质谱发展历史-基础知识

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质谱首次用于,peptide sequencing,1965,年 离子共振质谱出现,1968,年 电喷雾离子源,Electrospray,Ionization,1973,年,LC-MS,1974,年,Fourier transform ion,cyclotor,resonance MS,1987-1988,年,Matrise_assisted,laser,desorption,ionization,1996,年 电喷雾离子源开始用于生物大分子的研究,什么是质谱仪,?,质谱仪是按照离子的质荷比,(,m/z,),不同,来分离不同分子量的分子,.,测定分子量进行成分和结构分析,.,离子的生成方式有失去或捕获电荷,(,如,:,电子发射,质子化或去质子化,),主要组成部分,:,1.,进样部分,2.,离子源,3.,质量过滤器,(,分析器,),4.,离子检测器,离子源,质量过滤,/,分析器,检测器,进样部分,样品板,LC,或,GC,EI,源,FAB,源,MALDI,源,ESI,源,Quadruopole,Ion trap,Time-of-flight,电子倍增器,闪烁计数器,第二章 质谱仪的组成,+ + + +,+ + + + + + + + + + + + +,+,+,+,+,+,+,+,+,+,第一节 进样部分,要求:,大气压下的样品要进入高真空的质谱仪,而不影响仪器的真空度。,方式:,进样板进样,进样头进样,毛细管进样(从气相色谱及液相色谱柱),第二节离子源,A :EI,源,Electron Ionization,是,1980,年以前的主要离子化方式,只能用于远远小于生物有机分子的小分子,(400Da,以下,),的检测,样品需经过汽化,(,通常热解吸附,),进入电离区,与电子流撞击,.,电子流传递部分能量,(,多小于,6ev),形成离子及部分碎片,.,EI,的优缺点,优点,1.,级的灵敏度,2.,有达,10,万个化合物的数据库可快速检索,3.,可根据碎片方式鉴定未知物,4.,从碎片离子判定结构,缺点,1.,质量范围小,2.,有可能汽化前发生解离,3.,碎片过多有时看不到分子离子,FBI,快速原子,/,离子轰击离子源,Fast Atom/Ion Bombardment,使用高能量的氙原子,Cs+,离子或甘油,-NH4+,集团喷射样品靶上的样品和基质表面,基质是溶解样品的非挥发性溶剂,样品从基质中解吸附并汽化,离子化,.,基质的作用是溶解样品,;,吸收大部分能量,有助于样品离子化并保护样品不被高能量撞击破坏,.,FBI,优缺点,优点,1,、质量数可以做到,7000Da,。,2,、快速。,3,、软电离方式,碎片离子少。,4,、容易引入阳离子形成,M+Na,M+K,型的正离子。,5,、分辨率高。基质可作为参照离子进行精确质量测定。,6,、大质量的甘油团形成多电荷可测生物大分子。,缺点,1,、质量数高时灵敏度下降严重。,2,、灵敏度比,MALDI,ESI,低。,3,、碎片少,结构信息少。,4,、基质多峰,干扰结果分析。,5,、样品必须能溶于基质。,6,、非极性物质难以离子化。,C: MALDI,激光解吸附离子源,Matrix-Assisted laser,Desorption,/Ionization,MALDI,源的出现解决了生物大分子的离子化难题,离子化过程与,FBI,有相似之处。,1,、使用基质,但基质为固体。,2,、,MALDI,用脉冲激光束轰击样品和基质的共结晶。,对基质的要求是能吸收,337nm,紫外光并气化,能量由基质传给样品使样品一起气化并离子化。,常用基质,1,、,氰基,4,羟基肉桂酸,CCA,多肽,2,、,3,5,二甲氧基,4,羟基肉桂酸,SA,蛋白,3,、龙胆酸(,2,5,二羟基苯甲酸,DHB,聚合物,4,、吡啶甲酸,PA,5,、,3,羟基吡啶甲酸,3HPA,MALDI,源由氮激光器产生短周期脉冲激光,产生的多为单电荷离子,效率很高,即使只有极少的样品也可分析,常用基质结构,DHB,SA,CCA,MALDI,的优缺点,优点,1,、质量数可达,300,000Da,。,2,、,attomole,至,femtomole,级灵敏度。,3,、软电离方式,无或极少碎片离子。,4,、耐盐(样品含盐可达毫摩尔浓度)。,5,、适于分析复杂混合物。,缺点,1,、分辨率低。,2,、,1000,Da,以下基质峰干扰。,3,、激光解吸附离子化有可能使样品光降解。,4,、串联质谱功能较弱,除非接反射装置进行源后衰变测量。,5,、不能分析非共价键相互作用。,6,、定量时需要内校准。,7,、如没有反射飞行装置,不能分析多肽修饰。,8,、对各种赋形剂的容忍度低(如,含磷酸缓冲液,大于,150mM,的盐等。