PubMed使用攻略医学生必备

PubMed使用攻略医学生必备一、PubMedPubMed简介简介二、检索途径和方法二、检索途径和方法三、检索结果处理四、其他辅助检索四、其他辅助检索主要内容主要内容五、免费获取全文五、免费获取全文一、一、PubMed简介简介基本情况的由来的数据范围的数据范围的特点的特点主页主页一、一、PubMedPubMed简介简介基本情况PubMed是美国是美国NLM所属的国家生物技术信息所属的国家生物技术信息中心（中心（NCBI）开发的一个以开发的一个以Web方式向用户提方式向用户提供服务的生物医学文献检索系统，是继供服务的生物医学文献检索系统，是继MEDLINE数据库国际联机检索和光盘检索之后数据库国际联机检索和光盘检索之后推出的一种推出的一种网络免费网络免费检索方式。检索方式。|包括包括2,1002,100多万篇来自多万篇来自MEDLINEMEDLINE和其他生命和其他生命科学期刊的生物医学文献科学期刊的生物医学文献|最早可回溯到最早可回溯到19481948年年|提供部分全文和其他相关资源的链接提供部分全文和其他相关资源的链接一、一、PubMedPubMed简介简介一、一、PubMed简介简介的由来的由来 创创刊刊:最最早早可可以以追追溯溯到到1879年年美美国国NLM编编译译出出版版的的医医学学文文献献检检索索刊刊物物医医学学索索引引（Index Medicus,IM）。）。1964年年:为为了了实实现现IM的的自自动动化化编编辑辑出出版版，NLM开开发发了了“医医学学文文献献分分析析与与检检索索系系统统”（Medical Literature Analysis and Retrieval System,简称简称MEDLARS）.目前目前MEDLARS已拥有已拥有40多个数据库，其中多个数据库，其中最重要、最大、且发展最早的为最重要、最大、且发展最早的为MEDLINE(MEDLARS ON LINE)生物生物医学数据库医学数据库 1971年年:MEDLINE正式建成联机数据库，并正式建成联机数据库，并通过通过MEDLARS开展国际联机检索服务。开展国际联机检索服务。自自MEDLINE投入联机检索服务以来，一直成为投入联机检索服务以来，一直成为MEDLARS最大的使用频率最高的数据库。最大的使用频率最高的数据库。19831983年：随着光盘技术的发展，年：随着光盘技术的发展，MEDLINEMEDLINE光光盘数据库建成，并得到了广泛的应用。盘数据库建成，并得到了广泛的应用。19971997年年9 9月月2626日日，MEDLINEMEDLINE网络版开通，取网络版开通，取名名PubMedPubMed，并向全球免费开放。，并向全球免费开放。很多医务工作者宁可在每次检索时都花上很多医务工作者宁可在每次检索时都花上成倍的时间，却不愿花上几个小时去认真研究成倍的时间，却不愿花上几个小时去认真研究一下一下PubMedPubMed。君欲善其事，必先利其器君欲善其事，必先利其器，PubMedPubMed就好像一把功能强大的枪，你决不能仅就好像一把功能强大的枪，你决不能仅仅满足于知道扣动扳机就可以发射子弹，更重仅满足于知道扣动扳机就可以发射子弹，更重要的是，你要知道如何利用准星瞄准，要的是，你要知道如何利用准星瞄准，如何把如何把这把枪的功能发挥到及至。这把枪的功能发挥到及至。一、一、PubMed简介简介一、一、PubMed简介简介出版商提供的书目信息出版商提供的书目信息PreMedlineMEDLINE与与NCBI其它数据库的链接其它数据库的链接的数据范围的数据范围 3.1 MEDLINE基本情况基本情况出出 版版：美美 国国 国国 家家 医医 学学 图图 书书 馆馆（National Library of Medicine,NLM）。）。印刷版印刷版 1879联机版联机版 1971光盘版光盘版 1983网络版网络版 1997MEDLINEMEDLINE数据库简介数据库简介MEDLINE数据库简介数据库简介收录范围：收录收录范围：收录7538种（）种（）权威期刊，包含权威期刊，包含50种语言，涉及种语言，涉及70多个国家（其多个国家（其中中国中中国48种），约种），约40万篇万篇/年，已经累计年，已经累计2100余余万篇。内容涉及生物医学各个领域；万篇。内容涉及生物医学各个领域；85%原文为原文为英语。英语。回溯年代：回溯年代：1948年至今年至今每条记录标有每条记录标有indexed for MEDLIEN标记标记内容涵盖三种重要的纸本医学文献检索工内容涵盖三种重要的纸本医学文献检索工具：具：Index Medicus Index to dental Literature International Nursing Index学科范围：学科范围：基础生命科学基础生命科学临床生命科学临床生命科学 生物科学生物科学 解剖学解剖学组织学组织学化学与药物化学与药物心理学心理学社会医学社会医学农业农业 医技设备学医技设备学 医技工业学医技工业学 医学信息学医学信息学使用词表：使用词表：MeSH（医学主题词表）（医学主题词表）3.2 PreMEDLINE 是一种由是一种由正在加工处理正在加工处理中中的文献记录组成的的文献记录组成的数据库，这些新记录还未被标引，暂时存放在数据库，这些新记录还未被标引，暂时存放在PreMEDLINE数据库中。