《多态性和分子进化》PPT课件

l常用软件系统进化树构建软件列表：nPhylipnClustalwnPAMLCodmln其他选择压力ka/ks计算软件列表：nPAMLyn00nKaks_calculatornK-estimatorn其他snp搜索软件列表：npolyphrednSNPdetectornBGI-Variation analysis packagen其他l常用软件系统进化树构建软件列表：nPhylipnClustalwnPAMLCodmln其他选择压力ka/ks计算软件列表：nPAMLyn00nKaks_calculatornK-estimatorn其他snp搜索软件列表：npolyphrednSNPdetectornBGI-Variation analysis packagen其他Picture come form:http:/相关数据可以参考公共数据库NCBI，UCSC或者ensembl等随着基因组数据的不断丰富，比较基因组学也在蓬勃发展。l常用软件系统进化树构建软件列表：nPhylipnClustalwnPAMLCodmln其他选择压力ka/ks计算软件列表：nPAMLyn00nKaks_calculatornK-estimatorn其他snp搜索软件列表：npolyphrednSNPdetectornBGI-Variation analysis packagen其他理论背景之理论背景之NJ 邻接法(neighbour joining)MP 最大简约法(maximal parsimony)ML 最大似然法(maximal likelihood)常用系统进化树构建方法NJ 邻接法（neighbour joining）是距离法中的一种，这种方法并不检验所有可能的拓朴结构，但在物种聚合时要应用最小进化原则。ACDB134652理论背景理论背景常用系统进化树构建方法之常用系统进化树构建方法之(1,2),3),(4,(5,6)MP 最大简约法（maximal parsimony）假设4种核苷酸或者20中氨基酸可以突变为与其自身不同的任何一种，这样对于任何一个给定的拓朴结构，可以推断每个位点的祖先状态。对这一拓朴结构，可以计算出用来解释整个进化过程所需核苷酸或者氨基酸的最小替代数。对所有可能正确的拓朴结构进行这种计算，并挑选出所需替代数最小的拓朴结构作为最优系统树。C1T2T3A5A6T4CTTATATTabcde理论背景理论背景常用系统进化树构建方法之常用系统进化树构建方法之在该拓朴结构下，最小的替代数是3。ML 最大似然法（maximal likelihood）在ML法中，以一个特定的替代模型分析既定的一组序列数据，使所获得的每一个拓朴结构的拟自然率最大，挑选出其中拟自然率最大的拓朴结构作为最终树。1234v1v2v3v4v5v6650把每个节点变成其他节点的概率分别相乘,取概率最大的拓朴结构和枝长.理论背景理论背景常用系统进化树构建方法之常用系统进化树构建方法之较好数学理论支持l常用软件系统进化树构建软件列表：nPhylipnClustalwnPAMLCodmln其他选择压力ka/ks计算软件列表：nPAMLyn00nKaks_calculatornK-estimatorn其他snp搜索软件列表：npolyphrednSNPdetectornBGI-Variation analysis packagen其他进化选择压力Ka/Ks理论背景之理论背景之Ka,Ks的概念TCG(Ser)ACG(Thr)CCG(Pro)GCG(Ala)TAG(stop)TTG(Leu)TGG(Trp)TCC(Ser)TCT(Ser)TCA(Ser)Phase 0Phase 2Phase 1S0=0S1=0S2=1N0=1N1=1N2=0TCG(Ser)GCG(Ala)非同义TCG(Ser)TCA(Ser)同义理论背景理论背景进化选择压力进化选择压力Ka/Ks之之Ks=同义突变SNP数/同义位点数Ka=非同义突变SNP数/非同义位点数同义突变SNP数=同义SNP非同义突变SNP数=非同义SNP同义位点数=同义位点非同义位点数=非同义位点Ka,Ks的概念理论背景理论背景进化选择压力进化选择压力Ka/Ks之之uKaKs或者Ka/Ks 1，基因受正选择(positive selection)uKaKs或者Ka/Ks 1，基因中性进化(neutral evolution)uKaKs或者Ka/Ks 1时，序列受到强烈正选择（positive selection），这样的基因即为近期正在快速进化的基因，对于物种的进化有着非常重要的意义。我们可以根据ka/ks ratio筛选部分基因，然后做后期的功能研究，这种方法已经普遍的被应用到分子进化领域，已有多篇文章在nature，science等杂志发表。higher order homologsKs from K-Estimator030609000.511.5subs per silent site,KsRice-Rice segmental duplication水稻segmental duplication时间的定义：根据水稻的中性突变率10-9，当ks为时，事件发生的年代是大约53Mya。