,Sample submission,In solution, as concentrated as possible, volume 10-20,ul,Minimum Concentration 10,pmol/microliter,Use 200ul PCR-style,eppendorf,tubes,The sample should NOT contain any,Azide,SDS,Brij,35,Tris,baseCHAPS Triton X-100,Treduced,Triton X-100DMSO,Tween,DMF,Zwittergent,Glycerol any other detergentPhosphate buffersSalts and buffers 100,mM,The following components are ACCEPTABLE,Acetic or formic acid,Acetonitrile, ethanolGuanidine/,HCl,4M,Hexafluoroisopropanol,up to 40%MethanolSodium chloride 10,mM,Urea 1M,D: ESI,离子源,Electrospray,Ionization,4000v,强电场中,样品溶液通过毛细管喷嘴喷出,带电液滴被静电场吸向质谱人口,同时伴随干燥或加热干燥气体吹送,使液滴表面溶剂挥发,液滴体积变小,表面电荷密度变大,当同种电荷之间的库仑斥力达到雷利极限时,突破表面张力,液滴爆裂为更小的带电液滴,这一过程不断重复,使最终的液滴非常细小,呈喷雾状,此时液滴表面电场非常强大,使分析物离子化,带单电荷或多电荷。,一般分析物分子量,2000Da,带多电荷,NANO-ESI,喷雾照片,ESI,特点,1,、,ESI,产生的生物大分子离子如多肽蛋白等常常带,10,个以上电荷,使得,m/z,大大减小,弥补了四极杆质量分析器等质量范围窄的缺点。,2,、质谱图显示的是离子带不同电荷数的一系列质荷比峰,根据峰位置换算成质量数和电荷数。,电荷数和质量数的计算,已知,m,j,=,(,m+n,j,),/,n,j,m,k,=(,m+n,k,),/,n,k,n,j,= n,k,+1,推算出,n,j,=(m,k,-1),/,(,m,k,-,m,j,),n,k,=(m,j,-1),/,(,m,k,-m,j,),m=,m,j,n,j,-n,j,=,m,k,n,k,-n,k,m/z,相对丰度,m,j,m,k,ESI,优缺点,优点,1,、质量数可达,70,,,000,Da,2,、灵敏度高达,femtomole,级。,3,、软电离,可观察生物分子非共价反应。,4,、易于和,LC,串联,直接分析流速为,1ml/min,的,LC,洗脱液。,5,、没有基质干扰。,6,、适于联四极杆质量分析器、离子阱质量分析器做结构分析。,7,、带多电荷,允许质量范围窄的设备检测高质量数的离子。,8,、带多电荷,通过计算平均值给出更精确的质量数。,9,、特别适于测多肽的修饰。,10,、样品前处理简单可直接分析,RP-HPLC,脱盐处理的溶液。,缺点,1,、耐盐能力低。,2,、对某些化合物特别敏感,污染难清洗。,3,、样品需先气化,混合物不适用。,4,、带多电荷,在分析混合物时,产生混乱。,5,、定量时需内校准。,E:,其他离子化方式,阳离子化,:,以非共价键结合的方式向中性分子加上正电荷。 尤其适合质子化不稳定的的分子,质子化是共价键结合,电荷从质子向分子发生转移,这以过程会造成分子的不稳定,使分子裂解。,阳离子化没有这一缺点,常用在,ESI,离子方式中,糖类非常适合这一电离方式,一般多加,Na+.,阴离子化,:,分子失去一个质子,带上正电荷,这种离子化方式适合酸性物质,如酚类、羧酸和磺酸。,第三章 质量分析器(过滤器),第一节:质量分析器的主要指标,A,、质量范围(,/,),所能测量的质荷比范围,M+nH,B,、灵敏度,一定浓度样品产生响应时,最低的浓度值。,n,D,、分辨率 质谱分辨不同质荷比离子的能力,分辨率,R=M/,a,=M,/(M,M,) b,a,公式定义为单峰的质荷比与其半峰宽之比,b,公式定义为相邻的相交,10,的两个峰,M M,按,a,式计算的分辨率约为,b,式计算的两倍,。,不同分辨率谱图效果,E,:,分子量的表述方式,1,、单同位素质量,monoisotopic,mass,最轻的稳定同位素的质量(也有说自然界中丰度最大的同位素的质量)。,只有高分辨率的质量分析器才能分离出单同位素峰。,2,、化学平均分子量,M,根据同位素质量及丰度计算出平均质量,所有元素的平均质量给出分子的平均质量。,3,、最高峰质量,即未分辨开质谱峰最高处的质量数。