每天更新，经过标数据库中。每天更新，经过标引（增加主题词、文献类型、数据库存取号等引（增加主题词、文献类型、数据库存取号等字段）以后转入字段）以后转入Medline，一旦记录被转入到一旦记录被转入到Medline数据库，就被从数据库，就被从PreMEDLINE数据库数据库中删除。中删除。每条记录标有每条记录标有in Process标记。标记。Pre-Medline最新信息最新信息MedlineNew DataCollectPubMedProcessPubMed一周以后一周以后 （Publisher-Supplied CitationPublisher-Supplied Citation）出版商直接向出版商直接向PubMed提供的非提供的非Medline收录的电子刊物，每条记录标有收录的电子刊物，每条记录标有 as supplied by publishers标记。（如：标记。（如：Science或或Nature中的地质学文献等）。中的地质学文献等）。出版商提供的书目信息出版商提供的书目信息标记不同，其数据来源亦不同标记不同，其数据来源亦不同与与NCBI其它数据库的链接其它数据库的链接NucleotideNucleotide：DNADNA序列数据库序列数据库ProteinProtein：蛋白质序列数据库蛋白质序列数据库GenomeGenome：基因组序列数据库基因组序列数据库StructureStructure：分子结构模型数据库分子结构模型数据库OMIMOMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库人类孟德尔遗传学在线数据库PMC:PubMedPMC:PubMed中心，免费全文期刊检索中心，免费全文期刊检索 与与NCBI其它数据库的链接其它数据库的链接3.3.特点特点|收录生物医学权威期刊最多收录生物医学权威期刊最多 世界上世界上7070多个国家的多个国家的70007000多种权威期刊多种权威期刊|多种检索方法，多条检索途径多种检索方法，多条检索途径|时效性极强时效性极强(每周更新每周更新)|回溯年代久远（回溯年代久远（19481948年至今）年至今）|利用利用MeSHMeSH作为转换词表，标引质量高作为转换词表，标引质量高|部分文献可以免费获取全文部分文献可以免费获取全文|检全率、检准率高检全率、检准率高BACKPubMed简介简介4、PubMed主页主页网址：网址：高级检索高级检索简介简介基本检索基本检索PubMed简介简介PubMed comprises more than 21 million citations for biomedical literature from MEDLINE,life science journals,and online books.Citations may include links to full-text content from PubMed Central and publisher web sites.一、PubMedPubMed简介简介二、检索途径和方法二、检索途径和方法三、检索结果处理四、其他辅助检索四、其他辅助检索主要内容主要内容五五、免费获取全文、免费获取全文1、基本检索、基本检索 2、高级检索、高级检索 3、主题词检索、主题词检索二、检索途径和方法二、检索途径和方法1.基本检索基本检索MeSHMeSH转换表（词语检索及自动词转换表（词语检索及自动词语匹配）语匹配）期刊转换表期刊转换表短语表短语表作者姓名索引作者姓名索引逻辑运算符检索逻辑运算符检索PubmedPubmed基本检索实例基本检索实例例一例一 “肝癌和肝炎的关系肝癌和肝炎的关系”“liver cancer liver cancer”和和 “hepatitishepatitis”第一步第一步 选择关键词选择关键词 输入检索框输入检索框 liver cancer hepatitis liver cancer hepatitis1.基本检索检索前，选择需检索前，选择需查询数据库。查询数据库。下拉菜单中显示下拉菜单中显示Entrez系统提供系统提供的所有数据库，的所有数据库，可任意选择进行可任意选择进行检索。检索。可看到该检索词下可看到该检索词下命中的所有文章、命中的所有文章、综述及免费全文综述及免费全文 Combined Functional Genome Survey of Therapeutic Targets for Hepatocellular Carcinoma.Satow R,Shitashige M,Kanai Y,Takeshita F,Ojima H,Jigami T,Honda K,Kosuge T,Ochiya T,Hirohashi S,Yamada T.Clin Cancer Res.2010 Apr 13.Epub ahead of printPMID:20388846 PubMed-as supplied by publisherRelated citations这条记录包含几个字段这条记录包含几个字段?