量子化学计算方法ppt课件

量子化学计算方法,1,课程主要内容,一、有限尺度体系(分子、团簇等)电子结构计算 方法G03程序的使用 二、无限周期体系(一维链状化合物、二维层状 化合物或固体表面、三维固体体相)电子结 构计算方法VASP/CASTEP程序的使用 主要参考资料: G03用户手册或G03的帮助文件 相应网址: VASP程序用户手册,2,简 介,量子化学软件目的在于将量子化学复杂计算过程程序化，从而便于人们的使用、提高计算效率并具有较强的普适性。 绝多数量子化学程序是采用Fortran语言编写的(Fortran 77或Fortran 90)，通常由上万行语句组成。,3,软件分类,计算原理,基于从头算或第一性原理方法 (ab initio/first principles) Gaussian、ADF、Dalton、Gamess、Crystal、VASP、Wien、Dmol等,基于半经验或分子力学方法 MOPAC、EHMO、NNEW3等,研究对象,有限尺度体系(分子、簇合物等) Gaussian、ADF、Dalton、Gamess、MOPAC、EHMO等,无限周期重复体系(晶体、固体表面、链状聚合物等) Crystal、NNEW3、VASP、Wien等,4,本研究室目前常用的量化软件： Gaussian 98/03: 由Pople等人编写，经过几十年的发展和完善， 该软件已成为国际上公认的、计算结果具有较高 可靠性的量子化学软件，它包含从头算、半经验 以及分子力学等多种方法，可适用于不同尺度的 有限体系，除了部分稀土和放射性元素外，它可 处理周期表中其它元素形成的各种化合物； Crystal 98/03： 该软件由意大利都灵大学理论化学研究所开发， 采用基于原子轨道线性组合的从头算方法来研究 固体及表面的电子结构； VASP: 该软件由奥地利维也纳大学开发，采用基于平面波 基组的密度泛函理论来研究固体及表面的构型以及 动力学过程； CASTEP： MS软件模块之一，与VASP程序类似； Dmol: MS软件模块之一，主要用于有限尺度体系电子结 构研究；,5,采用理论方法要解决的问题,当前的研究状况，包括实验和理论研究现状、已解决和尚未解决的问题,计算过程,化合物构型的确定，具体途径包括：利用实验测定结果、或者采用软件进行构造等,根据现有的计算条件、模型的大 小以及所要解决的问题，选择可 行的计算方法和相应程序,对计算结果进行加工和提取有用 的信息，一般包括构型描述、 能量分析、轨道组成、电荷和成 键分析等，并与实验结果比较,6,计算模型和方法的选取是保证计算结果可靠性的关键， 理想的情况是：1.所选取的计算模型与实际情形一致；2.采用 高级别的计算方法。但是，由于受到计算软硬件的限制，在多数 情况下，很难同时做到上述两点要求，实际操作中，当计算模 型较大时，只能选择精确度较低的计算方法，只有对较小的模 型才能选取高级的计算方法。 因此，当确定了一种计算模型和方法后，最好对其进行验证， 以保证计算结果的可靠性。假设当前的研究对象是化合物A， 可通过下列途径进行验证： 1. 与A化合物现有实验结果之间的比较； 2. 若无实验方面的报道，可对与A类似的化合物B进行研究，此 时以B的实验结果作为参照； 3. 当上述方法行不通时，可以采用较大模型和较为高级的计算 方法得到的计算结果作为参照，该方法主要用于系列化合物 的研究：如对A1, A2, A3，先用大模型和基组对A1进行研究， 然后以该结果为参照，确定计算量适中的模型和方法并应用 于A1,A2,A3。,7,Gaussian03程序的使用,G03的安装和运行； G03的功能和程序结构； 输入文件的编写与主要功能的使用； 补充说明；,8,G03程序的安装和运行,1. G03程序的安装： (1).确定运行平台：Windows或Linux？ (2).对Windows平台： 直接运行setup.exe，其余步骤按提示操作即可；也可将其它机 器上将已安装好的G03直接拷贝到本机，但需设置运行环境。 对Linux平台： a.若G03是经过压缩过的(文件结尾为gz)，用gunzip命令解压： 例如： gunzip g03.linux.tar.gz b.若G03是打包的(文件结尾为tar)，用tar命令将其释放： 例如： tar xvf g03.linux.tar ab两步合成一步方法： tar zxvf g03.linux.tar.gz,9,c.设置环境变量，以c shell为例，在用户根目录下的.cshrc文件 添加下列内容：(也可在执行g03前逐条运行) setenv g03root /home/$USER(设置g03所在目录，根据实际情况修改) source $g03root/g03/bsd/g03.login(激活g03运行时所需环境变量) setenv GAUSS_SCRDIR /home/$USER/g03_tmp(设置临时目录) d.运行bsd/install，自动配置并行计算环境 注：对Linux平台，运行g03时，需注意权限问题，可用chmod 命令更改权限，将所安装的g03对所有用户开放。,10,2.G03程序的运行： (1).对Windows平台： a.对于刚安装好的g03，先检查环境设置情况：,11,左侧至上而下依次为：默认的文本编辑器；g03可执行文件所在目录； 计算中间结果存放目录；缺省的计算结果存储目录；缺省的输入文件 所在目录；PDB分子构型浏览器； 右侧至上而下依次为：设置显示属性(如背景色等)；设置文本编辑器 属性；计算过程控制属性(尤其是批作业过程)；Default.Rou文件的编 辑(该文件内容为默认情况下，计算所花费的内存及硬盘大小),需设置正确， 否则运行将出错！