,表述方式要看分子量及分辨率而定,当,m,/,z,高时单同位素,峰已不是丰度最大的峰,,m/z,8000,时,与,最高峰质量趋于一至。,第二节 质量分析器的种类,A,、四极杆质量分析器,Quadrupole,Analyzer,A,、,B,极性相反,加上一个直流电压,DC,,叠加一个射频电场,RF,,扫描时固定,RF,频率,,DC,:,RF,保持比率不变,数值递增,使,m/z,小到大的离子依次通过,取得一张完整的质谱图。,DC+RF,四极杆质量分析器的 优点,四极杆质量分析器通常与,EI,、,ESI,源联接,1,、能容忍相对低的真空度(约,10x10,Torr,),2,、,m/z,可达,3000,,,ESI,离子源产生的多电荷生物分子离子,m/z,正好多在,3000,以内。,3,、开销低廉。,B,、离子阱质量分析器,三维的四极杆,,RF,加在环形电极上。,环形电极,离子阱质量分析器,三维的四极杆,,RF,加在环形电极上。,C,、飞行时间质量分析器,Time-of-Flight Analyzer,离子的,E,=UZ=mv,飞行时间,t,=,t,=const,L,v,m,z,反射飞行时间质量分析器,(RETOF-MS),U,ref,TOF,对真空度的要求非常高,10,Torr,MALDI,源,一般同时,联接,Time-of-Flight Analyzer,和,RETOF,D,、傅立叶回旋共振质量分析器,fourier,Transform-Ion Cyclotron Resonance,质量精度最高,达,0,。,001,几种质量分析器的比较,第三节:质量分析器的串联,目的:碰撞诱导产生碎片离子,进行结构解析,Collision-induced,dissociation(CID,),Ion source ion daughter ion,granddaughter ion,选择离子,M,S,CID,MS/MS,CID,MS/MS/MS,空间串联质谱仪,A,、串联四极杆(三级四极杆),triple-,Quadrupole,Analyzer,Q,为过滤单元,Q,为碰撞单元,Q,为分析单元,几种检测方式,1,、,MS,方式:,所有离子通过,Q,Q,Q,到达检测器。,2,、,MS/MS,方式:,Q,作为分析器选择母离子,(,前体离子),,Q,作为碰撞室产生子离子,子离子由,Q,分析。,3,、,MS,方式:,三级四极杆的几种扫描模式,1,、子离子扫描模式:即,MS/MS,。,2,、前体离子扫描模式:,Q,依次将所有离子输入,Q,碰撞解离,,Q,设定一个特定子离子值,只检测此特定子离子,,Q,与,Q,联接,当检测器检测到子离子时,质谱仪记录的是,Q,中的子离子值,质谱图显示的是所有产生相同子离子的母离子。,3,、中性丢失扫描:,Q,扫描与,Q,有一特定质量差异的子离子,谱图显示的是所有特定中性分子丢失的母离子。,B,、三级四极杆,飞行时间,质谱仪,Quadrupole,time of flight,C,、,飞行时间飞行时间,质谱仪,Time-of-flight/time-of-flight,时间串联,质谱仪,A,、离子阱质谱仪:,B,、傅立叶回旋共振质谱仪,Fourier transform-ion cyclotron resonance,离子进入共振腔后,通过调控,RF,,选择特定的母离子留在腔内,再引入惰性碰撞气体碰撞,产生碎片,并检测碎片离子,这一过程不断重复至,MS,。,几种串联,质谱优缺点对比,优点,缺点,三级四极杆,质量精度高,分辨率好,碰撞能量低,碎片不完全。,RTOF,价廉,前体离子选择困难,子离子分辨率低。,FT,MS,质量精度最高,,子离子分辨率好,,非常适合多级,质谱,低能量碰撞,需超导磁体,,价高。,离子阱,相对价廉,,质量精度高,分辨率好,,适合多级,质谱,低能量碰撞,Q,TOF,质量精度高,分辨率好,前体离子选择性好,,E,SI,、,MA,L,D,I,均可接。,需高真空,,价高。,第四章 检测器,一、电子倍增检测器:,真空度低,表面易污染,寿命一般,1,2,年。,二、光电转换倍增器(闪烁计数器),电子发射撞击荧光屏,荧光屏发射光子由光子放大器检测。光子放大器密封在容器中,光子可穿过密封玻璃,避免表面污染,寿命为,5,年。,三、,H,E,D(High-Energy Dynode Detector),在离子倍增器前加一个加速静电场,离子加速 后产生更多的二级电子引发电子雪崩,灵敏度更高。,四、,FT-MS,FT-MS,本身就是一个检测器,因为离子诱导产生的可检测电流与,m/z,有关。,第五章、质谱在生物学中的应用,一、肽质量指纹谱鉴定蛋白。