新一代分子诊断技术在肿瘤精准医学中应用课件

新一代分子诊断技术在肿瘤精准医学中应用新一代分子诊断技术在肿瘤精准医学中应用新一代分子诊断技术在肿1精准医学（肿瘤领域）检测方案设计和质控精准医学（肿瘤领域）检测方案设计和质控基于新一代测序（基于新一代测序（NGS）的肿瘤精）的肿瘤精准医学检测产品设计准医学检测产品设计全球多中心数据整合和数据质控全球多中心数据整合和数据质控2精准医学（肿瘤领域）检测方案设计和质控2新一代测序平台互补融合性新一代测序平台互补融合性不同测序仪平台可以使用不同基因富集方法PCR捕获PCR捕获IonIonIlluminaIllumina3新一代测序平台互补融合性不同测序仪平台可以使用不同基因富集方基因变异类型检测基因变异类型检测 I：突变：突变基因全长（全外显子）的所有点突变影响因素：基因富集覆盖度（90%）影响因素：测序深度（200X）报告中的突变%灵敏度：1%4基因变异类型检测 I：突变基因全长（全外显子）的所有点突变4临床研究发现癌组织中临床研究发现癌组织中CNV及及Mutation共存共存肿瘤分型新概念肿瘤分型新概念（C型肿瘤，型肿瘤，M型肿瘤）型肿瘤）2015年年CSCO年会厦门年会厦门 基因变异类型检测基因变异类型检测 II：拷贝数变异：拷贝数变异（Copy Number Variation,CNV）5临床研究发现癌组织中CNV及Mutation共存肿瘤分基因变异类型检测基因变异类型检测 III：融合基因：融合基因NGS检测融合基因RNA转录混合法NCI-MATCH Sample Test -Oncomine Comprehensive Panel6基因变异类型检测 III：融合基因NGS检测融合基因NCI-肿瘤发病机制学说肿瘤发病机制学说肿瘤的器官发生学说肿瘤的血液发生学说肿瘤的泛感染发生学说泛感染发生学说及诊疗进展50例接受缬更昔洛韦（Valcyte）治疗的胶质母细胞瘤患者2年生存率为62%，对照组为18%（P0.001）。治疗周期长的亚组预后更好，2年生存率可达70%和90%上海xx医院使用xxx抗病毒药物治疗xxx瘤获得突破性进展N Engl J Med 2013 Sep 5;369(10):985-67肿瘤发病机制学说肿瘤的器官发生学说N Engl J Med基于基于iFISH-CTC技术的单细胞测序临床应用技术的单细胞测序临床应用肿瘤早期检测肿瘤早期检测肿瘤个体化诊疗方案肿瘤个体化诊疗方案8基于iFISH-CTC技术的单细胞测序临床应用8iFISH-CTC技术技术助力肿瘤精准医学研究助力肿瘤精准医学研究9iFISH-CTC技术9肿瘤早期肿瘤早期iFISH-CTC检测数据检测数据（2014.1-2015.8）5363例统计癌种癌种灵敏度灵敏度乳腺癌95.93%结直肠癌93.18%肝癌81%胰腺癌97.73%肺癌91.67%胃癌92.59%甲状腺癌87%食管癌81.8%10肿瘤早期iFISH-CTC检测数据（2014.1-2015年年CSCO年会厦门年会厦门 癌症早期筛查受检者信息检测路径病理检查病理检查结果：低分化腺癌结果：低分化腺癌手术切除腺癌手术切除腺癌112015年CSCO年会厦门 癌症早期筛查受检者信息检测路径肿瘤早期综合检测及预防案例肿瘤早期综合检测及预防案例 -福建福建x州州xx医院医院循环肿瘤细胞检测循环肿瘤细胞检测体内存在肿瘤细胞提示癌组织特征提示癌组织特征及用药指导及用药指导发现22个肿瘤细胞影像学显示右肺弥影像学显示右肺弥漫状阴影漫状阴影（纤维化（纤维化/癌变）癌变）激光显微切割激光显微切割单个单个CTC肿瘤细肿瘤细胞胞单细胞全基因组单细胞全基因组测序分析测序分析12345定期随访和复查定期随访和复查6癌标癌标NSE：72.6（99%每份样本测序深度每份样本测序深度10000X19靶向基因捕获技术（设计报告）xxx个基因外显子及重点区域16-phaseselectorMethod description:Phase 2:max coverage “For each exon with SNVs covering 5 patients in LUAD and SCC,we selected the exon with highest RI that identified at least 1 new patient when compared to the prior phase.”originalpaperData required:TCGA maf files(somatic mutation)236-phase selectorMethod descrip6-phaseselectorMethod description:Phase 3:RI=30&=3patients “For each remaining exon with an RI 30 and with SNVs covering 3 patients in LUAD and SCC,we identified the exon that would result in the largest reduction in patients with only 1 SNV.”originalpaperData required:TCGAmaffiles(somaticmutation)246-phase selectorMethod descrip6-phaseselectorMethod description:Phase 4:RI=20&=3patients “Same procedure as phase 3,but using RI 20.”originalpaperData required:TCGAmaffiles(somaticmutation)256-phase selectorMethod descrip6-phaseselectorMethod description:Phase 5:Predicted drivers “We included all exons from additional genes previously predicted to harbor driver mutations in NSCLC.”originalpaperData required:predicteddrivergeneinHCC(frompublication,15genesinreference paper)266-phase selectorMethod descrip6-phaseselectorMethod description:Phase 6:Add fusions “For recurrent rearrangements in NSCLC involving the receptor tyrosine kinases ALK,ROS1,and RET,the introns most frequently implicated in the fusion event and the flanking exons were included.”originalpaperNot included(not under our consideration by far).276-phase selectorMethod descripResultsThispanelincludes:604genes(notnecessarilyhaveallexonsofthisgeneincludedinpanel)782exons120.1kbintotal,154bpperexon202patientsintotal199patientscoveredbythispanel199(99%),181(90%),158(78%)patientswithatleast1,2,3SNVsMeanRIis22.67(RecurrenceIndex,thehigherthisnumberthemorechanceaSNVisfoundinpatients)RIis2.23,68.85,38.47,23.52,1.04forphase1,2,3,4,528ResultsThis panel includes:28Resultsshownbyfigures29Results shown by figures293030Inoriginalpaperthetotalpatientnumberis407,forusthisnumberisonly202.3131Fig1bFromoriginalpaper32Fig1b From original paper32Datasummary33Data summary33Thank You世界触手可及世界触手可及携手共携手共进，齐创精品工程精品工程ThankYou世界触手可及携手共进，齐创精品工程34