,12,b.编写或打开g03输入文件,点击RUN，并给定输出 文件名后开始运行,13,c.g03运行过程的控制：,最上行按钮的功能从左至右依次为： 开始运行g03；暂停进程；运行至下一模块(link)时暂停进程； 重新启动进程；清除进程(停止运算)；编辑批作业；运行完 当前任务后，暂停批作业；停止批作业的运算；观看计算结 果；打开文本编辑器；,不要随意点击！,14,交换机,计 算 节 点,计 算 节 点,计 算 节 点,网 关,用户终端,基于Linux系统的计算拓扑结构,内部网(高速),外部网(普通),Window系统,Linux系统,(2). Linux平台：,15,说明： 网关作用类似于防火墙，用于保证内部网的安全和稳定， 作为网关的计算机通常配有2个网卡，分别用于外部网和 内部网的连接。 本实验室网关机子IP地址: 219.229.140.103(非固定IP，可能发生改变) 计算作业提交过程： a. 用户登录网关通过SSH远程登录软件实现 SSH软件(SSHSecureShellClient-3.2.9.exe)可从网络上免费 下载，安装过程与通常软件安装类似。安装完毕后，设置 网关外部网的IP地址以及账号名即可使用。,16,点击Profiles设置IP地址及用户名,17,b. 从网关登录到计算节点采用telnet命令实现 例如：telnet 134.14.83.5,18,c. Linux常用命令: (1)ls显示文件清单，相当于DOS下的dir命令：,文件属性,所属用户,大小,创建时间,注：Linux系统下字符是大小写区分的,19,(2)cp复制文件命令，相当于DOS下的copy命令: cp -rf,(3)mkdir创建目录，相当于DOS下的md命令：,(4)rm删除文件或目录，相当于DOS下的del命令：,删除文件,删除目录,20,(5)top显示当前进程和CPU以及内存使用情况,(6)kill终止某个进程，格式为：kill PID号 (PID号由top命令可得，受权限限制),(7)renice调整某个进程优先级，格式为：renice 级别 PID号 (级别为019整数，数值越大优先级越低) renice 19 79,21,(8) cat显示文件内容，格式为：cat 文件名 (9) grep一般用于从某个或多个文件中搜索某串字符， 格式为：grep “字符串” 文件名 例：grep “F=” vasp.out (10)scp用于网关与内部网内各计算节点或外部网络之间 的文件传输 格式为： 从其它到网关： scp 文件 用户名网关IP:目录 例：scp vasp.out zyfzyf-2400:/trans 从网关到其它： scp 用户名网关IP:目录/文件名 目标目录 例：scp zyfzyf-2400:/trans/vasp.out . 该命令也可用于同一台计算机不同用户之间的文件 传输,22,(11) vi文本编辑命令 该命令常用但较为复杂，它有2种模式：命令模式和插入 模式，二者之间关系为： i Esc command mode insert mode command mode 在命令模式下，可实现以下功能及其对应按键： delete a character: x delete a line: dd search a string : /(向后) ?(向前) save the change: :w save the change and quit: :wq quite without saving : :q! page down: Ctrl+d page up: Ctrl+u go to file end: shift+g go to n line: :n,23,(12) tar文件打包命令(适用文件扩展名为tar) 该命令用于多个文件/目录的打包或解包，常用格式有： 文件打包：tar cvf 要打包成的文件名 要打包的文件 例：tar cvf model.tar * 生成 model.tar文件 解包： tar xvf 要解包的文件名 例：tar xvf model.tar (13) gzip/gunzip文件压缩/解压命令(文件扩展名为gz) 例：gzip model.tar 生成 model.tar.gz 文件 gunzip model.tar.gz 生产model.tar文件 (14) du察看当前目录所占硬盘空间大小(类似命令df) 例：du h df h (察看硬盘各分区大小),24,(15) rsh或ssh用于从某个节点登录到其它节点 例：rsh c0102 登录到c0102节点上，为当前用户名 rsh zyfc0102 与上相同，但用户名为zyf ssh c0102 ssh zyfc0102 根据rsh或ssh服务的具体设置来确定是否需要提供密码 (16) su从当前用户转变为超级用户或其它用户 例：su 转变为超级用户 su zyf 将用户转变为zyf用户 (17) ifconfig察看网络设置 (18) dmesg察看系统日志 (19) adduser ,passwd,25,d. 运行g03过程： (1)编写输入文件： 用vi命令编写或在Windows下编写完毕后ftp至Linux系统； vi test.gjf (2)运行g03： g03输出文件名& 例：g03 test.out & 说明：1)末尾的&符号表示将作业提交到后台计算，否则 在用户退出Linux时，作业将终止； 2)若运行g03出错，请检查环境变量是否设置正确， 尤其是用户权限上的问题； c.观看计算结果： 使用vi命令，或采用tail命令跟踪计算输出： tail -f 输出文件名 d.