资源描述
计算化学及其应用,计算化学的软硬件HardwareandSoftwareforComputation,计算化学的工具,计算化学的基本工具是计算机计算机包括两方面:硬件和软件,计算机硬件的特点,CPU个数:快,多,内存:大,快,主板:稳定,显示器,显卡:通用,常见,其它:一般,主频高(2.0-3.0GHz),双CPU,多核CPU(双核,四核),1G,2G,4G,8G,网络:千兆网局域网,华硕等大品牌,常见网卡,Nvidia显卡,InsightII,计算软件的特点,稳定支持并行支持大内存,首选Unix/Linux系统,Windows:个人使用,Linux:计算使用,Linux简介,常用系列:Redhat7.28.09.0企业版系列2.13.84.45.0支持的硬件越来越多,但跟不上硬件的发展其它系列:SuSE系列,FedoraCore系列,Debian系列,Ubuntu系列,BSD系列版权:GNU(通用公共授权),Linux的架构,多用户系统:root为管理员,最高权限,管理系统和用户文件系统以”/”为最高的根目录,所有文件,目录,硬件设备(硬盘,光驱)都是一个文件或目录其文件格式是ext3,不是FAT32或NTFS,但是它可以读写FAT32文件,无法读写NTFS文件,Linux的启动选项,Linux可启动为字符界面和视窗界面文件/etc/inittabid:3:initdefault:字符界面id:5:initdefault:视窗界面字符转视窗界面:startx字符界面可以少使用内存100-400MBGaussian计算采用字符界面InsightII计算使用视窗界面搭建模型,字符界面计算,Linux文件系统,/bin:可执行的命令/dev:设备目录/etc:大多数设置文件,Linux启动,网络等/home:所有用户都在此/lib:库文件/usr:更多的命令,库文件,图形界面/root:管理员的主目录/sbin:系统命令,一般设置和查看系统信息,Linux文件的属性,Linux用户分为不同的组对于每个文件有三类用户:文件所有者与文件所有者同组的其它组的用户文件的属性:可读(r),可写(w),可执行性(x)文件的目录属性(d)文件属性表示rwxrwxrwxdrwxr-xr-xdrwx-,Linux基本命令:Shell,Linux下人与机器的交流是通过shell进行的Shell是一系列Linux命令以及类似c语言的控制结构组成可以用一个命令完成一件事情也可以把命令用控制结构组合起来完成复杂的重复劳动的事情,shell编程,用户登录,login:用户名password:密码登录进去exit(退出),Linux下的输入与输出,输入:命令文件附加:命令文件管道:命令|命令,Linux文件名的通配符,*:任意个字符,*.log所有的log文件?:单个字符,CH?.log:CH1.logCH2.log,Cha.log,Linux的简单命令,cat:在屏幕上显示文件的内容cat文件1文件2cat文件1文件2文件a把文件串起来放在另一个文件中headn显示文件的前n行tailn显示文件的最后n行tailf文件名:监测文件的输出情况,Linux的简单命令,grepgrep字符串文件名grep“SCFDone”CH3COOH.loggrepi“SCFDone”CH3COOH.logcpcpfileafileb文件拷贝cprdirAdirB目录拷贝,Linux的简单命令,lsls显示当前目录下文件和目录lsl显示详细信息lsa把隐藏目录和文件(以.开头的文件)也显示.bashrc和.cshrc登录时自动执行的命令文件,设置环境变量等mkdir目录名:创建目录rm文件名:删除文件;rmr目录名:删除目录,Linux的简单命令,ps进程pse查看所有进程top动态查看系统运行情况q退出top状态kill-9进程号:结束此进程,Linux的简单命令,dos2unix文件名:把DOS/windows格式的文件转换为Unix/Linux文件格式df:查看磁盘剩余空间cd:改变目录:用户主目录.:上一级目录chmod:改变文件属性chmod755文件名:rwxr-xr-xchmod+x文件名:此文件变得可以直接执行,Linux的简单命令,/sbin/ifconfig:查看本机的IP地址多机并行计算必须使用静态IP地址env:查看现在的环境变量gzip,gunzip:压缩的解压缩后缀为.gz