鸡肉质性状形成的分子调控机制及主效基因定位课件

鸡肉肉质性状形成的性状形成的分子分子调控机制及主效基因定位控机制及主效基因定位主要内容主要内容u 立立项前景前景u 研究意研究意义u 研究研究进展及重要展及重要发现u 研究成果与研究成果与产出情况出情况u 下一步工作下一步工作计划划研究背景研究背景肉肉鸡的的改改良良方方向向主主要要集集中中在在生生长性性能和胴体能和胴体组成成肉品肉品质有待提高有待提高“速成”？肉肉品品质性性状状为微微效效多多基基因因控控制制性性状状、受受环境和境和遗传的的调控控遗传学学和和营养养学学的的研研究究都都依依赖于于性性状状调控分子机制的解析控分子机制的解析组学学技技术（全全基基因因组关关联研研究究、蛋蛋白白质组）的的应用用推推动着着复复杂经济性性状状的的分分子子机制的研究机制的研究研究背景研究背景研研究究报报道道了了GWAS在在鸡鸡生生长长、产产蛋蛋、抗抗病病等等性状上的应用性状上的应用蛋白质组学研究技术的最新进展蛋白质组学研究技术的最新进展蛋白是行使各种生物学功能的最终形式同位素标记定量（iTRAQ）高精度组学技术的 发展为复杂性状研 究开辟了新的道路利利用用 F2 资源源群群体体，对鸡肉肉质和和脂脂肪肪性性状状进行行全全基基因因组关关联（GWAS）研研究究，旨旨在在获得得影影响响这些些性性状状的的主主效效基基因因或或新新基因基因通通过蛋蛋白白质谱分分析析鉴定定影影响响肉肉鸡肌肌内内脂脂肪肪发育相关的功能蛋白育相关的功能蛋白研究目标研究目标F2资源群体构建资源群体构建保保存存 1088 1088 份份血血液液样本本和和约 400 400 份份组织样本本用于用于RNARNA或蛋白分析或蛋白分析记录并并测定定约 13 13 个个肉肉质和脂肪性状表型和脂肪性状表型北京油鸡科宝肉鸡肉质、脂肪性状测定肉质、脂肪性状测定胸胸肌肌和和腿腿肌肌的的干干物物质含含量量、肌肌内内脂脂肪肪含含量量、胸胸肌肌 pH 值，滴滴水水损失失、剪剪切切力力、皮皮肤肤、胸胸肌肌和和肝肝脏的的肉肉色色的的L*、a*和和b*值皮下脂肪厚，腹脂重，腹脂百分比皮下脂肪厚，腹脂重，腹脂百分比60k SNP芯片芯片测定和质量控制测定和质量控制完成了完成了376个个体个个体 SNP芯片芯片测定定数据数据质量控制量控制 个体基因型缺失率个体基因型缺失率 5%SNP位点缺失率位点缺失率 3%HWE卡方卡方检验P值 1E-6广广义线性模型（性模型（GLM）压缩的混合的混合线性模型（性模型（MLM）Y=G+C1+S+B+K+eY：表表型型，G：基基因因型型，C1为第第一一主主成成分分，S和和B分分别性性别和和批次，批次，K为亲缘关系矩关系矩阵，e为随机随机误差差G、S和和B在在模模型型中中做做固固定定效效应，C1在在模模型型中中做做协变量量，K和和e在模型中做随机效在模型中做随机效应GWAS 分析分析方法方法结合结合MLM、GLM两种模型两种模型的结果的结果结果与讨论图中直线图中直线 为为 Y=X，蓝色点代表蓝色点代表 GLM 结果结果，红色点代表红色点代表 MLM 分析结果分析结果腹脂重 基因组水平显著阈值确定基因组水平显著阈值确定 采采用用连连锁锁不不平平衡衡（linkage disequilibrium,LD）修修正正的的Bonferroni 校校正正对对 P 值值进进行行校校正正。