PDB数据库简介.ppt

PDB数据库简介,生物数据库的种类,生物数据库的种类,序列数据库 核酸序列数据库 (EMBL、GenBank、DDBJ) 常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR) 结构数据库 蛋白质结构数据库( PDB ) 蛋白质分类数据库(SCOP、CATH ) 其它数据库,Protein Data Bank 蛋白质结构数据库 http:/www.rcsb.org/pdb/home/home.do,一、基本概况,美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Date Bank)。 PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 负责。,1、数据,来源 主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。 主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。 信息 原子的空间坐标、引用文献、形成-helix和-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。,2、数据结构,结构记录,名称、参考文献、 序列、一级结构、 二级结构和原子坐 标等信息。,显式序列 信息,隐式序列 信息,以关键字SEQRES 作为显式序列标 记，以该关键字 打头的每一行都 是关于序列的信 息。,即为立体化学 数据，包括每 个原子的名称 和原子的三维 坐标。,3、数据查询,PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母AZ和数字09组合而成，如1LDM。 PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。,是pdb文件在数据库中的编号, 从PDB数据库下载结构常会得 到一个以这个编号命名的 pdb文件，如1LDM.pdb,二、简单使用,搜索栏,高级搜索,搜索到408条结果,精化搜索结果,检索CDK2,相关介绍,下载氨基酸序列及 二级结构的信息,分辨率不同,配体不同,PDB数据库文件,包括分子类别、发布日期，PDB-ID,关键字列表,测定结构所用的试验方法,以关键字SEQRES打头 306个氨基酸的显式序列信息,X轴坐标,Y轴坐标,Z轴坐标,原子,氨基酸,PDB数据库的详细字段说明,PDB数据库的详细字段说明,PDB数据库的详细字段说明,详细信息,三维结构,-螺旋,-折叠,配体小分子,三、结构模型显示,生物大分子三维立体结构显示的软件：PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等 通过这些软件可以对此三维结构进行查看、编辑，进一步应用于研究。,谢谢！,