时完成环系和,SSSR,识别,只需搜索一次，快速算法,结构表述歧义和互变异构处理,同一化学结构存在多个合理表示（互变异构、芳香键位置），需要进行规范处理：,化学结构索引方法,使用六种结构特征：（充分利用关系数据库特点）,原子特性非,H,结点总数、连接度为3，4，4的结点数目、氘数目、氚数目,键特性双键、三键、芳香键、互变键、电荷数目,环系统特性环系统总数、每个环系统环结点数目、小环数目、最小环最小集（,SSSR）,立体化学特性结点立体中心数目、键立体中心数目,重复单元特性重复单元、重复组的数目,分子式,0,R0A0000,04006000,30818092560A3347,00,000,C25H26O2,0,W0B2000,01006000,30818092560A3347,00,000,C29H42N2O,0,X0D1000,03006000,30818092560A3347,00,000,C30H39NOS,0,R0A0000,04006000,30818092560A3347,00,000,C25H26O2,0,a0A2000,02006020,30818092560A3347,00,000,C33H45NO2,节点,键,环系,立体重复,分子式,化学结构索引方法说明,原子-原子匹配,（确认结构相同）,节点局部性质分类,（4）,节点领域性质分类,（12）,原子对原子匹配,511,1,1,33,1,3,111,5,5,3,5,5,5,11,1,1,11,3,311,数据库结构,检索实例,（全结构检索）,检索与提问结构完全一致的化学结构：,检索实例,（模糊结构检索）,指定提问结构的某些性质进行结构检索：,检索实例,（结构参数检索）,指定目标化合物的结构特征参数进行结构检索：,相关应用和发展,化学结构处理技术是化学信息技术的核心,确定结构,处理系统,族性结构,处理系统,综合化学,信息系统,化学知识,管理系统,综合化学信息系统,红外,质谱,反应,配方,产品,中药,词汇,核磁,荧光,拉曼,2,D,3,D,特种,农药,鉴定,文献,活性,化合物,性质,药物,天然,疾病,植物,取代基,扩展结构,文献,标引文献,检索报告,候选结构号,专利结构索引,规范专利结构,取代基,提问结构索引,规范结构,规范专利结构,规范提问结构,取代关系,标引结构,取代描述,标引,输入,语义分析,语法分析,文献加工,规范歧义,生成索引,检索,匹配,输出,取代基表,索引表,结构文件,结构登录,文献文件,原始专利,提问结构,标引专利,专利结构索引,命中结构号,文献,取代基,族性化学结构应用系统数据流图,提问结构,第1个命中族性结构（提问结构中最大环系对应命中结构的,R1,基团）,第2个命中族性结构,第3个命中族性结构,谢谢！,