two TblastN hits are allowedKs from K-Estimator010020030040000.20.40.6subs per silent site,KsRice-Rice tandem duplicationKa,Ks的作用和意义理论背景理论背景进化选择压力进化选择压力Ka/Ks之之l常用软件常用软件系统进化树构建软件列表：nPhylipnClustalwnPAMLCodmln其他选择压力ka/ks计算软件列表：nPAMLyn00nKaks_calculatornK-estimatorn其他snp搜索软件列表：npolyphrednSNPdetectornBGI-Variation analysis packagen其他分子进化领域常用软件分子进化领域常用软件系统进化树构建软件列表：系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAMLCodml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAMLyn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variation analysis package其他简介：Phylip程序包是常用的进化树计算软件,有华盛顿大学,美国科学院院士loe felsenstein编写,其中包括30个左右的程序,详细说明书和下载信息见:http:/程序运行：各个独立的程序多为交互式操作模式，如要运行某个程序可以直接键入程序名称，然后按照程序的提示操作即可。Phylip使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之输入格式 5 13Alpha AACGTGGCCAAATBeta AAGGTCGCCAAACGamma CATTTCGTCACAADelta GGTATTTCGGCCTEpsilon GGGATCTCGGCCCPhylip使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之常用程序说明：Dnaml：基于dna序列，应用最大似然法（maximal likelihood），构建系统发育树。portml：基于protein序列，应用最大似然法（maximal likelihood），构建系统发育树。Settings for this run:U Search for best tree?Yes T Transition/transversion F Use empirical base frequencies?Yes C One category of sites?Yes R Rate variation among sites?constant rate W Sites weighted?No S Speedier but rougher analysis?Yes G Global rearrangements?No J Randomize input order of sequences?No.Use input order O Outgroup root?No,use as outgroup species 1 M Analyze multiple data sets?No I Input sequences interleaved?Yes 0 Terminal type(IBM PC,ANSI,none)?ANSI 1 Print out the data at start of run No 2 Print indications of progress of run Yes 3 Print out tree Yes 4 Write out trees onto tree file?Yes 5 Reconstruct hypothetical sequences?No Y to accept these or type the letter for one to changePhylip使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之Dnapars：基于dna序列，应用最大简约法（maximal parsimony），构建系统发育树。Protpars：基于protein序列，应用最大简约法（maximal parsimony），构建系统发育树。Setting for this run:U Search for best tree?Yes S Search option?More thorough search V Number of trees to save?10000 J Randomize input order of sequences?No.Use input order O Outgroup root?No,use as outgroup species 1 T Use Threshold parsimony?No,use ordinary parsimony N Use Transversion parsimony?No,count all steps W Sites weighted?No M Analyze multiple data sets?No I Input sequences interleaved?Yes 0 Terminal type(IBM PC,ANSI,none)?ANSI 1 Print out the data at start of run No 2 Print indications of progress of run Yes 3 Print out tree Yes 4 Print out steps in each site No 5 Print sequences at all nodes of tree No 6 Write out trees onto tree file?YesY to accept these or type the letter for one to changePhylip使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之常用软件说明：dnadist：基于dna序列，计算距离；portdist：基于protein序列，计算距离；Neighbor：基于距离数据构建系统进化树Settings