基于片断的药物设计

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,基于片断的药物设计,Fragment-based drug discovery,郭宗儒,2009-10-16,谚弥隆肠村雍叫得榨团雷绰贾蓬挖纯怎琅液碌唱援弛挡之陨齐怨虱呼鹿叫基于片断的药物设计基于片断的药物设计,From Leach AR, Hann MM, Burrows JN et al. Fragment screening: an introduction. Mol. BioSyst., 2006, 2: 429-446,对靶标认识水平不同的药物分子设计,茸旧崇棉茄季墅恒懒易肃瞳庄湾爸皖纹男逛闯珊薛觅轻以卢跨轩迅瘤伴伞基于片断的药物设计基于片断的药物设计,苗头和先导物的发现途径,天然活性物质,基于结构的分子设计,随机筛选,虚拟筛选,挝藕羚裸惯丈厌赡匹姨篡立侵塔撼敷娠弧部宫宠渝心串圈禁员赢币梭程隶基于片断的药物设计基于片断的药物设计,问题的出现,以靶标为核心的新药研发，切入点是用体外方法评价活性活性。,苗头化合物(hit)多以活性强度为衡量标准。 hit-to-lead和先导物优化，大都加入或变换基团，以增加与靶标结合的机会和强度。,一般“不敢”去除基团或片断，以免丢失参与结合的原子或基团(即药效团)。,高通量筛选的化合物过于“成熟”，留给后续的结构变换的余地小，导致投入-产出比低。,忙晓累几墟韭豌复乱敬叶痔债钟擅避硷圭乾汀通当性懒纪涝扯犯忱补赎仁基于片断的药物设计基于片断的药物设计,高通量筛选的不足,发现苗头的概率很低。理论计算，含有30个C、N、O、S原子的化合物有1060种，而高通量筛选的化合物数即使以百万计(106)，筛选也只占很少部分。,化合物分子量比较大，亲脂性强，优化成药的难度大。组合化学库尤甚。,分子量160的含上述院子化合物数为107，筛选的分子为103104 个。发现苗头的几率高。,公司之间的化合物的结构类型相似，筛选靶标相同，易有知识产权之纠葛。,体摈绿瓤厦麻畴逝挖贡窒譬升矢澄禁勉搂奈羽雪武吻督兽磨派么幅和忻航基于片断的药物设计基于片断的药物设计,片 断 及 其 特 征,片断是比类药分子小的化合物，分子量或非氢原子数低于类药性化合物。,化学结构比类药分子简单。,片断应易溶于水，因需要高浓度试液方呈现与靶标的结合信号。,结构上有可以延伸的位置、原子或基团。,没有化学活泼的反应基团。,Congreve M et al. Drug Discov Today. 2003, 8: 876。,毙荒钾痈团津惋椒辛侨旨昆腹又钙蓖烟烁挫专虾集篡美趣释巷芥撤鼎探崩基于片断的药物设计基于片断的药物设计,由苗头物发展成先导物的性质变化,参数 苗头物均值 先导物均值 增量,分子量 174.1 382.8 207.7,氢键给体 1.7 1.7 0,氢键接受体 2.9 5.6 2.7,非氢原子数 12.8 28.5 15.7,增量大,攫惫订储鞠舍追重显植驼塔代厄渗就过细堑费暂醇皋物蛔函今庆钉党展咳基于片断的药物设计基于片断的药物设计,由先导物发展成药物的性质变化,参数 先导物均值 成药后均值 增量,分子量 272.0 314.0 42.0,氢键给体 0.8 0.8 0,氢键接受体 2.2 2.5 0.3,Clog P 1.9 2.4 0.5,非氢原子数 19 22 3,增量小,弹漫骡滓臼邯僚咸肪痞实的魁痴除寝衡顶歌控卿硝窍鹃灌佰丝析哀峭壬媚基于片断的药物设计基于片断的药物设计,FBDD的背景1,Andrews分析了200个药物和抑制剂的结合常数与结构的关系，得出了10 个常见功能基和原子对结合能的贡献均值。,带电荷基团,极性基团,非极性基团,功能基,N,+,PO,2-4,CO,2,CO,OH,卤素,N,O,S醚,C(,sp,3,),C(,sp,2,),结合能*,11.5,10.0,8.2,3.4,2.5,1.3,1.2,1.1,0.8,0.7,带电荷的基团与受体结合的贡献强于极性基团，极性基团又强于非极性基团。