实验四.多序列比对

Four short words sum up what has lifted most successful individuals above the crowd: a little bit more.-author-date实验四.多序列比对实验四.多序列比对 实验四.多序列比对 一.实验目的：在多序列分析中，多序列比对具有广泛的应用，是许多其他分析的基础和前提，比如进化发生分析、构建位置特异性打分矩阵、找到一致序列等，本实验的目的是熟悉多序列比对相关的操作和编辑方法。二.实验基本要求：了解和熟悉多序列比对的原理和基本方法。三实验内容提要：1. 使用CLUSTALW 算法，比对一组蛋白质序列，该序列属于RAD51RECA，在DNA 的复制阶段起重要作用，这些序列可以从NCBI genbank、Uniprot 等序列服务器获取，序列的索引号码为：P25454，P25453，P0A7G6，P48295。将这些序列保存在一个文本文件。如果查询到的序列不止一个的话，选择第一个。a. 练习使用EBI CLUSTALW（http:/www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/）；b. 将序列数据拷贝复制到窗口中；c. 采用默认参数进行比对；回答：clustalw 算法的基本原理？2. 在BAliBASE 网站查找一组蛋白质：1csy。这些蛋白质的一致性为2040%，属于BAliBASE 参考序列1。正确的比对结果网址如下：http:/bips.ustrasbg.fr/en/Products/Databases/BAliBASE/ref1/test1/1csy_ref1.html这一序列名称分别为p43405, p62994, p23727, p27986.获取这4条序列的fasta 格式，放在一个文本文件中，选择ebi网站上（http:/www.ebi.ac.uk/Tools/msa/）的至少四个多序列比对工具（如MAFFT、MUSCLE、CLUSTALW、Clustal Omega、TCoffee、DbClustal）进行分析。三实验结果：1.使用CLUSTALW 算法进行比对2A.获取4条序列信息：B.打开http:/www.ebi.ac.uk/Tools/msa/建立引导树，在引导树的指导下运用CLUSTALW 算法进行比对：五.回答问题：CLUSTALW 算法基本原理：首先进行所有序列之间的两两比较，计算出他们之间的分化距离矩阵；然后从分化距离矩阵中计算出作为指导多序列比较顺序的树状分枝图；最后根据树状图的分支关系，按照分化顺序逐个地把序列加入多序列比较过程。-