运行过程的控制： 采用top命令观察g03运行到那个模块； 通过renice命令改变进程的优先级来调整g03的运行速度；,26,课堂练习: 安装G03 Linux版本 采用vi命令编辑Gaussian输入文件，具体内容如下： %mem=32mb #p b3lyp/6-311+G* opt Geom Optimization of C2H4 0,1 C C 1 1.5 H 1 1.0 2 120.0 H 1 1.0 2 120.0 3 180.0 H 2 1.0 1 120.0 3 0.0 H 2 1.0 1 120.0 3 180.0 3. 运行g03，采用top, tail命令察看进程以及用vi和grep命令参看计算输出等；,27,G03的主要功能和程序结构 1. 主要功能：,分子构型的优化,基态(Ground state),激发态(Excited state),反应过渡态(Transition state),能量计算,基态和激发态能量,化学键的键能,电子亲合能和电离能,化学反应途径和势能面,28,光谱计算,IR光谱,Raman光谱,吸收/发射光谱以及二阶或三阶非线性光学性质,NMR,其它功能,电荷分布和电荷密度,偶极矩和超极矩,热力学参数,适用体系：气相和溶液,29,2.程序结构： a.由主引导模块(g03.exe)和 各分模块(l?.exe)组成：,30,b.常用模块的功能： L0初始化模块； L1读入输入文件，根据所给关键词确定将要使用的模块； L101,102,与构型优化和反应过渡态相关的模块； L202输出距离矩阵、判断化合物点群及确定新的坐标系； L301,302309与基组和赝势有关模块； L310,319计算单电子及双电子积分模块； L401,402SCF初始猜测模块； L502,503,508SCF模块； L601,608Mulliken布居以及自然键轨道(NBO)分析模块； L701,702计算能量一阶和二阶导数模块； L8?,9?,10?,11?与Post-SCF方法有关模块； L9999进程结束模块；,31,说明： 1.根据不同的任务，某些模块需重复调用多次； 2.通常耗时较多的模块有：L5,L7,L8,L9,L10,L11等，此外， L8L11这些模块的执行对内存和硬盘的需求较大； 3.若L9999未能正常执行完毕，则表明计算过程存在问题，需 检查之； 4.可根据各个模块的功能，对g03程序进行简化，例如如果用 户通常只用g03进行能量计算，则可只保留L16和L9999模块 其它模块可以删除去。,c.g03运行过程所使用的文件： 在scratch目录/或工作目录下有下列文件： gxx-打头的文件为临时文件，计算结束后将自动删除，其中 对于结尾为inp的文件，记录了当前g03所执行的输入文 件内容，有时可通过该文件确定当前运行作业； chk文件，该文件记录了g03运行的结果，包括分子结构、基 组、分子轨道、电荷密度以及偶极矩等，通常该文件在计 算结束后要保留，便于以后作补充计算或计算结果处理；,32,说明： 1).对于chk文件并不自动产生，需用户自行指定，在大多数情 况下，最好给定chk文件，并在计算结束后保留，以便后续 处理(例如计算结果的图像化等)； 2).对于rwf文件，在运行过程中，g03会自行产生gxx打头的rwf 文件，当计算非正常 中断后，可通过更改该文件来续算。 但用户在编写输入文件时，最好还是指定rwf文件，在计算 结束后，再删除。,rwf文件，该文件记录了计算的中间结果，以便在计算过程非 正常中断后用于续算，该文件通常较大，当作业正常结束 后，可删除之。 Default.Rou文件，该文件设置一些系统默认参数，例如 g03运行时内存和硬盘的大小，其内容如下： -M- 256MB(内存大小) -#- MaxDisk=2000MB(硬盘大小),33,34,G03输入文件的编写与使用,1.G03输入文件的组成：,L0命令部分(可无),关键词部分,标题部分,体系电荷和自旋多重度,分子构型,35,(1) L0命令部分： 该部分内容均以%打头，主要用于指定计算过程所需 内存，chk以及rwf文件名，其典型内容是： %mem=100mb(计算所需内存，若无，由Default.Rou指定) %chk=h2o(chk文件的名称为h2o.chk) %rwf=h2o(中间结果文件名称为h2o.rwf) %NProcShared=4(多核系统中的cpu数目) %LindaWorkers=g0101:2(Linda并行计算节点及节点数目),36,(2)关键词部分： 该部分内容由一个或多个关键词组成，用于指定计 算类型、方法和计算输出的控制等。 (3)标题部分： 由一行文本组成，该内容是必需的。 (4)电荷及自旋多重度： 体系所带电荷以及自旋多重度S=2s+1=成单电子数+1 例如H2O,S=1；Ti原子的基态S=3,37,(5)分子构型描述部分： 有三种描述分子构型的方法： a.直角坐标系方法：(适用于全自由度构型优化情况) 格式为：元素符号 x y z 例如： O -0.464 0.177 0.0 H -0.464 1.137 0.0 H 0.441 -0.143 0.0 说明：1)元素符号大小写均可，也可直接采用原子序数； 2)有时为了便于区别，可在元素符号后加一整数，如： O -0.464 0.177 0.0 H1 -0.464 1.137 0.0 H2 0.441 -0.143 0.0 3)x,y,z数值必须以小数格式输入： O -0.464 0.177 0 () O -0.464 0.177 0.() 4)g03的数据输入均为自由格式，即除了用空格来分隔 数据外，也可用逗号或混合使用；,38,b.