如何使用pubmed检索生物医学文献

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,如何使用,pubmed,检索外文生物医学文献,广州中医药大学图书馆,PUBMED,1,、,PUBMED,简介,2,、,PUBMED,的基本检索功能,3,、,PUBMED,的高级检索功能,4,、,PUBMED,的结果的处理,1.1,什么是,Pubmed,？,1.2 Pubmed,的发展过程,1.3 Pubmed,的收录范围,1.4 Pubmed,的记录来源,1.5 Pubmed,的常用字段,1.6 Pubmed,检索的特点,1.7 Pubmed界面,1,、,PUBMED,简介,创建机构：美国国立医学图书馆（,NLM,）下设的美国生物技术信息中心（,NCBI,）,摘要型,(Abstract),的数据库,提供,文献的线索,特色：,免费,、收录广、内容全、检索途径多、检索体系完备、,文摘库,、部分文献可以免费获得全文,整合在,NCBI,的统一检索平台,Entrez,上，与该平台其他数据库建立无缝链接，可实现跨库检索,1.1,什么是,PubMed,？,1.2 PubMed,的发展历程,1997-,1983-,1971-,1879-,PubMed,网络数据库,Medline,光盘数据库,Medline,联机检索系统,Index Medlcus,（,IM,）检索期刊,收录全世界,80,多个国家,5200,多种生物医学期刊的文摘及题录数据，涉及,40,多个语种,English 4806,（约占,85%),Chinese 69,French,Japanese,绝大部分可回溯至,1948,年，最早回溯至,1865,年,内容涉及基础医学、临床医学、护理学、口腔医学、兽医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、社会医学等领域,1.3 PubMed,的收录范围,期刊论文发表时所用的语言,部分文献可直接获取,全文,，包括,Pubmed Central,（,PMC,，收录期刊,780,余种）；,NLM,开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库,开放获取（,Open Acess,，,OA,）期刊,部分出版商提供的免费文献,1.3 PubMed,的收录范围,MEDLINE Indexed,1966,年以来的,MEDLINE,已标引数据，,有,MeSH,字段和摘要，,标记：,PubMed-indexed for MEDLINE,1.4 PubMed,的记录来源,OLDMEDLINE,1948-1965,年间发表的,200,万篇生物医学文献,未标引，,无,MeSH,字段，,标记：,PubMed-OLDMEDLINE,1.4 PubMed,的记录来源,MEDLINE Inprocess,由,MEDLINE,的期刊出版商提供的尚未标引的数据,只有简单的书目及文摘信息，,无,MeSH,字段,标引后，获得,MeSH,词后，再加入,MEDLINE Indexed,标记：,PubMed-in process,1.4 PubMed,的记录来源,Publisher-Supplied,出版商提供的电子文献题录,包括,MEDLINE,未收录的部分记录,标记：,PubMed-as supplied by publisher,1.4 PubMed,的记录来源,1.5 PubMed,的常用字段,PubMed,中供显示和限定检索用的字段共有,60,多个,字段标识,字段名称,说明,AB,Abstract,摘要,AD,Affiliation,第一著者的单位和地址（包括,E-mail,地址）,AU,Author Name,著者,CIU,Comment in,该字段中的文献评论了本文献,CN,Corporate Author,合著者或团体著者,CON,Comment on,该字段中的文献是本文献的评论对象,DP,Publication Date,出版日期,GR,Grant Number,经费资助项目号、合同号,IP,Issue,期刊的期号,IS,ISSN,国际标准连续出版物编号,LA,Language,语种,MAJR,MeSH Major Topic,主要,MeSH,词，即有*的主题词,MH,MeSH Terms,MeSH,词（主题词）,NM,Substance Name,化学物质名称,OT,Other Term,非,MeSH,词，,NLM,之外的机构赋予的关键词,1.5 PubMed,的常用字段,字段标识,字段名称,说明,PG,Pagination,文章所在期刊的页码,PMID,PubMed Unique Identifier,PubMed,记录识别号,PL,Place of Publication,期刊出版地,PS,Personal Name as Subject,作为文献主题的人名,PT,Publication Type,文献类型，包括期刊论文、综述、临床试验、随机对照试验、病例报告、来信等,SH,MeSH Subheadings,MeSH,副主题词,SO,Source,文献出处,TA,Journal Title Abbreviation,刊名缩写,TI,Title,篇名,TIAB,Title/Abstract,不用于显示。