计计算算所所用用 r2 阈阈值值标标准准为为0.2,得得到到独独立立的的 SNP 和和单单倍倍型型区区组组数数为为 16760p 全基因组关联显著水平：全基因组关联显著水平：2.98E-6p 潜在关联显著水平：潜在关联显著水平：5.96E-5GWAS 分析分析方法方法u肉质性肉质性状描述状描述性统计性统计结果结果性状性状平均数平均数标准差标准差变异系数变异系数DMBr(%)27.81.34.67DMTh(%)24.31.14.69IMFBr(%)2.70.935.67IMFTh(%)7.12.231.1AFW(g)37.429.688.43AFP(%)1.41.284.61SFT(mm)5.21.834.75pHu5.50.24.43DL(%)72.941.78SF(kg/cm2)3.70.90.03Meat colorL*57.63.46.02a*12.12.117.44b*15.83.321.42结果结果-胸肌肌内脂肪胸肌肌内脂肪 5个 SNP 达潜在关联水平ChrSNPsP 值附近基因ZGGaluGA3488722.14E-05KIF2A 4GGaluGA2556583.46E-05AGA 5Gga_rs145243775.41E-05TYRO31Gga_rs138781086.49E-05MGST13GGaluGA2174149.30E-05NTPCR4 4个基因在高（个基因在高（H H）、低（）、低（L L）肌内脂肪）肌内脂肪组中组中mRNAmRNA表达差异显著表达差异显著核苷三磷酸水解酶TYRO3蛋白酪氨酸激酶4 4个基因在高（个基因在高（H H）、低（）、低（L L）肌内脂肪）肌内脂肪组中组中mRNAmRNA表达差异显著表达差异显著微粒体谷胱甘肽S转移酶1非典型蛋白TYRO3 蛋蛋白白酪酪氨氨酸酸激激酶酶（TYRO3）在细胞增殖分化中起作用，与人脂肪细胞大小相关（Lijnen et al.,2011）微微粒粒体体谷谷胱胱甘甘肽肽S转转移移酶酶 1（MGST1）位于鉴定的鸡胸肌肌内脂肪的 QTL 内（Gao et al.,2011）；是东北民猪和长白猪背最长肌中的一个差异表达基因NTPCR 和 KPNA2 对肌肉发育及脂肪代谢的功能有待开展讨论讨论-胸肌肌内脂肪胸肌肌内脂肪结果结果-腹脂重腹脂重5 个SNP达潜在关联水平Chr.SNPsP 值值附近基因4Gga_rs156344231.22E-05MXD4 4Gga_rs164456048.28E-0522Gga_rs147082414.46E-05LOC431251 3Gga_rs143851594.79E-05COL12A1 6Gga_rs145644817.03E-05RET2 2个基因在高（个基因在高（H H）、低（）、低（L L）腹脂重）腹脂重组中组中mRNAmRNA表达差异显著表达差异显著结果结果-腹脂率腹脂率Chr.SNPsP值值附近基因附近基因2Gga_rs137101863.53E-05VPS4B2Gga_rs142010308.49E-05BCL22Gga_rs151126289.62E-05FOXC14Gga_rs156344236.37E-05MXD4 5GGaluGA2761976.59E-05BRSK26Gga_rs145644814.88E-05RET14GGaluGA1010409.94E-05SREBF121Gga_rs142854376.40E-05NPPB21Gga_rs142854497.30E-0522Gga_rs147082419.23E-06LOC431251 10 个SNP达潜在关联水平5 5个基因在高（个基因在高（H H）、低（）、低（L L）腹脂率）腹脂率组中组中mRNAmRNA表达差异显著表达差异显著5 5个基因在高（个基因在高（H H）、低（）、低（L L）腹脂率）腹脂率组中基因表达差异显著组中基因表达差异显著叉叉头框蛋白框蛋白C1C1RET 原癌基因与脂肪沉积相关利尿排钠肽 B 基因 NPPB 与肥胖和胰岛素抵抗相关 胆固醇元件结合转录因子1 SREBF1与脂肪分化和成脂作用相关其他3个基因（I 型型胶胶原原蛋蛋白白a2；叉叉头头框框蛋蛋白白C1；丝丝氨氨酸酸/苏苏氨氨酸酸蛋蛋白白激激酶酶；液液泡泡蛋蛋白白质质分分选因子选因子4B）的功能有待验证讨论讨论-腹脂重和腹脂率腹脂重和腹脂率结果结果-肉色肉色 