微生物的分类与鉴定.ppt

Chap 10微生物的分类和鉴定1 通用分类单元2 微生物在生物界的地位3 各大类微生物的分类系统纲要4 微生物分类鉴定方法 分类 在研究微生物相似性的基础上 把每一微生物编排在一定的分类单元中 制定出检索表 鉴定 运用现代分类系统 通过具体菌株描述 给未知物一个具体的分类位置 命名 按照国际命名法规 给每个新的分类群一个新的学名 一 种的概念 种 微生物的基本分类单位 具有许多共同特征的菌株的集合 典型菌株 typestrain 最具种特征的代表菌株 Kribbellaamoyensissp nov typestrainisXMU198T 模式种 typespecies 典型菌株的实体 常保藏于标本室中 Typespecies CCTCCAB2011012T 1通用分类单元 亚种 在种内有一个稳定特征不同于模式种的菌株 为最低等级的分类单元 型 非分类单位 种内特征小差异的菌株 菌株 同种的不同个体 1995 Haemophilusinfluenzae和Mycoplasmagenetalium最早被测序 细菌新种发表的要求1 在IJSB IJSEM 等国际刊物上发表2 国内发表应送副本给IJSB编辑 以获有效目录公布3 提供模式种4 符合命名法规要求5 符合优先律 菌种保藏中心与菌种目录ATCC 美国典型菌种保藏中心DSMZ 德国典型菌种保藏中心CCTCC 中国典型菌种保藏中心 下设 CCGMC等6个中心菌种目录及菌种保藏和购买 二 学名的命名及有关法规 双名法 Bacillussubtilis 属名 种名加词 Acetobacterpasteurianussubsp pasteurianus 三名法 学名 科学名 拉丁文 斜体 属名第一字母大写 性 数 格一致 BacillussubtilisCMCC63501BacillussubtilisCohn1874Bacillussp Bacillusspp 缩写 B Subtilis 学名与俗名 名字的应用 2微生物在生物界的地位五界系统 三域学说 Woese等 真核生物起源的内共生学1 同一祖先2 古细菌吞噬了G 菌 蓝藻进化为真核生物 原始真核生物吞噬了G 菌 蓝藻进化为真核生物 3 内共生过程线粒体 叶绿体细胞器的进化 证据 G 菌外膜与细胞器外膜相似性 内共生体如蓝色小体 真核生物 如蚜虫 与原核内共生体的发现 建议读物 建议读物 古细菌生物学特征 3各大类微生物的分类系统纲要 一 细菌 古生菌分类系统纲要 Bergey sManualofSystematicBacterialogy 1 2版 Bergey sManualofDeterminativeBacterialogy 1 9版 1 古生菌 系统手册 二版 原核生物 细菌界 古生菌界 2门63属208种 泉古生菌门广古生菌门 广古生菌门 泉古生菌门 2 细菌的分类 系统手册 一版 1984 1989年 共4卷 卷类型群 Section 主要代表Vol 1G 1 11肠杆菌 假单孢菌 Vol 2G 12 17芽孢杆菌 梭菌 Vol 3古生菌等18 25甲烷菌 嗜盐菌 光合细菌Vol 4产孢放线菌26 33链霉菌 系统手册 二版 2000 年 共5卷 Bergey sManualofSystematicBacteriology 2ed Vol 1 TheArchaea theDeeplyBranching PhototrophicBacteria 2001 Vol 2 Proteobacteria 2004 Vol 3 TheLowG CGramPositives 2000 Vol 4 TheHighG CGramPositives 2000 Vol 5 ThePlanctomycetes Spirochetes Fusobacteria 2001 系统手册 二版 原核生物 古生菌界 真细菌界真细菌界 16门变形杆菌门 Proteobacteria 厚壁菌门 Firmicutes 蓝细菌门 Cyanobacteria 3 真菌 Fungi 的分类系统 Ainsworth系统 Thefungi Ainsworth 1973 AinsworthandBisby sDictionaryoftheFungi 7版 1983年 Hawksworth 8版 1995年 Hawksworth 书355 Cavaliner Smith的6界系统 4微生物分类鉴定方法一 经典分类鉴定方法 传统分类的细菌鉴定程序 细菌自动鉴定系统 API数值鉴定系统BBL鉴定系统Biolog鉴定系统 程序 1 获取辅助特征2 培养 菌悬液 加入生化反应板 培养 自动扫描 自动鉴定 打印结果 细菌自动鉴定程序 二 现代分类鉴定方法 细菌化石 1 微生物遗传型的鉴定 1 DNA碱基比例的测定 G C mol 解链温度法 Tm值 G C mol 值只能做否定判断 G C mol 值差别 5 属不同的种 差别 10 属不同的属 2 核酸分子杂交法 DNA DNA分子杂交原理 DNA分子解链的可逆性和碱基配对的专一性 DNA DNA杂交 固相杂交法 单链DNA 待测菌株 转硝酸纤维素膜 加入放射性标志参照菌DNA 单链 洗去未杂交DNA 闪烁计数器计数测定放射强度 结论 1 DNA同源性 60 同种 2 DNA同源性 70 同亚种 3 DNA同源性60 70 不同亚种 4 DNA同源性20 60 同属 3 16srRNA作为细菌进化的计时器 生物共有的 一定的信息量 1542个核苷酸 一定的保守性 便于比较研究 16srRNA核苷酸序列分析 DNA PCR法 提取DNA PCR扩增16SrRNA基因 PCR产物纯化 16SrRNA基因序列测定 Genbank检索 相似性结果的一般判断 1 SAB 97 同种 2 SAB为85 97 同属3 SAB 85 不同属 2 细胞化学组分的鉴定 放线菌 细胞结构成分壁肽聚糖 化学组分膜枝菌酸 棒杆菌酸 分枝菌酸 甲基萘醌全细胞水解糖类 1 细胞壁化学类型 分为9种类型 氨基酸 DAP 二氨基庚二酸 Gly Lys Asp Orn 糖类 阿拉伯糖 半乳糖 2 全细胞水解液的糖型 糖类型特征糖类A半乳糖 阿拉伯糖 B马杜拉糖C无特征糖类D木糖 阿拉伯糖E半乳糖 3 脂肪酸 自动分析测定仪 4 磷脂 PE 磷脂酰乙醇胺 PC 磷脂酰胆碱 PG 磷脂酰甘油 等5种磷脂 5 枝菌酸 6 生化试验 3 数值分类法 统计分类法 相似系数的计算 1 菌株选择 OUT 操作分类单位 2 选择实验项目 3 数字编码 4 计算机分析 列出相似度矩阵 将矩阵图转换成树状谱 结果分析 1 S 相似值 85 同种 2 S 相似值 65 同属 3 S 相似值 65 亲缘关系较远 多相分类由于表型分类存在一定的局限性 已不能完全客观地反映自然分类关系 现在分类学研究正发展成为把传统的表型分类 数值分类 化学分类和分子分类等各种信息综合考虑 来确定菌株的分类地位的多相分类 多相分类被认为是目前研究各级分类单位的最有效手段 能更客观地反映生物间的系统进化关系