内坐标(z-matrix)方法：(适用于构型的局部优化) 内坐标与直角坐标之间的区别在于，它侧重于从原子之间的 键连角度来描述原子间的相对位置，具体参数包括： 1)键长：( 需用两个原子描述) 即两个原子间的距离，注：该两个原子并非要具有化学直 观意义上的成键。此外，在默认情况下，键长单位为埃。 2)键角：(需用三个原子描述) 确定了二根键之间的夹角，默认单位为度，范围为-180 180deg之间。 3)二面角：(需用四个原子描述) 二面角加上键长和键角就确定了四个原子的位置，其默认 单位为deg，范围为-360360deg。当二面角等于0，180 和360deg时四个原子共面。,键长、键角和二面角数目的总和=3N-6,39,内坐标的输入格式为： 原子1,原子2,键长,原子3,键角,原子4,二面角,1,2,3,4,键长,键角,二面角,40,例1：,O,H,H,表示一： O H,1,1.0 O,1,1.2,2,104.0 H,3,1.0,1,104.0,2,170.0 表示二： O1 H1,O1,1.0 O2,O1,1.2,H1,104.0 H2,O2,1.0,O1,104.0,H1,170.0,O,1,2,3,4,表示三： O H,1,r1 O,1,r2,2,a1 H,3,r1,1,a1,2,d1 Variables:(本行内容可省) r1=1.0 r2=1.2 a1=104.0 d1=170.0,当对分子的构型进行局部优化时， 需采用该表示方法,41,例2：乙烯,C,C,1,2,3,4,5,6,C C 1 1.3 H 1 1.0 2 120.0 H 1 1.0 2 120.0 3 180.0 H 2 1.0 1 120.0 3 0.0 H 2 1.0 1 120.0 3 180.0,在同侧共面,共面但不同侧,对同一构型，内坐标的表示并不唯一,C,C,2,4,1,3,5,6,H C,1,1.0 H,2,1.0,1,120.0 C,2,1.3,1,120.0,3,180.0 H,4,1.0,2,120.0,1,0.0 H,4,1.0,2,120.0,1,180.0,42,虚原子的使用： 有时为了保证所描述的构型符合特定的点群，利用虚原子便于做到这一点。 虚原子的符号为X。,例1：CO2,C,O,O,X,1,2,3,4,X C,1,1.0 O,2,1.1,1,90.0 O,2,1.1,1,90.0,3,180.0,该键长值可任意,C,O,O,2,1,3,43,例2：NH3,N,H,H,H,X,1,2,3,4,5,要使输入的构型满足C3v点群，需要 准确提供H-N-H键角以及四面体相邻 两个平面间的二面角。为此，在3个 H所在三角形中心引入一个虚原子X， 则： X N 1 2.0 H 1 1.0 2 90.0 H 1 1.0 2 90.0 3 120.0 H 1 1.0 2 90.0 3 -120.0,注：在本例中N-X和H-X不能任给 说明：1)根据需要，有时可同时用到多个虚原子； 2)在大多数场合，虚原子通常取在对称元素所处位置 或它们相交处；,44,c.直角坐标和内坐标混合输入方法： 对于该方法，只需在采用直角坐标方法输入的原子的元素 符号后加一个整数0即可，例如： X 0 1.0 1.0 1.0 N 1 2.0 H 1 1.0 2 90.0 H 1 1.0 2 90.0 3 120.0 H 1 1.0 2 90.0 3 -120.0,d.分子构型的输入准确性是保证计算结果可靠性的前提，对 于复杂体系，在计算前均需对所输构型进行检查，具体包 括： 构型的可视化处理，即采用一些分子构型软件(例如 Gaussview和Chem3D)观察所给构型是否合理； 在g03运行到L2模块，会给出所输入分子所属点群，此 时，可检查点群是否合理。,45,(6) g03输入文件编辑时的注意事项： 除了可采用g03所提供的输入文件编辑器来编写输入文件外， 在更多场合下，是采用其他文本编辑器来编写，此时应注意 到，在标题部分的前后各有一空行，例如： %chk=h2o # HF/6-31G(d) (此处为空行) water energy (此处为空行) 0 1 O -0.464 0.177 0.0 H -0.464 1.137 0.0 H 0.441 -0.143 0.0,练习：采用内坐标方法输入苯和甲烷的构型。,46,C H 1 1. H 1 1. 2 a H 1 1. 2 a 3 120. H 1 1. 2 a 3 -120. a=109.47 如果输入的键角小数点后没有三位有效 数字，则程序判断为c3v群，此时，可以 结合采用symm=loose关键词来降低对精 度的要求,甲烷内坐标：,47,X C 1 a C 1 a 2 60. C 1 a 3 60. 2 180.0 C 1 a 4 60. 3 180.0 C 1 a 4 120. 2 180.0 C 1 a 5 120. 3 180.0 H 2 b 3 120. 7 180.0 H 3 b 2 120. 4 180.0 H 4 b 3 120. 5 180.0 H 5 b 4 120. 6 180.0 H 6 b 5 120. 7 180.0 H 7 b 6 120. 2 180.0 a=1.42 b=1.0,苯的内坐标：,48,2.g03主要功能的使用： g03功能的使用主要由用户所给的关键词(keyword)内容而定， 在输入关键词时注意以下事项： 1).关键词的输入是自由格式，且不区分大小写； 2).当存在多个关键词时，可用空格、逗号来隔开； 3).通常每个关键词有多个选项(option)，若要选择单个或多 个选项时，书写方式有如下几种： keyword = option keyword(option) keyword=(option1, option2, .) keyword(option1, option2, .) 