的文件tar:打包文件tarcvfaa.tar目录A:把目录A打包成文件tarrvfaa.tar目录B:把目录B添加到文件中tarxvfaa.tar:把文件报解开在本目录下,Gaussian在Linux下的安装,安装系统建立用户gau以gau登录下载软件包在/home/gau目录下解压缩包:gunzipg03.tar.gztarxvfg03.tarcdg03下,执行bsd/install在/home/gau/.bashrc文件中加入两行:g03root=/home/gau./home/gau/g03/bsd/g03.profile现在可以运行g03了用法:g03文件.gjf&,Gaussian在Linux下的使用,首先在Windows下的GaussView上建立模型,保存g03的输入文件:CH4.gjf用ftp软件把输入文件都传到gau的某个目录下面:work用SecureCRT软件登录Linux系统,cdworkdos2unixCH4.gjfg03CH4.gjf&,Gaussian在Linux下的使用,计算完毕或需要检查结构时,下传输出文件:CH4.log,绘图则下传check文件或fromcheck文件内存设置:系统内存-200MB处理器个数:nproc=2(双核)nproc=4(四核或双核双CPU),shell编程(一),Head.txt:包含欲计算的性质,甚至电荷和多重度Tail.txt:包含分子说明部分后的内容CH4.xyz:分子几何结构catHead.txtCH4.xyzTail.txttmp.gjfg03tmp.gjfmvtmp.logCH4.logmv?.chkCH4.chk优点:可以保证使用同样的条件进行计算执行方法:chmod+xrun.sh./run.sh,shell编程实例,#!/bin/shforiinls*.gjfforiinC1.gjfC2.gjfC3.gjf.docatHead.txt$iTail.txttmp.gjfg03tmp.gjfmvtmp.log$i.logmv?.chk$i.chkdone,网络知识,硬件:网卡,网线,交换机软件:操作系统(Windows,Linux)协议:TCP/IP,服务:telnet,ssh,ftp,http,TCP/IP协议,四段地址:xxx.xxx.xxx.xxx掩码:255.255.255.0自己的地址:127.0.0.1局域网地址:192.168.xxx.xxx分子所地址:192.168.127.xxx分子所网关地址:192.168.127.1负责自动指定IP地址,计算机集群技术,多处理器并行多节点并行Gaussian03LindaInsightIIMPI并行准备Linux系统固定IP地址,在同一网段可执行软件可信任的用户,最好用户相同,Gaussian03网络并行实现(一),安装Linux操作系统,设置防火墙:ssh,ftp,telnet等允许使用设置固定IP地址(自动指定的IP无法并行)设置欲使用的节点名称:/etc/hostsNode1192.168.1.1Node2192.168.1.2.安装Gaussian03软件设置各个用户的环境,使每个用户都可执行g03,Gaussian03网络并行实现(二),设置各个用户在不同节点之间的互信rsh(MPI协议使用,保密性不好)/etc/hosts.equivNode1Node2设置各个用户下的.rhosts文件与/etc/hosts.equiv相同,Gaussian03网络并行实现(三),sshssh-keygentrsa生成公钥id_rsa.pub和私钥id_rsa把本节点的公钥放在对方节点的.ssh/authorized_keys文件中,并chmod600.ssh/authorized_keys即可无密码直接ssh到此节点上,Gaussian03网络并行实现(四),用户的环境设置echo“Tsnet.Node.lindarsharg:ssh”/.tsnet.configexportGAUSS_LFLAGS=-nodelist“Node1Node2exportGAUSS_EXEDIR=/home/gau/g03/linda-exe:$GAUSS_EXEDIR输入文件:%nprocl=2%nprocs=1命令:g03lCH4.gjf,
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