文摘索引型数据库课件

大家好大家好李春英李春英北京大学医学图书馆北京大学医学图书馆20172017年年1 1月月文摘索引文摘索引 型数据库检索与利用型数据库检索与利用内容提要内容提要文摘库概述文摘库概述PubMed文摘索引型数据文摘索引型数据库概述概述报道和揭示文献的外部特征（题名、著者、出处、报道和揭示文献的外部特征（题名、著者、出处、卷期、页码、时间、文献类型、语种），同时对文卷期、页码、时间、文献类型、语种），同时对文献的内容进行摘要性描述的检索工具。献的内容进行摘要性描述的检索工具。文摘报道和揭示的一般是单篇文章文摘报道和揭示的一般是单篇文章生物医学生物医学领域中外文摘索引数据域中外文摘索引数据库美国全科医学文献数据美国全科医学文献数据库(Medline)荷荷兰医学文摘数据医学文摘数据库(Embase)美国生物学文摘数据美国生物学文摘数据库(BIOSIS Previews)美国化学文摘数据美国化学文摘数据库(SciFinder)美国科学引文索引数据美国科学引文索引数据库（SCI）中国生物医学文献数据中国生物医学文献数据库（CBM）中文生物医学期刊文献数据中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）文摘索引数据文摘索引数据库特点特点提供原文的摘要信息提供原文的摘要信息摘要信息包括：题目、作者、刊名，或同论文相关摘要信息包括：题目、作者、刊名，或同论文相关信息信息数据量大，文献类型多、信息量大数据量大，文献类型多、信息量大收录文献回溯年代长收录文献回溯年代长收录文献期刊种类多收录文献期刊种类多出版形式多样出版形式多样文摘索引数据文摘索引数据库使用情况使用情况文摘数据库的作用文摘数据库的作用1.1.可了解和把握某课题领域研究动态和研究现状可了解和把握某课题领域研究动态和研究现状2.2.找到全文的重要和必要线索找到全文的重要和必要线索3.3.判断自己课题的新颖性判断自己课题的新颖性4.4.对不熟悉的语种文章，看英文摘要即可对不熟悉的语种文章，看英文摘要即可5.5.科研评价科研评价（学位）论文选题、开题、课题查新时文献调研的重要途径（学位）论文选题、开题、课题查新时文献调研的重要途径文摘索引数据文摘索引数据库掌握要掌握要领1.1.数据库的概况数据库的概况2.2.数据库的结构数据库的结构3.3.数据库的检索界面数据库的检索界面4.4.数据库的检索技巧与方法数据库的检索技巧与方法PubMed数据库主要内容主要内容1.1.数据库概况数据库概况2.2.数据库检索机制数据库检索机制3.3.数据库的组成结构数据库的组成结构4.4.检索界面检索界面5.5.检索方法与技巧检索方法与技巧PubMed概况概况1.1.创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心技术信息中心(NCBI)(NCBI)2.2.类型：类型：WebWeb数据库数据库3.3.网址：网址：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmedhttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed4.4.特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。免费获得全文。5.5.学科范围：生物医学、生命科学、行为科学、学科范围：生物医学、生命科学、行为科学、生物工程、化学等学科。生物工程、化学等学科。6.6.与与MedlineMedline光盘数据库的区别：检索机制、检索光盘数据库的区别：检索机制、检索界面、检索方法以及收录文献数量不同。界面、检索方法以及收录文献数量不同。PubMed数据来源数据来源1.MEDLINE：包括OLDMEDLINE 2.In Process Citations：每天收录，尚未经规范处理的数据。3.Publisher-Supplied Citations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有PubMed-as supplied by Publisher。PubMed检索机制索机制1自动截词转换匹配功能自动截词转换匹配功能(Automatic Term Mapping)对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表(MeSH translation table)、期刊刊名表(Journal translation table)、全体作者表(Full author translation table)、作者索引(Author Index)、全体调查者表(Full investigator translation table)、调查者索引(Investigator Index)。如果在以上6个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。2短语检索短语检索(Phrase Searching)也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“”将其引起来。如：“drug therapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。1.1.逻辑运算符：逻辑运算符：逻辑与：逻辑与：ANDAND，逻辑或：，逻辑或：OROR，逻辑非：，逻辑非：NOTNOT。当一。当一个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。从左至右，括号可以改变运算顺序。2.2.截词符：截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符，一个截词符，chem*chem*表示用词根进行检索。表示用词根进行检索。Heart attack*Heart attack*会关闭自动转换匹配检索词，会关闭自动转换匹配检索词，myocardialmyocardial infarction,infarction,myocardial stunning,myocardial stunning,shockshock等词等词 3.3.