文摘格式文摘格式 注意检索词的使用|截词检索 当检索词结尾不确定时,可用*替代|精确检索 用双引号“”将要检索的多个词限定为一个词进行检索 看下面的例子!截词检索和截词检索和字段限定检索字段限定检索例如：输入例如：输入cell*ti可可以查出标题中含以查出标题中含cell、cells、celliferous、cellophane和和cellular等等词的文献。词的文献。“”将短语做为不可分割的将短语做为不可分割的整体进行检索。整体进行检索。如：如：“oxygen free radicals”注意：注意：“”必须为英文半角必须为英文半角状态下输入状态下输入1、基本检索、基本检索 2、高级检索、高级检索 3、主题词检索、主题词检索二、检索途径和方法二、检索途径和方法2.高高级检索索 高级检索界面下可进行多种检索条件的限定。同时可显示检索历史，允许使用检索史序号进行组配检索。检索框检索框预览预览检索史检索史限定检索限定检索30个字段可选择作者、刊名、出可选择作者、刊名、出版日期等多个项目进行版日期等多个项目进行任意组合检索任意组合检索。如果输入框不够，可点如果输入框不够，可点击击“Add More Fields”添添加加限定检索限定检索字段限定检索字段限定检索高级检索限定检索设定|只搜索包含摘要、全文或免费全文的文献|在特定的年龄组、性别组、人类或动物学范围内搜索|只搜索某语种出版的文献或特定的文章类型|只搜索PubMed数据库的某一子数据库|只在某一特定的字段中搜索，缺省是所有字段 Eg.检索2002年以来发表在Nature杂志上关于糖尿病（diabetes）的英文文献，要求能获得免费全文限制检索案例检索框输入检索词检索框输入检索词对应字段名称填写对应字段名称填写期刊名称和时间范围期刊名称和时间范围限定只链接到可免限定只链接到可免费获取的全文费获取的全文限定语种为英文限定语种为英文最后点击检索输入框后的最后点击检索输入框后的Search13篇。大篇。大大减少了大减少了文献数量文献数量高级检索高级检索检索史（检索史（Search History Search History）|当至少运行一次检索后，即可使用History|检索史中显示的是你前面所做的查询方案和查询结果（检索序号、检索式、检索时间和检索结果数量）注注:1:1、检索史中最多可保留、检索史中最多可保留100100个检索式，超过个检索式，超过100100个时个时将自动删除最早的检索式。将自动删除最早的检索式。2 2、系统在休止状态对检索式的保留时间为、系统在休止状态对检索式的保留时间为8 8小时，小时，8 8小时后检索式自动消失。小时后检索式自动消失。详细检索策略（详细检索策略（DetailsDetails）主要用于描述所输入检索式的详细检索过程，即系统将用户所输入的检索词自动转换为哪些词（如MeSH词等），并使用什么样的句法（检索规则）来进行检索。同时也包含了任何的错误信息。系统将输入的检索词与系统将输入的检索词与MeSH转换表进行对照转换表进行对照,自动按照转换自动按照转换后的检索式进行组配和检索后的检索式进行组配和检索.1、基本检索、基本检索 2、高级检索、高级检索 3、主题词检索、主题词检索二、二、PubMed的检索途径和方法的检索途径和方法3、主题检索、主题检索主题词检索主题词检索3、主题检索、主题检索单篇单篇/多篇引文匹配多篇引文匹配临床咨询临床咨询专题咨询专题咨询主题词检索主题词检索期刊检索期刊检索临床实验临床实验外部链接外部链接3、主题词检索（MeSH Database）l主题词数据库（主题词数据库（MeSH Database）l在在“MeSH Database”检索提问框内输入检索词后系统将自动检索提问框内输入检索词后系统将自动主题词表进行匹配检索，有的非主题词将转换为主题词，可浏主题词表进行匹配检索，有的非主题词将转换为主题词，可浏览主题词的定义、浏览树状结构并进行选择，并能提供可供组览主题词的定义、浏览树状结构并进行选择，并能提供可供组配的副主题词进行检索，还提供是否只针对主要主题词检索及配的副主题词进行检索，还提供是否只针对主要主题词检索及是否进行扩展检索等功能是否进行扩展检索等功能MeSH Database：例：从主题途径查找例：从主题途径查找 FK506 FK506副作用和肾移植的文献副作用和肾移植的文献FK506主题词轮排主题词轮排提示相关词提示相关词主题词轮排表主题词轮排表主题词细节屏主题词细节屏主题词词义注释主题词词义注释主题词细节屏主题词细节屏副主题词选择副主题词选择主题词词义注释主题词词义注释不扩展检索不扩展检索加权检索加权检索曾用词曾用词药理作用药理作用树状结构树状结构曾用词曾用词入口词入口词树状结构树状结构药理作用药理作用选择发送方式选择发送方式SearchBoxwithANDSearchBoxwithORSearchBoxwithNOTsearch