高通量测序技术平台流程与应用.ppt

IlluminaGenomeAnalyzer系统应用方向 DNAFragment文库测序DNAMate pair文库测序SmallRNA测序数字化表达谱测序转录组测序DNA甲基化测序ChIP seqMeta GenomicsDNA测序血浆微量DNA测序 基因组DNA的随机打断 DNA片段的末端修复 将 A 碱基加入到DNA片段的3 末端 在DNA片段的末端加上特定接头 PCR扩增连上接头的DNA片段 文库检测 DNA在ClusterStation的成簇扩增 IlluminaGenomeAnalyzer上的测序 生物信息组装 分析 IlluminaDNAFragment文库测序流程 IlluminaMate pair文库测序流程 基因组DNA随机打断特定大小片段 2 10kb范围可选 末端修复 生物素标记 环化 获得来自大片段两端共计400 600bp的DNA片段 修饰 加接头 PCR扩增连上接头的DNA片段 文库检测 DNA在ClusterStation上的成簇扩增 IlluminaGenomeAnalyzer上的测序 生物信息组装 分析 IlluminaSmallRNA测序流程 从总RNA中分离smallRNA 5 接头连接和纯化 3 接头连接纯化 RT PCR扩增 SmallRNA文库的纯化 文库的检测 DNA在ClusterStation成簇扩增 IlluminaGenomeAnalyzer上的测序 生物信息学分析 Illumina数字化表达谱测序流程 mRNA的分离和cDNA第一链的合成 cDNA第二链的合成 限制性内切酶NlaIII的酶切 连接GEXNlaIIIAdapter1 限制性内切酶MmeI的酶切 连接GEXAdapter2 Adapter连接cDNA产物和PCR富集 文库的检测 DNA在ClusterStation上的成簇扩增 IlluminaGenomeAnalyzer上的测序 生物信息学分析 TotalRNA的DNaseI酶消化 mRNA分离和随机打断 cDNA第一链和第二链的合成 DNA片段的末端修复 将 A 碱基加入到DNA片段的3 末端 在DNA片段的末端加上特定接头 PCR扩增连上接头的DNA片段 文库的检测 DNA在ClusterStation上的成簇扩增 IlluminaGenomeAnalyzer上的测序 生物信息学分析 Illumina转录组测序流程 基因组DNA随机打断 DNA片段的末端修复 将 A 碱基加入到DNA片段的3 末端 DNA片段末端加上特别处理的甲基化接头 重亚硫酸盐处理 去盐处理 PCR扩增连上接头的DNA片段 文库检测 DNA在ClusterStation上的成簇扩增 IlluminaGenomeAnalyzer上的测序 生物信息学分析 IlluminaDNA甲基化测序流程 染色质免疫共沉淀 目的DNA片段 DNA片段的末端修复 将 A 碱基加入到DNA片段的3 末端 DNA片段末端加上接头 PCR扩增加上接头的DNA片段 文库检测 DNA在ClusterStation成簇扩增 IlluminaGenomeAnalyzer上的测序 生物信息学分析 IlluminaChIP seq测序流程 Meta基因组的提取 DNA随机打断 DNA片段末端修复 将 A 碱基加入到DNA片段的3 末端 在DNA片段的末端加上接头 纯化连接产物 PCR扩增连上接头的DNA片段 文库的检测 DNA在ClusterStation的成簇扩增 IlluminaGenomeAnalyzer上的测序 生物信息组装 分析 IlluminaMeta GenomicsDNA测序流程 收集10 15ml孕妇外周血 提取血浆中游离DNA Q PCR定量总DNA含量 构建DNA文库 Agilent和Q PCR检测文库浓度 Cluster制备和GenomeAnalyzer上的测序 Pipeline和Eland分析 计算每条染色体的Z score值 Illumina血浆微量DNA测序流程 知识回顾KnowledgeReview