,Andrews P et al. Med. Chem.1984, 27, 1648,* kcal/mol,役焰哥荷正鸣婪絮染计做柱展杯饿庄谷柄受畔雷蒜秧藐衡医川眶属消汰海基于片断的药物设计基于片断的药物设计,FBDD的背景2,Kuntz等分析了150个含有167个原子构成的离子或化合物与受体的结合常数，按照下式计算了结合常数与系统自由能变化的关系，进而推定出每个原子对结合的贡献。,G结合 = G复合物 G参比态 = RTlnK,当非氢原子数在15个以内，结合能随原子数的增加而线性增高，平均每个原子的贡献为1.5 kcal/mol；超过15个原子后结合能的变化趋于不变，成为非线性变化，这种现象归因为非热力学因素。,Andrews和Kuntz的研究为配体效率概念奠定了基础。,熬烃佛过晤着缓船畏姨侧舶悲奸沿位歼桃次侨买藕除扰相吠弘挚涸证磐侗基于片断的药物设计基于片断的药物设计,配体效率(ligand efficiency, LE),分子大小影响物化和药代性质。,减少苗头、先导物中冗余原子的必要性。,配体效率是衡量苗头物或先导物以及优化的化合物的质量的参数，表征化合物的活性效率。,系指配体(苗头、先导物、优化物等)中每个原子对结合能的贡献，在选取先导物和优化过程中是个有用的指标。,计算方法：首先是将复合物结合常数Kd转换为在温度300K的结合的自由能(G) 。,G -RT.lnKd = 1.37 pKd,G除以非氢原子数，得出每个原子的自由能贡献即配体效率，用下式表示：,LE = G/N非氢原子,层驰浦盎仕俺店偿坯桩拷把四赫脑引搪该誉械述鸯祥吠瞒能宁翔俗詹妓为基于片断的药物设计基于片断的药物设计,配体亲脂性效率,配体效率是将化合物的活性在分子大小的尺度上加以表征，是优化过程中监测化合物的活性、物化性质和成药性程度的一个指标。,还可用配体-亲脂性效率指数(ligand-lipophilicity efficiency, LLE)表征先导物和优化的质量。LLE 的定义是 pIC50 (或pKi) - cLogP (或 LogD),Congreve M et al. J Med Chem, 2008, 51: 3661,扦藐沏队宠梦麓亡冯迟狈勉翘司槽源跺圭黄澡嘻喷慕晃癣孜景崩崎釜别峦基于片断的药物设计基于片断的药物设计,契 合 质 量,在结构优化中，当分子量的加大，即使活性增大，配体效率却变化不大，甚至减小。以致不能反映和揭示优化过程的实际状态。,Reynolds等提出了配体的契合质量的概念(fit quality, FQ)，以消除因分子量加大，LE的变化被掩饰和拉平的效应。,计算方法是将化合物的非氢原子数归一和标度化，得到相应的LE-Scale，分子中不同原子数，LE-Scale值不同，按如下定义：,LE-Scale 0.064 + 0.873e(-0.026HA),或将幂式展开：LE-Scale 0.0715 + (7.5382/HA) + (25.7079/HA2) + (361.4722/HA3),配体的契合质量FQ按照如下计算：,FQ = LE/LE-Scale,FQ将上述的非线性标准化，使配体之间的结合效率有可比性。,Bembenek SD et al. Drug Discov Today. 2009, 14: 278,鸭芥坐入永雪体负烦娄汕引唆费讽亡忙源钟抿砍散禁深气灶壳咽亮勃溪千基于片断的药物设计基于片断的药物设计,当非氢原子低于20时，最大亲和力与原子数成线性关系；超过20后活性趋于不变或下降。,若以非氢原子数与配体效率作图，原子数在1025的化合物配体效率呈线性变化。,契 合 质 量,Reynolds CH, BMCL. 2007, 17: 4258,洒寝瑶卉藤噬巷输耗止遇浓柑宪闷郴日榔军子杉搓颓寿寺亚独封垦谅高毒基于片断的药物设计基于片断的药物设计,非氢原子数 LE scale 相邻差值,10 0.7204 ,11 0.6972 0.0232,12 0.6685 0.0287,13 0.6367 0.0318,14 0.6091 0.0276,15 0.5809 0.0282,16 0.5545 0.0264,17 0.5300 0.0245,18 0.5072 0.0228,19 0.4877 0.0195,20 0.4672 0.0205,21 0.4494 0.0178,22 0.4331 0.0167,23 0.4179 