box题录格式界面题录格式界面逻辑组配（逻辑组配（#4and#6）一、PubMedPubMed简介简介二、检索途径和方法二、检索途径和方法三、检索结果处理四、其他辅助检索四、其他辅助检索主要内容主要内容五、免费获取全文五、免费获取全文三、检索结果处理三、检索结果处理|1、检索结果的显示与标记|2、检索结果的保存及定购 检索结果显示检索结果显示默认为题录格式默认为题录格式每页显示每页显示20条记录条记录结果显示格式结果显示格式每页显示记录数每页显示记录数结果排序方式结果排序方式纯文本方式显纯文本方式显示示纯文本显示记录纯文本显示记录文摘显示格式文摘显示格式MEDLINE格式格式可链接到可链接到SpringerLink数据库数据库获取全文获取全文，但是是收费的但是是收费的可链接到可链接到PubMed中心获中心获取免费全文取免费全文 全文链接图标全文链接图标选择选择“File”，可完成将记录保可完成将记录保存为文件；存为文件；选择选择“clipboard”，可将记录保存在可将记录保存在剪贴板；剪贴板；选择选择“E-mail”,可可以通过邮件发送以通过邮件发送记录记录剪切板静止状剪切板静止状态下最长保存态下最长保存8小时，小时，最多可以保存最多可以保存500条记录条记录以邮件方式以邮件方式发送记录发送记录填写邮箱填写邮箱地址地址一、PubMedPubMed简介简介二、检索途径和方法二、检索途径和方法三、检索结果处理四、其他辅助检索四、其他辅助检索主要内容主要内容五、免费获取全文五、免费获取全文四、其他辅助检索PubMed Service|期刊数据库(Journal Database)|单篇引文匹配器（Single Citation Matcher）|多篇引文匹配器（Batch Citation Matcher）|临床咨询（Clinical Queries）|我的NCBI（My NCBI）Journal Database (期刊数据库)Journal Database (期刊数据库)lJournal Database (期刊数据库期刊数据库)l 可输入刊名全称、缩写或国际标准期刊号（可输入刊名全称、缩写或国际标准期刊号（ISSN)检索特定期刊的编目信息；检索特定期刊的编目信息；l 可通过可通过 links to full-text websites 链接进入链接进入所有与所有与PubMed建立链接的生物医学期刊列表；建立链接的生物医学期刊列表；检索：PubMed中收录关于高血压(hypertension)的期刊有哪些？单篇引文匹配器单篇引文匹配器输入刊名、日期、输入刊名、日期、卷、期、页码、作卷、期、页码、作者、题目中的一项者、题目中的一项或多项内容进行检或多项内容进行检索，系统返回文献索，系统返回文献记录结果记录结果单篇引文匹配器例：引文匹配器（Single Citation Matcher）nursing，2008，38（12）：61 Clinical Queries（临床咨询）Clinical Queries（临床咨询）应用应用Clinical Queries（临床提问）检索循证医（临床提问）检索循证医学文献：学文献：1、列有临床医生常用的类目，如、列有临床医生常用的类目，如therapy（治疗）、（治疗）、Diagnosis（诊断）、（诊断）、etiology（病因）和（病因）和prognosis（预后）（预后）2、可以用来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如、可以用来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统评价、系统评价、Mete分析、临床试验、循证医学、实践指导分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等以及有关遗传学方面的问题等 Clinical Queries（临床咨询）检索有关检索有关“高血压治疗高血压治疗”文献文献Clinical Queries（临床咨询）检索有关检索有关“高血压合并高血压合并糖尿病的诊糖尿病的诊断断”一、PubMedPubMed简介简介二、检索途径和方法二、检索途径和方法三、检索结果处理四、其他辅助检索四、其他辅助检索主要内容主要内容五、免费获取全文五、免费获取全文五、免费获取原文（五、免费获取原文（Open AccessOpen Access）在在PubMed有约有约5%的期刊的期刊，可以免费浏，可以免费浏览到全文。览到全文。（1 1）通过自由词直接查找全文通过自由词直接查找全文（2 2）通过期刊列表查找全文通过期刊列表查找全文Full text 格式格式PDF 格式格式AdvancedsearchJanuary 19,2011 华中科技大学同济医学院华中科技大学同济医学院医药卫生管理学院医药卫生管理学院谢谢！