用于对篇名和摘要字段进行检索,TW,Text Words,不用于显示。用于以下字段的检索：,TI,、,AB,、,MH,、,SH,、,NM,、,PS,、,OT,等字段,VI,Volume,期刊卷号,系统特点：,主题加工规范,检索方式灵活多样,免费提供题录和文摘,提供与原文的网址链接,(,部分免费获取）,提供检索词自动转换匹配,1.6 PubMed,的检索特点,检索词输入框,使用帮助,常用工具,更多服务,1.,7,PubMed,界面,PubMed,题录,作者,AU,题名,TI,来源,SO,PubMed,记录类型（状态）,2.1,自动词语匹配检索,2.2,著者检索,2.3,期刊检索,2.4,短语精确检索,2.5,截词检索,2.6,布尔逻辑检索,2.7,限定检索,2.8,日期或日期范围检索,2,、,PUBMED,基本检索功能,输入有实际意义的检索词，点击“,Search”,，系统按照自动词语匹配的原理进行检索,Pubmed,最具特色的检索功能之一,智能化的检索过程,基本原理：对输入的检索词，首先在多个索引词表进行搜索、比对，并自动转换为相应的,MeSH,主题词、著者或刊名，再将检索词在,all fields,（所有字段）中检索，并执行“,OR”,逻辑运算。如有多个检索词或短语词组，则继续将其拆分为单词后分别在,all fields,中检索，单词之间的逻辑关系为“,AND”,2.1,自动词语匹配检索,Search Details,框详细显示自动词语匹配的实际检索,有较好的查全率，同时保证一定的查准率,例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文献，最简单的方法是在检索框中直接输入,Heart attack aspirin,三个词,2.1,自动词语匹配检索,转换后的检索式,可进行修改,三种方法：,一,.,在检索框中输入著者姓名，,Pubmed,自动执行著者检索,一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母,例如，输入,Smith SR,可检索出姓为,Smith,，名的首字母为,SR,的所有著者的文献,2002,年以后的文献,，,Pubmed,可实现对姓名,全称的检索,，而且姓名排列,顺序不限,例如，输入,Smith SR,的姓名全称,Steven R Smith,，可检索出,2002,年以来该著者被,Pubmed,收录的文献。,2.2,著者检索,二,.,通过字段限定检索及组合检索也可实现更精确的著者检索,例如，输入,Smith SR1AU,可检索出第一著者为,Smith SR,的文献,三,.,通过“,Advanced”,中的“,Author”,限定，可以检索该作者的文献,2.2,著者检索,四种方法：,一,.,利用,PubMed,自动词语匹配功能，其输入规则是：期刊全名、,MEDLINE,期刊缩写名、,ISSN,号（例如,1671-3982,）三种形式中的任何一种形式均可。,例如：,Cancer RES,。,如果期刊刊名正好与,MeSH,词相同， 例如,cell,、,science,等，,PubMed,将这些词作为,MeSH,词检索,。,2.3,期刊检索,二是利用期刊字段限定检索，其输入规则是：在刊名之后加上刊名字段符。,例如：,Cancer RESTA,。,三是通过“,Advanced”,中的“,Journal”,，可以检索该刊发表的文献。,四是通过“,Journals in NCBI Databases”,，查找到该刊后，再选定该刊，发送到检索框进行期刊检索。,2.3,期刊检索,2.4,短语精确检索,对检索词加上双引号（英文状态）进行强制检索,短语精确精确检索时，,Pubmed,关闭自动词语匹配功能,例如：检索框中输入“,traditional Chinese medicine”,，,PubMed,将“,traditional Chinese medicine”,作为一个不可分割的短语在数据库的所有可检索字段中进行检索。,2.4,短语精确检索,2.4,短语精确检索,结,果对比,Traditional chinese medicine,“Traditional chinese medicine”,2.5,截词检索,在检索词后加“,*,”可实现截词检索，以提高查全率，对词根或词尾略有变化的词进行检索时需要应用截词检索。,截词检索时，,Pubmed,关闭自动词语匹配功能，,PubMed,允许使用“*”进行右边截词检索。,如： “,viru*”,，检索以,viru,开头的单词，,immun*,，可以检出,immune,、,immunologic,等词。,如果单词数量大于,600,，则,PubMed,自动提示延长词干。,截词功能只限于单词，对词组无效。,2.6,布尔逻辑检索,逻辑运算符号主要有“,AND”,、“,OR”,、“,NOT”,，分别表示“逻辑与”，“逻辑或”，“逻辑非”。,A,AND,B,A,OR,B,A,NOT,B,2.6,布尔逻辑检索,直接输入几个检索词，系统默认词之间是,AND,的逻辑组配关系,逻辑运算符号的顺序为,从左至右,，可以用全括号来改变其运算顺序。