亮度（亮度（L*L*）3个SNP达潜在关联水平3个附近基因在高、低肉亮度组中差异表达Chr.SNPsP值附近基因2GGaluGA1376357.04E-05COL1A218GGaluGA1214567.19E-05PSMD1218GGaluGA1214298.96E-05KPNA2小结小结共共发现 32 32 个与个与鸡肉肉质性状相关的性状相关的显著著 SNP SNP 标记及其附近基因及其附近基因 18 18 个个 mRNA mRNA水平分析水平分析筛选出出 14 14 个差异表个差异表达基因，可能是达基因，可能是肉肉质性状性状相关重要候相关重要候选基因基因肌内脂肪发育分子机制研究肌内脂肪发育分子机制研究1 1日龄北京油鸡（母鸡）日龄北京油鸡（母鸡）出雏至性成熟出雏至性成熟 4 4 生长阶段生长阶段屠宰各屠宰各1010只，取胸只，取胸肌、提总蛋白肌、提总蛋白每每1010个个体等量混合个个体等量混合,利用同位素相对标记定利用同位素相对标记定量量技术技术（iTRAQiTRAQ）测定蛋白谱；每个混合蛋白）测定蛋白谱；每个混合蛋白做两个重复做两个重复肌内脂肪发育分子机制研究肌内脂肪发育分子机制研究0 8 16 20 质谱鉴定出有效蛋白质谱鉴定出有效蛋白 450 450 个个与出雏相比，与出雏相比，有约有约 1/3 1/3 的的 蛋白表达是在蛋白表达是在 8 8周周-20-20周（生周（生长期）上调或被开启长期）上调或被开启细胞肥大过程相关细胞肥大过程相关 绿绿-黑黑-红红蛋白表达由低到高蛋白表达由低到高肌内脂肪发育分子机制研究肌内脂肪发育分子机制研究0 8 16 20 与出雏相比：与出雏相比：另外约另外约 1/3 1/3 在生长期下在生长期下调或关闭调或关闭细胞分化、增殖相关细胞分化、增殖相关最后最后1/3 1/3 蛋白表达无规律蛋白表达无规律性性 绿绿-黑黑-红红蛋白表达由低到高蛋白表达由低到高肌内脂肪发育分子机制研究肌内脂肪发育分子机制研究0 8 16 20 对肌内脂肪发育分子机制对肌内脂肪发育分子机制的研究应该区分为两个时期的研究应该区分为两个时期什么机制导致基因什么机制导致基因/蛋白蛋白表达批量地被关闭或开启？表达批量地被关闭或开启？绿绿-黑黑-红红蛋白表达由低到高蛋白表达由低到高1/31/31/3作者作者论文题目论文题目刊物刊物1H.X.Cui,G.P.Zhao,J.WenFSHstimulateslipidbiosynthesisinchickenadiposetissuebyupregulatingtheexpressionofitsreceptorFSHRJournalofLipidResearch2012,53(5):909-172CuiHX,LiuRR,WenJ.Identificationofdifferentiallyexpressedgenesandpathwaysforintramuscularfatdepositioninpectoralismajortissuesoffast-andslow-growingchickensBMCGenomics2012,30(13):2133H.X.Cui,M.Q.Zheng,J.WenLiverdominantexpressionoffattyacidsynthase(FAS)geneintwochickenbreedsduringintramuscular-fatdevelopmentMolecularBiologyReport2012,39(4):3479-844J.P.Zhao,R.R.Jiang,J.Wen.Effectsofdiet-induceddifferencesingrowthrateonmetabolic,histological,andmeat-qualitypropertiesof2musclesinmalechickensof2distinctbroilerbreedsPoultryScience2012,91(1):237-247.5吴丹，刘冉冉，文杰.