双引号：双引号：“”“”，表示对引号中的短语进行检索。，表示对引号中的短语进行检索。4.4.检索字段标识符：检索字段标识符：tagtag，tagtag为字段名称。为字段名称。titi，auau，tata，soso，lala，ptpt。PubMed检索运算符索运算符常用字段常用字段组成成标识符标识符 字段名称字段名称TI TitleTI TitleAU AuthorAU AuthorAD AffiliationAD AffiliationAB AbstractAB AbstractDP Publication DateDP Publication DateEDAT Entrez DateEDAT Entrez DateSO SourceSO SourceTA Journal Title TA Journal Title AbbreviationAbbreviationMH MeSH TermsMH MeSH TermsPT Publication TypePT Publication Type 检索界面索界面基本检索基本检索高级检索高级检索MeSHMeSH DatabaseDatabase检索检索限定检索限定检索期刊查询期刊查询(Journals Databases )(Journals Databases )引文匹配器引文匹配器(Citation Matcher)(Citation Matcher)临床查询临床查询(Clinical Queries)(Clinical Queries)打开搜狗浏览器打开搜狗浏览器用户名：用户名：jf20120001密码：密码：123456PubMed检索方法索方法1.基本检索：在基本检索界面下完成的检索方法2.高级检索：高级检索界面下进行的检索方法3.MeSH Database检索：MeSH主题词界面下进行的检索方法基本基本检索索基本基本检索索1.1.关键词、词关键词、词(词组词组)或短语：或短语：2.2.作者：作者：Smith JS Smith JS 或或 SmithauSmithau3.3.期刊刊名：期刊刊名：GENE THERAPYTAGENE THERAPYTA，JAMATAJAMATA4.4.截词：截词：CHEMO*CHEMO*5.5.复杂表达式：复杂表达式：CANCER AND THERAPYCANCER AND THERAPY6.#1 AND#26.#1 AND#2 艾滋病的艾滋病的药物治物治疗Aids drug therapySearch details检索索过程程(acquired immunodeficiency syndromeMeSH Terms OR(acquiredAll Fields AND immunodeficiencyAll Fields AND syndromeAll Fields)OR acquired immunodeficiency syndromeAll Fields OR aidsAll Fields)(drug therapySubheading OR(drugAll Fields AND therapyAll Fields)OR drug therapyAll Fields OR drug therapyMeSH Terms OR(drugAll Fields AND therapyAll Fields)修改后的修改后的检索索结果果高高级检索索高高级检索索MeSH Database检索索输入查找的主题词Aids drug therapy主主题词注注释树状状结构表构表款目款目词检索步骤查看看检索索历史史限定限定检索索1.1.限制检索或条件检索：限制检索或条件检索：LimitsLimits(1)(1)日日期期：Date Date of of publicationDPpublicationDP原原始始文文献献出出版版日日期期；Entrez Entrez DateEDATDateEDAT文文献献首首次次录录入入PubMedPubMed日日期期；MeSH MeSH DateMHDADateMHDA文献被文献被MeSHMeSH词条标引日期。词条标引日期。(2)(2)地址：单个词加标识符地址：单个词加标识符adad(3)(3)带有摘要文献的检索带有摘要文献的检索 ：CANCER AND hasabstract CANCER AND hasabstract(4)(4)数数据据库库子子集集的的限限定定：特特殊殊主主题题的的检检索索 AMERICAN AMERICAN AND AND history sb history sb 2.2.限定检索结束后，及时取消限定条件限定检索结束后，及时取消限定条件 限定限定检索索限定限定检索索点击取消PubMed几种几种检索方法的索方法的选择l基本检索基本检索l高级检索高级检索lMeSHMeSH DatabaseDatabase检索检索举例：儿童哮喘的例：儿童哮喘的药物治物治疗方面文献方面文献基本检索基本检索 1.1.检索表达式：检索表达式：children asthma drug children asthma drug therapytherapy2.2.直接输入检索框中，进行检索直接输入检索框中，进行检索检索索过程（程（Search details）(childMeSH Terms OR childAll Fields(childMeSH Terms OR childAll Fields OR childrenAll Fields)OR childrenAll Fields)AND AND (asthmaMeSH Terms OR asthmaAll(asthmaMeSH Terms OR asthmaAll Fields)ANDFields)AND (drug therapySubheading OR(drugAll (drug therapySubheading OR(drugAll Fields AND therapyAll Fields)OR drug Fields AND therapyAll Fields)OR drug therapyAll Fields OR drug therapyMeSH therapyAll Fields OR drug therapyMeSH Terms OR(drugAll Fields AND Terms OR(drugAll Fields AND therapyAll Fields)therapyAll Fields)修改检索式：修改检索式：childMeSHchildMeSH Terms AND asthmaMeSHTerms AND asthmaMeSH Terms Terms AND drug therapySubheadingAND drug therapySubheading举例：儿童哮喘的例：儿童哮喘的药物治物治疗方面文献方面文献MeSHMeSH DatabaseDatabase检索检索1.1.