for this run:D Distance(F84,Kimura,Jukes-Cantor,LogDet)?F84 G Gamma distributed rates across sites?No T Transition/transversion C One category of substitution rates?Yes W Use weights for sites?No F Use empirical base frequencies?Yes L Form of distance matrix?Square M Analyze multiple data sets?No I Input sequences interleaved?Yes 0 Terminal type(IBM PC,ANSI,none)?ANSI 1 Print out the data at start of run No 2 Print indications of progress of run Yes Y to accept these or type the letter for one to changeSettings for this run:D Distance(F84,Kimura,Jukes-Cantor,LogDet)?F84 G Gamma distributed rates across sites?No T Transition/transversion C One category of substitution rates?Yes W Use weights for sites?No F Use empirical base frequencies?Yes L Form of distance matrix?Square M Analyze multiple data sets?No I Input sequences interleaved?Yes 0 Terminal type(IBM PC,ANSI,none)?ANSI 1 Print out the data at start of run No 2 Print indications of progress of run Yes Y to accept these or type the letter for one to changePhylip使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之输出格式+Beta !+Gamma 2-3 !+-Delta !+-1 !+Epsilon !+-Alpha Phylip使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之 between and length -From To Any Steps?State at upper node (.means same as in the node below it on tree)1 AABGTCGCCA AAY 1 2 yes V.KD.C.2 3 yes GG.A.T.GG.C.3 Epsilon maybe .G.C 3 Delta yes .T.T.T 2 Gamma yes C.TT.T.A 1 Beta maybe .G.C 1 Alpha yes .C.G.T输出格式Phylip使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之程序运行命令行：Clustalw infile=outfile=newtree=treefile常用的参数:输出格式选择-output GCG,GDE,PHYLIP or PIRPS:详细参数列表可以通过键入clustalw options察看clustalw使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之常用Input format:AK058218_Chr02_28573573_28577956atggcttccagggcattcctcctcgtggctctaaatctggtcctcttcttcaccgtggccagcgcctgcggcaagtactgcccgacgccttcgacgccgtcgacgacgccatcgacgccgtcctacaacaccaagtgccccaagaacgcgctcaagttcgcggcgtgcgccgacgtgctgggcctcgtcagcgccgaggtcggccagccgccgtacgagccgtgctgcggcgtcctcggcggcctcgccgaccttgaggccgccgtctgtctctgcaccgccatcaaggccaacgtgctcggcatcaccctcgacatccccgtcaagctcagcctcctcgtcaactactgcggcaagaacgtccctagtggcttcatctgtgct多条序列必须在一个文件里面Fasta格式#AK058218_Chr02_28573573_28577956atggcttccagggcattcctcctcgtggctctaaatctggtcctcttcttcaccgtggccagcgcctgcggcaagtactgcccgacgccttcgacgccgtcgacgacgccatcgacgccgtcctacaacaccaagtgccccaagaacgcgctcaagttcgcggcgtgcgccgacgtgctgggcctcgtcagcgccgaggtcggccagccgccgtacgagccgtgctgcggcgtcctcggcggcctcgccgaccttgaggccgccgtctgtctctgcaccgccatcaaggccaacgtgctcggcatcaccctcgacatccccgtcaagctcagcctcctcgtcaactactgcggcaagaacgtccctagtggcttcatctgtgctGDE格式:clustalw使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之output