鸡体重性状基因的全基因组关联研究畜牧兽医学报2012,43(10):3165-75发表文章对筛选到到得得肉肉质性性状状相相关关候候选基基因因进行行深深入的功能入的功能鉴定及通路分析定及通路分析测定定胚胚胎胎期期胸胸肌肌蛋蛋白白表表达达谱，对蛋蛋白白质组学学结果果进行行综合合分分析析，确确定定调控控不不同同时期期肌肉及肌内脂肪肌肉及肌内脂肪发育的蛋白网育的蛋白网络下一步工作计划下一步工作计划相关研究人员文杰文杰 研究研究员赵桂苹桂苹 研究研究员陈继兰 研究研究员郑麦青麦青 助理研究助理研究员刘冉冉刘冉冉 助理研究助理研究员刘刘丽 科科辅李李鹏 科科辅博士研究生：博士研究生：孙艳发 付睿琦付睿琦 硕士研究生：士研究生：汪芳杰汪芳杰 周周伟 敬请批评指正预祝春节快乐！PPT制作思路及技巧35调研后，发现大家在调研后，发现大家在PPTPPT制作过程中的主要问题有如下几类：制作过程中的主要问题有如下几类：逻辑结构问题逻辑结构问题制作技巧问题制作技巧问题辅助呈现问题辅助呈现问题36学习目标：学习目标：PPT内容：逻辑性强，清晰度高PPT版面：主题鲜明，整洁美观PPT动画：理解功能，方便呈现37PPT内容如何更有逻辑性？PPTPPT内容逻辑化原理内容逻辑化原理PPTPPT内容逻辑化基本格式内容逻辑化基本格式38PPT的逻辑性PPT应用场景产品展示产品展示内部培训内部培训工作汇报工作汇报销售提案销售提案39PPT的逻辑性讨论：请同事为我们做个公司介绍，听听看你都记住了什么？小要求：小要求：1、在台下的领导都是第一次听汇源吉迅的公司介绍；2、听完后，每人请写下你记住的关键词和对公司的印象。40PPT的逻辑性PPT：如何确定主题方向和逻辑结构呢？41PPT的逻辑性目标分解目标如何达到的方法首先，从目的出发首先，从目的出发其次，分角度去拆解其次，分角度去拆解最后，从各角度去思考最后，从各角度去思考42PPT的逻辑性PPT制作的课件目标：教会学员PPT制作的方法调研中发现学员需要解决的问题挺多：1、逻辑问题；2、版面问题；3、技巧问题；4、呈现问题5、初学者，什么都需要；根据大多数学员的问题，小时的课程时间：1、逻辑问题2、版面设计3、部分技巧相应的方法：1、查找合适的案例2、学会相应的方法3、设计讲的思路和顺序122343PPT的逻辑性工作汇报目标：14年营销部门的工作汇报12分解目标业务情况客户维护情况内部管理情况3如何达到的方法汇总相关业务数据汇总14年的相关客户信息并分类汇总14年的内部人员配置及管理情况44PPT的逻辑性金字塔原理在PPT制作中的应用主论点分论点A分论点B分论点C子论点1子论点2子论点3子论点4子论点5子论点6规则一：主论点对分论点进行概括规则二：同一组的分论点按逻辑顺序组织规则三：同一组的论点必须属于同一范畴45PPT的逻辑性金字塔逻辑结构的有力工具金字塔逻辑结构的有力工具提炼关键词提炼关键词时间工具时间工具地点工具地点工具三角工具三角工具46PPT的逻辑性时间工具时间工具举举 例例14年业务节节高升1季度、2季度、3季度、4季度今天的工作安排紧凑饱和上午、中午、下午高层研讨会议圆满成功会议前、会议中、会议后主题+时间工具关键词试试看！试试看！47PPT的逻辑性地点工具地点工具14年业务节节高升南区、北区、东区今天的工作安排紧凑饱和办公室、餐厅、会议室高层研讨会议圆满成功接待处、会议室、餐厅主题+地点工具关键词试试看！试试看！48举举 例例PPT的逻辑性三角工具三角工具14年业务节节高升新产品、老产品、创新产品今天的工作安排紧凑饱和年度总结、会议记录、明年计划高层研讨会议圆满成功时间、人员、流程主题+三角工具关键词试试看！试试看！49举举 例例PPT的逻辑性PPT内容完整的基本格式总分总50PPT的逻辑性小练习每组以绩效体系培训为例，在大白纸上按标准格式写出大纲51PPT的逻辑性PPT内容版面如何更美观？