GenBank数据库检索及其应用.ppt

GenBank数据库检索及其应用 Entrez检索功能 重庆医科大学图书馆 简介 GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心 NCBI 维护的一级核酸序列数据库 GenBank数据库的数据来源有三种 1 直接来源于测序工作者提交的序列 2 与其它数据机构协作交换的数据 3 美国专利局提供的专利数据 NCBI网站网址 http www ncbi nlm nih gov GenBank和PubMed 序列数据 检索的比较 1 GenBank的检索结果是序列及其注释信息 PubMed的检索结果是与序列数据相关的文献信息 2 GenBank数据更新早于PubMed GenBank数据库的检全率高于PubMed 3 GenBank可对序列数据进行限制检索 而PubMed只能对文献 杂志 作者等进行限制检索 因而GenBank数据库的检准率也高于PubMed 检索界面 简介 基本检索输入框 基本检索界面 执行检索按钮 基本检索输入框 基本检索界面 ras GENE 点击进入跨库检索 跨库检索界面 ras GENE 执行检索按钮 跨库检索界面 点击进入GenBank数据库 GenBank数据库界面 GenBank数据库界面 点击进入核苷酸序列数据库检索界面 GenBank数据库界面 特征栏提供辅助检索功能 核苷酸序列数据库检索界面 核苷酸序列数据库检索界面 简介 检索界面 基本检索功能 一 名称 作者姓名 截词检索 布尔逻辑运算 二 特殊标志符检索 五 范围检索 三 序列长度检索 四 分子重量检索 简介 检索界面 基本检索功能 一 名称 作者姓名 截词检索 布尔逻辑运算 检索限定词 1 基因名称的检索限定词 GENE 2 生物体名称的检索限定词 ORGN 3 作者姓名的检索限定词 AUTH 简介 检索界面 基本检索功能 一 名称 作者姓名 截词检索 布尔逻辑运算 二 特殊标志符检索 特殊标志符的格式 核酸序列 2 GenBank EMBL DDBJ序列接受号 1 1个字母 5个阿拉伯数字e g U12345 2 2个字母 6个阿拉伯数字e g AY123456 Af123456 1 序列辨认号 GI 一串阿拉伯数字e g 6995995 1 mRNA记录 NM e g NM 000492 2 基因组DNA重叠群 NT e g NT 000347 3 完整的基因组或染色体 NC e g NC 000907 4 基因组的局部区域 NG e g NG 000019 5 从人类基因组序列注释 加工得到的序列模型记录 XM XP orXR e g XM 000483 特殊标志符的格式 核酸序列 3 RefSeq ReferenceSequence 序列接受号 特殊标志符的格式 核酸序列 4 PDB序列接受号 个阿拉伯数字 个字母e g TUP 序列接受号的检索限定词为 ACCN or ACCESSION AF123456 ACCN 简介 检索界面 基本检索功能 一 名称 作者姓名 截词检索 布尔逻辑运算 二 特殊标志符检索 三 序列长度检索 1510 SLEN 序列长度的检索限定词 SLEN 简介 检索界面 基本检索功能 一 名称 作者姓名 截词检索 布尔逻辑运算 二 特殊标志符检索 三 序列长度检索 四 分子重量检索 2009 MOLWT 分子重量的检索限定词 MOLWT 简介 检索界面 基本检索功能 一 名称 作者姓名 截词检索 布尔逻辑运算 二 特殊标志符检索 五 范围检索 三 序列长度检索 四 分子重量检索 范围检索 中间用冒号连接 1 序列接受号范围检索 AF114696 AF114714 ACCN 2 序列长度范围检索 3000 4000 SLEN 3 分子重量范围检索 2002 2009 MOLWT 4 日期范围检索 2005 01 2006 09 26 MDAT or PDAT 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索 Limits 预检索 索引检索 Preview Index 检索史管理 History 剪贴板管理 Clipboard 详细匹配过程 Details 限制检索 预检索 索引检索 检索史管理 剪贴板管理 详细匹配过程 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索 Limits 限制检索界面 限制检索界面 核苷酸序列数据库分为三个子数据库 EST 表达序列标记数据库GSS 基因组测序序列数据库CoreNucleotide 包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列 核苷酸序列数据库检索界面 核苷酸序列数据库检索界面 限制检索界面 限制检索界面 检索结果显示界面 限制检索范围 限制检索 Limits 限制检索范围 ras 排除某种类型的序列 限制分子类型 限制分子类型 限制基因位点 限制基因位点 限制序列片段的显示 限制序列片段的显示 限制数据来源 限制数据来源 限制数据修订日期 限制数据修订日期 简介 检索入口 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索 Limits 预检索 索引检索 Preview Index 预检索 索引检索界面 hepatitisb 索引检索输入框 索引检索按钮 索引检索按钮 序列特性关键词索引 ras GENE 序列特性关键词索引 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索 Limits 预检索 索引检索 Preview Index 检索史管理 History 剪贴板管理 Clipboard 详细匹配过程 Details penicillin binding mycobacteriumtuberculosis 8AND 4 penicillin bindingANDmycobacteriumtuberculosis ORGN 简介 检索入口 基本检索功能 特征栏辅助检索 检索结果的显示 检索结果显示界面 选择检索结果的显示格式 选择检索结果的显示格式 选择检索结果的显示格式 摘要格式 联接 Genbank格式 Genbank格式 Genbank格式 Genbank格式 Genbank格式 Genbank格式 Genbank格式 Genbank格式 GenBank记录中特性表中的主要关键词 GenBank记录中特性表中的限定词 FASTA格式 图解显示 图解显示 多态性碱基 序列修订记录 序列修订记录 序列修订记录 序列修订记录 谢谢 SCI收录期刊的论文写作技巧及投稿指南主讲人 钟萍 获取药学信息的途径与方法主讲人 肖廷超 请大家继续关注下周四的读者培训讲座