SNP分型技术简介.ppt

SNP分型简介,单核苷酸多态性分型 SNP技术交流QQ群：107750067,SNP概念,SNP（single nucleotide polymorphisms ）单核苷酸多态性 是指在基因组水平上由单个核苷酸的改变所引起的DNA序列多态性。 单 个 ？ 核苷酸 ？ 多态性 ？,突变 与 多态性,多态性是一个群体概念，多态性指这个差异占群体的1%以上。否则就叫突变（小于1%）。 SNP是多态性中的一种，只是进一步限定了差异只是单碱基。 SNP一般来说，是全部体细胞一样的基因型。 突变一般不是一个个体全部体细胞的变化。 如果突变发生在生殖细胞，则可以遗传，但是只要这个突变群没有达到总群体的1%，它就只是一个突变株/系；达到了1%就是多态性了。,SNP多态性,SNP 在人类基因组中广泛存在，平均每 500 1000 个碱基对中就有 1 个，估计其总数可达 300 万个甚至更多。 人类 30 亿碱基中共有 300 万以上的 SNPs 。 各地各民族人群中特定SNP并非一定都存在，其所占比率也不尽相同，但大约有85%应是共通的。,SNP的发生形式,这种变异可能是转换 (C T ，在其互补链上则为 G A) ，也可能是颠换 (C A ， G T ， C G ， A T) 。,SNP的发生形式,转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的 SNP 约占 2/3 可能是因为 CpG 二核苷酸上的胞嘧啶残基C是人类基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶T。,SNP的影响,编码区SNP有同义和非同义2种，非同义突变由于会导致氨基酸的变化，从而影响蛋白质的功能，特别是发生在结构功能区域的SNP尤其重要 非同义突变，虽然没有明显的功能的分子机制，但是在遗传学上可能因为与附近的其它致病基因的表达或者SNP连锁，因此在流行病学上形成阳性结果一般以此解释。,SNP研究的优势,SNP在基因组中每500-1000个碱基就有一个标记。无论是比较于RFLP还是SSR（6000一个标记），都要广泛得多； SNP在人群中是等位基因性的，在任何人群中其等位基因频率都可估计出来； 与微卫星位点相比，SNP是高度稳定的，尤其是处于编码区的SNP，而前者的高突变率容易引起对人群的遗传分析出现困难； 部分位于基因内部的SNP可能会直接影响产物蛋白质的结构或基因表达水平，因此，它们本身可能就是疾病遗传机制的候选位点； 易于自动化、规模化分析，缩短了研究时间。,功能研究发展与方向,通过测序手段对SNP的存在及频率信息进行确定,对不同人群进行SNP的基因分型都需借助这些序列信息才能得以进行 SNP连锁分析、单体型构建以及标签SNP寻找 预测启动子SNP位点与转录因子结合的改变,编码区SNP对蛋白质的空间结构,生物功能的影响等 SNP作为复杂性疾病的遗传标记的关联性研究（吸烟人群中患肺部疾病的相关连锁性）,1.未知SNP位点 寻找未知的SNP 或确定某一未知SNP 与某遗传病的关系 研究方法： 单链构象多态性(SSCP) 高效液相色谱检测(HPLC) 限制性片段长度多态性(RFLP) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 测序(SEQ),只能发现含有SNP,确知SNP的位置和碱基,SNP检测对象,SNP检测对象,2.已知SNP位点 对不同群体SNP遗传多样性检测或在临床上对已知致病基因的遗传病进行基因诊断。 研究方法： 等位基因特异寡核苷酸片段分析(ASO) 基因芯片技术(gene chips) 荧光定量PCR技术（Real Time PCR）-Taqman探针 飞行质谱 测序,SNP研究方法,DNA测序 最终的确认标准 单链构象多态性(SSCP) 传统的酶切方法，资金少的实验室做，结果不准确，工作量大，需测序确认。 TaqMan实时荧光PCR 国内很少做，成本高 MassARRAY飞行质谱SNP 成本高 限制性酶切片段长度多态性(RFLP) 基因芯片 大规模，成本高，某些流程还不成熟 等位基因特异的寡聚核苷酸杂交(ASO),测序法,项目案例 1,已知SNP位点测序项目案例,VKORC1基因-1639 G/A位点测序项目 简单了解VKORC1基因研究背景 VKORC1基因：Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1，维生素K环氧化物还原酶复合物1 查找SNP 位点参考序列。 公开的SNP 数据库： http:/www.ensembl.org/index.html http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/,生产前准备,根据参考序列，在SNP位点附近设计引物，并检测引物效率。,生产过程,PCR扩增 3730xl测序峰图,SNP位点分析,生产后分析,Codoncode软件,统计信息,项目案例 2,未知SNP位点测序项目案例,CTSL基因Exon 4中未知SNP位点测序项目 简单了解CTSL基因背景 CTSL基因：cathepsin L ，组织蛋白酶L 。 查找CTSL基因Exon 4参考序列。 公开的数据库： http:/www.ensembl.org/index.html http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/,生产前准备,根据参考序列，在Exon 4区域设计引物，并检测引物效率。,生产过程,PCR扩增 3730xl测序峰图,检测到的SNP位点：A/G,SNP位点分析,生产后分析,Codoncode软件,统计信息,