例如：opt=z-matrix，opt(z-matrix)，opt=(z-matrix)三者是 等价的。 opt(z-matrix,maxcycle=20)与 opt=(z-matrix,maxcycle=20)是等价的。 建议统一采用第四种表示方式。,多个选项时,49,4).最简单的关键词输入是#或#p，其含义是采用HF方法和 STO-3G基组计算体系的能量；,50,a. 能量的计算： 如何计算一个体系的能量是获取分子各种性质的基础，因此 首先来看如何计算体系的能量，即进行单点能计算： (1). 计算方法的选择： g03提供的常用计算方法有： 1) 半经验方法： 关键词：AM1, PM3, CNDO, INDO, MINDO 它们主要用于大的有机分子体系(由上百个原子组成)，一般 对于含金属体系不适用。这些方法只有在特殊场合适用。 2) 从头算(ab initio)方法： HF方法：即基于Hartree-Fock原理的方法 关键词：HF，RHF，UHF，ROHF 说明：I)当关键词为HF时，会自动根据自旋多重度选择 RHF还是UHF； Ii)ROHF为限制性开壳层HF方法，与UHF区别在 此时除了成单电子外，其余的和电子仍配对， 通常该方法得到的能量要较UHF略高。 Iii)HF方法可以看作是最低级的从头算方法，该方 法除了在构型优化时有使用外，不适合计算能量。,51,密度泛函方法(DFT)：基于电荷密度自洽的方法 关键词：B3LYP等 根据所采用的相关和交换泛函，可以选择不同的DFT方法， 具体参见g03的帮助文件。其中B3LYP方法是使用最为广泛的 DFT方法，由于DFT方法考虑了电子之间的相关作用，因此得 到的能量要较HF来得精确，它是目前最常用的量子化学计算方 法。 MPn方法： 关键词：MP2,MP3, MP4, MP5 说明：I)这些方法在HF基础上，进一步根据MP微扰理论考虑电 子相关作用，微扰项截至到二阶则为MP2，截至到三阶 则为MP3，其它类推，理论上考虑的微扰项越多，得到 的能量越精确，但将大大增加计算量，而且通常也无此 必要，多数场合选取MP2即可。,52,说明：Ii)对于该类方法，硬盘和内存通常开销较大，应考虑 具体的硬件考虑之，其中对于硬盘空间的设置见文件 Default.Rou内容，另外，必须注意到由于受到操作系 统的限制，中间文件不能超过2GB(32位系统)，此时 需设置多个中间文件，具体见g03说明； 耦合簇(Coupled Cluster)方法： 关键词：CCD, CCSD(T) 说明：I)该类方法与MPn方法一样，也是属于较高精度的计算 方法，其中CCD方法，只考虑了双取代，CCSD则在 CCD基础上进一步考虑了单取代； Ii)与MPn方法类似，该类方法计算量较大，通常只适用 小体系。,53,其它后自洽场方法： 组态相互作用(Configuration interaction)方法： 关键词：CID, CISD, QCISD, CASSCF等。 此外，g03还提供一些高精度的组合计算方法，如G1、G2等。 举例：比较不同方法计算得到的H2基态能量，假使HH键长 为0.7A，采用STO-3G基组,基态的电子态为：1g,HF能量，单位a.u.,54,55,HF= -1.117349; B3LYP=-1.1647796; MP2=-1.129582 MP3=-1.1339601; MP4D=-1.1355271; MP4DQ=-1.13547 MP4SDQ=-1.13547; MP4SDTQ=-1.13547; CCSD=-1.1361895 CISD=-1.1361895a.u.,56,(2).基组的选择,全电子基组,赝势基组,高斯型函数: g p ( p, r ) = Np exp ( - p r2 ) 原子轨道可表示为高斯型函数的线性组合： 1 S = p = 1 , L (d p g p( p , r) ),系数,指数,最终体系分子轨道为这些原子轨道的线性组合,57,1). 全电子基组： 关键词：sto-3g, 3-21g, 4-31g, 6-21g, 6-31g, 6-311g, d95/d95v 说明：I). 不同的基组适用范围是不同的： STO-3G(H-Xe)；3-21G(H-Xe)；6-21G(H-Cl) 4-31G(H-Ne)；6-31G(H-Kr)；6-311G(H-Kr) D95(H-Cl 除了Na, Mg)；D95V(H-Ne),58,说明：ii)基组的大小决定了基函数的数目，即体系的原子轨道 数目，因此可从所选择的基组来推断MO数目： sto3g：为最小基组，每个原子轨道用三个高斯函数 (GF)来描述，原子轨道数即为基函数数目。 如O：1s2s2p，原子轨道数为1+1+3=5 GF数目为3*5=15 321g：为劈裂(split)基组，其含义是：内层的每个AO 用3个GF描述，价层的AO劈裂为两组，分别用 2个和1个GF描述。显然，321g的GF数与sto- 3g是相同的。 如O：内层为1s，AO数为1，GF数为3 价层2s的AO数为2*1=2，GF数为2+1=3 价层2p的AO数为2*3=6，GF数为3*2+3*1=9 共1+2+6=9个AO和3+3+9=15个GF 对Mg：1s 2s 2p 3s 3p 内层1s, 2s和2p共有1+1+3=5个AO和3*5=15 个GF，价层3s有2个AO和3个GF，价层3p有 6个AO和9个GF，故共5+2+6=13个AO和 15+3+9=27个GF,59,说明：631g：为劈裂(split)基组，其含义与3-21g类似，内层的 每个AO用6个GF描述，价层的AO劈裂为两组，分 别用3个和1个GF描述。 