牛场气溶胶结核分枝杆菌复合群荧光定量PCR检测技术规程

ICS 11.220B 41DB 37山 东 省 地 方 标 准DB 37/T XXXXXXXXX牛场气溶胶结核分枝杆菌复合群荧光定量PCR 检测技术规程Detection of Mycobacterium tuberculosis complex pathogenic organisms in aerosol of cattle farm by Real-time PCRXXXX - XX - XX 发布 XXXX - XX - XX 实施山 东 省 市 场 监 督 管 理 局 发 布DB37/ XXXXI目 次前言 II1 范围 .12 规范性引用文件 .13 术语和定义 .14 缩略语 .15 原理 .16 材料及设备 .16.1 试剂 .26.2 仪器设备 .27 生物安全措施 .28 气溶胶样品的采集、保存及运输 .28.1 气溶胶样品的采集 .28.2 气溶胶样品的采集后的灭活处理 .28.3 样品的保存和运输 .29 操作方法 .29.1 气溶胶样本的前处理 .29.2 核酸提取 .39.3 荧光定量 PCR 检测 .310 分析条件设定和结果判定 310.1 阈值设定 310.2 质控 310.3 结果分析及判定 311 注意事项 3附 录 A （资料性附录） 主要仪器设备 4附 录 B （规范性附录） 牛场环境气溶胶样本的采集方法和注意事项 5附 录 C （资料性附录） 气溶胶结核分枝杆菌复合群核酸荧光定量 PCR 检测结果图 7附 录 D （规范性附录） 检测过程防止交叉污染的措施 9DB37/ XXXXII前 言本标准按照GB/T 1.12009给出的规则起草。本标准由山东省畜牧兽医局提出并监督实施。本标准由山东省畜牧业专业标准化技术委员会归口。本标准起草单位：山东省农业科学院奶牛研究中心、山东师范大学。本标准主要起草人：王洪梅、何洪彬、赵贵民、侯佩莉、潘伟、何成强、于志君。DB37/ XXXX1牛场气溶胶结核分枝杆菌复合群荧光定量 PCR 检测技术规程1 范围本标准规定了牛场环境气溶胶样本中结核分枝杆菌复合群核酸实时荧光定量PCR检测方法的技术要求和操作规范。本标准适用于牛场环境中气溶胶结核分枝杆菌复合群核酸的快速准确检测。2 规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB/T 6682 分析实验室用水规格和试验方法GB 19489 实验室生物安全通用要求3 术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1 Ct值 Cycle Threshold荧光信号量达到设定的阈值时所经历的循环数。4 缩略语下列缩略语适用于本文件。MTC：结核分枝杆菌复合群，包括结核分枝杆菌（M.tuberculosis）、牛分枝杆菌（M.bovis）、非洲分枝杆菌（M.africanum）、坎纳分支杆菌（M.canettii）等（Mycobacterium tuberculosis complex）AGI：全玻璃液体冲击式采样器（All-Glass-Impinger）5 原理本标准采用SYBR Green I染料实时荧光定量PCR技术。MTC细菌的分泌性蛋白MBP70基因非常保守，因此以它为目的基因设计引物，可以对结核病病原进行检测。6 材料及设备DB37/ XXXX26.1 试剂6.1.1 试剂级别检测中使用的试剂均为分析纯，实验室用水应符合GB/T 6682的要求。6.1.2 引物序列上游引物（MTC-F）：5-TGACCAGCATCCTGACCTACC-3。下游引物（MTC-R）：5-CGGCGTTACCGACCTTGA-3。引物在使用时用灭菌双蒸水稀释成10 mol/L工作液，置于-20 保存。6.1.3 主要组分SYBR Green I荧光定量PCR反应缓冲液，采用商品化试剂。6.1.4 对照设置阳性对照为灭活BCG疫苗菌株提取的基因组DNA，-20 保存备用。阴性对照为采集自无结核病病原污染的净化健康牛场气溶胶样本提取的基因组DNA。6.2 仪器设备仪器设备及参数见附录A。