资源描述
Oncomine数据库应用实例,https:/www.oncomine.org,介绍,Oncomine是大型肿瘤基因芯片数据库,涵盖65个基因芯片数据集、4700个芯片及4亿8千万个基因表达数据,可用于分析基因表达差异、寻找离群值、预测共表达基因等,并可根据肿瘤分期、分级、组织类型等临床信息进行分类。你还可限定分泌型、激酶、膜型等参数。更有趣的是,还可依据已知的基因药物分析寻找可能的分子标记物与治疗靶点。下面仅介绍如何分析表达差异,更多内容可参考网站onlinehelp。,1.申请账号,需要非盈利机构邮箱:大学或研究机构免费使用可满足一般需要,若想导出数据需要付费,2.键入用户名与密码,用户界面,3.限定条件,从primaryfilter-analysistypecancervsnormal、cancervscancer、normalvsnormal三者中选一,在cancertype中选择你所研究的肿瘤类型(图一)从samplefiltersampletype中选择clinicalspecimen,还可进一步细分为组织标本、血液标本等,在Datasetfilterdatatype中选择mRNA(图二)在search中键入你想要搜索的基因(图三),图一,图二,RPS10,图三,4.比较,可从groupeby中选择你感兴趣的临床信息,如选择cancervsnormal,统计图下方1代表癌组织、2代表正常组织(图四)若要比较多个结果,请展开箭头,并将可信的结果打钩(图五)Compare后数据库会自动mata分析并列出结果,红色代表高表达,蓝色则代表低表达。如图六示RPS10generank靠前,高表达趋势明显,图四,图五,图六,更多请关注onlinehelp谢谢,
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