如O：内层为1s，AO数为1，GF数为6 价层2s的AO数为2*1=2，GF数为3+1=4 价层2p的AO数为2*3=6，GF数为3*3+3*1=12 共1+2+6=9个AO和6+4+12=22个GF 对Mg：1s 2s 2p 3s 3p 内层1s, 2s和2p共有1+1+3=5个AO和6*5=30 个GF，价层3s有2个AO和4个GF，价层3p有 6个AO和12个GF，故共5+2+6=13个AO和 30+4+12=46个GF 6311g：也为劈裂基组，自是价层的AO劈裂为3组，分别 用3个、1个和1个GF描述。 对于4-31g和6-21g类似。,60,Iii)极化(polarization)函数的使用： 在实际计算中，有时需在上述标准基组的基础上，添加一个 或多个极化函数，极化函数是指具有比原子价轨道更高角量子 数的高斯函数。例如H的价轨道为1s，则其极化函数为p型GF， 同样对C、O等价层为p轨道的原子，它们的极化函数应为d型 或f型轨道，类似地，对于过渡金属原子的极化函数为f型轨道。 极化函数的使用目的在于使原子价轨道在空间取向上变得 更“柔软”，从而使之易于与其它原子的轨道成键：,例如对于羰基基团中的C，O 原子，它们极化轨道(即d轨道 )之间形成的d轨道，使得C 原子的p轨道朝O方向极化， O的p轨道向C方向极化，从 而增强了C与O之间的作用。,61,由于极化轨道的使用增强价轨道的空间柔软程度，因此其使用 场合主要在于环状化合物，例如有机环状化合物以及含有桥联 结构的金属簇合物等。 使用方法： 在标准基组后加“*”，“*”，(d)，(d,p)，(3df,3pd)等 例：6-31G*, 6-31G(df,pd) 说明： 当只添加一个极化函数时，可使用下述表示： “*”等价于(d)，含义是对非氢原子添加一个极化轨道； “*”等价于(d,p)，含义是对非氢原子添加一个极化轨道的同时 对H原子添加一个p极化函数； 当添加多个极化函数时，使用下述表示： (?d,?p)，表示对非H原子和H原子分别添加？个极化轨道 如：6-31G(3d,2p),62,(?df,?pd), 表示对非H原子添加?个极化函数和1个具有更高角 动量的极化函数; 对H原子分别添加?个p极化函数和 1个d极化函数; 例如, 对H2O计算时采用6-31G(2df,3pd)基组,其含义是: 对其中的H原子,在6-31G基组上在添加3个p轨道和 1个d轨道; 对O原子, 则在6-31G基组上添加2个d轨道和 1个f轨道. 对于不同的基组,可添加的极化函数数目是不同的, 具体可参照 程序手册:,63,iv) 弥散函数(diffuse)的使用: 对于带有较多电荷的体系,采用标准的基组来描述是不够的, 此时需添加弥散函数,以增加价轨道在空间上的分布范围, 即: 极化函数用于改进价轨道的角度分布, 弥散函数则用于改 进价轨道的径向分布. 弥散函数是指具有较小轨道指数的高斯函数, 其表示方法是 在标准基组后加上“+”或“+”, 如6-31+G, 6-31+G*等, 其中 第一个“+”表示对非H原子添加弥散函数, 第二个“+”则对H原 子添加弥散函数. 弥散函数主要用于带有电荷的体系(包括离子)以及弱作用体系.,64,2) 赝势基组： 关键词：lanl1mb,lanl2mb,lanl1dz,lanl2dz, cep-4g,cep-31g,cep-121g,sdd等 说明： 通常对于重元素采使用赝势基组，其中，对于过渡金属原子 一般使用lanl系列的基组，对于主族元素采用cep系列的基组， sdd基组相对较少使用； 赝势基组的适用范围要较全电子基组来得广，一般除了少数 稀土和放射性元素外，均可使用赝势基组； 赝势基组是将内层原子的影响用势函数来代替，因此，在使 用时必须注意根据所采用的赝势基组，检查体系的总电子数 是否正确！ 对lanl1系列的基组，只考虑价层电子；如V原子为5. 对lanl2系列的基组，除了价层电子外，还考虑了次外 层的电子(对部分主族元素例外)；如V原子为5+8=13. 对其它赝势基组，请在使用时仔细核查。,65,对于使用较多的lanl系列基组，需注意： 对于HNe范围的原子，lanl1mb和lan2mb基组等价于 sto-3g最小基组；lanl1dz和lanl2dz基组等价于d95基组; 对于含金属金属键体系一般使用lanl2系列，而不用 lanl1系列； mb结尾含义为minimal basis，dz结尾含义为double -zeta，故后者基函数数目要较前者多。,3) 混合基组的使用: 有时, 因需要, 对同一化合物中的不同原子采用不同的基组: 受基组限制: 例如, 对于Mo(CO)2+化合物, C和O原子可采用6-31+G基组, 但 Mo原子不在6-31G基组的使用范围之内. 