7 生物安全措施为了保护实验室人员的安全，应由具备资格的工作人员检测结核分枝杆菌复合群核酸，所有检测样本应在级生物安全柜内操作。8 气溶胶样品的采集、保存及运输8.1 气溶胶样品的采集应用空气微生物采样箱，使用国际标准的AGI采集样本。采集方法和注意事项见附录B。8.2 气溶胶样品的采集后的灭活处理样品采集后立即用70%乙醇溶液灭活处理。8.3 样品的保存和运输待检样品在2 8 保存不应超过24 h；-20 保存不超过三个月；-80 以下可长期保存。样品应置于低温（2 8 ）、密封的容器内运输。9 操作方法9.1 气溶胶样本的前处理取30 mL采集的气溶胶样本，12 000 r/min离心10 min，弃上清，重悬沉淀物，继续进行核酸提取，或置-20 备用。DB37/ XXXX39.2 核酸提取采用商品化细菌基因组DNA提取试剂盒进行核酸提取。9.3 荧光定量 PCR 检测9.3.1 反应液的配制采用20 L反应体系，每个反应管包含荧光定量PCR反应液（2）：10.0 L，上、下游引物各0.8 L ，检测模板或阴阳性对照2 L，灭菌蒸馏水6.4 L。需要配制的荧光定量PCR反应液管数为样品个数n+2（阳性对照）+2（阴性对照）+ 2（防止分装时液体损失）。按照顺序依次加入上述各荧光定量PCR反应组份的预混液，然后在每个PCR反应管中分装18 L。9.3.2 加样在已分装有荧光PCR预混液的PCR光学管中每管分别加入2 L待检样品或对照模板，混匀，盖上管盖，放入荧光PCR仪，记录样品放置顺序。9.3.3 荧光定量 PCR 扩增选择检测模式：SYBR Green I。反应体系：20 L。反应条件设定：预变性：95 30 s，1个循环；PCR扩增：95 5 s，61 30 s，40个循环，6 1 时采集荧光信号。熔解：95 15 s，65 1 min，95 ，Continuous；40 10s。可根据不同品牌PCR仪器说明书等效设置参数。10 分析条件设定和结果判定10.1 阈值设定综合分析仪器给出的各项结果，基线（Baseline）以仪器给出的默认值作为参考，阈值（Threshold）设定原则以阈值线刚好超过阴性对照样品扩增曲线的最高点为准，具体需根据仪器噪声情况进行调整，选择PCR扩增反应所设定的荧光基团对应的通道进行分析。10.2 质控质控有效的条件为：阴性对照和空白对照应无Ct值或35，阳性对照的Ct值应35，且呈现S型扩增曲线。10.3 结果分析及判定结核分枝杆菌复合群核酸阴性反应结果判定：检测结果呈现无Ct值、无扩增曲线、扩增反应曲线无明显对数增长期，判为荧光定量PCR阴性反应，样品判定为结核分枝杆菌复合群核酸检测阴性。结核分枝杆菌复合群核酸阳性反应结果判定：检测结果呈现Ct值35、扩增曲线有明显的对数增长期，且熔解曲线Tm值为（92.50.5），判为荧光定量PCR结果阳性反应，样品判为结核分枝杆菌复合群核酸检测阳性。见附录C。11 注意事项注意的事项见附录D。DB37/ XXXX4A A附 录 A（资料性附录）主要仪器设备A.1 荧光定量PCR仪（全波长）。A.2 台式离心机（转子容积2 mL，50 mL；最高离心力15 000g）。A.3 电热恒温水槽（室温至100 ）。A.4 涡旋振荡器。A.5 天平（精密度千分之一以上）。A.6 冰箱（2 8 ，-20 ，-80 ）。A.7 微量可调移液器（0.25 L，10 L，100 L，200 L，1 000 L）。A.8 微量带滤芯吸头（10 L，100 L，1 000 L）。A.9 级生物安全柜A型。A.10 1.5 mL Eppendorf管。A.11 0.2 mL 8联排PCR反应管。A.12 一次性手套。A.13 一次性口罩。A.14 医用废弃物容器。DB37/ XXXX5B B附 录 B（规范性附录）牛场环境气溶胶样本的采集方法和注意事项B.1 采样环境环境温度5 。B.2 试剂0.9 %灭菌生理盐水和橄榄油。B.3 仪器与耗材空气微生物采样箱，Porton空气微生物采样器，三角支架，灭菌注射器（10 mL），一次性口罩，一次性手套，一次性无菌隔离服。B.4 采样人员要求现场采样的工作人员要穿工作服和胶鞋、戴上口罩、防风眼镜和一次性乳胶手套，做好个人安全防护。