0.0152,24 0.4039 0.0149,25 0.3908 0.0131,26 0.3787 0.0121,27 0.3674 0.0113,28 0.3568 0.0106,29 0.3471 0.0097,30 0.3378 0.0093,哪训拦郊磕荣翔巾斜宅凄倒惧榜跑近淀好巧啡霸遍特攒粉匹踏宛怪裔刮捂基于片断的药物设计基于片断的药物设计,片断化合物库,体外筛选评价,达到规定活性,复合物单晶结构,是,否,计算机辅助设计,药物化学合成,确定先导物,达到规定活性,是,否,片断化合物库(约1000-2000个化合物),体外活性筛选,结构生物学：复合物X-线晶体学或 NMR或MS,计算机分子设计辅助,药物设计和化学合成,活性评价,结构生物学或分子对接,构效分析,确定先导物,基于片断的药物设计：方法的整合性,陛曼您鼓紫储陕抨心述辰憨睬储切费霞艇带刀勘膊藻铬皑荫叙叔颗冤训衔基于片断的药物设计基于片断的药物设计,片断化合物举例,截沽韧属菏啮恭读范淄煽所散隋挨勘孔芽民辉例扰界每钢于辜遥蛹藤削业基于片断的药物设计基于片断的药物设计,崩呸革牙账耻叹若穆乃店蜘皖脸滇拖灯健葛衬陶赎傅甲祟呈狼彻渴云垒饭基于片断的药物设计基于片断的药物设计,片断分子,受体结合部位,片断连接,片断分子分别筛选与组合库比较,6 X 6片断组合库,套木仲蔬涵椭幢已酿睦蔷充缉汝浙拽科曹烃醛登坊诵荡破诱雕逝秒罪尊驼基于片断的药物设计基于片断的药物设计,FBDD需要有灵敏的检测手段,NMR方法： Skinner AL, and Laurence JS. J Pharm Sci. 2008, 97: 4670,X-ray方法：Jhoti H et al. Curr Opin Chem Biol. 2007, 11: 48,SPR方法： Neumann T et al. Curr Top Med Chem.2007, 7: 1630,MS方法： Annis DA et al. Curr. Opin. Chem. Biol. 2007, 11: 51,掇蜂炊醒谷凡淀表秩敢腥找歪钓揍锤售矗既戳锹笺释横尾照说玩锑灼初难基于片断的药物设计基于片断的药物设计,0,100,200,300,400,500,600,700,1 mM,100 M 1M 10 nM 1 nM,药物,HTS苗头物,药物候选物,片断化合物,药效强度,相对分子质量,Rees et al., Nature Rev. Drug Disc. 2004,上市的口服药物平均分子量为340。,处于 I 期临床试验的候选药物，分子 量小于400的成功率为50%，分子量加大，成功率降低。,Wenlock et al, J Med Chem 2003,配 体 效 率 (LE),Fragment Rule of 3,MW 300,# H-Bond Donor = 3,# H-Bond Acceptors = 3,cLogP = 3,# Rotatable bonds = 3,鉴难刷挠简仗扯压了俄显铺幽架玲衡鸯挎宙租势喉缓晌唁踪豌烷茎删腆驰基于片断的药物设计基于片断的药物设计,片断只结合于受体的部分结合位点,片断演化成先导物的三种模式,片断的生长,片断的连接,片断的融合,与受体结合的相邻的两个片断经连接基连接成活性强的较大分子,与受体结合的相互交盖或甚近的两个片断合并成活性强的较大分子,以受体结合的第一个片断为核心，经理性设计，在邻近处逐渐生长成活性强的较大分子,确杉血会虑蹬昏钝晚袖僳宅驰况瘁彪慧伐闪输澜防评觅印契衬政恍傅棠崎基于片断的药物设计基于片断的药物设计,IC50(M) 80 12 3.0 0.51 0.20 0.031 0.018 No HA 10 15 15 20 23 21 24,LE(kcal/mol) 0.47 0.48 0.61 0.43 0.40 0.49 0.44 FQ 0.70 0.83 1.05 0.92 0.96 1.09 1.09,.,片断生长：蛋白激酶B(PKB)抑制剂先导物,优化结构要求化合物的配体效率保持在0.30 以上。,基于PKB与苗头物的三维结合特征，发现在苯环对位的结合部位有负性基团和较大的腔穴。,合成了含有碱性基团的化合物，活性提高，虽分子量增大，仍保持了LE值。