放线菌伯杰氏系统细菌学手册

,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,第十章,微生物的分类和鉴定,分类,:,在研究微生物相似性的基础上，把每一微生物编排,在一定的分类单元中，制定出检索表。,鉴定：运用现代分类系统，通过具体菌株描述，给未知物,一个具体的分类位置。,命名：按照国际命名法规，给每个新的分类群一个新的学,名。,分类学的具体任务,:,一、种以上的系统分类单元,（一）,7,级分类单元,界,（,Kingdom,）,(Regnum),门,（,Phylum,）,(Phylum),纲,（,Class,）,(Classis),目,（,Order,）,(Ordo),科,（,Family,）,(Familia),属,（,Genus,）,(Genus),种,（,Species,）,(Species),第一节 通用分类单元,（二）种的概念,种：微生物的基本分类单位，具有许多共同特征的菌株的,集合。,典型菌株（,type strain,）,:,最具种特征的代表菌株。,模式种（,type species,）：典型菌株的实体，常保藏于标,本室中。,菌种保藏中心,ATCC,：美国典型菌种保藏中心,CCTCC,：中国典型菌种保藏中心：,二、学名,双名法：,Bacillus subtilis,（,属名种名加词,）,三名法：,Acetobacter pasteurianus,subsp.,pasteurianus,缩写：,B .,Subtilis,学名与俗名,亚种：在种内有一个稳定特征不同于模式种的菌株，,为最低等级的分类单,元。,型：非分类单位，种内特征小差异的菌株。, 菌株：同种的不同个体。,三、亚种以下的几个分类名词,第二节 微生物在生物界的地位,五界系统：,三域学说（,Woese,等）,第三节 各大类微生物的分类系统纲要,一、,Bergey,氏原核生物分类系统纲要,Bergeys Manual of Systematic Bacterialogy1,2,版,Bergeys Manual of Determinative Bacterialogy 19,版,11,伯杰氏鉴定细菌学手册,1923,年第一版,1948,年第六版,1925,年第二版,1957,年第七版,1930,年第三版,1974,年第八版,1934,年第四版,1994,年第九版,1939,年第五版,由于,G+C mol%,测定，核酸杂交和,16S rRNA,寡核苷酸序列测定等新技术引入，使原核微生物分类从表型、实用性鉴定指标为主进入遗传型的系统分类，,因此,1980,年起开始编,伯杰氏系统细菌学手册,简称,系统手册,12,13,伯杰氏系统细菌学手册,1984-1989,（第一版）,1986,年第一卷,:,一般医学上或工业的重要的革兰氏阴性菌,1988,年第二卷,:,除了放线菌之外的革兰氏阳性菌,1989,年第三卷,:,古细菌、蓝细菌和第一卷以外的其余的,G,-,菌,1989,年第四卷,:,放线菌,伯杰氏系统细菌学手册,2000,年,（第二版）,5,卷,原核生物分为古生菌界和细菌界，相当于,Woese,的细菌域和古生菌域,古生菌界包括,2,门，,5,组，,8,纲，,11,目，,17,科和,63,属，共,208,个种,细菌界包括,16,门，,26,组，,27,纲，,62,目，,163,科和,814,属，共,4727,个种,故整个原核生物界包括,4935,种,14,二、,Ainsworth,等人的真菌分类系统纲要,目前被认同的真菌分类系统是,Ainsworth,第七版（,1983,年）的分类系统。,将真菌归在菌物界，包括：粘菌门和真菌门。,15,16,真菌分类系统,17,真菌分类系统,第四节 微生物分类鉴定方法,一、经典分类鉴定方法,传统分类的细菌鉴定程序,细菌自动鉴定系统,API,数值鉴定系统,BBL,鉴定系统,Biolog,鉴定系统,程序：,1,、获取辅助特征,2,、培养,菌悬液加入生化反应板培养自动扫描,自动鉴定打印结果,细菌自动鉴定程序,二、现代分类鉴定方法,细菌化石,（一）微生物遗传型的鉴定,（,1,）,DNA,碱基比例的测定 （,G+C,）,mol%,：,解链温度法（,Tm,值）,(G+C)mol%,值只能做否定判断；,（,G+C,）,mol%,值差别,5,，属不同的种；,差别,10,，属不同的属。,（,2,） 核酸分子杂交法,DNA-DNA,杂交（固相杂交法）,单链,DNA,（待测菌株）,转硝酸纤维素膜,加入放射性标志参照菌,DNA,（单链）,洗去未杂交,DNA,闪烁计数器计数测定放射强度,结论：,1. DNA,同源性,60%,（同种）,2. DNA,同源性,70%,（同亚种）,3. DNA,同源性,60 70%,（不同亚种）,4. DNA,同源性,20 60%,（同属）,（,3,）,16s rRNA,作为细菌进化的计时器,生物共有的,一定的信息量（,1542,个核苷酸）,一定的保守性,便于比较研究,16s rRNA,核苷酸序列分析：,DNA-PCR,法,提取,DNA,PCR,扩增,16S rRNA,基因,PCR,产物纯化,16SrRNA,基因序列测定,Genbank,检索,相似性结果的一般判断：,AB,97%,同种,AB,为,8597%,同属,AB,85 %,不同属,（二）细胞化学组分的鉴定（放线菌）,细胞结构 成分,壁 肽聚糖、化学组分,膜 枝菌酸（棒杆菌酸；分枝菌酸）,甲基萘醌,全细胞 水解糖类,1.,细胞壁化学类型（分为,9,种类型）,-,氨基酸：,DAP,（二氨基庚二酸）,Gly,、,Lys,、,Asp,、,Orn,-,糖类：阿拉伯糖、半乳糖,2.,全细胞水解液的糖型,糖类型 特征糖类,A,半乳糖、阿拉伯糖、,B,马杜拉糖,C,无特征糖类,D,木糖、阿拉伯糖,E,半乳糖,3.,数值分类法（统计分类法）,-,相似系数的计算；,（,1,）菌株选择（,OUT,操作分类单位）,（,2,）选择实验项目,（,3,）数字编码,（,4,）计算机分析,-,列出相似度矩阵,-,将矩阵图转换成树状谱,结果分析：,1.S,（相似值）,85%,（同种）,2.S,（相似值）,65%,（同属）,3.S,（相似值）,65%,（亲缘关系较远）,