,二、串联质谱鉴定蛋白技术,The nomenclature of the common peptide fragment ions,developed by,Roepstorff,and,Fohlman,The proposed mechanism of formation of b and y-type ions,三、肽序列标签技术,通过测部分氨基酸序列,结合此序列前后的离子质量和肽段母离子质量进行数据库检索,称为肽序列标签技术。,四、,O,标记从头测序技术,蛋白酶解时,酶解液中,H,2,O,和,H,2,O,各占,50,,,酶解后肽段的羧基端上的羟基氧,O/ O,丰度比,1,:,1,,使,Y,型离子系列的,M+2/M,同位素峰的丰度高于正常未标记,O,的离子的同位素丰度比。,18,18,16,18,16,18,五、磷酸化蛋白质的鉴定,A,:,MA,结合磷酸酶水解,磷酸化蛋白,MS,蛋白酶水解,MS,磷酸酶脱,HPO,3,MS,通过比较几级质谱图,比较质量数少,80,Da,或,80,倍数的肽段。,B,、串联质,谱进行母离子、中性丢失 扫描,分析含,H,PO,3,的,肽段产生的特征离子,直接从混合肽段中找出磷酸化肽段。,C,、,PRD-,MA,LDI-,M,S,用源后衰变技术寻找质量数少,80Da,或,98Da,的,肽段来判断磷酸肽。,D,、用,IMAC,技术分离,/,富集磷酸,肽对比前后质谱变化寻找磷酸肽。,IMAC,immobilized metal affinity,固相金属亲和色谱。,IMAC,对磷酸肽有高选择结合能力,,富集后用高,P,H,或磷酸盐洗脱后测,质谱。,E,、磷酸化位点的确定,找到,磷酸,肽后,串联质谱子离子扫描模式对,磷酸,肽进行序列分析。,F,、磷酸化定量分析,1,、,N,稳定同位素标记法:,N,培养基,14,15,N,培养基,14,2,、同位素亲和标记法,细胞池,1,细胞池,2,混合,消除氘,消除氢,亲和纯化,酶解,MS,磷酸肽或磷酸化蛋白在缄性环境下发生,消除,同时用亲核试剂攻击形成的双键并发生加成反应,,亲核试剂一种为氘原子、一种为氢原子,再接上一个亲和标签(如生物素,biotin,),混合,酶解,提取含,biotin,的肽段进行,MS,检测。,六、糖基化蛋白的鉴定,A,、用糖甙内切酶切断糖链与蛋白链间的糖甘键,将反应前后的质,谱图比较,可知糖,链的平均质量。,B,、,糖基化位点的确定,先用蛋白酶酶解成含糖链和不含糖链的肽段,获得其肽质量指纹谱,再用糖苷内切酶切除糖链,其肽质量指纹谱将发生变化,含糖肽段发生丢失位移,通过网上数据库检索其序列,找到位点。,C,、用凝集素直接提取含糖,肽段,再结合质谱技术分析,凝集素对含糖,肽段有专一亲和性,七、质谱在蛋白质组学中的应用,A,、稳定同位素代谢标记技术。前面已介绍,B,、同位素亲和标签技术,ICAT,专一与,Cys,共价结合,优缺点,优点,1,、兼容分析任何条件下的体液、细胞、组织中的绝大部分蛋白。,2,、烷化反应在盐、去垢剂,/,稳定剂(如,SDS,、尿素盐酸胍等)存在下都可进行。,3,、只分析含,Cys,残基的肽段,降低分析复杂性。,缺点,ICAT,本身分子量较大(,500,Da,左右)增加数据检索复杂性。,无法分析不含,Cys,的蛋白。,Why 2D LC/MS?,可鉴定极端具有,pI,、疏水性、分子量的蛋白质,适合膜蛋白,重复性好,容易自动化,上样量大,高灵敏度(溶液酶切),可根据样品灵活配置(但最后一维一般为,RP,),Then why,SCX,/RP/MS?,SCX,和,RP,的分离原理是互补的,SCX,按荷电情况,,PR,按疏水性,流动相是兼容的,pH,3,,,ACN/water/salt,SCX,流动相中的盐可以在,RP,时有效去除,Tryptic,peptides,在,SCX,柱上可以有效保留,Tryptic,peptides,在,SCX,条件下是稳定的,Separation power,Peak capacities,2DE,500 - 10,000 protein spots,Affinity Chromatography,2,Ion exchange Chromatography,10protein level,Gelfiltration,10,Reversed Phase Chromatography,50,Ion Exchange Chromatography,25,Reversed Phase Chromatography,100peptide level,2DLC (IEX/RPC),2,500,Linear IT,MS,n,18,000 mph*,*,measurements per hour,(7) Sample Considerations for LC/MS,样品的要求,The,Analyte,Must Have,Ionizable,Groups,Amines,Carboxylic