确定主题词：确定主题词：child asthma child asthma drug therapy(drug therapy(副主副主题词题词)2.2.查找主题词查找主题词举例：儿童哮喘的例：儿童哮喘的药物治物治疗方面文献方面文献高级检索高级检索1.1.确定检索词：确定检索词：child asthma drug therapychild asthma drug therapy2.2.选择检索字段选择检索字段3.3.输入检索词输入检索词Journals Databases主题、刊名全称或缩写、主题、刊名全称或缩写、ISSN单篇文献匹配器篇文献匹配器临床咨床咨询特殊专题咨询检索索结果果显示显示保存保存打印打印显示格式示格式Summary(简要格式)Abstract（文摘格式）MEDLINE保存格式保存格式1.File(文件)2.Format（格式）检索策略的存索策略的存储和和调用用使用使用My NCBI(Cubby)My NCBI(Cubby)首先要登记注册首先要登记注册保存检索策略保存检索策略定期浏览新的检索结果定期浏览新的检索结果注册或登注册或登录个人个人帐号号注册后的功能注册后的功能保存、修改、删除检索式其它功能其它功能全文链接全文链接相关文献链接相关文献链接相关数据库的链接相关数据库的链接RSSRSS阅读器的使用阅读器的使用全文全文链接接全文全文链接接检索索练习1.检索有关检索有关“禽流感禽流感(bird flu)预防控制方面预防控制方面”的文献的文献2.检索微量元素缺乏检索微量元素缺乏(trace elements)与皮肤病与皮肤病(skin diseases)关系的文献（限英文综述）关系的文献（限英文综述）3.利巴韦林（利巴韦林（ribavirin）治疗）治疗SARS方面的综述文献方面的综述文献4.眼结核眼结核(ocular tuberculosis)引起失明引起失明(blindness)的的文献文献5.北京大学韩济生教授发表的英文文献北京大学韩济生教授发表的英文文献6.CANCER LETTERS期刊上查找有关基因治疗方面的期刊上查找有关基因治疗方面的文献文献1.检索索过程和步程和步骤2024/6/2576（1 1）分析课题，提炼出两个主题概念，并明确概念）分析课题，提炼出两个主题概念，并明确概念之间的相互关系如下：之间的相互关系如下：预防控制禽流感事物与特征的关系2024/6/2577（2 2）选择检索方式为叙词检索，在）选择检索方式为叙词检索，在PUBMEDPUBMED数据库中即为数据库中即为选择选择MeSHMeSH入口进行检索。入口进行检索。（3 3）编制检索策略。）编制检索策略。Influenza in Birds/prevention and controlInfluenza in Birds/prevention and control （禽流感（禽流感 /预防控制）预防控制）其中其中 主题词为：主题词为：Influenza in BirdsInfluenza in Birds（禽流感）（禽流感）副主题词为：副主题词为：prevention and control prevention and control（预防控（预防控制）制）2.检索索过程和步程和步骤2024/6/2578（1 1）分析课题，提炼出两个主题概念，并明确概念）分析课题，提炼出两个主题概念，并明确概念之间的相互关系如下；之间的相互关系如下；皮肤病微量元素缺乏因果关系 此外，课题还要求只要英文综述文献。综述英文+2024/6/2579（2 2）选择检索方式为叙词检索，在）选择检索方式为叙词检索，在PUBMEDPUBMED数据库中即为数据库中即为选择选择MeSHMeSH入口进行检索。入口进行检索。此外，此外，PUBMEDPUBMED数据库提供有检索结果滤镜数据库提供有检索结果滤镜（Result FiltersResult Filters），），可对检索结果按照可对检索结果按照不同不同分面进行分面进行显示显示，其中有按照文献语种、文献类型等分面的显示。，其中有按照文献语种、文献类型等分面的显示。2024/6/25792024/6/2580（3 3）编制检索策略。）编制检索策略。Trace Elements/deficiency Trace Elements/deficiency （痕量元素（痕量元素 /缺缺乏）乏）Skin Diseases/etiology Skin Diseases/etiology （皮肤疾病（皮肤疾病 /病因学）病因学）其中其中 主题词为：主题词为：Trace Elements Trace Elements、Skin Diseases Skin Diseases 副主题词为：副主题词为：deficiency deficiency、etiologyetiologyPubMed检索小索小结1.1.任何一项研究主题都有多个检索途径，要比较多任何一项研究主题都有多个检索途径，要比较多个检索途径的结果，那个更适合该项研究主题个检索途径的结果，那个更适合该项研究主题2.Search2.Search DetailsDetails描述检索过程描述检索过程3.3.*关闭自动转换匹配功能关闭自动转换匹配功能4.4.限定检索条件要及时关闭，否则会影响后续的检限定检索条件要及时关闭，否则会影响后续的检索结果索结果谢谢！谢谢！