format:CLUSTAL W(1.8)multiple sequence alignmentAK058218_Chr04_29937165_299414 CCGGCGACACCTGCTGCCCGCTGCTGTCCGGCGTCGCCGACCTCGACGCCAK058218_Chr04_29947665_299519 CCAGCGACACCTGCTGCCCGCTGCTGTCCGGCGTCGCCGACCTCGACGCCAK058218_Chr10_20790906_207951 CGACGGAGCCGTGCTGCCCGCTGCTGAACGGGCTGGTGGACCTGGAGGCGAK058218_Chr02_28573573_285779 CGTACGAGCCGTGCTGCGGCGTCCTCGGCGGCCTCGCCGACCTTGAGGCCAK058218_Chr04_26559317_265635 CCGCCCAGCCGTGCTGCAGCCTCATCAGCGGCCTCGCCGACCTCGAGGCC *AK058218_Chr04_29937165_299414 GCGCTCTGCCTCTGCACCGCCATCAAGGCCAAGGCGCTCGGCCTCAGCCTAK058218_Chr04_29947665_299519 GCGCTCTGCCTCTGCACCGCCATCAAGGCCAAGGCGCTCGGCGTCAGCCTAK058218_Chr10_20790906_207951 GCGGTGTGCCTGTGCACGGCCATCAAGGCCAACGTGCTGGGCATCAACCTAK058218_Chr02_28573573_285779 GCCGTCTGTCTCTGCACCGCCATCAAGGCCAACGTGCTCGGCATCACCCTAK058218_Chr04_26559317_265635 GCCGTCTGCCTCTGCACGGCCATCAAGGCCAACGTGCTCGGCGTCGTCGT *AK058218_Chr04_29937165_299414 CGTCCTCCCCGTCGCCATCTCCGTGCTCGTCAACGAGTGCGGCAAGCACGAK058218_Chr04_29947665_299519 CGTCCTCCCCGTCGCCATCTCCGTGCTCGTCAACGAGTGCGGCAAGCACGAK058218_Chr10_20790906_207951 CAACCTCCCCATCCACCTCAGCCTCATCCTCAACTTCTGCGGCAAGGGCGAK058218_Chr02_28573573_285779 CGACATCCCCGTCAAGCTCAGCCTCCTCGTCAACTACTGCGGCAAGAACGAK058218_Chr04_26559317_265635 CAACATCCCGGTGAAGCTGAGCCTCCTTGTCAACTACTGTGGCAAGTGCG *AK058218_Chr04_29937165_299414 TCCCCTCCAGCTTCCAGTGC-AK058218_Chr04_29947665_299519 TCCCCTCCAGCTTCCAGTGC-AK058218_Chr10_20790906_207951 TCCCCACCGGCTTCATGTGCTCTAK058218_Chr02_28573573_285779 TCCCTAGTGGCTTCATCTGTGCTAK058218_Chr04_26559317_265635 TCCCCAGTGGCTACACCTGCGCT *clustalw使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之output format:#AK058218_Chr04_29947665_299519-tacacccccaccccggcgacgccg-acgccgtcgacgccgacg-gggaagtgcccggtgaacacgctgaagctgctggcgtgcgtggacgcgctgaacgggctggtgcacgcggtggtcggcgccaaggccagcgacacctgctgcccgctgctgtccggcgtcgccgacctcgacgccgcgctctgcctctgcaccgccatcaaggccaaggcgctcggcgtcagcctcgtcctccccgtcgccatctccgtgctcgtcaacgagtgcggcaagcacgtcccctccagcttccagtgc-#AK058218_Chr10_20790906_207951-tcgacgagcgggtggtacgggaagtgcccgacggacgcgctgaagctgggggtgtgcgcgaacgtgctg-gacctgataaaggcgaaggcgggggtgccggcgacggagccgtgctgcccgctgctgaacgggctggtggacctggaggcggcggtgtgcctgtgcacggccatcaaggccaacgtgctgggcatcaacctcaacctccccatccacctcagcctcatcctcaacttctgcggcaagggcgtccccaccggcttcatgtgctct#AK058218_Chr02_28573573_285779-atggcttccagggcattcctc-ctcgtggctctaaatctggtcctcttcttcaccgtggccagcgcctgcggc-aagtactgcccgacgccttcgacgccgtcgacg-acgccatcgacgccgtcctacaacaccaagtgccccaagaacgcgctcaagttcgcggcgtgcgccgacgtgctg-ggcctcgtcagcgccgaggtcggccagccgccgtacgagccgtgctgcggcgtcctcggcggcctcgccgaccttgaggccgccgtctgtctctgcaccgccatcaaggccaacgtgctcggcatcaccctcgacatccccgtcaagctcagcctcctcgtcaactactgcggcaagaacgtccctagtggcttcatctgtgctgde format:pir format:DL;AK058218_Chr04_29947665_299519-TACACCCCCACCCCGGCGACGCCG-ACGCCGTCGACGCCGACG-GGGAAGTGCCCGGTGAACACGCTGAAGCTGCTGGCGTGCGTGGACGCGCTGAACGGGCTGGTGCACGCGGTGGTCGGCGCCAAGGCCAGCGACACCTGCTGCCCGCTGCTGTCCGGCGTCGCCGACCTCGACGCCGCGCTCTGCCTCTGCACCGCCATCAAGGCCAAGGCGCTCGGCGTCAGCCTCGTCCTCCCCGTCGCCATCTCCGTGCTCGTCAACGAGTGCGGCAAGCACGTCCCCTCCAGCTTCCAGTGC-*DL;AK058218_Chr10_20790906_207951-TCGACGAGCGGGTGGTACGGGAAGTGCCCGACGGACGCGCTGAAGCTGGGGGTGTGCGCGAACGTGCTG-GACCTGATAAAGGCGAAGGCGGGGGTGCCGGCGACGGAGCCGTGCTGCCCGCTGCTGAACGGGCTGGTGGACCTGGAGGCGGCGGTGTGCCTGTGCACGGCCATCAAGGCCAACGTGCTGGGCATCAACCTCAACCTCCCCATCCACCTCAGCCTCATCCTCAACTTCTGCGGCAAGGGCGTCCCCACCGGCTTCATGTGCTCT*clustalw使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之output format:5 423AK058218_C-AK058218_C-AK058218_C-AK058218_C-ATGG CTTCCAGGGC ATTCCTC-CTCGTGGCTC TAAATCTGGTAK058218_C-ATGG CATCCAAGGT CCTCGTGTTT CTCTTGGCCA TCAACCTC-ACGC -TACACCC -CCTCTTCTTC ACCGTGGCCA GCGCCTGCGG C-AAGTACTGCC -CTCTTCTTC ACGACGGCCA ATGCCTGCGG CTGCGCGTGC GGCAAATGCC CGCCGACGCC GGCGCCG-GCGCCGTCG CCACCCCGGC GACGCCG-ACGCCGTCG -TCG CGACGCCTTC GACGCCGTCG ACG-ACGCCATCG CGACGCCGCC GCCCCCGGCC CTCCCGCCGC CGCCGCCTCC GACTCCAACT ACGCCGACG-GGGAA GTGCCCGGTG GACACGCTGA AGCTGCTGGC ACGCCGACG-GGGAA GTGCCCGGTG AACACGCTGA AGCTGCTGGC ACGAGCGGGT GGTACGGGAA GTGCCCGACG GACGCGCTGA AGCTGGGGGT ACGCCGTCCT ACAACACCAA GTGCCCCAAG AACGCGCTCA AGTTCGCGGC ACTCCGTCCT ACCATAACAA GTGCCCCGTG AACACGCTCA AGTTCGGGGCclustalw使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之output format:(AK058218_Chr02_28573573_285779:0.08280,AK058218_Chr04_26559317_265635:0.12553):0.06545,AK058218_Chr10_20790906_207951:0.14724,(AK058218_Chr04_29937165_299414:0.01970,AK058218_Chr04_29947665_299519:0.02791):0.13482);clustalw使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之其他参考资料:软件下载:ftp:/ftp-/详细软件说明:clustalw使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之程序运行:在当前目录下建立配置文件后,直接键入codeml运行就可以了，但在运行之前需要在当前目录下建好配置文件（），在配置文件中指明读入的文件，输出的文件，以及相关的参数。