,2.7,限定检索,限定检索功能是对上一次检索操作结果进行限定。,限定检索将限定在,MEDLINE,数据库中进行。限定检索结束后，需要将限定取消，点击“,Clear all”,。,选择条件就是点击选中限定选项。,PubMed,可限定内容包括：字段、文献类型、语种、日期、子集（,Subsets,）限定等。,2.8,日期或日期范围检索,可以在检索框中键入日期或日期范围，系统会按日期段检索，并将符合条件的记录予以显示。,日期的录入格式为,YYYY/MM/DDDP,可以只写年,如：,1999/09/08DP:,出版日期为,1999,年,9,月,08,日期范围用冒号链接 如：,2004/01:2004/06DP,日期字段有三个,DP,、,EDAT,、,MHDA,3.1,检索史,3.2,组合检索,3.3,主题词检索,3.4,期刊数据库检索,3.5,其他检索服务,3,、,PUBMED,高级检索功能,3.1,检索史,Search History,检索史，包括检索式序号、检索提问式、检索时间及检索结果数,单击检索式序号，显示,Options,选项，可执行,AND,、,OR,、,NOT,、,Delete,（删除检索式）、,Save in my NCBI,（把检索式保存在,My NCBI,）等不同操作,检索史最多保留,8,小时,3.2,组合检索,组合检索可实现多个字段的逻辑组配检索,在之前的检索基础上可以序号形式参与运算。,如：,#1 AND #2,、,#3 OR #4,等。,3.3 MESH,主题词检索,PubMed,记录中的医学主题词,(MeSH, Medical Subject Headings),是由标引员为,PubMed,中的,Medline,文献所人工指定的词，主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范。,PubMed,能自动地为输入的检索词寻找相应的,MeSH,词,用户利用一个,MeSH,词能找出所有有关该主题的文献,不同拼写：,leukemia(s), leukaemia(s)leukemia,同义词：,cancer(s),tumor(s), tumour(s), neoplasm(s) neoplasms,3.3 MESH,主题词检索,一篇文章可有多个,MeSH,词,主题词可以组配相应的副主题词,主题词的树状结构表：系统默认对含有下位概念的主题词进行扩展检索,注意：,MeSH,主题词检索，只检索来源于,MEDLINE,的文献，不检索,PubMed,其他来源的文献,(supplied by publisher),，且未经,MeSH,主题词标引的文献检索不到,(inprocess,、,OLDMEDLINE),SubHeadings,副主题词,副主题词（,subheadings,）是用于对主题词做进一步限定的词语。,如某一疾病的诊断、治疗，某种药物的毒性、副作用等。,目前有,83,个副主题词,并非每个主题词都能和,83,个副主题词组配。,二,.,PUBMED,使用指南,主题词（,MeSH,）检索的具体方法和步骤如下：,副主题词,主要主题词（加权）,扩展检索,树状结构,二,.,PUBMED,使用指南,检 索 结 果：,主题词检索注意问题,当课题含有多个主题词时，在,MeSH Database,中的操作往往需要重复多次。,进入到主题词细节页面时，要多注意主题词的上位词和下位词情况，看看是否有更加合适的主题词。,同时选多个副主题词时，其间的逻辑关系是,OR,。,系统默认对下位主题词进行扩检，若不需要，可勾选。,3.4,期刊数据库检索,期刊数据库检索可查询,PubMed,及,Entrez,平台其他数据库所收录的期刊信息,提供,Topic,、刊名全称、,Medline,刊名缩写、,ISSN,等检索途径，,也可以按学科（,Subject Terms,）进行浏览,可以看到刊名、刊名缩写、出版社、语种、,ISSN,等期刊详细信息哦！,检出该刊的文献信息,3.4,期刊数据库检索,按学科浏览数据库期刊,在,Journals in NCBI Databases,检索页面用户还可以获得包括,PubMed,收录期刊一览表在内的,Entrez Journals,以及,PubMed,链接全文网址的电子期刊一览表。,护理学，点击可看到数据库收录的这一学科相关的所有期刊,（,1,）,Journals in NCBI Databases,（期刊数据库）,（,2,）,Mesh Database,（医学主题词数据库）,（,3,）,Citation Matcher,（引文匹配器）,（,4,）,Clinical Queries,（临床查询）,（,5,）,Topic-Special Queries,（特定查询）,（,6,）,LinkOut,（外部链接）,（,7,）,My NCBI,（我的,NCBI,）,3.5,其他检索服务,Clinical Queries,（临床查询）是专门为临床医生设计的搜索引擎。,包括,Clinical Study Category,（临床问题目录）、,Systematic Reviews,（系统评价）和,Medical Genetics(,医学遗传学,),三类检索功能。