Acids,Ketones,Aldehydes,For Best Sensitivity, Work at a pH Where,the,Analyte,is Ionized,Neutral to basic pH (7-9) for acids,Acidic pH (3-4) for bases,Sample Considerations for LC/MS,Positive Ion Mode,Analyte,= (M+H),+,Negative Ion Mode,Analyte,= (M-H),Basic Compound ,Sensitive in Positive Ion Mode,Acidic Compound ,Sensitive in Negative Ion Mode,MS/MS,MS,Gel,Gel spot,Proteolytic,peptides,Mixture,of Proteins,Digestion,Proteolytic,peptides,Digestion,LC,Protein Identification Workflows,Peak Finding,Peak list,Search of a Sequence Collection,Identified and Proteins,Protein Candidates,Significance Testing,Protein Function?,Sequence Similarity Search,RPC,IEX,RPC trap,RPC trap,on-line elution by salt plugs to trap column,IEX,off-line gradient elution,with “classical”fraction collection,RPC,2D LC,的三种配置形式,IEX,RPC,in-line,MudPIT,on-line 2D-LC,优点,全自动,样品体积可根据后续,RPC,调整,在线脱盐、浓缩,自由选择缓冲盐,缺点,SCX,峰容量有限,ACN,浓度在,IEX,和,RPC,得一致,两相分离都没能在最佳状态下进行,RPC,IEX,RPC trap,RPC trap,off-line SCX with fraction collection,优点,两维分离都有可能在最佳状态下进行,得到最好分辨率和峰容量,可自由选择缓冲体系,样品体积可根据后续,RPC,调整,速度快(只需一个,SCX,操作),SCX,馏份可留待以后分析,(ESI,和,MALDI,均可),缺点,自动化程度低,IEX,Gradient elution,with “classical”fraction collection,RPC,The secret behind sensitivity,Reducing column dimensions,75 m I.D. columns and 200,nl,/min are the standard today,scale,column I.D.,column volume,typical flow rate,gain in,m,(100 mm length) ,l,l/min,sensitivity,analytical,4.600,1.700,1.000,1,narrow,2.100,350,200,5,micro,1.000,80,40,21,capillary,300,7,4,237,nano,75,0.5,0.2,3.322,75 m I.D. columns and 200,nl,/min are the standard today,Data dependent MS/MS,基本原则,先做一次全扫描(,full MS),,记录个丰度最高的离子,然后依次对这,X,个离子进行,CID,做,MS/,MS(full,MS2),然后再做全扫描,下一个,data dependent MS/MS,开始,Dynamic exclusion,某个离子在做了一定次数(比如,2,次)的,MS/MS,后,将在一定时间内(比如,3min,)不再作为侯选离子。