codeml使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之配置文件摘要：seqfile=*sequence data file name outfile=yn *main result file verbose=0 *1:detailed output(list sequences),0:concise output icode=0 *0:universal code;1:mammalian mt;2-10:see below weighting=1 *weighting pathways between codons(0/1)?commonf3x4=0 *use one set of codon freqs for all pairs(0/1)?*ndata=1。codeml使用说明使用说明系统进化树构建软件之系统进化树构建软件之5 417AK058218_Chr02_28573573_28577956 atggcttccagggcattcctc-ctcgtggctctaaatctggtcctcttcttcaccgtggccagcgcctgcggc-aagtactgcccgacgccttcgacgccgtcgacg-acgccatcgacgccgtcctacaacaccaagtgccccaagaacgcgctcaagttcgcggcgtgcgccgacgtgctg-ggcctcgtcagcgccgaggtcggccagccgccgtacgagccgtgctgcggcgtcctcggcggcctcgccgaccttgaggccgccgtctgtctctgcaccgccatcaaggccaacgtgctcggcatcaccctcgacatccccgtcaagctcagcctcctcgtcaactactgcggcaagaacgtccctagtggcttcatctgtgctAK058218_Chr10_20790906_20795157 -tcgacgagcgggtggtacgggaagtgcccgacggacgcgctgaagctgggggtgtgcgcgaacgtgctg-gacctgataaaggcgaaggcgggggtgccggcgacggagccgtgctgcccgctgctgaacgggctggtggacctggaggcggcggtgtgcctgtgcacggccatcaaggccaacgtgctgggcatcaacctcaacctccccatccacctcagcctcatcctcaacttctgcggcaagggcgtccccaccggcttcatgtgctctAK058218_Chr04_26559317_26563577 atggcatccaaggtcctcgtgtttctcttggccatcaacctc-ctcttcttcacgacggccaatgcctgcggctgcgcgtgcggcaaatgcccgacgccgccgcccccggccctcccgccgccgccgcctccgactccaactactccgtcctaccataacaagtgccccgtgaacacgctcaagttcggggcctgcgccgacgtgctg-ggcgccatcagcggcgaggtcggccaggtgcccgcccagccgtgctgcagcctcatcagcggcctcgccgacctcgaggccgccgtctgcctctgcacggccatcaaggccaacgtgctcggcgtcgtcgtcaacatcccggtgaagctgagcctccttgtcaactactgtggcaagtgcgtccccagtggctacacctgcgctAK058218_Chr04_29937165_29941416 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Gascuel,A simple,fast and accurate met hod to estimate large phylogenies by maximum-likelihood,Syst.Biol,52(5):696-704,2003.PAUP:看进化树的软件：TreeviewNJplot分子进化领域常用软件分子进化领域常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAMLCodml其他选择压力选择压力ka/ks计算软件列表：计算软件列表：PAMLyn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variation analysis package其他程序运行:在当前目录下建立配置文件后,直接键入yn00运行就可以了，需要在当前目录下建好配置文件（），在配置文件中指明读入的文件，输出的文件，以及相关的参数。yn00使用说明使用说明进化选择压力计算软件之进化选择压力计算软件之配置文件格式：seqfile=*sequence data file name outfile=yn *main result file verbose=0 *1:detailed output(list sequences),0:concise output icode=0 *0:universal code;1:mammalian mt;2-10:see below weighting=1 *weighting pathways between codons(0/1)?commonf3x4=0 *use one set of codon freqs for all pairs(0/1)?