受体系大小限制: 当体系较大时, 不可能对所有原子均采用较大的基组, 此时可 对其中的局部原子采用精度较高的基组来描述,而对其余原子 采用小基组来描述, 例如:,66,67,混合基组输入方法: 关键词: GEN和PSEUDO=READ(对赝势基组) %mem=32mb %chk=hf #p b3lyp/ gen pop=full scfcyc=500 Mo(CO)2+(Line) 1,6 Mo X 1 1.0 C 1 r1 2 90.0 O 1 r2 2 90.0 3 0.0 C 1 r1 2 90.0 3 180.0 O 1 r2 2 90.0 3 180.0 r1=2.228 r2=3.329 Mo 0 3-21G * C O 0 6-31+G* *,整数0为结束标志,4个*用于分隔不同基组,该行也可用数字代替,即2 3 4 5 0 (编号时不包含虚原子),68,%mem=32mb %chk=hf #p b3lyp/ gen pseudo=read pop=full scfcyc=500 Mo(CO)2+(Line) 1,6 Mo X 1 1.0 C 1 r1 2 90.0 O 1 r2 2 90.0 3 0.0 C 1 r1 2 90.0 3 180.0 O 1 r2 2 90.0 3 180.0 r1=2.228 r2=3.329 Mo 0 Lanl2mb * C O 0 6-31G* * Mo 0 Lanl2mb,使用赝势基组时,应注意不能漏!,基组定义部分,赝势定义部分,注意不能漏, 另外其后 没有*号,赝势部分和基组部分之间有一空行,69,(3) G03输出结果: 下面以H2O能量计算的输出结果为例:,L1输出G03版权信息,70,%部分内容,关键词部分,计算所需调用的模块,71,Title内容,电荷, S以及分子构型,各原子的直角坐标,距离矩阵,需核查!,72,注意:计算结果是以该坐标系为准,需核查!,MO初始猜测,73,自洽场迭代求解部分,收敛指标,迭代次数,74,(通常接近2.0),(布居分析结果),MO对称性及能级(a.u.),Mulliken键级和电荷,75,偶极矩及多极矩,对主要计算结果进行总结,76,(4) 能量计算中使用到的其它常用关键词: SCF收敛指标的设置: 关键词: scf(conver=?) 含义: 当SCF前后电荷密度的差值小于10-?时, SCF收敛. 例: scf(conver=5) 表示收敛指标为10-5. 说明: 对于能量计算,缺省情况下收敛指标为10-4. 对于构型优化, 则为10-8. SCF迭代轮数的设置: 关键词: scf(maxcyc=?) 含义: SCF最大的允许迭代次数为?. 例:scf(maxcyc=100) 表示最大迭代次数为100次. 说明: 缺省情况下, SCF迭代次数为64次, 通常对于含有过渡 金属的体系, SCF较难收敛, 迭代次数会多些.,77,分子轨道系数的输出: 关键词: pop=full 说明: 有时为了分析MO成分, 则需利用该关键词输出各MO的 成分, 以H2O为例:,78,轨道对称性,O表示占据轨道; V为空轨道,轨道能级,AO轨道,轨道系数,HOMO,LUMO,79,注: 输出的MO系数是未经归一化过的; 1s, 2s等符号并非真正意义上的AO, 它与计算所采用的基组 有关. 对于上例, 采用的是6-31G基组, 可知, 对于价层AO是 分裂为两组的, 故对于O原子, 输出的2s和3s实际上均为价 轨道, 其它类推. 当基函数较多时, 若只考察前线附近的轨道成分, 可用关键 词: pop=regular, 此时只给出5个占据轨道和5个空轨道组成. 练习: 计算O2的基态能量, 并分析MO轨道组成 假设基组为6-31G*，O-O键长为 1.2145 A,80,(5) 能量计算的几个问题： 基组的选取： 理论上而言，计算中所选取的基组越大，计算结果越准确，但由 于受到硬件上的限制，需根据实际情况选择基组。此外，对于环状 分子或存在作用的体系，通常需要考虑使用极化基组；对于带有 较多电荷的体系，或考察弱相互作用的体系，通常需考虑使用弥 散基组； 以O2为例(O-O为1.208A)： 6-31G -150.26755a.u. 6-31G* -150.31998a.u. dE=0.05243a.u. 6-31+G -150.27678a.u. dE=0.00923a.u. 由于O2中存在作用，故极化函数的影响要比弥散函数来得大。 以O22-为例： 6-31G -149.78721a.u. 6-31G* -149.82396a.u. dE=0.03675a.u. 6-31+G -149.98117a.u. dE=0.19396a.u. 6-31+G* -150.02156a.u. dE=0.23435a.u. 此时，因带较多负电荷，故弥散函数的影响较极化函数来得大。,81,体系多重度的选取： 对于复杂体系，特别是含有过渡金属原子的体系，多重度的选取 凭经验不易得到，此时，可通过比较不同多重度时体系的能量来 确定基态能量。 以O2为例(基组为6-31G*)： S=1 -150.25734a.u. S=3 -150.31998a.u. S=5 -149.79200a.u. S=7 -148.80784a.u. 由上结果可见，O2的基态应为三重态。 自旋污染判断： 对开壳层体系的计算，需判断自旋污染情况，以便保证计算结果的可靠性：,=s*(s+1)，例如对O2基态，有2个单电子，s=2*1/2=1，则 =1*(1+1)=2，对上例子s=3/2,82,体系电子态的选取： 多数情况下，体系的电子态由体系的点群和电子占据情况由程序自动确定，但在某些情况，特别是在团簇体系，采用这种默认方法得到的电子态可能出现问题，其中包括：无法确定轨道的对称性或者电子填充顺序出现问题。此时可人为对电子的填充轨道进行调整。所采用的方法为Guess关键词中的Alter选项。此外，采用该方法也可实现对特定激发态进行研究。,83,#p b3lyp 6-31G opt NH2 0,2 N H 1 r H 1 r 2 a r 1.03 a 120.0,NH2自由基的基态,84,NH2基态的电子填充情况为：a12a12b22a12b1，即相应的电子态为2B1, 相应能量为-55.85291a.u.,85,如果我们想考察NH2的2A1激发态，则可对电子填充顺序进行人为调整。具体的办法是将态中的4号和5号轨道进行对调，使得最终电子填充顺序为：a12a12b22b12a1，即体系电子态为2A1。