,Clinical Queries,（临床查询）,Clinical Study Category,列有临床医生常用的类目，如,therapy,（治疗）、,diagnosis,（诊断）、,etiology,（病因）和,prognosis,（预后）等。在检索框内输入检索词，然后选择上述类目即可，同时可以根据需要选择强调查全率（ “,broad,，,sensitive search”,）还是查准率（ “,narrow,，,specific search”,）。,Systematic Reviews,（系统评价）功能专门用来检索经专家评价过的质量高的循证医学文献,;,提供检索疾病的,Systematic Reviews,（系统评价）、,meta-analysis,（,meta,分析）、,Reviews of clinical,（临床试验评论）和,evidence-based medicine,（循证医学）等方面的文献。,Medical Genetics,：供检索医学遗传学方面的文献。,Clinical Queries,（临床查询）,Clinical Queries,利用内在的过滤器使其检索结果更加贴近临床的需要。如果用户需要查阅的并不仅仅局限于临床，也包括基础研究，则不应该使用这个检索引擎。,Clinical Queries,（临床查询）,是针对不同的用户，不同的学科专题以及不同类型的期刊而设立的专项信息的检索服务。例如特设了,AIDS,（艾滋病）、,Bioethics,（生物伦理）、,Cancer,（癌症）、,Complementary Medicine,（替代医学）、,health literacy,（健康素养）等专题检索。,Topic-Special Queries,（特定查询）,提供个性化服务，非常实用的文献管理工具，可以对存储的检索策略进行自动更新检索并将检索结果发送到指定的,E-mail,邮箱，还可以对检索结果设定,Filter,（过滤器）和,LinkOut,等。,进入,My NCBI,，首先免费注册，获得用户名和密码，可以管理在,NCBI,所有数据库的检索过程及检索结果，追踪了解所在研究领域的最新进展,My NCBI,（我的,NCBI,）,首页,登录,注册,保存检索策略及,Email,定期自动更新检索结果,保存检索结果,过滤检索结果,My MCBI,的过滤器（,Flite,）提供了个性化的检索结果过滤功能,建立个人书目记录（,My Bibliography,）及其他感兴趣著者的文献记录（,Other Citations,）,My NCBI,页面的,Recent Activity,可以显示最近,6,个月用户的检索记录，包括检索时间、检索的数据库、检索结果、浏览的文献等,My NCBI,（我的,NCBI,）,检索结果的处理：点击命中的记录数可以进入检索结果显示页面，默认显示全部文献。,显示格式,(Display Settings),结果排序,(Display Settings - Sort by),保存为本地文件（最多,10000,篇）,(Send to File),临时存放至剪贴板,(Send to Clipboard),保存为个人资料集,(Send to Collections),发送至电子邮箱,(Send to E-mail),4,、检索结果的处理,可以通过改变,Display Setting,后的下拉菜单中的选项来改变题录的显示方式，主要有如下几方面的选项。,4,、检索结果的处理,可以通过改变,Display Setting,后的下拉菜单中的选项来改变题录的显示方式，主要有如下几方面的选项。,4,、检索结果的处理,排序,显示形式：题录、摘要等,每页显示条数,结果输出选项：即对检索结果的保存。保存操作时，可先用鼠标对记录左边的复选框打标记，然后选用下列操作：, 选,File,，将所有记录（或选定记录）按照文本格式进行保存，最大保存记录数为,10000,条。,选,Clipboard,，所有记录（或选定记录）添加到临时的粘贴板。,选,E-mail,，发送到指定的电子邮箱。,选,Order,为原文订购，不对中国国内用户开放。,选,My Bibliograghy,，就是保存到,My NCBI,。,4,、 检索结果的处理,检出结果保存到,Endnote,或,NoteExpress,选择滤镜导入到软件,以,MEDLINE,格式保存,检出结果的全文追踪,图书馆已经购买的全文,Pubmed Central,Online free fulltext,4,、检索结果的处理,MEDLINE,格式显示,链接到全文：通过检索结果界面左侧和文献信息记录下方的链接可链接期刊出版商、部分期刊全文；,PubMed,的全文链接,其他数据库或出,版社的全文链接,全文获取,小结,PubMed,的自动词语匹配检索一般适合检索经验有限的初级用户，也适合对课题做初步检索。检索经验丰富的用户，或者对查全率查准率有较高要求的检索课题，需要仔细分析课题，编制较完备的检索策略，综合运用,PubMed,提供的各种高级检索功能。,主题词检索是,PubMed,最具特色的功能之一，能保证较好的查准率和查全率。但是主题词检索也有一些固有的缺陷，比如一些新出现的概念要几年后才收录为主题词。这种情况下，采用字段限定检索等方法也能得到较好的查准率。此外，主题词检索还可能会漏掉一些最新的文献。,