*ndata=1*Genetic codes:0:universal,1:mammalian mt.,2:yeast mt.,3:mold mt.,*4:invertebrate mt.,5:ciliate nuclear,6:echinoderm mt.,*7:euplotid mt.,8:alternative yeast nu.9:ascidian mt.,*10:blepharisma nu.*These codes correspond to transl_table 1 to 11 of GENEBANK.进化选择压力计算软件之进化选择压力计算软件之yn00使用说明使用说明5 417AK058218_Chr02_28573573_28577956 atggcttccagggcattcctc-ctcgtggctctaaatctggtcctcttcttcaccgtggccagcgcctgcggc-aagtactgcccgacgccttcgacgccgtcgacg-acgccatcgacgccgtcctacaacaccaagtgccccaagaacgcgctcaagttcgcggcgtgcgccgacgtgctg-ggcctcgtcagcgccgaggtcggccagccgccgtacgagccgtgctgcggcgtcctcggcggcctcgccgaccttgaggccgccgtctgtctctgcaccgccatcaaggccaacgtgctcggcatcaccctcgacatccccgtcaagctcagcctcctcgtcaactactgcggcaagaacgtccctagtggcttcatctgtgctAK058218_Chr10_20790906_20795157 -tcgacgagcgggtggtacgggaagtgcccgacggacgcgctgaagctgggggtgtgcgcgaacgtgctg-gacctgataaaggcgaaggcgggggtgccggcgacggagccgtgctgcccgctgctgaacgggctggtggacctggaggcggcggtgtgcctgtgcacggccatcaaggccaacgtgctgggcatcaacctcaacctccccatccacctcagcctcatcctcaacttctgcggcaagggcgtccccaccggcttcatgtgctctAK058218_Chr04_26559317_26563577 atggcatccaaggtcctcgtgtttctcttggccatcaacctc-ctcttcttcacgacggccaatgcctgcggctgcgcgtgcggcaaatgcccgacgccgccgcccccggccctcccgccgccgccgcctccgactccaactactccgtcctaccataacaagtgccccgtgaacacgctcaagttcggggcctgcgccgacgtgctg-ggcgccatcagcggcgaggtcggccaggtgcccgcccagccgtgctgcagcctcatcagcggcctcgccgacctcgaggccgccgtctgcctctgcacggccatcaaggccaacgtgctcggcgtcgtcgtcaacatcccggtgaagctgagcctccttgtcaactactgtggcaagtgcgtccccagtggctacacctgcgctAK058218_Chr04_29937165_29941416 -acgccgccgacgccggcgccg-gcgccgtcgacgccgacg-gggaagtgcccggtggacacgctgaagctgctggcgtgcgtggacgcgctgaacgggctggtgcacgcggtggtcggcgccaccgccggcgacacctgctgcccgctgctgtccggcgtcgccgacctcgacgccgcgctctgcctctgcaccgccatcaaggccaaggcgctcggcctcagcctcgtcctccccgtcgccatctccgtgctcgtcaacgagtgcggcaagcacgtcccctccagcttccagtgc-AK058218_Chr04_29947665_29951916 -tacacccccaccccggcgacgccg-acgccgtcgacgccgacg-gggaagtgcccggtgaacacgctgaagctgctggcgtgcgtggacgcgctgaacgggctggtgcacgcggtggtcggcgccaaggccagcgacacctgctgcccgctgctgtccggcgtcgccgacctcgacgccgcgctctgcctctgcaccgccatcaaggccaaggcgctcggcgtcagcctcgtcctccccgtcgccatctccgtgctcgtcaacgagtgcggcaagcacgtcccctccagcttccagtgc-进化选择压力计算软件之进化选择压力计算软件之yn00使用说明使用说明输入文件文件格式：主要输出信息:进化选择压力计算软件之进化选择压力计算软件之yn00使用说明使用说明Nei&Gojobori 1986.dN/dS(dN,dS)10_NM_002332 ()Estimation by the method of Yang&Nielsen(2000):seq.seq.S N t kappa omega dN+-SE dS+-SE 2 1 2155.8 11224.2 5.2843 1.1540 0.1727 +-0.0181 ka/kskakskaksKaks_calculator使用说明使用说明简介：Kaks_Calculator is a computational tool kit for calculation of synonymous(Ks)and nonsynonymous(Ka)substitution rates and contains seven currently acknowledged methods(NG86,LWL85,Modified LWL85,LPB93,Modified LPB93,GY94 and YN00).It can run on Linux and Windows OS.The kernel codes are written in standard C+,and for Windows version we use Microsoft Visual C+6.0 for GUI(Graphics User Interface).