关键页的设计关键页的设计如何排版如何排版52PPT的美观性关键页设计关键页设计封面目录页过渡页正文页封底53PPT的美观性关键页设计关键页设计封面1主标题2副标题3LOGO/公司名称4作者姓名/ID人力资源部王丫丫54PPT的美观性封面设计要素一般是：图片/图形/图标+文字/艺术字；设计要求简约、大方，突出主标题，弱化副标题和作者ID，高端水平还要求有设计感或艺术感；图片内容要尽可能和主题相关，或者接近，避免毫无关联的引用；封面图片的颜色也尽量和PPT整体风格的颜色保持一致；封面是一个独立的页面，可在母版中设计（如母版有统一的风格页面，可在其对应的母版页覆盖一个背景框）。55关键页设计关键页设计封面PPT的美观性简单图文型多图型设计设计感风范PNG图片型123456关键页设计关键页设计封面PPT的美观性57关键页设计关键页设计封面PPT的美观性人力资源部1致谢2作者信息58关键页设计关键页设计封底PPT的美观性封底的设计要和封面保持不同，避免给人偷懒的感觉；封底的设计在颜色、字体、布局等方面要和封面保持一致；封底的图片（非指作者照片）同样需要和PPT主题保持一致，或选择表达致谢的图片；如果觉得设计封底太麻烦，可以为自己精心设计一个通用的封底。59关键页设计关键页设计封底PPT的美观性4左右图文型简单设计型win8风格型艺术设计型12360关键页设计关键页设计封底PPT的美观性3页码2页面标识1目录61关键页设计关键页设计目录页PPT的美观性传统型目录图文型目录图表型目录创意型目录62关键页设计关键页设计目录页PPT的美观性传统型目录：局部设计出新意，画面不足配上图。63关键页设计关键页设计目录页PPT的美观性图文型目录：一图一文绝妙配，各种组合显创意。64关键页设计关键页设计目录页PPT的美观性图表型目录：严谨图表灵活用，信手拈来有创意。65关键页设计关键页设计目录页PPT的美观性创意型目录：灵感恣肆如泉涌，天马行空想象力。66关键页设计关键页设计目录页PPT的美观性目录页标识设计的方法是：灵活利用PPT整体风格特征，将页面标识恰如其分地融入目录页当中。方法一：页面标识放在大色块中。67关键页设计关键页设计目录页PPT的美观性方法二：以边角点缀的形式呈现页面标识。68关键页设计关键页设计目录页PPT的美观性方法三：页面标识借助其他页面要素融入版面。69关键页设计关键页设计目录页PPT的美观性PPT页码要求能够自动显示当前页数，因此必须在母版中设计页码，设计的方法是：将找一个有页码的PPT，将其母版中页码所对应的“”符号拷贝到自己PPT需要放页码的母版中对应位置就可以了。70关键页设计关键页设计目录页PPT的美观性712章节名称1页面标识3章节内容4页码关键页设计关键页设计过渡页PPT的美观性72一个PPT中往往包含多个部分，在不同内容之间如果没有过渡页,，则内容之间缺少衔接，容易显得突兀，不利于观众接受。而恰当的过渡页则可以起到承上启下的作用。不仅仅是PPT，一般的书籍、杂志都会有过渡页，或者前者正是借鉴于后者。过渡页的页面标识和页码一般和目录页保持完全的统一；过渡页的设计在颜色、字体、布局等方面要和目录页保持一致（布局可以稍有变化）；与PPT布局相同的过渡页，可以通过颜色对比的方式，展示当前课题进度；独立设计的过渡页，最好能够展示该章节的内容提纲。关键页设计关键页设计过渡页PPT的美观性73123独特设计的过渡页，展示课程纲要；图文型目录对应的、颜色对比方式的过渡页；普通目录通过加背景色框的方式形成过渡效果。关键页设计关键页设计过渡页PPT的美观性741一级标题2二级标题4LOGO3页码关键页设计关键页设计标题栏PPT的美观性75标题栏顾名思义是展示PPT标题的地方。每一个内容页，都有明确的一级标题、二级标题甚至三级标题，仿佛就似网站的导航条一般，这样，可以让PPT的受众能够随时了解当前内容在整个PPT中的位置，仿佛给PPT的每一页都安装了一个GPS，这样，PPT的受众就能牢牢地跟上PPT表述者的思路了。