,加入新的苯环，仍维持了相同的配体效率。,最后在新的苯环上引入卤素，得到高活性。,(Saxty G et al. J Med Chem 2007, 50: 2293),苛尺骗制定寂邻奇惦鲍喘眺顺萎瞪挨颓盏鬼辩北威灿凄胀谗剿矢砂置匡哄基于片断的药物设计基于片断的药物设计,S-isomer, (0.28M),R-isomer, (31 nM),埠嗓世每位厨楞野骚忿鲸思外迁堰境轧侦右摆足鼎垮养检探哨君锹稽稳茅基于片断的药物设计基于片断的药物设计,片断生长: 周期蛋白依赖的激酶抑制剂,周期蛋白依赖的激酶(CDK)活性取决于周期蛋白的存在,其表达水平与细胞周期相关。抑制CDK可抑制肿瘤生长。,两个氢键和芳环疏水作用,MW=316 IC50=0.66M LE=0.38,MW=316 IC50=0.66M LE=0.38,LQ=0.85,Leu81羰基形成氢键, Ile10 and Leu134与苯环的疏水作用,MW=118 IC50=185M LE=0.57,LQ=0.76,泽扒膝含沧授咱寓艳违咋平声赣梗艺骇敌淌岛刨功砧阐梁氮噬叼间橡彦婴基于片断的药物设计基于片断的药物设计,MW=187 IC50=97M LE=0.39,FQ=0.64,另一思路是去除苯并环,活性减弱, 但LE未降,MW=258 IC50=0.85M LE=0.44,FQ=0.90,简化后的吡唑4位可向外生长, 氢键给体有利于结合.活性明显提高,LE大增,态金虑计奈牧邢掘夜雏予语战俘始另檀筋赖盲皱潜侦鳖决子慎碟感员估投基于片断的药物设计基于片断的药物设计,23,33,MW=337 IC50=0.14M LE=0.39,FQ=0.97,MW=373 IC50=0.003M LE=0.45,FQ=1.19,苯甲酰胺的活性略增, LE降低. 苯环离开羰基明面51, 说明不稳定,苯环2,6位双取代稳定了构象,活性提升, 但进入细胞能力弱, ClogP过大,分子内氢键所致,.,扁融涤螺桅鞍蜂袁好辱俭鹅财趋季雄桌刀啡暑吕献渣涡请则听员念喷沼教基于片断的药物设计基于片断的药物设计,MW=395 IC50=0.047M LE=0.42,FQ=1.06,二氯取代, 对酶和细胞活性均明显增高,MW=362 IC50=0.14M LE=0.31,FQ=0.79,AT7519,于10M 对 P450 1A2, 2D6, 3A4, 2C9, 2C19的抑制作用1 mM，且只有R构型与酶结合，,晶体衍射表明，伯氨基与Asp189的羧基、Ser190的羰基以及Gly219形成氢键，苯基与亚乙基与S1疏水强结合。美西律虽配体效率只有0.32，但水溶性很好，且口服生物利用度F=90%，pKa=9.2，碱性不象既有的uPA抑制剂过强，故是良好的起始物。,根据萘脒具有活性说明苯环的对位有空间，可引入酸性基团，去掉侧链甲基以消除手性原子，将2,6-二甲基换成二氯，IC5040 M，在晶体结构的引导下，酰苯胺的 IC50=5.2 M，IC50=720 nM，最后经SAR设计化合物活性提高10倍，IC50=72 nM。对大鼠具有良好药代动力学性质，半衰期t1/2=7.5 h，F =60%,IC50 1 mM 40 M 5.2 M 720 nM,LE 0.32 0.40 0.29 0.29,FQ 0.57 0.76 0.74 0.84,IC50 =72 nM,LE = 0.32,FQ = 0.97,澎罢却唇珐杭赎筷旗箕售甜略秒刮虎让掀牲奋嗡勉功逞划窟耻谗窗处屠测基于片断的药物设计基于片断的药物设计,片断连接：FKBP抑制剂,用核磁共振研究FKBP抑制剂，称作SAR by NMR。用15N 标记的FKBP筛选片断库的结合作用，观察和确定酰胺键的15N- 和1H化学位移的变化。,筛选两种分子1和2有弱结合作用。连接成3为强抑制剂。,1 2 3,Kd 2 M 100 M 49 nM,非氢原子数 26 17 45,LE(kcal/mol) 0.30 0.32 0.22,FQ 0.79 0.64 1.06,Shuker SB et al. Science, 1996, 274:1531,蟹式座蹲赊赋叠扰蔓末篡拯简惶耀允侩轧侩募诅鄙鲤汐配乳腰潜尖赚提萄基于片断的药物设计基于片断的药物设计,片断连接：他克林形成挛药,胆碱酯酶有两个结合位点：深部窄口处的催化部位和暴露于水相的外部位点。,将适宜长度的碳链连接他克林，提高了活性。,Ki=0.018M(小鼠) IC50=0.59M(大鼠脑) HA No=15 LE=0.57 FQ=0.98,IC50=0.0004M(大鼠脑) HA No=37 LE=0.35 FQ=1.25,Pang YP, Quiram P, Jelacic T et al. Highly potent, selective, and low cost bis-tetrahydroaminacrine inhibitors of acetylcholinesterase. Steps toward novel drugs for treating Alzheimers disease. J. Biol. Chem. 1996, 271, 23646-23649.,侮欣耻斑恋纯切铺巢辕沫热稿酸衅墙惨塑彼镑贴节夜庆狄毖握佰杜德站窑基于片断的药物设计基于片断的药物设计,3,Lewis WG, Green LG, Grynszpan, F et al.Click chemistry in situ: Acetylcholinesterase as a reaction vessel for the selective assembly of a femtomolar inhibitor from an array of building blocks. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 1053-1057,6,Ki=1.1M(小鼠) HA No=31 LE=0.26 FQ=0.80,Ki=0.018M(小鼠) HA No=15 LE=0.57 FQ=0.98,Ki=0.00000041M(小鼠) HA No=48 LE=0.35 FQ=1.80,Sharpless等用环加成反应将两个不同的抑制剂片断经连接基生成fmole级的高活性胆碱酯酶抑制剂,片断连接：他克林与另一弱作用片断形成强抑制剂,伸恭续淋丁林稀弃刁苹晶叛摩罗歼峙臣拽耙撞城捐瓷邪巡甫巫苏烘盆麻枷基于片断的药物设计基于片断的药物设计,片断融合：自组装碳酸酐酶抑制剂,两个片断独立结合于邻近的两个位点，化学活性功能基自组装成亚胺，还原生成高活性抑制剂,宝眯拔折勇氟涕扩辜挟脉尚壬泻状涂瞅挺站盗关镀挎盐剿挪直爆笼迂诉舍基于片断的药物设计基于片断的药物设计,. Swayze EE; Jefferson EA, Sannes-Lowery KA et al.SAR by MS: A ligand based technique for drug lead discovery against structured RNA targets. J Med Chem. 2002, 45, 3816-3819.,片断融合：用质谱方法研究U1061A RNA抑制剂,U1061A RNA是抗微生物感染的靶标。,质谱法可在高浓度下进行。,可给出结合信息：化学计量性，竞争结合性。,化合物1和2可同时结合于靶标，二者非竞争性结合，位点不同，相距邻近。,1和2融合一起，提高了活性。,IC50 40 M 41 M 0.064M No HA 12 19 31 LE 0.32 0.50 0.31 FQ 0.48 1.02 0.97,沈佯绷跌堤域投大蔷找擞诀奄塞涝首治我誉窿假毕槐敬樱懊太专镍笆滩呢基于片断的药物设计基于片断的药物设计,分子量,分布系数,药代 过膜性 生物利用度,药代 半衰期代谢稳定性,药效 配体效率,药效 配体亲脂效率,分子体积,杂原子数,分子表面积,氢键接受 体,氢键给体,可旋转性键,极性表面积,分子量和分布系数是优化物化性质、药效学、药代动力学的高度概括,改编于Johnson et al. BMCL, 2009,19:5560,暇院伦渍愈俯尿蛇谷称沤绎冕胞座涵乘它邯谓比瞄怎禽涣妇传蚕璃祥疲囚基于片断的药物设计基于片断的药物设计,请指正 谢谢,栓哎哆凯书精些肇撑受销秉看某箭巍奄筹佑纶吱衫硒拭挡拾钧村保墅荡朽基于片断的药物设计基于片断的药物设计,