进化选择压力计算软件之进化选择压力计算软件之程序运行简单易用，只需要指定输入和输出文件名称即可：Kaks_calculator i o Kaks_calculator使用说明使用说明进化选择压力计算软件之进化选择压力计算软件之程序运行：example1ACACCCGTGCTTGGCAATACCGATCCAAGCGCCGTGATGCTTGAGGCGGTTGACAATAATAAGGGCGTAGAGATCAGGGGCGAGTCTCGATTTAGAATTTTCCCCCCGTTCTCAAATGAGGGAATGGACGGTTTCGTTCTCTTCGAAAATCGAGGTAACTTCTCGTCTCCTGAGTTTCACATGCGCTTGCTTCTTGTATTTCAGGGCTCCCAGCAGCTTGCTGACAACGAACTTCAGTATGGCTTCGAAATCTCGATAGGTGGAAAGAGACTCCTTTCGTTCTTAGCGTTCATGACGCGCATCGTTTTAGGGAATGGTAAAGGAACCGAAGTGATCGCGGAGTTTGATGATGTCGCGTCTTTCAATGCTCTCGTTGGCTCGACAACCTATCCAAAGCGTTGCCCCTCACCTATTGGAGTACTGGAGGCCTCACTTGCCAATAGTCCGTCCAAGTGGTATAGCGAGTATGAACATCCGTTAAAGCTGGTGCAGGCCCCGGGAATCAGAAAGCACCTTCGCCACGATTCTGTCCATGACGTCCCTTATGGATTTCACTCTCCGGCTTTTACAGCATTCAATGGCGCGAATGTGGACAGCACAGCCAAGTTTTTCAAGTATTTTACCTCTGATCTGAAGGGCGGAGGGGGCGAACGTGCTGACGGCAATAGCGACTGTTATCTGGCGCAGGAACAGATTAACTACGCCGCGGAACTCATCGTTCAGCTCAACCAAGATGATTCCGTGGAGGGTCCACGCTACGTAGACGCCCACCCGAAGTACTTGAGAAGAGAGCAGTACATGCTGAGCGAGGCGTACGGGATACCAGTACTCGGCAAGACCGATCCAAACGCCGAGATGCTCGAGGCCGATGACAATAATAAGGGAGTAGAGATCATGGGCGAGTCACGATTCAAAATTTTTCCCCCGTTGTCAAAGGAGGGAAAGGATGGTTTTGTGCTCTTCGAAAAGCGCGGTATTTTCTCGTCTCCGGAGTTTCACAAGCGCTTGCTTCCGGTATTTCTGGACTCCCAGCAGCTGGCAGATAACGAATTTCAGTATGGCAACGAAATCTCGATCGGTATAAAGAGACTACTTTCGTCCTTAGCGTTCATGCCGCGCAACGTTTCGGCGAATGGTAAAGGATCCGAACAGATCGCGGAGTTCGATGTCGTGGCTTCTTTTGATGCTCTCGTTGGCTCCACAACCTACCCTAAGCGCCGCCCCTCACCTATAGAAGCCCTTGAGGCCTCACTTGCCAATAGTCCATTCATGTGGTATAGCGAGTACGAACATCCGTTAAAACTGGTTCATGCCCCGGGGATCCGGATGCACCTTCGCCACGCTTCGGTGCATGACGTTCCTGATGGATTTCAGTCGCCGGCCTTTATCGCATTCACTGGCCCTAATGTGGACAGCCCACCCGAATTTCTCATGTATTTTTCCTCTCAGTTGAAGGGTGGAAGGGGCGAACGTGCTGACGGCAATAGCGACTCTTATCTCGCTCAGGACCAGATCAACTCTGCCGCAGAACTCATCGTTCAACTCAACCAGGGTGATTCTGTGGAGGGTCCACGCTACGTAGAAGTCCTGCCGAAGTACTTGAGAAGAGAGGACGACATGCTCATCCAGGAATACGGGKaks_calculator使用说明使用说明进化选择压力计算软件之进化选择压力计算软件之K-estimator:PAUP(Phylogenetic Analysis Using Parsimony)http:/其他计算工具其他计算工具进化选择压力计算软件之进化选择压力计算软件之分子进化领域常用软件分子进化领域常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAMLCodml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAMLyn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软