,碎片离子的命名,Residue name (A-Z) monoisotopic massaverage mass,A71.03711 71.0788,B114.53493114.59625,C103.00919103.1388,D115.02694115.0886,E129.04259129.1155,F147.06841147.1766,G57.02146 57.0520,H137.05891137.1412,I113.08406113.1595,J0.00.0,K128.09496128.1742,L113.08406113.1595,M131.04049131.1925,N114.04293114.1039,O0.00.0,P97.05276 97.1167,Q128.05858128.1308,R156.10111156.1876,S87.0320387.0782,T101.04768101.1051,U150.95364150.034,V99.06841 99.1326,W186.07931186.2133,X111.0111.0,Y163.06333163.1760,Z128.55059128.62315,氨基酸残基质量,ESI-MS/MS,vs,MALDI-MS/MS,why LTQ/LCQ type instrument so popular in proteomics?,主要特点,1, 能做高通量、复杂体系的蛋白质鉴定,通量约为每小时鉴定,100,200,个蛋白。,2, 动态范围宽,能在混有大量高丰度蛋白的体系中,鉴定出痕量的低丰度蛋白。,3,如数据库中检索不到结果,可自动进行,de novo,的测序。,4,集成,ICAT,或其它同位素标记的蛋白定量方法。,5, 能测定多种翻译后修饰(如:磷酸化、糖基化等)的个数和位点。,6, 能够测定寡核苷酸序列。,7, 能够解析蛋白的一些共价和非共价的相互作用。,8,能够表征药物、天然产物等的结构,推测其断裂机理,进行药物代谢研究。,9,对化合物进行精确定量分析。,10,灵敏度高达,fmol,级,分辨率高,可进行超高分辨扫描。,Why,nanospray,提高灵敏度,Protocol for a Keratin-Free Environment,1) Perform as much work as possible in a biological safety cabinet (,BSC)or,laminar flow hood,2) Assume that everything in the environment is a potential source,ofkeratins,. This includes,microfuge,tubes, pipette tips,reagentcontainers,and reagents therein, exposed skin, etc.,Thoroughly wipe down the inside of the BSC (or laminar flow hood) with,water and ethanol before use.,Wipe down all containers and apparatus before placing them in the BSC.,Store all reagents and as much of the required apparatus and supplies,and as possible in the BSC.,Never place previously opened bags or boxes of supplies in the BSC.,Perform as much reagent preparation as possible in the BSC and limit,exposure of reagents to open laboratory environment as much as possible.,Handle all materials with,nitrile,or vinyl gloves and a wear clean-room,lab coat, and sleeve protectors if necessary.,Never use latex gloves or tubing.,送样要求:,1.,用于,MALDI-TOF-MS,检测的样品,多肽类样品的浓度:大于,50fmol/L,;分子量大于,10000Da,的蛋白:浓度需大于,50pmol/L,;客户应提供样品不低于,10ul,,对于成分复杂的样品送样量应该加大。,2.,用于,LC/MS,检测的样品,客户应提供浓度在,1pmol/ul,的样品,10ul,左右,对于成分复杂的样品送样量应该加大;,客户提供的样品溶液中,一定不能含有不挥发性盐;客户应提供样品的可能结构,分子量大概范围,样品浓度,是否可能为新蛋白等样品信息。,3.,蛋白酶解样,.,4.,样品要离心过滤,.,5.,药品来源、酶的类型等情况写清楚,.,送样程序,1.,电话联系预约,咨询送样要求,.,2.,按要求处理样品,.,3.,送样检测,.,联系电话,:3600425,
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