单晶结构解析XP作图.doc

单晶结构解析XP作图：1、 画结构图打开Shelxtl软件导入res文件打开XP程序输入fmolkill $qkill $henvi （中心对称原子）回车后寻找不同于1555对称操作的代码如2555sgen 2555proj(查看结构)利用操作按钮转动结构找出最佳摆放位置(高度不能大于宽度)labl 2 500(2 500是默认的大小) telp 0 -30 0.05 0(后面四个数据分别确定结构的模型和一些参数) 回车回车直到出现Plotfile：(在这里输入名字，这里画结构图，可以统一命名为jiegou) 后回车将会出现命名所有原子的图（根据鼠标位置提醒依次在原子周围左键点击）draw jiegou回车后会出现SLPT deviceL:（输入a或者h）再回车输入jiegou，然后回车直到光标不闪位置出现了xp图标说明结构图已经画好quit注：红色字体为结构需要对称操作才能显示一个完整的分子结构所进行的操作。在这里必须输入命名，否者打不开。图片操作解析在这里找到res文件的位置2导入res文件后，打开XP操作系统输入fmol后回车3输入kill $h $q利用这些按钮旋转得到最佳摆放模式如下图4 proj后出现下图所示5 按步骤画图命名所有原子当出现这个时表明图已经画好二、作堆积图Fmolmatr 1(代表a方向堆积) pbox 15 15pack 然后点击按钮sgen/fmol保存（倒数第二个）proj celltelp cell命名duiji 后出现一个命名原子的图框，标出O a b cdraw duijia或hduijiquit1、这个键保存此步骤可有可无标出Oabc即可后按B键保存退出后面是一样的，quit退出程序三、画弱相互作用：氢键、p、MM等首先要找到氢键的位置，然后再根据对称操作找到氢键画法基本步骤为 fmolkill $quniq 原子1 原子2(为氢键链接的两个原子如uniq C5 N4) envi N4 3(通过N4对称操作找到C5的操作代码不能为1555如为2555) sgen 2555join 3 H5 N4(3代表虚线、注意氢键链接的因为H5和N4非C5和N4，如链接错误，可用undo C5 N4来断开这之间的链接) pick（杀掉无关的原子：回车键为杀原子，空白键为跳过，/键为保存，注意杀完后不是按/键退出的将没有保存）telp后面画图步骤与上面一致(只需要标出C5和N4原子)画法对称出两个需要连接的苯环后sgen后cent/x C5 C6 C7 C8 C9 C10(定义苯环C5C6C7C8C9C10的中心为X1A) cent/x C15 C16 C17 C18 C19 C20(定义苯环C15C16C17C18C19C20的中心为X1B) join 3 X1A X1Bproj摆放最佳picktelp（画键不需要命名原子telp后命名后出现的命名原子框可以之间按B键退出）以下面画C15-H15AN3为例经过对称操作后应该为H15C和N3相连此时若不需要再画其他氢键了，可以将两边没有连键的原子杀掉如下图杀完原子后按/键保存退出将显示所杀掉的原子数依次telp只需要命名两个链接相关的原子即可enter为跳过原子，然后按B键保存退出，或者一直enter到最后也可以保存退出。然后draw与上面一致。在同一个图中画多个氢键相对复杂一些，按步骤进行，画完一个连接一个，保留需要画氢键所需要对称的那个原子所在的结构，然后杀掉其余不需要用到的，然后再画另外一个。（一定要先杀掉不需要用到的结构，否者对称操作后会很混乱）其余弱相互作用画法类似，p用O原子跟苯环的中心相连。