,86,#p b3lyp 6-31G opt Guess=Alter NH2 0,2 N H 1 r H 1 r 2 a r 1.03 a 120.0 4 5,该行前面有一空行，对应于态电子填充的改变情况,87,最终计算结果：,88,键能的计算： 以O2为例，计算OO键能： 步骤如下： 首先确定O2基态的能量： 假设基组为6-31G*，则总能量为： -150.32005a.u.(基态为：3g) (O-O: 1.2145 A) 其次，计算O原子基态能量，结果为：-75.06062a.u. 则O2中OO键的键能为： 2-75.06062+ 150.32005=0.19881a.u.=522.0KJ/mol 该结果略高于实验值（494KJ/mol）。 在有关键能的计算中，除了计算方法以及基组对最终的结果 有较大影响外，若要得到精确的键能，还需考虑基组叠加误差 即BSSE。 BSSE是指源于能量计算中基组带来的误差，它可以粗略理解 为化学实验中的背景误差，要消除BSSE，可采用counterpoise 关键词来实现(G98是采用message关键词)，以O2为例具体使用过 程如下：,89,%mem=32mb #p b3lyp/6-31g* counterpoise=2 BSSE of O2 0,3,0,3,0,3 O 0.0 0.0 0.0 1 O 1.2145 0.0 0.0 2,表示体系由2个碎片组成,整个体系的电荷和自旋多重度 碎片1的电荷和自旋多重度 碎片2的电荷和自旋多重度,该原子属于那个碎片,由此得到考虑了BSSE时的键能为： 0.19881-0.00436=0.19445a.u.=510.4KJ/mol。此外，进一步的修 正是在计算O2总能量时，需考虑零点能(ZPE)校正。,90,分子轨道成分的分析： 以O2为例： %mem=32mb #p ROB3LYP/STO-3G POP=FULL The single point calc. Of O2 0,3 O 0. 0.0 0.0 O 1.208 0.0 0.0,为了便于计算结果分析，采用限制性 开壳层计算方法，及将和电子强制 配对；,输出所有分子轨道,91,首先确定计算结果中各原子所处的位置：,2,1,o,z,X or y,92,z,+,1,2,因1s为内层电子，故O与O之间成键情况 可不考虑,No.1,No.2 与上一MO类似，也以1s成分为主，处在能量较低的位置,z,+,+,93,z,+,1,2,No.3, 4分别为O2s轨道之间形成的成键和反键轨道：,+,z,+,-,No.5为O 2pz轨道形成的成键轨道：,z,+,94,z,No.6和7轨道分别为O 2px和2py形成的成键轨道：,+,No.8和9轨道分别为O 2px和2py形成的反键轨道：,z,+,No.10轨道为O 2pz形成的反键轨道：,z,+,95,根据上述分析结果以及各轨道的能级，可以得到O2的MO 分布为：,2s,*2s,2pz,2px,2py,*2px,*2py,*2pz,96,电荷分布： 在能量计算结果中，除了能量以及上述的MO成分外，其它有用 的信息包括原子电荷和键级，对于原子电荷： 以H2O为例(B3LYP/STO-3G)：,Mulliken电荷分布,97,说明： 电荷的绝对值是没有意义的，其数值受到所用方法, 尤其是 基组的影响较大： 以H2O为例： 方法/基组 O H B3LYP/STO-3G -0.329 0.165 B3LYP/3-21G -0.637 0.318 B3LYP/6-31G -0.705 0.353 HF/6-31G -0.795 0.398 因此，计算得到的电荷只具有相对意义，即只能考察其相对 数值或变化趋势。当然，当考察变化趋势时，如考察H2X (X=O,S,Se)系列化合物中，X为不同原子时，对H原子电荷的影 响时，必须使用相同的计算方法和基组。,98,键级： 键级的大小反映了某根键的强度，同样地，键级的数值也受到 计算方法和基组的影响：,O-H键的Mulliken键级,99,以H2O为例： 方法/基组 O-H键级 B3LYP/STO-3G 0.243 B3LYP/3-21G 0.239 B3LYP/6-31G 0.231 B3LYP/6-31+G 0.214 HF/6-31G 0.249 由上结果可见，键级数值与所用的基组和计算方法是有联系 的，但其影响不象电荷那么显著。此外，必须注意到，弥散 基组对键级的数值影响较大。 因此，在实际应用中，对于电荷和键级，我们更关心的是 它们的变化情况而不是它们的绝对数值。此外，必须强调的 是，上述结果是采用Mulliken布居分析的方法，若采用其它 布居分析方法，结果将有所不同。,100,自然键轨道(NBO)分析方法： 我们前面所讲分子轨道均为正则分子轨道，它是未经定域化处理，这导致计算结果与我们通常的成键概念有所不同。例如在乙烯分子中，碳碳之间为双键，但在正则MO中，反映C与C之间成键作用的MO可能有多个，因此根据正则MO的结果，我们无法断定CC是单键还是双键。此时，通过对正则MO的定域化处理，可以得到通常意义上的成键图像。 正则MO的定域化处理方法较多，其中较为常用的是NBO方法，其使用方法是在输入文件中添加关键词： POP=NBO,101,以乙烯分子为例： %mem=32mb #p b3lyp/3-21g pop=nbo The NBO analysis of ethylene 0,1 C C,1,CC H,1,CH,2,HCC H,1,CH,2,HCC,3,180.,0 H,2,CH,1,HCC,3,180.,0 H,2,CH,1,HCC,4,180.,0 CC=1