白血病突变组分析基因突变筛查陆道培血液肿瘤中心刘红星

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,We,Promote the Applications & Innovations of Molecular Hematology,白血病突变组分析（,mutaome,）暨基因突变筛查项目介绍,陆道培血液,肿瘤中心 分子诊断室 刘红星,2012-9-28,陆道培血液,肿瘤中心 院内报告,肿瘤突变组（,mutaome,）,于,2012,年,8,月陆道培血液,肿瘤中心主办的血液病诊断和治疗研讨会上,首次提出“突变组”的概念,每一个肿瘤细胞都是多种基因突变积累的结果,在特定的患者、特定时间，其肿瘤细胞携带的突变组合不同,不同的突变组合决定了每个,患者独特的,发病过程、病理生理学表现、治疗反应和病情,发展,有明确意义的基因突变越来越多被鉴定,全面了解肿瘤基因突变情况,更精细地诊断分型、评估预后、制定个体化治疗方案,基因突变筛查是经济有效的方法,常见的肿瘤基因异常类型,融合基因：,染色体宏观结构异常,基因突变：,单个或多个碱基异常,GT,JAK2 V617F,基因表达,异常,：,原癌基因,活化或抑癌基因,失活，,WT1,等,白血病分子诊断应用现状和展望,融合基因,历史：发现染色体易位,鉴定融合基因,转录组测序,将发现更多隐匿性易位或微缺失形成的融合基因,基因突变,传统方法不易发现，目前鉴定较少,肿瘤外显子组测序大大促进了肿瘤基因突变的鉴定,原癌基因,正常组织器官也可能表达，特异性和灵敏性的问题,Translocation,肿瘤的,N,次打击和克隆演变,Michael R. Stratton et. al, NATURE, Vol 458, 9 April 2009,每个肿瘤都是基因变异的团伙在犯罪,主犯,JAK2,、,MPL,、,CEBPA,、,NPM1,等突变,帮凶,KIT,、,FLT3,、,DNMT3A,、,TET2,、,P53,等突变,从犯,原癌基因,活化：,WT1,、,HOX11,不明,真相的参与者,PIGA,等,突变,过客突变,无功能的突变。我只是来打酱油的。,不同突变在肿瘤发生中的作用不同,信号,传导,NRAS,、,KRAS,、,PTPN11,、,CBL,、,JAK2,、,MPL,。,转录因子,RUNX1,、,ETV6,。,表观遗传学,TET2,、,DNMT3A,、,IDH1,、,IDH2,、,ASXL,、,EZH2,。,转录剪接,SF3B1,、,SRSF2,、,U2AF1,。,抑癌基因失活、基因修复缺陷,TP53,、,FA,相关基因突变。,免疫监视缺陷,HLA,缺失、,PRF1,突变。,肿瘤突变组分析临床应用的范例,97.3%,的,AML,患者携带其中一种或以上的基因突变,预后差：,FLT3-ITD,、,MLL-PTD,、,ASXL1,、,PHF6,预后好：,CEBPA,、,IDH2,、,NPM1,伴,IDH1/IDH2,突变,伴,DNMT3A,、,NPM1,突变、,MLL,易位患者，采用大剂量的柔红霉素治疗可提高生存率,Prognostic Relevance of Integrated Genetic Profiling in Acute Myeloid Leukemia,Jay P. Patel, et al., N Engl J Med 2012;366:1079-89,MPN,中常见的基因突变,MDS,中常见的基因突变,不同类型白血病间的分子克隆演变,肿瘤突变组分析临床应用,的,意义,只,根据一种融合基因分类的患者仍有异质性,AML1-ETO,VS. AML1-ETO+KIT,突变,只检测一种突变也是不够的,NPM1 VS. FLT3,VS.,NPM1+FLT3,新的突变,出现可预示,临床进展,急变、耐药,等,对肿瘤突变组的全面了解有助于指导,个体化治疗,分子诊断的发展趋势及挑战,Lucy A. Godley, DOI:0.1056/NEJMe1200409,分子诊断临床应用遇到的问题,临床医师如何认识新发现的基因突变的意义？,实验室如果向临床医师推荐新的项目？,如何提高突变的检测灵敏度？,如何降低检测费用？提高发现分子标记的速度？,我们的解决方案,-,基因突变筛查,AML,基因突变筛查（,11,种）,CEBPA,；,DNMT3A,；,FLT3-ITD/TKD,；,IDH1,；,IDH2,；,KIT,；,KRAS,；,NPM1,；,NRAS,；,TET2,；,WT1,ALL,基因突变筛查（,11,种）,FBXW7,；,FLT3,；,KRAS,；,IKZF1,；,JAK1,；,JAK2,；,NOTCH1,；,NRAS,；,PAX5,；,PHF6,；,MLL-PTD,MPN,基因突变筛查（,7,种）,IDH1,；,IDH2,；,JAK2,；,KIT,；,MPL,；,SH2B3(LNK),；,TET2,MDS,基因突变筛查（,8,种）,DNMT3A,；,IDH1,；,IDH2,；,JAK2,；,MPL,；,SF3B1,；,SRSF2,；,TET2,不远的将来：高通量基因测序的应用,降低单位检测成本,加入更多的检测内容,外显子组突变分析，,真正的肿瘤,“全突变组”分析成为可能,深度测序,突变,MRD,监测,IG,、,TCR,免疫组库分析,基因突变筛查的特点和意义,同一患者可能同时存在多种基因突变,可与融合基因或其它基因突变同时存在,同一患者的同一基因可能存在不同的突变,克隆性判断；诊断分型；预后判断；个体化用药,基因突变在疾病发展过程中可能会变化,FLT3,、,IKZF1,等，与疾病进展有关,目前大多数基因突变作为,MRD,监测指标有困难,用高通量测序进行深度测序分析可帮助实现,可以用初诊时的石蜡、涂片标本回顾性分析,帮助选择合适的治疗方案、评估预后等,病例,男，,30,岁，形态学为,M1,型，柔红霉素,+,阿糖胞苷化疗一疗程后,NPM1,突变阳性 定量,42.15%,FLT3,突变阳性,31,种融合基因阴性，,HOX11,表达阳性,形态学证明未缓解，从当地医院转某大医院治疗,白血病分子诊断的建议,初诊患者,骨髓或,外周血,标本，融合基因筛查、基因突变筛查,后续根据融合基因、基因突变结果定点监测,外地治疗后来诊患者,肿瘤细胞,30%,：,骨髓或外周血标本，融合基因,筛查、基因突变筛查,肿瘤细胞,30%,：,骨髓或外周血标本，,融合基因筛查；,初诊时骨髓片、病理组织、,DNA,标本，基因突变筛查,后续根据融合基因、基因突变结果定点,监测,出现,全面,复发,或,疾病类型转化时,基因突变筛查，需要时做融合基因筛查,基因突变筛查方案的关键技术,操作便利性、效率、成本控制,高性能的基因工程改造的聚合酶,同一的反应条件、,多重,PCR,、巢式,PCR,提高效率、防污染控制、节省标本、保证成功率,通用测序引物的使用,减少测序的工作量、简化操作,片段长度控制,兼容二代测序，特别设计的测序引物,测序结果分析,致谢,分子诊断室：,王芳、滕文、王岩、牛倩、王旭、郭磊、王昊、樊江燕、管少帅、王绵绵、尹青,检验科其它实验室和临床协作,其它协作医院,Email:,新浪微博：陆道培血液肿瘤中心刘红星,谢谢大家！欢迎提问！,