B.5 采样工具采集气溶胶用的气溶胶采样器、生理盐水分别包装并提前121 高压灭菌消毒，灭菌的离心管，灭菌的塑料袋，一次性注射器，胶布，保温箱，记号笔。使用前要仔细检查塑料管、消毒的塑料袋，有破损者不得使用。B.6 气溶胶样品采样B.6.1 设备安装：首先安装三脚架，空气微生物采样器放置高度为距地面1.5 m，将30 mL灭菌生理盐水注入，同时滴加一滴橄榄油，放入三脚固定支架内固定。橡胶连接管的一端接到空气微生物采样箱主机入气口上，另一端连接到Porton空气微生物采样器的出气口上。B.6.2 收集参数：采用液体冲击式采样方式，采样流量为12.5 L/min，采样时间为30 min。B.6.3 收集标准：每个牛场一般在产房、动物房、运动场和奶厅4个位置分别采集2份样本。B.6.4 样品的灭活处理与分装：气溶胶采样器采集结束后，直接将30 mL样本收集到采集50 mL离心管，采样器立即用70 %乙醇溶液灭活处理，放入塑料袋封口。气溶胶采集液立即用70 %乙醇溶液灭活处理，盖好离心管盖，胶布封口，在塑料管壁记录采样牛场、位置、采样时间、采样人，然后装入塑料袋封口，在塑料袋上同样记录采样牛场、位置、采样时间、采样人。将装有气溶胶样本的塑料管竖直DB37/ XXXX6口朝上和冰袋一块放入保温箱，盖好盖子，胶带封口。派车专程送往有条件的实验室进行结核分枝杆菌复合群荧光定量PCR检测，采集的两份样品，一份用于直接检测，另一份-20 保存用于复检。B.6.5 样品运送：在样品运送过程中，装样品的保温箱不得倾倒，以防液体外溢。到达目的地后，对车体应全面消毒。B.7 采样现场用具处理现场采集完气溶胶，立即对空气微生物采样箱、三角支架用70 %乙醇溶液消毒。DB37/ XXXX7C C附 录 C（资料性附录）气溶胶结核分枝杆菌复合群核酸荧光定量 PCR 检测结果图说明：17代表510 6510 0拷贝数/反应的标准品的扩增曲线，曲线8为阴性对照。图 C.1 结核分枝杆菌复合群荧光定量 PCR 灵敏度扩增曲线说明：1和2的模板分别为牛结核分枝杆菌和结核分枝杆菌核酸，均为S型曲线；3-10分别为：禽分枝杆菌、副结核分枝杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏杆菌、溶血性链球菌、嗜肺巴氏杆菌、螺旋杆菌、绿脓杆菌的核酸，均为一条直线，扩增反应为阴性；曲线11为阴性对照。图 C.2 结核分枝杆菌复合群荧光定量 PCR 特异性扩增曲线DB37/ XXXX8说明：结核分枝杆菌复合群核酸阳性的熔解曲线Tm值为：（92.50.5）。图 C.3 结核分枝杆菌复合群核酸阳性结果熔解曲线DB37/ XXXX9D D附 录 D（规范性附录）检测过程防止交叉污染的措施D.1 样品采集与运输D.1.1 采样采集采集样本使用独立的气溶胶采样器和收集管。一个气溶胶采样器限于采集一份样本，收集管使用一次性灭菌离心管。防止不同样品之间通过采样器、收集管交叉污染。D.1.2 样本运输与贮存防止样品在运输与贮存过程中包装损坏造成交叉污染。D.2 检测过程PCR反应试剂应按检测需求分装贮存，避免同一管试剂多次开启使用。装有核酸模板、PCR试剂和引物的离心管在打开之前，应短暂离心，所有操作尽量避免产生气溶胶。上机运行前，应检查并盖紧各PCR管。D.3 人员要求采样人员穿一次性无菌隔离服，戴一次性手套和口罩。实验室检测人员应由具备资格的工作人员操作。D.4 用具灭菌气溶胶采样器清洗干净后121 高压灭菌处理20 min。D.5 仪器设备与耗材使用带滤芯吸头。吸头、离心管、PCR管等应一次性使用，不得回收清洗后重复使用。D.6 实验室实验室应该设有核酸提取工作区、PCR加样工作区以及荧光定量PCR仪放置区，不同区域可密闭进行紫外消毒，并配备级生物安全柜A型。上述区域在每次使用后应及时清洁处理，并在使用前后照射紫外30 min以上。每个区域应有专门的废弃物容器，该容器应能耐受煮沸、70 %乙醇溶液消毒处理。每次实验结束，应在紫外消毒前，及时清理废弃物及消毒容器，并将该废弃物容器放回工作区进行紫外消毒。DB37/ XXXX10D.7 其他应遵循核酸检测实验室其他技术要求。_