标题栏是一个PPT主要风格的体现，设计要点如下：各章节共同部分在母版中“Office主题”上设置，具体章节标题根据需要选择是否在母版中设置；如果PPT课件逻辑层次较多，标题栏至少要设计两级标题；标题栏一定要简约、大气，最好能够具有设计感或商务风格；标题栏上相同级别标题的字体和位置要保持一致，不要把逻辑搞混。关键页设计关键页设计标题栏PPT的美观性761传统型标题栏，微创新（如圆点、二级标题位置）；3网页导航式的标题栏。2一级标题独立背景式设计的标题栏；关键页设计关键页设计标题栏PPT的美观性77关键页设计关键页设计标题栏PPT的美观性78请各组在大白纸上设计出关键页封面封底目录页过渡页标题栏封面封底目录页过渡页标题栏79如何排版如何排版幻灯片母版PPTPPT母版的作用母版的作用美观的排版排版的要素排版的要素PPT的美观性80如何排版如何排版 PPT母版打开“视图”，点击幻灯片母版；则会出现母版设计的页面。母版设计什么？字体、间距、LOGO和每页相同的图案。PPT的美观性81边距1行距2段距3如何排版如何排版 排版要素距离PPT的美观性82模块对齐2边界对齐1等距分布3如何排版如何排版 排版要素对齐PPT的美观性83左右对称上下对称如何排版如何排版 排版要素对称PPT的美观性84PPT动画如何设置方便听众观看？简单动画的个性设计简单动画的个性设计单个对象的组合设计单个对象的组合设计多个对象的组合设计多个对象的组合设计1.1 基本缩放的“按字母”发送效果基本缩放基本缩放从屏幕底部缩小基本缩放轻微缩小基本缩放轻微放大基本缩放从屏幕中心放大以上动画一般运用在封面的主标题请点击观看效果PPT的动画设计1.2 飞入的“平滑结束”和“按字母”发送效果飞入动画平滑结束自顶部飞入平滑结束自右上部飞入平滑结束自左侧飞入平滑结束自右侧飞入以上动画一般运用在封面的副标题请点击观看效果PPT的动画设计1.3 飞入的“弹跳结束”和“按字母”发送效果飞入动画弹性结束自顶部飞入弹性结束自右上部飞入弹性结束自左侧飞入弹性结束自右侧飞入以上动画一般运用在内容页的标题请点击观看效果PPT的动画设计1.4 动作路径的“重复”和“自动翻转”效果这个动画一般可用在教学演示上PPT的动画设计另有其他各种个性设置的动画，点击观看效果，并查看“动画窗格”中的相应设置。打字机（非颜色打字机）“出现”动画设置按字母顺序播放，就有了类似于打字机的效果。优雅的漂移“动作路径”动画设置按字母顺序播放，再设置平滑开始和弹性结束。潇洒的螺旋飞入“螺旋飞入”动画设置按字母顺序播放，“计时”“期间”设置为0.3秒。雀跃式升起“升起”动画设置按字母顺序播放，“计时”“期间”设置为1秒。曲线向上的逐字展现“曲线向上”动画设置按字母顺序播放，“计时”“期间”设置为1秒。请思考以上各种动画可以在哪种场合中使用呢？PPT的动画设计2.1“缩放”和“陀螺旋”的组合该动画一般运用在正文中的图片或大段文字PPT的动画设计2.2“缩放”和“放大/缩小”的组合“缩放”要点“放大/缩小”要点消失点在“对象中心”、期间“0.5S”尺寸“80%”，“自动翻转”，期间1.1s，重复直至幻灯片结尾。PPT的动画设计弹性效果踉跄效果类似的效果有很多，以下是两种以“动作路径”为核心的图片动画效果，点击栏目条观看：PPT的动画设计1.不论一个动画多么复杂多么绚丽，它都是由最简单的动作组成。2.同一个对象不同动作的时间关系（执行前后、延迟时间、动作长短、循环次数）是我们学习的重点和关键。经过上述多个案例，我们可以发现：简单的公式是：复杂动作=单纯动作+时间处理PPT的动画设计94请各组设计一页动画组合，要求有图形和文字的组合。要点总结内容不在多，贵在精准；色彩不在多，贵在和谐；动画不在多，贵在需要。文字要少公式要少字体要大95