新分子检测技术在肺癌精准治疗中的应用NGS vs ddPCR

新分子检测技术在肺癌精准治疗中的应用NGS与ddPCR比较 LiTH etal JClinOncol31 1039 1049 测序技术的发展带来靶向治疗的纵深研究 PCR技术也经历了3代的进化 1987年 KRAS基因突变在当时50 的肺腺癌患者中被发现 2004年 EGFR突变作为新的肺腺癌驱动基因被发现 2014年 随着TCGA计划的完成 肺腺癌的基因突变图谱被进一步完善 对NSCLC驱动基因的认知随着分子检测技术的进步在不断深入 AshleyJ Vargasetal NatureReviewsCancer16 525 537 2016 遗传易感性 早期筛查 伴随诊断用药指导 复发与疾病进展监控 血液 组织 良恶性判断 NGS在肿瘤临床领域的应用 遗传易感性 早期筛查 伴随诊断用药指导 复发与疾病进展监控 良恶性或分子分型 非小细胞肺癌 NGS在肺癌临床领域的应用 NGS ddPCR NGS ddPCR NGS 肿瘤的异质性对传统分子组织诊断提出了挑战 NGS和ddPCR都是通过计算 看检测出多少带有突变的DNA 突变型 和检测到的所有的DNA 野生型 突变型 的比值来确定等位基因突变频率 AF 等位基因突变频率 4 14 28 5 未突变的DNA来自正常组织或肿瘤中的其他亚克隆 NGS和ddPCR都能够报告等位基因突变频率 反映不同亚克隆的比例关系 EGFRL858 通过等位基因突变频率在结合样本病理评估中的肿瘤细胞占比 我们能够对肿瘤内部带有不同驱动基因的肿瘤细胞亚克隆有一个大致的比例上的了解 对了解肿瘤异质性有帮助 NGS和ddPCR都可分辨分子顺式 分子反式 K S Thress etal NatMed 2015 21 6 p 560 562 有研究发现T790M和C797S突变分子顺式 分子反式信息影响EGFRTKI治疗疗效 NGS和ddPCR都能够提供EGFR突变的incis intran信息 具有重要的临床意义 传统PCR检测则会遗漏这一信息 基于靶向捕获的NGS能够同时检测已知突变和未知突变 ddPCR 热点1 热点2 热点3 热点4 检测基因 NCCN指南建议初诊患者进行多靶点平行检测 针对非小细胞肺癌的8个基因NGS可以完全覆盖 MET14exonskipping HER220exoninsertion等情况复杂的突变EGFR等热点基因的非热点突变位点ALK等热点基因的非常见融合方式 约3 4ALK融合为经典的EML4 ALK融合 但有1 4为与其他基因的融合 包括 STRN ALKCATSPERB ALKACVR1 ALKCLIP1 ALKDPH6 AS1 ALKKIF5B ALKRP11 320M2 1 ALKUGP2 ALK 罕见的EGFR 19Del可能会造成PCR方法假阴性 NGS能够覆盖传统方法和ddPCR无法检测的突变种类 NGS能够发现新的耐药机制 15例患者一代TKI进展 T790M 应用AZD9291后耐药 经检测发现三种类型 6例出现C797S5例仍保持T790M 无C797ST790M消失 ThressKSetal NatMed 2015Jun 21 发现AZD9291获得性耐药机制 C797S突变 与EGFR不同ALK TKI的耐药机制更加复杂 NGS检测EGFR和ALK的耐药位点都没有问题 ddPCR只能做T790M这种比较集中出现的耐药位点检测 随着建库技术和生物信息分析策略的进步NGS液体活检敏感性已经远超ddPCR 在肿瘤克隆进化的过程中 劳拉替尼耐药相关亚克隆L1198F重拾对克唑替尼的敏感性 ShawATetal NEnglJMed 2016 374 1 54 61 BordiPetal NEnglJMed 2016 374 18 1790 评论 相比反复活检在临床面临的巨大挑战 ctDNA动态随访是对肿瘤克隆进化监控的最佳方式 NGS检测能够帮助分析肿瘤克隆的进化 N Rizvietal Science vol348 2015 全外显子测序结果有助于评估接受免疫治疗的患者预后 Delpuetal Int J Mol Sci 2013 PNAS 基于NGS的血液DNA甲基化检测能够满足肺癌早诊的需求 感谢聆听